genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8881437--8881483	19	2.4	19	79	10	51	61	0	4	34	1.15
8881437--8881490	20	2.7	20	80	11	56	62	0	3	33	1.12
8881539--8881578	19	2.1	19	86	9	55	25	7	0	67	1.16
8881678--8881725	19	2.5	19	79	0	51	25	4	0	70	1.04
8900108--8900159	19	2.7	19	81	0	59	28	21	25	25	1.99
8904486--8904536	19	2.8	18	80	8	59	64	1	5	27	1.27
8904481--8904542	25	2.5	24	80	10	63	61	3	4	30	1.33
8909161--8909237	29	2.5	31	74	18	81	46	10	12	29	1.76
8910252--8910323	34	2.1	34	97	0	135	34	23	11	30	1.90
8910887--8910947	3	19.3	3	74	15	52	59	3	1	36	1.24
8910904--8910933	16	1.9	15	93	6	51	63	3	0	33	1.11
8911960--8912013	24	2.2	24	75	12	56	42	0	1	55	1.10
8912858--8912909	24	2.2	24	85	0	68	44	9	7	38	1.66
8914177--8914226	9	5.6	9	80	0	55	42	18	10	30	1.82
8914196--8914237	18	2.3	18	83	0	57	35	23	11	28	1.91
8915030--8915093	28	2.4	28	89	5	105	42	7	0	50	1.31
8915141--8915226	27	3.2	26	83	3	100	27	24	27	19	1.99
8915530--8915595	19	3.5	19	79	4	89	37	10	1	50	1.47
8915821--8915916	19	5.2	19	81	5	124	48	0	13	37	1.43
8915821--8915916	37	2.6	37	98	0	183	48	0	13	37	1.43
8916540--8916604	27	2.4	28	94	2	114	53	0	4	41	1.21
8922097--8922156	30	2.0	30	83	0	75	50	3	10	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8922545--8922882	101	3.1	102	84	11	410	43	2	5	49	1.37
8922646--8922922	120	2.3	120	89	3	432	43	2	4	49	1.37
8923059--8923156	45	2.2	45	87	5	137	33	29	5	31	1.79
8928260--8928359	40	2.4	41	80	6	114	28	21	24	27	1.99
8929163--8929450	97	3.0	95	87	3	391	40	17	1	40	1.58
8935113--8935138	12	2.2	12	100	0	52	38	7	0	53	1.30
8941789--8941827	21	1.9	21	84	5	53	48	7	0	43	1.31
8954283--8955334	211	5.0	213	78	6	1070	33	21	16	28	1.94
8954283--8955311	420	2.4	423	80	6	1176	34	21	16	28	1.95
8956909--8956947	15	2.5	15	87	8	51	33	0	7	58	1.26
8961644--8961963	27	11.9	27	78	2	256	21	15	20	43	1.88
8966363--8966406	22	2.0	22	86	8	63	47	4	0	47	1.22
8974906--8974955	25	2.0	27	88	11	79	52	0	6	42	1.26
8975858--8975973	43	2.7	43	74	15	121	22	18	28	31	1.97
8982931--8983085	41	3.8	41	90	0	256	21	21	27	29	1.98
8983440--8983484	14	3.1	15	87	9	67	26	0	35	37	1.57
8983776--8983819	14	3.1	14	81	12	54	20	2	40	36	1.65
8984119--8984291	50	3.3	50	83	12	247	54	0	4	40	1.21
8984136--8984214	23	3.3	23	76	13	95	55	0	6	37	1.25
8984265--8984353	35	2.6	36	80	7	121	52	0	3	43	1.17
8984171--8984332	58	2.8	58	95	1	290	53	0	4	41	1.22
8986684--8986779	27	3.5	27	70	14	72	67	3	2	27	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8988762--8989182	43	9.8	42	86	1	493	23	16	30	28	1.96
8988762--8989162	129	3.1	128	87	3	556	22	16	31	29	1.96
8989566--8989641	19	3.7	19	73	22	64	53	0	1	44	1.08
8989579--8989646	28	2.5	25	76	21	66	54	0	1	44	1.09
8989661--8989685	12	2.1	12	100	0	50	24	0	32	44	1.54
8989968--8990007	9	4.4	9	87	9	55	67	0	30	2	1.04
8990377--8990410	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
8991739--8991790	26	2.0	26	96	0	95	32	3	32	30	1.76
8998756--8998790	17	2.0	17	88	5	52	51	0	0	48	1.00
8998770--8998794	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9000713--9000811	44	2.2	44	81	0	117	16	26	15	42	1.87
9002463--9002509	20	2.4	20	85	3	69	34	6	8	51	1.58
9003084--9003178	40	2.4	41	84	7	115	37	22	21	18	1.94
9003214--9003355	41	3.5	41	90	3	232	17	17	31	33	1.94
9003388--9003715	162	2.1	157	88	2	485	24	1	26	47	1.59
9004243--9004268	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
9004348--9005007	253	2.6	254	88	0	955	39	15	17	27	1.90
9005778--9006021	122	2.0	122	91	1	391	33	20	17	28	1.95
9007906--9008026	43	2.8	43	84	1	154	28	18	29	23	1.98
9008028--9008132	38	2.7	37	78	10	102	24	17	31	26	1.97
9016178--9016296	62	2.0	59	88	5	175	42	4	4	49	1.41
9026824--9026859	18	1.9	19	88	5	56	25	0	11	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9029721--9029768	23	2.0	24	92	4	80	50	2	0	47	1.12
9029728--9029782	23	2.5	21	80	13	65	50	1	3	43	1.30
9029757--9029797	16	2.6	16	88	7	57	43	2	9	43	1.50
9029870--9029897	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
9029786--9029995	68	3.1	68	94	1	361	40	4	8	45	1.56
9030062--9030105	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
9034623--9034871	97	2.6	97	92	0	399	36	18	12	32	1.89
9039636--9039706	28	2.7	26	81	12	67	39	4	2	53	1.35
9040430--9040531	11	9.5	11	75	12	88	22	30	1	45	1.64
9042373--9042415	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
9042671--9042720	21	2.4	22	80	16	61	30	42	24	4	1.73
9046050--9046468	126	3.3	126	92	1	705	25	22	20	31	1.98
9046505--9046824	91	3.4	92	86	3	399	37	18	3	40	1.66
9046621--9046762	46	3.1	45	67	17	130	34	17	2	45	1.63
9047237--9047281	21	2.0	23	91	8	76	66	4	4	24	1.29
9058352--9058376	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
9059266--9059389	42	3.0	41	88	8	173	29	28	16	25	1.97
9063525--9063549	8	3.1	8	100	0	50	36	12	0	52	1.39
9063707--9063759	12	4.8	11	73	17	56	35	1	1	60	1.19
9064639--9064690	16	3.2	16	76	10	52	28	0	17	53	1.44
9065045--9065108	29	2.2	30	80	8	69	48	6	3	42	1.44
9070141--9070184	24	1.9	24	86	9	65	31	6	18	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9077452--9077513	32	1.9	33	87	9	92	64	4	9	20	1.42
9077628--9077670	21	2.1	20	83	12	52	76	2	9	11	1.10
9077560--9077681	63	2.0	62	95	4	219	66	8	12	13	1.44
9078210--9078284	38	2.0	38	84	5	98	38	13	16	32	1.87
9086937--9086988	27	1.9	27	88	0	77	65	1	3	28	1.21
9091733--9091797	30	2.2	30	78	13	73	32	9	3	55	1.47
9093803--9093871	18	3.8	18	80	0	84	11	44	4	39	1.61
9096001--9096028	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
9096433--9096472	14	2.9	14	85	10	55	47	15	2	35	1.58
9099406--9099454	25	2.0	25	87	0	71	53	10	6	30	1.59
9099411--9099463	25	2.2	24	83	6	63	52	9	7	30	1.61
9100173--9100212	20	2.0	20	85	9	55	12	40	37	10	1.77
9101052--9101157	50	2.1	50	82	6	126	25	20	22	31	1.98
9101362--9101730	132	2.8	132	88	2	544	25	25	19	30	1.98
9104236--9104341	55	1.9	55	94	0	185	18	19	18	42	1.90
9117749--9117799	18	2.8	19	71	14	54	39	13	1	45	1.55
9117733--9117799	35	1.9	35	93	0	116	38	13	1	46	1.52
9123443--9123469	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
9125441--9125479	13	2.7	15	80	11	55	56	5	33	5	1.43
9126855--9126910	28	2.0	28	89	0	85	57	7	32	3	1.43
9127800--9127878	28	2.8	28	88	11	126	60	8	30	0	1.27
9127800--9127872	9	8.0	9	71	18	53	58	9	31	0	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9131796--9131824	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
9132174--9132395	117	1.9	117	85	6	306	43	2	9	44	1.52
9133156--9133181	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
9133807--9133838	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
9141244--9141289	23	2.0	23	91	0	74	28	6	23	41	1.79
9153808--9153855	23	2.1	23	84	0	60	10	16	2	70	1.24
9154773--9154805	14	2.3	15	89	5	50	78	0	21	0	0.75
9155102--9155178	29	2.5	31	83	4	95	48	15	9	27	1.75
9155135--9155198	29	2.1	29	82	5	74	53	15	9	21	1.70
9157106--9157187	3	27.3	3	100	0	164	0	34	0	65	0.93

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