genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  202  of  221  ( 26413 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59325901--59326158	25	10.1	23	74	16	158	45	20	1	32	1.62
59332008--59332160	43	3.5	43	81	6	166	28	18	26	25	1.98
59333109--59333166	22	2.6	22	78	5	64	58	8	13	18	1.61
59334739--59334806	24	2.8	25	77	20	74	22	11	4	61	1.47
59348523--59348568	16	2.9	16	76	0	56	43	4	26	26	1.73
59353808--59353935	63	2.0	62	82	5	150	19	17	25	37	1.93
59355726--59355781	26	2.2	26	90	6	87	41	25	21	12	1.88
59357211--59357276	24	2.7	26	73	20	70	65	3	4	27	1.27
59358926--59359193	87	3.1	87	88	1	369	25	23	21	30	1.99
59360412--59360449	7	5.4	7	87	9	51	13	18	0	68	1.21
59360800--59360834	6	5.8	6	90	9	54	0	20	0	80	0.72
59360887--59360990	6	16.8	6	76	13	61	13	7	9	69	1.37
59364839--59364868	15	2.0	15	100	0	60	33	6	33	26	1.83
59386336--59386368	15	2.2	15	100	0	66	27	21	24	27	1.99
59396797--59396849	27	2.0	27	100	0	106	43	11	15	30	1.81
59401479--59401506	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
59401899--59401935	18	1.9	19	89	10	58	32	8	5	54	1.53
59402081--59402133	19	2.7	19	82	11	54	22	1	11	64	1.36
59402171--59402241	35	2.0	36	86	5	101	47	15	0	36	1.46
59405601--59405642	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
59406631--59406659	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
59406660--59406845	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59410309--59410374	33	2.0	33	100	0	132	33	12	27	27	1.92
59411119--59411304	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
59415221--59415257	18	1.9	19	89	10	58	32	8	5	54	1.53
59415403--59415455	21	2.7	19	85	11	63	24	1	9	64	1.34
59415539--59415595	26	2.1	27	90	3	89	52	12	0	35	1.39
59415682--59415715	18	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
59416529--59416580	22	2.3	22	77	9	52	50	5	1	42	1.37
59417175--59417328	29	5.3	29	93	1	263	40	9	0	50	1.36
59417175--59417328	59	2.6	59	93	1	265	40	9	0	50	1.36
59417440--59417475	12	3.0	12	100	0	72	0	66	8	25	1.19
59417491--59417563	30	2.4	31	88	4	103	8	53	4	34	1.50
59419048--59419112	31	2.1	31	94	0	112	43	21	10	24	1.84
59420218--59420290	33	2.2	33	100	0	146	39	19	10	30	1.86
59420251--59420368	22	5.4	22	81	0	137	42	20	10	27	1.84
59420227--59420423	55	3.8	54	74	15	182	41	18	11	28	1.85
59420317--59420389	33	2.2	33	80	7	85	41	19	10	28	1.85
59420284--59420433	77	1.9	78	90	1	239	42	20	10	27	1.85
59420331--59420379	11	4.5	11	77	10	55	44	18	4	32	1.68
59420274--59420379	44	2.4	44	85	3	133	43	19	9	27	1.82
59420364--59420433	22	3.2	22	89	0	104	38	18	11	31	1.86
59420331--59420401	33	2.2	33	89	0	106	42	18	7	32	1.77
59420314--59420423	55	2.0	55	92	0	184	41	18	10	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59424153--59424188	15	2.5	14	86	8	54	44	2	8	44	1.48
59427152--59427188	10	3.9	9	86	13	56	21	2	0	75	0.92
59427148--59427179	16	1.9	17	93	6	57	21	3	0	75	0.95
59427151--59427207	20	2.9	20	82	12	66	19	5	0	75	0.99
59428230--59428276	17	2.8	17	87	3	60	76	2	0	21	0.89
59430829--59430868	15	2.7	15	84	0	53	17	12	27	42	1.85
59448658--59448706	25	1.9	26	91	4	82	14	26	2	57	1.48
59453819--59453923	41	2.5	41	89	1	147	24	27	20	27	1.99
59456402--59456568	39	4.2	39	79	12	158	20	21	20	37	1.94
59456429--59456607	45	4.1	45	83	8	217	20	20	20	39	1.93
59456412--59456612	84	2.4	84	87	0	269	20	21	20	37	1.95
59456412--59456612	45	4.9	39	77	14	179	20	21	20	37	1.95
59457231--59457321	41	2.2	41	94	0	155	20	28	21	28	1.99
59459101--59459154	24	2.3	23	84	9	65	44	7	1	46	1.42
59464744--59464865	40	3.1	40	93	1	210	31	2	31	35	1.71
59465206--59465253	24	2.0	24	87	0	69	58	8	16	16	1.61
59466843--59466897	21	2.7	21	91	5	87	36	18	10	34	1.86
59467307--59467346	20	2.1	19	85	4	53	62	0	2	35	1.09
59468913--59468958	23	2.0	24	86	4	67	19	8	17	54	1.68
59475843--59475892	12	4.1	12	75	14	57	54	10	2	34	1.45
59484772--59484820	24	2.0	24	96	0	89	34	8	20	36	1.82
59496022--59496047	7	3.7	7	100	0	52	30	0	23	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59499133--59499189	15	3.5	15	71	17	51	47	3	1	47	1.29
59499341--59499399	31	1.9	31	82	6	75	47	0	0	52	1.00
59506295--59506350	28	2.0	28	82	3	67	48	1	3	46	1.30
59506759--59506792	8	4.2	8	92	0	50	35	0	0	64	0.94
59531411--59531448	17	2.2	18	85	4	51	2	13	2	81	0.90
59531582--59531617	13	2.8	13	86	0	54	63	16	13	5	1.47
59532705--59532768	31	2.1	31	85	5	85	40	1	1	56	1.18
59538279--59538322	19	2.4	18	88	3	61	52	0	0	47	1.00
59541751--59541865	60	1.9	59	87	1	167	35	6	16	40	1.75
59543164--59543216	23	2.3	23	93	0	88	41	22	9	26	1.84
59548043--59548103	29	2.1	28	81	3	68	24	14	16	44	1.85
59548340--59548454	51	2.3	51	95	0	203	27	29	0	42	1.56
59548377--59548458	22	3.4	22	67	20	56	28	24	0	47	1.52
59548456--59548516	11	5.6	11	68	3	52	37	0	0	62	0.96
59548455--59548522	31	2.2	31	92	7	111	36	0	0	63	0.95
59549416--59549440	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
59550092--59550126	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
59550530--59550715	25	7.7	25	64	22	85	38	3	14	44	1.62
59550528--59550712	71	2.6	71	95	0	334	37	3	14	44	1.62
59550711--59550763	23	2.7	18	72	25	52	50	18	0	30	1.47
59550733--59551134	29	13.6	29	89	5	608	43	26	0	29	1.60
59550718--59550834	29	4.5	23	74	23	99	41	27	0	29	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59550718--59550765	23	2.1	23	100	0	96	45	25	0	29	1.53
59550886--59550972	23	3.3	23	69	29	66	41	28	2	27	1.68
59551183--59551207	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
59554305--59554653	124	2.8	124	95	0	626	32	20	16	30	1.95
59559478--59560024	183	3.0	183	94	0	923	35	15	25	24	1.94
59564555--59564613	22	2.7	22	78	19	61	18	10	6	64	1.46
59565105--59565160	21	2.7	21	85	0	76	26	7	35	30	1.83
59565270--59565325	18	3.1	18	72	23	55	55	3	1	39	1.28
59573920--59574003	43	2.0	43	90	6	136	36	3	15	44	1.64
59577015--59577057	21	2.0	22	90	4	70	44	25	0	30	1.55
59580623--59580665	21	2.0	22	86	13	63	34	9	6	48	1.62
59585755--59585800	13	3.5	13	80	14	58	39	0	2	58	1.10
59587322--59587380	3	19.7	3	83	13	77	32	1	3	62	1.21
59587406--59587438	16	2.1	16	94	0	57	75	6	15	3	1.11
59598842--59598895	21	2.6	21	88	8	83	29	31	9	29	1.88
59632440--59632503	30	2.1	31	91	2	103	28	23	6	42	1.78
59632682--59632706	13	1.9	13	100	0	50	48	16	8	28	1.74
59637087--59637153	30	2.2	31	89	5	102	29	19	5	44	1.74
59640008--59640317	69	4.5	68	80	6	342	60	3	7	27	1.41
59640008--59640415	69	6.1	67	76	12	333	59	3	7	29	1.41
59640001--59640322	134	2.4	135	84	5	389	60	4	7	28	1.42
59640002--59640433	134	3.2	130	80	12	355	59	3	7	29	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59640305--59640450	57	2.5	58	79	8	163	58	2	6	32	1.36
59642189--59642288	45	2.2	45	81	0	119	35	26	8	31	1.85
59642270--59642598	51	6.7	51	73	9	270	34	17	13	34	1.90
59642225--59642451	96	2.4	96	84	1	258	33	19	14	33	1.91
59642267--59642453	96	1.9	96	89	0	284	32	17	14	35	1.91
59642281--59642649	147	2.6	144	80	6	406	34	17	14	33	1.90
59642424--59642643	96	2.3	95	85	5	300	35	19	14	31	1.91
59644674--59644746	19	3.8	19	92	0	128	38	9	15	36	1.80
59645384--59645429	20	2.3	20	84	0	65	36	8	0	54	1.32
59645367--59645527	52	3.2	49	72	18	161	34	8	3	52	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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