genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11403801--11403841	20	2.0	20	90	0	64	31	9	9	48	1.69
11403892--11403963	13	5.9	13	70	15	64	38	23	5	31	1.78
11403898--11403970	34	2.1	34	100	0	146	43	23	5	27	1.75
11406230--11406269	16	2.4	16	87	4	53	55	0	2	42	1.13
11409188--11409319	50	2.7	48	87	7	151	28	22	28	20	1.99
11418728--11418754	11	2.5	11	100	0	54	85	7	0	7	0.75
11421363--11421395	17	1.9	17	93	0	57	30	24	12	33	1.91
11426290--11426415	66	1.9	66	86	3	182	24	25	23	26	2.00
11428927--11429109	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
11428906--11429109	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
11431262--11431381	54	2.2	53	85	5	152	26	25	15	32	1.96
11431273--11431382	27	4.1	27	81	9	134	26	23	15	34	1.94
11432535--11432592	29	2.0	29	100	0	116	27	31	17	24	1.97
11435500--11435546	21	2.2	21	88	7	69	27	31	10	29	1.90
11441914--11441953	12	3.4	12	86	3	55	20	25	0	55	1.44
11441924--11441963	18	2.3	17	91	4	62	20	25	0	55	1.44
11453808--11453851	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
11463542--11463605	21	2.8	22	74	11	58	12	20	20	46	1.82
11468185--11468232	24	2.0	24	88	8	71	37	0	0	62	0.95
11469425--11469464	13	3.0	14	82	17	50	42	2	0	55	1.13
11469558--11469613	15	3.7	15	73	20	53	46	0	0	53	1.00
11469494--11469605	21	5.1	22	65	25	60	45	0	2	51	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11470458--11470491	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
11473504--11473530	5	5.4	5	100	0	54	0	40	0	59	0.98
11474944--11475010	35	1.9	35	93	0	116	34	37	8	19	1.83
11474944--11475045	35	2.9	36	83	8	88	35	38	7	18	1.80
11475356--11475559	102	2.0	104	79	5	227	35	7	7	50	1.58
11475943--11475981	21	1.9	20	94	5	69	41	0	0	58	0.98
11475976--11476014	13	2.9	13	88	7	60	43	5	12	38	1.65
11475978--11476052	29	2.6	27	76	12	69	46	5	10	37	1.61
11476501--11476707	35	6.1	35	80	6	219	19	21	16	42	1.90
11476501--11476697	67	2.9	68	83	6	231	19	22	17	40	1.91
11476501--11476707	102	2.0	102	89	0	315	19	21	16	42	1.90
11479500--11479544	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
11484984--11485180	67	2.9	66	81	5	200	41	17	22	18	1.90
11484984--11485180	35	5.8	35	80	5	199	41	17	22	18	1.90
11484974--11485180	102	2.0	102	90	0	324	42	16	21	18	1.89
11486037--11486113	7	10.7	7	85	2	100	45	36	0	18	1.49
11490885--11490965	9	9.4	9	68	10	62	49	0	2	48	1.14
11490864--11490963	25	3.3	32	73	26	110	48	0	3	49	1.16
11490894--11490954	25	2.4	25	100	0	122	45	0	3	50	1.17
11492640--11492676	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
11492932--11493015	43	1.9	44	90	2	134	44	3	38	14	1.62
11506030--11506219	98	1.9	98	97	0	362	36	22	7	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11507916--11507993	29	2.7	29	73	15	81	19	21	10	48	1.78
11517292--11517430	33	4.2	33	90	1	208	39	33	11	15	1.84
11525043--11525096	26	2.1	26	100	0	108	37	14	29	18	1.91
11531696--11531790	41	2.3	41	78	3	111	23	13	26	36	1.92
11531608--11531790	82	2.2	80	79	9	199	21	15	26	36	1.93
11532797--11532871	16	4.9	15	83	4	96	24	2	41	32	1.69
11532797--11532871	31	2.4	31	93	0	123	24	2	41	32	1.69
11532847--11532894	22	2.2	21	82	10	60	20	2	47	29	1.61
11532797--11532894	15	6.5	15	77	9	76	22	2	42	32	1.65
11538302--11538472	66	2.6	65	87	4	227	40	18	26	14	1.89
11538443--11538555	42	2.7	42	84	0	136	35	15	41	7	1.76
11538454--11538555	21	4.9	21	80	0	105	35	15	42	6	1.74
11538904--11539068	86	1.9	86	83	0	213	26	16	29	27	1.97
11538904--11539068	43	3.9	42	82	6	163	26	16	29	27	1.97
11539510--11539698	50	3.7	50	78	8	166	28	20	26	24	1.99
11559607--11559852	50	4.8	50	77	6	201	29	20	26	23	1.99
11564429--11564529	45	2.2	45	85	0	139	14	4	23	56	1.58
11564444--11564542	45	2.2	45	85	0	126	19	4	18	58	1.54
11566527--11566671	51	2.9	51	82	7	179	24	15	29	31	1.95
11580721--11580764	21	2.1	21	100	0	88	4	13	13	68	1.36
11581695--11581719	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
11584577--11584610	16	2.1	17	88	5	52	32	20	26	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11586196--11586275	5	15.8	5	75	17	60	82	2	15	0	0.77
11586196--11586276	14	6.2	13	82	13	96	82	2	14	0	0.77
11586196--11586276	17	4.6	17	76	14	76	82	2	14	0	0.77
11586197--11586270	35	2.1	34	87	7	105	82	2	14	0	0.78
11586196--11586276	40	2.1	39	86	11	112	82	2	14	0	0.77
11586208--11586277	6	11.0	6	77	17	70	80	2	17	0	0.84
11586597--11586808	108	2.0	104	86	3	289	25	17	8	47	1.76
11587790--11588661	46	19.4	46	86	4	1190	27	15	25	31	1.96
11588177--11588249	36	2.0	36	91	0	119	32	9	28	28	1.89
11588445--11588515	36	2.0	36	88	0	106	32	12	28	26	1.93
11588969--11589202	44	5.8	41	69	21	129	29	21	20	27	1.98
11588969--11589252	41	7.0	43	72	17	180	30	22	20	27	1.98
11589011--11589221	115	1.8	115	95	0	386	29	23	18	27	1.98
11591180--11591376	98	2.0	98	94	2	342	38	24	9	28	1.86
11593611--11594629	218	4.7	218	92	0	1635	26	22	20	29	1.99
11593842--11594618	45	17.7	45	68	16	172	26	23	20	29	1.99
11593615--11594616	44	22.9	44	68	15	401	26	22	20	29	1.99
11593613--11594629	438	2.3	436	90	0	1622	26	23	20	29	1.99
11605690--11605907	119	1.8	120	84	6	300	26	27	21	25	1.99
11605671--11605910	40	6.0	40	84	6	283	25	27	21	25	1.99
11613720--11613963	40	6.1	40	84	6	282	25	27	21	25	2.00
11617357--11617553	98	2.0	98	94	2	342	38	24	9	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11632317--11632357	16	2.6	16	76	0	55	43	4	21	29	1.73
11632317--11632378	32	1.9	32	83	0	79	45	4	20	29	1.72
11638258--11638330	31	2.3	31	81	6	76	30	1	10	57	1.41
11651144--11651178	17	2.1	17	94	0	61	62	0	0	37	0.95
11651147--11651199	17	3.1	17	81	7	54	73	1	0	24	0.93
11663543--11663573	12	2.7	11	95	5	53	29	0	9	61	1.28
11664934--11664975	20	2.1	20	100	0	84	35	14	9	40	1.78
11667914--11667951	19	2.0	19	90	10	60	15	15	0	68	1.22
11671801--11671847	21	2.2	21	82	10	60	53	6	10	29	1.60
11673606--11673655	17	3.0	17	77	11	59	54	4	2	40	1.31
11674163--11674194	9	3.4	9	95	4	55	21	0	3	75	0.95
11675012--11675064	12	4.4	12	80	0	61	30	26	3	39	1.74
11675012--11675064	18	2.9	18	82	0	70	30	26	3	39	1.74
11676856--11676882	6	4.5	6	100	0	54	14	14	33	37	1.88
11683202--11683243	19	2.1	21	91	8	70	73	2	7	16	1.15
11688314--11688436	54	2.3	54	78	0	129	24	26	29	20	1.99
11690711--11690800	35	2.6	35	83	0	117	24	13	18	43	1.86
11694040--11694089	18	2.8	18	81	6	57	32	10	20	38	1.85
11696327--11696378	22	2.4	22	90	0	86	42	13	23	21	1.88
11698449--11698495	25	2.0	25	83	8	62	61	4	2	31	1.27
11705713--11705780	3	22.3	3	75	8	57	33	2	1	61	1.20
11706415--11706448	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11713280--11713321	13	3.2	13	82	3	57	40	0	2	57	1.12
11713287--11713341	24	2.4	22	77	17	58	45	1	1	50	1.22
11719656--11719722	23	3.0	23	75	16	70	47	0	1	50	1.10
11725773--11725825	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
11725929--11725986	9	6.4	9	84	7	82	27	10	20	41	1.85
11728596--11728643	19	2.5	20	82	3	62	60	6	8	25	1.49
11736104--11736153	20	2.5	19	87	6	64	56	4	10	30	1.51
11739286--11739415	53	2.4	53	78	14	133	35	3	0	61	1.12
11739329--11739445	50	2.3	53	82	10	136	29	1	0	68	1.00
11739334--11739428	38	2.6	37	72	9	86	32	2	0	65	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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