genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  3  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917799--917825	12	2.2	12	100	0	54	25	0	40	33	1.56
930181--930227	3	15.7	3	90	0	76	27	68	2	2	1.13
930349--930391	9	4.8	9	79	0	50	20	44	0	34	1.52
930352--930380	6	4.8	6	100	0	58	17	48	0	34	1.47
930344--930391	12	4.1	12	86	2	53	20	45	0	33	1.52
933259--933283	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
941343--941387	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
943769--943801	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
951622--951666	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
954048--954080	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
961863--961907	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
964281--964313	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
970596--970655	31	1.9	32	93	3	104	51	1	5	41	1.33
971332--971386	6	9.2	6	86	7	76	61	3	1	32	1.24
975615--975701	45	1.9	45	100	0	174	24	5	27	42	1.77
976361--976412	25	2.1	25	85	7	70	46	3	7	42	1.51
978345--978417	22	3.4	22	65	1	58	46	10	5	36	1.62
980893--980917	13	1.9	13	100	0	50	36	24	8	32	1.84
983588--983627	16	2.4	17	83	4	55	37	10	0	52	1.35
984851--984945	46	2.1	46	82	7	113	49	14	10	25	1.75
994708--994755	3	16.0	3	86	0	60	58	0	41	0	0.98
994707--994755	18	2.7	18	93	0	80	57	0	42	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
994711--994750	15	2.7	15	96	0	71	57	0	42	0	0.98
995015--995064	21	2.5	19	81	15	57	42	4	0	54	1.19
995256--995299	15	2.9	15	80	6	52	52	6	0	40	1.28
1006567--1006649	10	8.3	10	87	0	112	36	19	18	26	1.94
1008410--1008459	20	2.5	20	96	0	91	24	18	24	34	1.96
1017929--1017975	22	2.1	23	84	4	60	36	0	0	63	0.94
1019955--1020002	25	2.0	24	88	12	71	29	12	4	54	1.56
1026928--1026973	19	2.3	20	88	3	67	34	34	10	19	1.87
1027818--1027913	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
1029284--1029319	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
1030826--1030873	16	2.9	16	85	11	62	54	0	0	45	0.99
1032449--1032507	27	2.3	25	80	13	66	35	6	6	50	1.55
1032683--1032740	29	2.1	27	81	9	64	67	5	1	25	1.21
1032692--1032749	29	2.0	29	83	9	75	60	5	5	29	1.40
1036070--1036176	54	2.0	54	98	0	205	30	12	13	43	1.80
1049492--1049533	16	2.7	16	86	13	61	59	0	0	40	0.97
1052118--1052148	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
1052387--1052438	20	2.6	20	78	0	59	42	36	1	19	1.62
1054040--1054066	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
1056058--1056117	24	2.4	24	86	10	77	68	6	3	21	1.28
1056511--1056553	21	2.0	23	82	17	56	48	9	0	41	1.35
1056708--1056757	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1061339--1061388	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1063614--1063653	16	2.5	16	88	11	64	60	0	0	40	0.97
1063722--1063783	18	3.3	18	75	16	63	51	3	0	45	1.17
1064013--1064045	12	2.6	13	90	4	50	57	0	0	42	0.98
1064106--1064138	15	2.1	16	88	5	50	42	9	0	48	1.35
1070026--1070072	16	2.9	16	81	12	51	55	2	0	42	1.12
1071797--1071842	18	2.6	17	86	6	74	34	10	0	54	1.36
1071983--1072039	30	1.9	29	89	3	87	33	14	1	50	1.52
1076069--1076098	5	5.8	5	92	7	51	76	0	3	20	0.92
1076995--1077034	15	2.9	14	85	10	55	37	35	7	20	1.81
1078394--1078755	41	8.8	41	94	0	634	24	28	24	22	2.00
1083177--1083209	16	2.1	17	88	11	52	30	0	6	63	1.18
1085851--1085945	43	2.2	43	79	1	102	20	17	32	29	1.96
1085939--1086122	43	4.3	43	83	3	219	27	30	20	21	1.98
1085956--1086118	86	1.9	86	89	2	256	28	31	20	19	1.97
1086106--1086165	30	2.0	29	83	6	75	23	28	23	25	2.00
1086136--1086258	43	2.8	44	80	2	133	27	27	17	27	1.97
1086564--1086675	21	5.3	21	78	0	89	6	40	18	34	1.76
1086564--1086665	42	2.4	42	83	3	116	5	40	18	35	1.75
1086652--1086789	64	2.1	65	88	6	208	13	28	18	39	1.89
1092240--1092275	18	2.0	18	94	0	63	33	0	13	52	1.41
1092420--1092464	16	2.8	16	93	6	74	31	0	24	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1092419--1092464	9	5.6	9	75	19	55	32	0	23	43	1.54
1092537--1092942	34	12.2	34	78	9	433	42	2	10	44	1.52
1092452--1092608	83	1.9	87	94	5	286	42	2	10	44	1.53
1092537--1092926	65	5.9	65	90	4	550	42	2	10	45	1.51
1092907--1092951	25	2.0	22	83	16	56	46	2	6	44	1.42
1095520--1095559	21	2.0	20	85	14	55	17	7	0	75	1.03
1095913--1096149	90	2.7	89	94	3	406	45	26	1	26	1.63
1095904--1096192	90	3.3	87	87	8	387	44	27	1	26	1.64
1096092--1096269	85	2.2	81	80	10	184	44	23	1	30	1.63
1096720--1097545	113	7.3	114	87	3	1134	31	24	21	22	1.98
1096720--1097545	340	2.4	338	87	5	1189	31	24	21	22	1.98
1102063--1102095	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
1103228--1103275	16	2.9	16	85	11	62	54	0	0	45	0.99
1103306--1103344	18	2.2	18	85	0	51	56	0	0	43	0.99
1108093--1108146	24	2.3	24	80	3	65	46	18	14	20	1.84
1112428--1112486	24	2.4	26	75	11	61	47	10	6	35	1.64
1113527--1113566	21	2.0	20	85	5	53	32	0	17	50	1.47
1114231--1114276	3	16.0	3	84	8	60	0	60	2	36	1.09
1123115--1123140	13	2.0	13	100	0	52	0	0	15	84	0.62
1129745--1129805	28	2.2	28	85	5	79	62	4	3	29	1.32
1132626--1132669	21	2.1	21	87	8	63	59	9	0	31	1.29
1133410--1133461	26	2.0	26	100	0	104	34	11	23	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1136408--1136440	17	1.9	18	88	11	52	51	0	9	39	1.34
1140377--1140406	7	4.4	7	91	8	53	73	0	0	26	0.84
1140377--1140406	13	2.2	14	94	5	53	73	0	0	26	0.84
1144982--1145149	83	2.0	83	97	0	318	35	6	8	50	1.59
1152503--1152527	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1152990--1153055	31	2.1	31	91	0	105	27	7	13	51	1.68
1157142--1157201	23	2.5	24	76	15	61	38	1	8	51	1.42
1162026--1162095	16	4.4	16	94	0	104	31	0	34	34	1.58
1162074--1162183	45	2.6	41	78	9	116	35	4	28	31	1.77
1162329--1162363	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1162216--1162532	157	2.0	157	97	0	598	44	3	4	47	1.40
1162486--1162520	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1165667--1165703	19	1.9	19	88	0	56	51	0	10	37	1.37
1165930--1166010	35	2.4	36	78	15	84	48	2	2	46	1.28
1173528--1173577	27	1.9	27	84	8	68	36	4	0	60	1.16
1174976--1175033	30	1.9	30	86	6	82	62	6	0	31	1.22
1176980--1177016	8	4.6	8	89	0	56	51	10	0	37	1.37
1184254--1184292	19	2.1	19	85	9	53	35	7	10	46	1.67
1197049--1197099	8	6.5	8	78	13	52	64	1	1	31	1.15
1197053--1197099	15	3.1	15	90	3	67	63	2	2	31	1.18
1197209--1197262	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
1197225--1197310	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1197332--1197465	25	5.6	25	71	11	93	58	2	3	35	1.28
1197945--1198119	30	5.8	30	86	1	219	21	4	47	26	1.68
1198868--1198917	14	3.6	14	81	7	57	64	2	12	22	1.37
1198871--1198903	15	2.2	15	94	0	57	69	0	9	21	1.15
1198934--1199139	75	2.8	74	85	2	288	33	20	16	30	1.94
1198897--1199136	75	3.2	74	82	2	284	35	19	16	28	1.94
1199126--1199153	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
1199268--1199317	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
1199447--1199496	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
1199209--1199650	179	2.4	183	89	4	709	39	18	16	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221