genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18573664--18573861	85	2.4	84	91	1	317	23	16	25	34	1.95
18591152--18591211	21	2.9	21	77	5	68	11	21	18	48	1.80
18594599--18594701	41	2.5	41	93	0	179	25	27	20	27	1.99
18594597--18594806	41	5.1	41	80	6	156	28	24	18	28	1.98
18596494--18596519	13	2.0	13	100	0	52	61	23	0	15	1.33
18601201--18601252	23	2.3	22	75	21	54	9	21	1	67	1.29
18601246--18601284	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
18604251--18604329	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
18604447--18604888	47	9.4	47	93	0	722	28	30	8	32	1.87
18615669--18615698	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
18623635--18623871	41	5.8	39	77	12	190	30	25	16	27	1.97
18623634--18623874	82	2.9	83	83	3	272	30	25	16	28	1.96
18624898--18625134	41	5.8	39	77	12	190	30	25	16	27	1.97
18624897--18625137	82	2.9	83	83	3	272	30	25	16	28	1.96
18631323--18631502	50	3.7	49	73	13	165	30	21	24	23	1.99
18644591--18644655	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
18650591--18650667	36	2.1	36	100	0	154	23	5	23	48	1.71
18654001--18654246	50	4.9	49	77	7	194	22	27	21	28	1.99
18655377--18655445	35	2.0	35	94	0	120	28	20	27	23	1.99
18659547--18659582	17	2.1	17	89	0	54	61	13	2	22	1.46
18660179--18660235	28	2.0	28	93	0	96	42	19	15	22	1.89
18661400--18661440	13	3.1	14	79	10	50	70	2	0	26	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18662695--18662723	11	2.6	11	100	0	58	37	10	24	27	1.88
18668763--18668791	13	2.2	13	100	0	58	37	6	13	41	1.72
18671868--18672029	35	4.6	35	82	2	155	41	30	10	17	1.83
18678592--18678642	26	2.0	26	88	7	77	35	21	11	31	1.90
18687495--18687668	51	3.4	49	79	3	177	25	16	27	31	1.97
18687671--18687921	41	6.0	41	75	7	236	22	16	23	38	1.93
18687672--18687925	84	3.0	84	86	1	341	22	16	23	37	1.93
18689979--18690188	40	5.3	40	91	1	271	25	20	27	26	1.99
18689926--18690188	120	2.2	120	81	4	300	25	20	27	26	1.99
18689927--18690223	80	3.7	80	81	6	221	26	20	27	25	1.99
18696547--18696731	101	1.8	102	85	3	266	24	15	27	32	1.95
18696544--18696733	51	3.8	50	80	2	227	24	14	27	33	1.94
18696768--18697002	70	3.1	75	79	16	273	20	16	25	37	1.93
18696867--18697015	41	3.6	40	79	7	172	21	16	26	36	1.94
18696860--18697017	84	1.9	84	95	0	289	22	15	25	36	1.94
18698002--18698228	51	4.5	51	72	10	151	26	15	27	30	1.96
18698038--18698226	51	3.7	50	80	2	225	24	16	26	31	1.96
18698261--18698500	76	3.1	77	84	9	340	21	17	24	36	1.95
18698340--18698516	83	2.1	84	91	1	284	22	18	23	35	1.96
18698351--18698513	41	3.9	40	78	13	177	22	17	23	36	1.95
18704504--18704537	11	3.2	11	91	8	61	35	20	8	35	1.84
18710135--18710233	50	2.0	50	97	0	189	27	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18710591--18710620	15	2.0	15	93	0	51	53	3	0	43	1.17
18711081--18711146	33	2.0	33	82	8	82	25	22	18	33	1.97
18713928--18714150	79	2.8	78	82	9	256	24	26	22	26	2.00
18713928--18714150	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
18720312--18720354	18	2.4	18	84	7	52	18	32	0	48	1.48
18720327--18720358	7	4.4	7	96	4	55	18	28	0	53	1.45
18720653--18720805	73	2.1	73	95	1	270	24	18	10	45	1.81
18725228--18725289	26	2.3	27	88	8	90	45	8	0	46	1.32
18725366--18725432	27	2.5	27	90	0	107	28	29	25	16	1.97
18725475--18725612	4	34.0	4	75	17	101	70	0	28	0	0.93
18725506--18725678	44	4.1	43	80	14	191	70	0	28	0	0.92
18725506--18725675	82	2.0	83	86	9	240	70	0	28	0	0.92
18725476--18725678	16	12.2	16	71	22	120	69	0	29	0	0.94
18726462--18726925	159	2.9	156	71	14	388	49	8	12	29	1.70
18732205--18732250	3	15.3	3	100	0	92	67	32	0	0	0.91
18732326--18732364	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
18732515--18732572	27	2.1	27	81	6	64	15	25	29	29	1.96
18732633--18732701	27	2.6	27	86	6	97	44	0	10	44	1.37
18736421--18736479	21	2.9	21	80	9	70	20	23	15	40	1.90
18737696--18737767	20	3.8	19	71	25	64	20	38	0	40	1.53
18737999--18738041	18	2.4	19	80	11	54	39	9	0	51	1.34
18740994--18741120	60	2.1	60	82	2	157	40	12	7	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18741682--18741801	60	2.0	59	85	1	159	40	5	13	40	1.66
18744733--18744777	19	2.4	19	92	3	74	13	15	42	28	1.85
18744993--18745322	27	12.3	27	83	0	383	39	25	16	19	1.91
18746843--18746875	11	2.8	12	86	4	50	33	3	12	51	1.54
18747675--18747711	19	1.9	20	88	5	58	56	5	2	35	1.36
18752688--18752771	27	3.1	27	85	0	96	27	25	10	36	1.89
18761263--18761303	16	2.5	17	80	15	50	41	2	0	56	1.13
18761261--18761313	21	2.4	23	84	12	76	39	1	0	58	1.09
18761279--18761317	5	7.4	5	91	2	51	35	2	0	61	1.10
18768944--18768993	25	2.0	25	84	7	66	34	4	2	60	1.27
18772970--18773094	35	3.5	35	78	1	124	39	33	11	16	1.84
18774315--18774391	26	3.0	26	79	7	84	40	24	19	15	1.90
18774581--18774644	26	2.5	26	80	10	76	37	25	21	15	1.93
18774677--18775551	27	32.5	27	80	7	809	25	15	18	39	1.90
18774704--18775552	215	3.9	215	83	4	1068	25	15	19	39	1.91
18777304--18777541	28	8.5	28	96	0	415	26	11	28	34	1.91
18785621--18785827	28	7.5	28	95	1	355	26	11	27	34	1.91
18785621--18785827	83	2.5	84	93	2	355	26	11	27	34	1.91
18785621--18785827	55	3.7	56	94	1	355	26	11	27	34	1.91
18794598--18794674	38	2.0	39	90	5	122	32	15	10	41	1.81
18794611--18794676	19	3.5	19	69	17	57	34	19	10	34	1.86
18795459--18795502	19	2.4	18	85	7	61	13	11	2	72	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18797120--18797172	22	2.4	21	78	12	54	52	3	1	41	1.30
18805690--18805731	10	4.2	10	100	0	84	40	0	0	59	0.97
18805680--18805751	30	2.3	29	77	15	74	33	1	0	65	1.02
18818091--18818120	13	2.2	14	94	5	53	90	0	10	0	0.47
18818091--18818120	15	2.0	15	93	0	51	90	0	10	0	0.47
18819478--18820268	47	16.6	47	93	2	1167	33	8	28	28	1.87
18825013--18825062	20	2.3	21	86	10	66	58	12	4	26	1.51
18827017--18827061	22	2.1	21	83	4	54	48	8	0	42	1.34
18827238--18827674	149	2.9	149	87	6	648	42	11	3	43	1.57
18829155--18829287	23	5.8	23	79	5	117	37	12	19	30	1.89
18829163--18829287	46	2.7	46	80	4	137	36	13	19	30	1.90
18829541--18829571	16	1.9	16	100	0	62	54	0	0	45	0.99
18848332--18848385	26	2.1	26	85	0	72	42	9	9	38	1.69
18859624--18859655	16	2.0	16	93	0	55	43	0	21	34	1.53
18868186--18868217	16	2.0	16	93	0	55	43	0	21	34	1.53
18875806--18875844	21	1.9	20	84	5	51	35	12	10	41	1.77
18875892--18875960	31	2.2	31	89	5	104	39	15	8	36	1.79
18882192--18882238	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
18882929--18883061	54	2.5	53	82	6	160	43	21	14	20	1.87
18882932--18883061	27	4.8	27	83	3	145	43	22	14	20	1.88
18882929--18883077	54	2.8	54	80	1	147	43	20	16	20	1.88
18888121--18888155	18	1.9	18	88	0	52	42	2	34	20	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18895694--18895729	17	2.1	17	89	0	54	44	11	13	30	1.79
18902047--18902165	63	1.9	62	86	5	170	36	6	5	52	1.50
18906572--18906606	18	1.9	18	100	0	70	22	17	25	34	1.96
18907556--18907588	12	2.8	12	100	0	66	9	9	15	66	1.43
18908416--18908577	37	4.5	35	68	21	104	37	15	17	29	1.91
18908410--18908613	105	1.9	105	98	0	399	37	15	18	28	1.91
18908457--18908617	37	4.5	37	66	20	117	38	17	18	25	1.92
18910660--18910685	13	2.0	13	100	0	52	23	0	7	69	1.14
18915821--18915864	21	2.1	21	100	0	88	47	20	4	27	1.69
18917531--18917576	14	3.3	13	82	14	56	71	0	2	26	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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