genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20937586--20937647	30	2.1	30	84	0	79	48	11	8	32	1.68
20949583--20949922	102	3.4	101	89	2	479	28	15	25	30	1.95
20949583--20949916	51	6.6	50	80	8	354	28	14	25	30	1.95
20956735--20956772	18	2.2	18	85	4	51	7	31	15	44	1.75
20960045--20960283	50	4.7	50	78	4	185	27	20	27	24	1.99
20964777--20964804	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
20975493--20975553	6	10.2	6	96	0	113	0	31	0	68	0.89
20977004--20977182	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
20978341--20978525	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
20978396--20978558	79	2.1	79	83	6	206	25	20	28	25	1.99
20984933--20985110	84	2.1	85	98	1	349	37	8	27	26	1.85
20986271--20986453	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
20986272--20986455	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
20986324--20986488	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
20991516--20991793	144	1.9	144	80	2	317	32	16	21	29	1.96
20991804--20992131	104	3.2	104	90	0	494	33	19	17	28	1.95
20993721--20993759	20	2.0	20	94	0	69	35	23	10	30	1.88
20995315--20995346	16	2.1	15	94	5	55	25	25	12	37	1.91
21001417--21001475	30	2.0	30	86	0	82	28	3	10	57	1.48
21016530--21016588	5	12.2	5	76	7	50	50	0	0	49	1.00
21016525--21016591	19	3.3	21	80	15	72	49	0	0	50	1.00
21016560--21016600	19	2.2	19	95	0	73	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21018358--21018385	12	2.3	12	100	0	56	35	0	0	64	0.94
21018515--21018579	30	2.2	30	94	0	112	58	13	3	24	1.50
21018609--21018651	22	2.0	22	85	0	59	60	9	11	18	1.57
21018616--21018656	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
21020266--21020446	3	61.7	3	69	7	86	31	6	3	58	1.40
21029938--21029985	24	2.0	24	100	0	96	41	16	16	25	1.89
21030224--21031487	45	27.6	46	70	13	579	31	17	21	29	1.96
21030212--21030846	321	2.0	321	91	1	1031	31	17	21	29	1.96
21030267--21031487	183	6.6	182	79	8	886	31	17	21	29	1.96
21030588--21031455	96	9.5	92	72	13	363	32	17	20	29	1.96
21030212--21031485	506	2.5	498	81	5	1544	31	17	20	29	1.96
21031229--21031528	132	2.2	136	82	9	339	32	18	20	29	1.96
21031326--21031522	44	4.5	44	78	6	134	30	19	20	28	1.97
21032938--21033132	3	66.3	3	71	7	114	32	5	3	58	1.39
21033169--21033203	14	2.4	15	90	4	54	8	2	5	82	0.91
21035238--21035328	44	2.1	44	85	4	121	43	4	12	39	1.62
21038627--21038658	12	2.7	12	90	0	55	37	0	3	59	1.13
21038651--21038696	18	2.6	18	77	19	51	32	4	2	60	1.28
21049646--21049736	29	3.1	28	76	7	101	32	25	0	41	1.56
21049941--21049983	21	2.0	21	90	0	68	79	11	9	0	0.95
21050081--21050153	13	5.6	13	76	15	62	71	0	28	0	0.87
21050081--21050153	7	11.1	7	73	16	59	71	0	28	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21050087--21050154	18	3.7	18	77	12	75	72	0	27	0	0.85
21050081--21050155	31	2.4	31	84	8	91	72	0	28	0	0.86
21050777--21050821	21	2.1	21	87	4	63	42	8	8	40	1.67
21050941--21051010	16	4.5	16	67	13	56	31	11	7	50	1.65
21050979--21051010	16	1.9	17	93	6	57	31	12	6	50	1.65
21050979--21051390	17	22.9	18	70	16	225	29	13	10	45	1.78
21051038--21051310	18	14.7	18	73	16	168	31	13	10	44	1.77
21050979--21051391	35	11.5	35	73	14	263	29	13	10	45	1.78
21051161--21051389	18	13.2	16	76	15	99	29	13	10	45	1.78
21053105--21053143	4	10.0	4	94	5	71	25	25	0	48	1.51
21057990--21058823	78	10.8	76	87	5	1050	25	18	20	35	1.95
21057992--21058823	157	5.4	154	86	4	1047	25	18	20	35	1.95
21059017--21059156	30	4.7	30	77	7	133	30	23	2	42	1.68
21059018--21059118	29	3.4	29	78	11	116	30	22	2	43	1.68
21059017--21059147	59	2.2	61	81	6	162	29	25	3	41	1.70
21059478--21059519	21	2.0	22	90	4	68	78	7	4	9	1.08
21059618--21059716	6	16.0	6	74	16	78	75	0	24	0	0.80
21059618--21059715	31	3.0	31	82	17	128	75	0	24	0	0.80
21059634--21059716	42	1.9	45	87	7	127	75	0	24	0	0.80
21059620--21059716	21	4.4	21	79	7	95	76	0	23	0	0.79
21059933--21059959	12	2.2	12	100	0	54	25	51	22	0	1.48
21060008--21060047	10	3.9	10	87	6	62	85	0	15	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21060008--21060048	21	2.0	21	95	0	73	82	0	17	0	0.66
21060359--21060403	21	2.1	21	91	0	72	37	8	8	44	1.67
21060634--21060942	18	16.9	18	70	19	160	30	13	11	45	1.77
21060558--21060942	35	10.6	35	73	13	228	29	13	10	46	1.76
21060742--21060941	18	11.4	17	75	14	174	29	14	10	46	1.77
21062869--21063329	44	10.6	43	75	8	274	30	18	23	28	1.97
21062871--21063204	133	2.5	133	81	5	383	30	18	23	28	1.97
21062859--21063329	177	2.7	177	87	3	652	30	17	23	27	1.97
21062871--21063290	133	3.2	130	80	7	365	30	18	24	27	1.98
21063097--21063337	127	1.9	129	80	10	285	28	17	26	28	1.97
21070105--21070255	11	13.8	11	65	28	58	45	2	2	49	1.30
21070124--21070263	74	1.9	74	88	2	210	45	2	3	48	1.34
21070682--21070714	14	2.2	16	89	10	52	27	24	6	42	1.78
21072702--21072780	25	2.9	27	82	14	92	37	1	12	48	1.50
21074674--21074858	51	3.6	51	79	3	187	24	15	27	32	1.95
21074862--21074953	45	2.0	45	93	0	157	26	18	23	31	1.97
21083789--21083841	11	4.6	11	76	15	54	28	5	5	60	1.42
21088491--21088527	15	2.4	16	91	8	60	72	13	0	13	1.11
21089469--21089510	13	3.0	14	75	10	50	64	0	21	14	1.29
21091138--21091183	23	2.0	23	95	0	83	36	21	23	17	1.94
21091167--21091524	50	7.2	49	71	5	218	33	23	18	24	1.97
21091160--21091524	100	3.7	99	86	2	471	33	23	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21093130--21093182	11	4.6	11	76	15	54	28	5	5	60	1.42
21098449--21098604	43	3.7	43	75	10	158	25	16	26	31	1.97
21098449--21098608	84	1.9	84	84	2	214	25	16	26	31	1.96
21102046--21102257	40	5.3	40	81	7	252	23	19	28	28	1.98
21102044--21102257	80	2.7	79	89	3	324	22	19	28	28	1.98
21106331--21106409	20	4.0	20	67	0	68	17	20	22	39	1.92
21106314--21106411	40	2.5	40	81	0	106	19	18	22	39	1.92
21111147--21111188	22	1.9	22	85	0	57	45	7	7	40	1.59
21116842--21116893	25	2.1	25	85	0	68	17	17	21	44	1.87
21128598--21128755	79	2.0	79	100	0	316	40	20	16	22	1.91
21136670--21136738	31	2.3	30	80	7	77	42	20	13	24	1.87
21138536--21138659	34	3.6	34	81	5	144	40	0	15	44	1.46
21138536--21138670	35	3.9	34	79	10	141	41	0	14	44	1.44
21138749--21139071	124	2.6	124	86	4	425	37	14	18	30	1.90
21140861--21140911	24	2.1	24	81	0	57	19	19	35	25	1.95
21145020--21145115	29	3.3	29	82	8	97	34	7	1	57	1.33
21145128--21145157	14	2.2	13	94	5	51	33	0	0	66	0.92
21154022--21154072	27	2.0	27	84	7	70	19	21	21	37	1.95
21160536--21160595	31	1.9	31	86	0	84	30	5	5	60	1.40
21161818--21161869	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
21161960--21162018	29	2.0	29	93	0	100	33	32	10	23	1.88
21165470--21165522	24	2.2	24	86	3	70	54	7	3	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21165849--21165888	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
21165821--21165873	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23
21165899--21166038	59	2.4	59	97	0	262	39	3	9	47	1.53
21166020--21166047	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
21166144--21166196	26	2.0	28	82	14	67	58	1	0	39	1.09
21167046--21167080	19	1.9	19	88	11	56	45	5	8	40	1.58
21169100--21169152	25	2.1	25	86	13	74	41	0	0	58	0.98
21169108--21169171	11	5.3	12	74	24	55	42	0	0	57	0.98
21169758--21169802	16	2.8	17	83	12	51	57	2	0	40	1.11
21169882--21169948	22	3.0	21	74	10	53	52	1	0	46	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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