genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  70  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20370316--20370582	92	2.8	91	76	7	275	50	10	11	26	1.72
20370872--20370973	46	2.1	48	92	5	172	47	6	0	46	1.29
20374640--20374692	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
20379954--20379992	3	13.0	3	88	0	60	38	0	33	28	1.57
20380323--20380422	44	2.3	43	84	5	121	22	16	31	31	1.95
20380347--20380557	43	4.7	43	75	13	183	23	18	30	27	1.98
20380363--20380552	95	2.0	95	87	2	274	24	18	31	25	1.97
20384298--20384322	13	1.9	13	100	0	50	76	0	16	8	1.02
20385418--20385466	24	2.0	25	92	8	82	8	10	8	73	1.25
20385454--20385504	21	2.5	20	79	14	59	5	9	3	80	1.01
20389440--20389526	25	3.5	25	79	3	95	19	24	24	32	1.98
20396336--20396411	35	2.2	35	88	4	109	75	6	10	7	1.20
20398338--20398429	23	3.9	23	73	15	80	21	26	20	31	1.98
20398349--20398406	23	2.5	23	91	0	89	20	29	17	32	1.95
20416664--20416707	14	2.9	15	86	10	54	27	0	4	68	1.09
20416663--20416714	21	2.6	19	77	19	52	26	0	7	65	1.20
20417618--20417981	41	8.9	41	91	0	532	20	23	27	28	1.99
20418689--20418720	15	2.1	16	94	5	57	21	0	31	46	1.52
20419198--20419248	22	2.3	22	82	0	66	21	1	47	29	1.62
20419795--20419819	13	1.9	13	100	0	50	8	8	32	52	1.60
20421788--20422292	252	2.0	252	98	0	983	26	11	22	39	1.88
20423400--20423453	28	1.9	28	85	7	74	29	11	27	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20423400--20423460	28	2.2	28	82	5	70	31	9	26	32	1.89
20425114--20425318	43	4.8	42	85	3	248	23	15	32	28	1.95
20425114--20425352	85	2.8	84	77	6	257	23	16	31	28	1.96
20427864--20427892	12	2.4	12	100	0	58	34	27	10	27	1.89
20439535--20439566	15	2.1	15	94	0	55	65	28	6	0	1.16
20450208--20450306	28	3.5	29	86	6	123	29	27	16	27	1.97
20452175--20452200	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
20460384--20460453	37	1.9	35	86	11	97	40	0	4	55	1.19
20460383--20460485	48	2.1	48	82	8	118	39	0	4	54	1.28
20460469--20460585	62	1.9	59	83	8	146	39	4	3	52	1.38
20460757--20460806	23	2.2	23	88	0	73	40	12	10	38	1.76
20466770--20466833	32	2.0	32	93	0	110	46	28	3	21	1.66
20467096--20467159	26	2.5	26	81	0	74	28	23	23	25	2.00
20469131--20469162	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
20470752--20470864	12	9.8	12	71	21	57	39	2	3	53	1.32
20470752--20470868	37	3.3	36	69	20	95	38	3	3	54	1.34
20480255--20480296	22	1.9	22	85	9	59	54	11	4	28	1.57
20488137--20488235	25	4.1	23	72	13	67	31	2	3	63	1.21
20488141--20488177	19	1.9	19	94	0	65	32	0	5	62	1.18
20491886--20491947	30	2.0	31	87	6	90	45	19	6	29	1.75
20492049--20492080	17	1.9	16	93	6	55	28	37	18	15	1.92
20495503--20495585	34	2.5	33	83	11	100	25	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20499331--20499474	72	2.0	72	94	0	252	29	18	21	30	1.97
20515639--20515710	3	24.3	3	82	13	87	34	1	1	62	1.13
20515995--20516030	16	2.2	16	90	0	54	33	11	5	50	1.61
20519268--20519315	24	2.0	24	100	0	96	29	8	20	41	1.81
20521824--20521881	24	2.4	23	77	11	62	32	0	1	65	1.03
20521838--20521893	14	4.0	15	77	13	57	30	0	1	67	1.01
20524578--20524616	20	1.9	20	84	5	51	43	2	0	53	1.14
20524890--20524920	3	10.7	3	93	6	55	67	0	32	0	0.91
20524959--20524997	21	1.9	20	84	5	51	64	2	30	2	1.21
20525198--20525429	76	2.9	79	75	13	235	33	5	12	48	1.63
20527891--20527990	5	20.2	5	83	11	55	46	1	2	51	1.19
20527936--20527989	15	3.6	15	94	0	90	55	0	0	44	0.99
20529078--20529187	22	4.6	25	78	11	83	16	22	20	40	1.91
20529090--20529181	22	4.0	22	80	4	85	15	22	20	41	1.90
20531076--20531181	41	2.6	41	90	0	158	32	25	19	22	1.98
20532989--20533013	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
20538882--20538908	14	1.9	14	100	0	54	14	29	29	25	1.95
20539420--20539449	16	1.9	15	93	6	51	26	3	0	70	1.03
20539398--20539912	157	3.3	159	91	2	831	29	8	7	54	1.58
20540066--20540211	30	5.4	29	74	20	122	63	7	4	24	1.38
20540089--20540155	23	3.0	22	79	14	66	67	5	1	25	1.22
20540062--20540181	38	3.2	36	75	19	120	65	6	3	25	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20540448--20540534	24	3.5	26	71	12	83	2	34	2	60	1.22
20540870--20540894	12	2.1	12	100	0	50	8	16	36	40	1.77
20540903--20541039	40	3.4	39	80	6	141	37	21	20	19	1.94
20541547--20541596	13	3.7	13	75	24	50	16	0	44	40	1.47
20541656--20541730	7	10.7	7	76	0	60	12	0	48	40	1.40
20541677--20541734	21	2.8	21	78	5	73	17	0	48	34	1.47
20541638--20541738	7	14.4	7	71	4	51	15	0	44	39	1.47
20542335--20542391	27	2.1	27	100	0	114	57	3	17	21	1.54
20544644--20544790	5	29.4	5	94	0	159	50	0	10	39	1.36
20544645--20544790	10	14.6	10	97	0	193	50	0	10	39	1.37
20544963--20545033	21	3.4	19	74	14	52	21	2	9	66	1.34
20548589--20548937	43	8.4	43	81	8	364	23	17	31	27	1.97
20548718--20548778	31	2.0	31	93	0	104	22	16	34	26	1.95
20548674--20548821	74	2.0	74	90	5	237	23	16	33	27	1.96
20548624--20548935	117	2.6	119	84	8	378	24	17	31	26	1.97
20548589--20548906	160	2.0	159	84	3	415	24	16	31	27	1.96
20548749--20548937	85	2.2	86	91	0	299	22	19	31	26	1.97
20551618--20551713	44	2.2	44	96	0	174	42	7	20	29	1.79
20559565--20559711	61	2.5	59	82	9	183	54	3	0	41	1.22
20561899--20561960	24	2.8	22	71	9	54	64	6	16	12	1.47
20564182--20564897	239	3.0	239	98	0	1378	24	16	18	41	1.90
20579960--20580016	25	2.3	25	84	0	69	40	12	5	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20580277--20580345	23	3.0	23	89	4	104	36	17	24	21	1.95
20585331--20585376	7	6.7	7	95	5	85	86	0	13	0	0.56
20585331--20585394	13	4.8	13	84	9	85	84	4	10	0	0.76
20585676--20585732	27	2.1	27	83	6	71	14	14	0	71	1.14
20588533--20588576	12	3.5	12	84	6	52	72	2	2	22	1.07
20588528--20588576	19	2.5	20	77	9	57	73	2	4	20	1.10
20592762--20592917	71	2.2	72	90	2	244	28	26	17	27	1.98
20592877--20592929	27	2.0	27	88	0	79	24	26	20	28	1.99
20603118--20603233	44	2.6	44	95	0	214	31	3	20	43	1.68
20606129--20606280	68	2.2	68	85	0	205	21	23	19	34	1.96
20608927--20609013	38	2.3	38	80	4	86	21	21	25	31	1.98
20608964--20609065	38	2.7	38	80	3	98	24	15	24	35	1.94
20610052--20610167	61	1.9	58	81	11	137	50	4	5	40	1.44
20613456--20613484	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
20614107--20614137	15	2.1	15	93	0	53	54	3	0	41	1.16
20621854--20622201	50	7.0	50	87	1	484	22	30	21	25	1.98
20622772--20622817	22	2.1	21	81	18	51	32	19	8	39	1.82
20624849--20624887	19	2.1	19	85	4	53	43	15	2	38	1.60
20625399--20625454	18	3.4	18	64	31	52	26	21	1	50	1.59
20625462--20625487	6	4.3	6	100	0	52	19	15	0	65	1.27
20625560--20625625	22	3.0	22	88	0	96	39	18	27	15	1.90
20626658--20626693	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20626963--20627053	25	3.6	25	90	0	128	36	15	26	21	1.93
20628056--20628102	23	2.0	23	91	0	76	42	10	4	42	1.59
20638880--20639405	49	10.9	49	94	2	892	32	8	29	29	1.87
20638880--20639405	145	3.7	143	95	2	894	32	8	29	29	1.87
20652480--20652521	21	2.0	21	90	9	68	23	9	4	61	1.45
20658465--20658527	29	2.1	29	82	11	74	34	6	11	47	1.64
20658735--20658776	21	2.0	21	86	4	59	9	30	2	57	1.44
20664044--20664117	29	2.5	29	76	14	71	44	12	16	27	1.82
20668675--20668720	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
20674821--20674861	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221