genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  108  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33138497--33138529	16	2.1	16	88	11	50	60	0	3	36	1.12
33142268--33142487	101	2.2	100	82	8	266	24	15	28	31	1.96
33142302--33142486	51	3.6	51	78	3	160	23	16	28	31	1.96
33142495--33142583	45	2.0	45	95	0	160	24	17	24	32	1.97
33148030--33148249	101	2.2	100	80	10	241	24	15	28	31	1.96
33148060--33148255	51	3.9	50	81	2	214	22	17	28	31	1.97
33148170--33148250	26	3.2	26	62	28	64	22	14	29	33	1.94
33148257--33148343	45	1.9	45	92	0	147	25	14	24	35	1.94
33148421--33148493	37	1.9	37	84	13	96	43	2	21	31	1.67
33150290--33150341	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
33152259--33152310	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
33153004--33153045	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
33160710--33160749	16	2.6	16	80	4	55	40	25	20	15	1.90
33160731--33160840	41	2.7	41	85	0	139	34	22	18	24	1.96
33173981--33174034	19	2.9	19	83	8	58	61	0	5	33	1.19
33173989--33174050	19	3.6	18	79	18	69	54	0	4	40	1.22
33174678--33174709	13	2.4	14	94	5	57	75	0	0	25	0.81
33174677--33174711	14	2.5	15	86	13	56	74	0	0	25	0.82
33174951--33174977	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
33181683--33181721	18	2.1	19	90	4	62	76	0	15	7	0.99
33181706--33181773	26	2.6	27	79	11	70	64	2	25	7	1.33
33198091--33198130	21	1.9	21	84	0	53	25	10	15	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33200824--33200884	30	2.1	29	87	3	86	19	34	22	22	1.97
33203980--33204071	47	2.0	47	91	0	148	48	16	10	23	1.77
33208923--33209059	38	3.7	38	76	5	102	29	27	20	23	1.99
33209002--33209086	38	2.3	36	81	4	89	29	28	17	24	1.97
33212062--33212134	8	8.4	9	71	23	59	43	0	0	56	0.99
33212063--33212136	5	15.4	5	74	23	70	43	0	0	56	0.99
33212726--33212770	23	1.9	24	86	13	67	55	2	22	20	1.54
33213369--33213411	23	2.0	23	86	9	63	11	4	39	44	1.62
33217572--33217605	16	2.1	16	88	0	50	35	20	0	44	1.52
33227293--33227326	15	2.3	15	90	5	52	70	2	0	26	1.01
33227959--33228018	18	3.2	20	72	11	54	65	1	3	30	1.19
33228062--33228113	23	2.2	24	86	6	70	44	0	3	51	1.19
33228105--33228161	28	1.9	31	82	10	75	35	8	0	56	1.31
33235108--33235414	153	2.0	153	96	0	569	24	18	7	49	1.72
33253601--33253647	20	2.3	20	88	0	67	25	31	17	25	1.97
33262706--33262773	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
33262875--33262953	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
33262421--33262922	174	2.9	174	97	0	923	30	24	14	29	1.95
33265889--33265919	13	2.3	14	94	5	55	45	19	6	29	1.75
33288625--33288677	20	2.7	19	77	11	54	37	11	26	24	1.89
33294844--33294880	12	2.9	13	88	8	58	70	13	5	10	1.32
33294923--33294966	12	3.7	12	87	0	70	75	0	9	15	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33294918--33294966	24	2.0	25	96	4	91	67	0	12	20	1.22
33300030--33300102	29	2.5	29	93	0	119	32	9	13	43	1.77
33300914--33300951	19	2.1	18	90	5	58	47	13	21	18	1.82
33305440--33305530	42	2.2	42	93	0	155	31	15	15	37	1.89
33307405--33307468	21	2.9	22	79	6	67	37	28	4	29	1.77
33307803--33307841	16	2.4	16	95	0	69	76	0	12	10	1.01
33310618--33310656	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
33314878--33314930	19	2.7	19	85	5	61	75	1	15	7	1.11
33314878--33314963	19	4.5	19	65	11	59	73	2	19	4	1.12
33318202--33318291	41	2.2	42	91	2	146	31	15	15	37	1.89
33320395--33320430	15	2.4	15	95	0	63	75	0	13	11	1.06
33323165--33323203	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
33325558--33325586	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
33327419--33327471	19	2.7	19	85	5	61	75	1	15	7	1.11
33327419--33327503	18	4.5	19	69	10	59	72	2	20	4	1.13
33330743--33330833	42	2.2	42	93	0	155	31	15	15	37	1.89
33332713--33332775	21	3.0	21	85	2	72	34	30	4	30	1.78
33333101--33333140	16	2.5	16	95	0	71	75	0	15	10	1.05
33335356--33335407	19	2.7	20	79	8	54	73	1	15	9	1.18
33339008--33339041	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
33341369--33341407	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
33342801--33342839	17	2.2	18	90	4	62	20	0	2	76	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33342795--33342839	9	5.0	9	83	8	56	20	0	2	77	0.87
33344278--33344340	21	3.0	21	85	2	72	34	30	4	30	1.78
33351399--33351444	13	3.6	13	85	8	60	73	6	6	13	1.22
33353534--33353581	13	3.5	13	78	16	53	77	0	20	2	0.88
33363971--33364009	13	3.0	13	100	0	78	23	15	0	61	1.33
33364047--33364092	12	3.5	13	85	8	58	15	4	6	73	1.19
33364060--33364096	12	3.0	13	88	7	51	10	5	13	70	1.32
33364045--33364096	13	4.2	12	78	7	50	17	5	11	65	1.44
33372952--33373010	25	2.4	25	88	0	82	32	16	25	25	1.97
33377737--33378735	497	2.0	497	95	0	1791	25	24	16	33	1.96
33381074--33381120	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
33381205--33381229	11	2.3	11	100	0	50	16	16	0	68	1.22
33381866--33381914	20	2.5	20	100	0	98	22	24	38	14	1.91
33383669--33384119	27	16.9	27	80	5	443	42	20	16	20	1.89
33383669--33384119	53	8.5	54	83	4	477	42	20	16	20	1.89
33383669--33384119	80	5.6	81	81	5	506	42	20	16	20	1.89
33383669--33384122	107	4.3	107	85	4	416	42	20	16	20	1.88
33384537--33384626	28	3.2	29	93	6	159	23	25	23	27	2.00
33394186--33394260	37	2.0	37	92	0	123	38	20	24	17	1.93
33396480--33396532	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
33398883--33398919	4	9.0	4	94	5	65	75	0	0	24	0.80
33399099--33399256	32	4.9	32	85	3	210	41	18	18	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33399424--33399724	27	11.2	27	85	4	306	19	19	19	40	1.91
33399424--33399723	134	2.2	134	82	2	316	20	19	19	40	1.92
33402158--33402328	32	5.4	32	85	2	211	39	18	21	21	1.92
33402172--33402328	64	2.5	64	90	2	235	38	17	21	21	1.93
33402530--33402633	24	4.3	24	87	4	131	41	20	8	29	1.82
33402692--33403116	27	15.8	27	75	8	183	21	18	21	38	1.93
33402708--33403116	54	7.6	53	80	8	353	21	19	20	38	1.93
33402710--33403116	107	3.8	105	78	7	390	21	19	20	38	1.93
33408113--33408231	57	2.1	58	84	4	152	46	7	19	26	1.76
33408426--33408471	23	2.0	23	95	0	83	54	15	0	30	1.41
33414163--33414239	30	2.6	30	91	0	127	12	32	32	22	1.92
33418075--33418121	22	2.1	22	96	0	85	46	25	12	14	1.80
33418580--33418610	9	3.4	9	95	0	53	35	0	6	58	1.24
33425277--33425339	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
33427247--33427284	20	1.9	20	88	0	58	10	21	34	34	1.87
33433991--33434051	21	2.8	22	85	2	79	31	4	29	34	1.79
33435994--33436031	15	2.5	15	95	0	67	21	13	5	60	1.52
33436068--33436103	13	2.8	13	95	0	63	22	2	2	72	1.11
33437097--33437143	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
33437967--33438105	20	6.9	20	67	3	64	35	19	30	14	1.91
33437953--33438148	40	4.9	40	80	2	180	36	18	28	16	1.93
33437948--33438148	80	2.5	80	82	3	233	36	17	28	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33443864--33443928	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
33444375--33444439	22	3.0	22	81	4	69	44	16	20	18	1.87
33445417--33445463	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
33446098--33446151	26	2.1	26	89	0	81	37	22	20	20	1.95
33446139--33446203	27	2.4	27	80	14	73	32	24	23	20	1.98
33446267--33446372	24	4.4	24	85	2	133	46	24	8	20	1.78
33446402--33446686	27	10.6	27	79	3	241	22	19	19	38	1.93
33446409--33446686	54	5.1	54	80	3	281	21	19	19	39	1.93
33446399--33446686	81	3.6	81	81	0	326	21	19	20	38	1.93
33450342--33450605	29	9.1	29	81	0	267	38	10	26	24	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221