genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23718444--23718534	38	2.4	38	96	3	166	18	19	27	34	1.96
23718444--23718534	16	4.7	21	67	27	76	18	19	27	34	1.96
23728742--23728982	50	4.8	50	81	2	254	28	22	27	21	1.99
23733997--23734042	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
23740706--23740731	12	2.2	12	100	0	52	23	26	7	42	1.81
23748495--23748680	51	3.7	51	80	2	169	25	15	27	31	1.96
23756226--23756363	50	2.8	50	88	2	188	23	16	28	30	1.96
23759032--23759135	42	2.4	43	83	1	129	27	15	22	34	1.94
23759696--23759850	48	3.2	48	86	0	220	23	14	14	48	1.80
23760523--23760547	13	1.9	13	100	0	50	20	0	16	64	1.30
23776839--23777041	104	2.0	104	96	0	379	38	19	14	27	1.91
23778975--23779077	53	1.9	53	94	0	179	33	3	22	39	1.72
23781043--23781083	20	2.0	20	86	9	57	63	14	7	14	1.50
23787013--23787055	20	2.2	20	86	0	59	9	32	23	34	1.87
23794961--23795038	40	2.0	40	89	0	120	29	26	15	28	1.96
23797955--23798036	42	2.0	42	82	4	103	30	23	14	31	1.94
23797996--23798114	47	2.5	47	75	12	118	29	26	16	27	1.97
23800573--23800666	45	2.1	45	87	0	134	32	23	17	26	1.96
23800663--23800806	50	2.9	50	83	5	175	29	28	18	22	1.98
23808747--23808838	30	3.1	30	93	0	148	40	14	20	25	1.90
23808758--23809071	30	10.5	30	77	8	230	39	13	22	23	1.90
23808875--23808945	29	2.4	30	85	2	99	40	14	28	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23808900--23809107	60	3.5	58	79	7	202	41	14	23	21	1.89
23815971--23815995	12	2.1	12	100	0	50	40	24	28	8	1.83
23820406--23820460	27	2.0	27	96	0	101	32	7	27	32	1.84
23820871--23821077	40	5.2	40	96	1	353	29	19	28	21	1.98
23820871--23821077	79	2.6	80	92	1	353	29	19	28	21	1.98
23822287--23822632	178	1.9	178	100	0	692	28	16	23	30	1.96
23823502--23823541	16	2.5	16	91	0	62	30	17	35	17	1.93
23824301--23824389	27	3.3	27	87	1	117	32	16	23	26	1.96
23824462--23824533	24	3.0	24	89	0	108	26	8	22	43	1.81
23824490--23824571	24	3.4	24	83	3	94	24	8	21	45	1.80
23824688--23824738	26	2.0	26	84	0	66	13	17	29	39	1.88
23824745--23824835	32	2.8	32	77	6	94	19	20	23	36	1.95
23831435--23831464	15	2.1	14	93	6	51	33	13	13	40	1.83
23834524--23834568	19	2.4	19	96	0	81	28	28	26	15	1.96
23838930--23838975	22	2.1	22	84	8	58	65	2	17	15	1.37
23840222--23840267	22	2.0	23	84	12	60	15	10	10	63	1.53
23843695--23843735	18	2.3	18	86	0	64	39	19	0	41	1.52
23853154--23853270	40	2.9	40	93	2	191	27	26	20	25	1.99
23853254--23853286	16	2.1	16	100	0	66	24	27	18	30	1.98
23861054--23861316	40	6.7	40	90	5	360	26	26	20	25	1.99
23863162--23863227	27	2.4	27	82	5	80	34	31	15	18	1.92
23866229--23866297	35	2.0	35	91	0	111	24	20	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23869969--23870012	16	2.8	16	82	0	52	2	15	2	79	0.93
23869972--23870011	21	1.9	21	89	0	62	2	15	2	80	0.93
23878083--23879087	500	2.0	501	99	0	2003	35	14	18	31	1.91
23897174--23897243	30	2.3	30	85	0	86	15	38	25	20	1.92
23900108--23900158	21	2.4	21	86	3	66	21	9	27	41	1.84
23909981--23910031	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
23910200--23910239	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
23910188--23910254	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
23913975--23913999	10	2.5	10	100	0	50	80	12	0	8	0.92
23918269--23918453	40	4.7	40	83	9	220	25	27	21	25	1.99
23918269--23918453	79	2.3	80	82	11	220	25	27	21	25	1.99
23933656--23933698	21	2.0	21	81	4	50	32	0	25	41	1.56
23940220--23940295	27	2.8	26	94	4	125	38	18	15	27	1.91
23941836--23942022	28	6.5	28	93	3	286	34	27	11	26	1.91
23955729--23955770	21	2.0	21	90	0	66	33	9	14	42	1.78
23958903--23958990	16	5.7	16	68	17	60	48	3	1	46	1.26
23958900--23958958	29	2.0	29	100	0	118	44	5	0	50	1.24
23962251--23962282	16	1.9	17	93	6	57	75	12	0	12	1.06
23970580--23970631	16	3.2	16	75	5	52	15	17	3	63	1.45
23972689--23972718	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
23978899--23978928	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
23985678--23985930	44	5.9	42	68	15	135	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23986063--23986497	88	4.9	88	91	0	690	25	25	23	25	2.00
23987659--23987692	7	5.0	7	92	7	61	14	14	0	70	1.17
23987659--23987688	13	2.3	13	100	0	60	13	13	0	73	1.10
23988638--23988690	24	2.2	25	89	3	81	7	3	7	81	0.99
23990169--23992155	992	2.0	992	96	0	3650	25	22	17	33	1.96
23995345--23995738	47	8.4	47	92	0	583	32	9	31	26	1.89
23997696--23998118	40	10.6	40	92	2	665	25	22	27	24	2.00
24002366--24002477	21	5.3	21	66	20	72	31	8	33	26	1.87
24002300--24002676	85	4.2	91	86	8	511	32	9	31	27	1.88
24002314--24002676	47	8.1	47	87	8	490	31	9	31	26	1.89
24012314--24012406	42	2.3	42	81	7	111	17	22	32	27	1.96
24014240--24014301	21	2.9	21	74	11	63	48	25	1	24	1.60
24024898--24025206	40	7.7	40	98	0	546	29	20	28	22	1.98
24032978--24033085	48	2.3	47	93	3	180	34	13	28	23	1.93
24040985--24041068	42	2.0	42	90	0	132	27	8	17	46	1.77
24046483--24046540	27	2.3	24	81	18	82	32	18	15	32	1.93
24046489--24046543	27	2.0	27	100	0	110	32	18	16	32	1.93
24046538--24046720	51	3.6	51	90	2	271	28	26	20	24	1.99
24046538--24046720	101	1.8	102	86	3	271	28	26	20	24	1.99
24048653--24048686	15	2.2	16	89	5	52	70	0	29	0	0.87
24049573--24049890	157	2.0	157	90	1	503	22	14	27	35	1.93
24050389--24050431	20	2.2	20	95	0	77	30	23	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24051968--24052041	33	2.2	34	85	2	96	70	1	22	5	1.16
24051974--24052132	6	25.0	6	67	15	52	67	2	22	7	1.27
24051994--24052132	21	6.5	20	68	15	82	68	2	21	7	1.26
24052071--24052112	18	2.3	19	83	4	59	66	2	16	14	1.35
24054138--24054178	20	2.1	20	90	4	66	24	17	14	43	1.86
24057008--24057292	145	2.0	145	95	1	509	31	18	21	28	1.97
24065315--24065374	31	1.9	31	83	6	77	71	6	11	10	1.30
24072793--24072960	20	8.4	20	65	5	70	16	31	16	35	1.91
24072794--24072957	60	2.7	60	84	0	193	16	31	16	35	1.91
24072805--24072997	60	3.2	60	80	3	185	15	31	17	35	1.91
24077263--24077287	12	2.1	12	100	0	50	24	16	44	16	1.86
24078974--24079007	17	1.9	18	88	5	52	41	11	5	41	1.66
24081782--24081886	45	2.4	45	86	1	149	35	25	27	11	1.90
24081954--24081992	13	3.0	13	88	0	60	17	20	35	25	1.95
24082576--24082649	25	3.0	25	80	11	73	21	2	4	71	1.15
24084553--24084582	16	1.9	15	93	6	51	46	3	36	13	1.60
24086040--24086080	18	2.3	18	82	0	55	46	7	2	43	1.44
24087302--24087348	15	3.1	16	79	11	55	8	23	0	68	1.17
24087248--24087348	36	3.1	34	74	23	92	10	25	0	62	1.34
24093149--24093179	14	2.1	15	94	5	55	9	0	12	77	0.99
24097480--24097514	17	2.1	17	88	0	52	62	11	2	22	1.41
24102521--24102589	24	2.8	25	77	18	83	52	10	4	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24103448--24103472	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
24104275--24104525	44	5.7	44	85	0	322	23	27	19	29	1.98
24105822--24105878	30	1.9	29	86	10	80	10	12	8	68	1.40
24107525--24107553	11	2.7	11	94	5	51	17	55	0	27	1.42
24110275--24110343	24	2.8	25	80	6	79	52	7	5	34	1.53
24111204--24111228	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
24121370--24121404	17	2.1	16	89	5	52	37	14	25	22	1.92
24123638--24123679	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
24140568--24140616	20	2.5	20	89	0	71	6	32	24	36	1.80
24140579--24140623	20	2.3	19	81	11	54	11	35	22	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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