genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18920274--18920313	13	3.0	13	85	7	53	40	2	7	50	1.44
18928685--18928789	34	3.1	34	79	5	140	44	16	21	17	1.86
18928685--18928812	68	1.9	68	85	0	175	46	16	18	18	1.85
18930884--18930923	18	2.2	18	90	0	62	45	5	20	30	1.72
18932100--18932145	17	2.6	17	93	3	74	26	4	19	50	1.66
18933309--18933380	36	2.0	36	86	10	103	22	11	4	62	1.45
18933331--18933358	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
18933355--18933425	5	13.2	6	84	11	50	32	4	12	50	1.59
18936433--18936463	15	2.1	15	93	0	53	29	0	9	61	1.28
18936714--18936777	27	2.4	27	86	2	85	37	4	7	50	1.52
18937997--18938025	15	1.9	15	100	0	58	37	6	6	48	1.57
18939025--18939075	25	2.0	26	88	3	77	41	5	9	43	1.62
18940411--18940586	58	3.0	58	78	4	185	23	27	14	34	1.93
18941087--18941162	35	2.2	35	82	0	89	28	26	15	28	1.96
18944169--18944348	38	4.8	38	72	10	118	26	23	24	25	2.00
18952084--18952109	12	2.2	12	100	0	52	53	0	15	30	1.42
18953234--18953306	28	2.7	25	78	14	74	50	2	2	43	1.30
18953723--18953769	3	16.0	3	86	4	69	70	2	0	27	0.99
18953888--18953921	17	2.0	17	94	0	59	26	29	14	29	1.95
18975830--18975859	14	2.1	14	100	0	60	66	6	0	26	1.16
18975937--18975979	18	2.3	18	80	4	50	27	2	2	67	1.15
18977887--18977932	17	2.7	17	82	0	65	50	4	4	41	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18984091--18984131	20	2.0	21	86	13	59	34	7	0	58	1.26
18996537--18996966	45	9.7	44	75	9	333	30	19	23	26	1.98
18996587--18996748	44	3.8	44	75	8	145	27	19	24	29	1.98
18996720--18996966	134	1.8	135	87	2	372	30	20	23	25	1.98
18996717--18996964	89	2.8	89	84	3	329	30	20	22	25	1.99
18997271--18997312	11	3.5	11	82	17	57	42	0	2	54	1.13
18997260--18997312	25	2.1	25	85	0	70	47	0	3	49	1.19
18997280--18997313	14	2.4	14	95	0	59	41	0	2	55	1.15
18997442--18997467	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
18998634--18998718	21	4.0	22	84	7	95	16	23	25	34	1.95
18998647--18998720	21	3.5	21	87	5	96	14	22	27	35	1.94
19006182--19006222	20	2.0	21	86	13	59	34	7	0	58	1.26
19008574--19008619	15	2.9	16	81	15	51	47	2	0	50	1.13
19016760--19016898	45	3.2	44	80	8	135	38	23	14	23	1.92
19016811--19016908	45	2.2	45	86	0	133	33	25	16	24	1.96
19024190--19024260	33	2.2	33	92	5	117	26	25	25	22	2.00
19025693--19025728	6	6.0	6	100	0	72	16	0	50	33	1.46
19026732--19026799	27	2.5	27	100	0	136	30	11	32	25	1.91
19045451--19045507	28	2.0	28	96	0	105	36	15	10	36	1.82
19048674--19048842	63	2.7	63	84	1	214	24	23	27	24	2.00
19048676--19048863	63	3.0	62	76	6	189	25	22	27	25	2.00
19050080--19050125	23	2.0	24	83	12	60	39	0	8	52	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19050611--19050643	10	3.4	10	83	8	50	21	12	9	57	1.62
19050751--19050788	14	2.8	13	88	7	58	44	5	13	36	1.66
19050752--19050826	29	2.6	27	76	12	69	46	5	10	37	1.61
19051045--19051308	35	7.8	34	83	7	306	19	21	17	41	1.90
19051045--19051308	102	2.6	102	89	1	381	19	21	17	41	1.90
19051045--19051318	67	4.0	67	84	5	311	19	21	16	42	1.89
19054113--19054157	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
19054117--19054168	20	2.5	21	72	12	54	9	11	5	73	1.25
19065455--19065890	232	1.8	238	85	4	616	32	18	19	29	1.96
19065747--19066139	189	2.1	189	89	3	596	29	20	21	28	1.98
19066738--19066792	22	2.5	21	91	2	65	30	3	29	36	1.75
19066744--19066792	22	2.2	22	96	0	89	30	4	30	34	1.76
19068633--19068870	28	8.5	28	96	0	388	33	28	12	26	1.93
19070863--19070916	24	2.2	24	90	6	83	20	42	1	35	1.63
19071548--19071592	24	1.9	24	82	13	58	15	6	26	51	1.68
19072305--19072337	15	2.2	15	94	0	57	39	3	3	54	1.31
19072377--19072458	24	3.2	24	67	29	71	46	6	3	43	1.46
19072375--19072500	52	2.4	52	100	0	252	45	4	3	46	1.43
19072458--19072519	21	3.0	21	70	23	51	41	4	4	48	1.46
19072534--19072566	15	2.2	15	94	0	57	39	3	3	54	1.31
19072240--19072677	229	1.9	229	98	0	849	41	5	4	48	1.46
19072658--19072714	17	3.3	17	72	13	62	42	0	5	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19072427--19072764	87	3.9	84	79	11	403	42	4	4	48	1.43
19072953--19073143	25	7.6	24	75	10	102	49	17	2	30	1.59
19073027--19073219	25	7.7	25	82	2	244	46	21	2	30	1.63
19078737--19078788	12	4.3	12	95	0	86	42	17	38	1	1.60
19079232--19079372	43	3.3	43	77	8	119	28	20	19	31	1.97
19079390--19079512	42	2.9	42	88	0	183	27	21	17	32	1.96
19083347--19083420	38	2.0	38	81	7	89	64	5	16	13	1.45
19083423--19083464	7	6.0	7	81	10	50	69	2	2	26	1.13
19085892--19085987	48	2.0	48	82	15	119	66	2	8	22	1.29
19099161--19099212	5	8.7	6	82	18	56	15	5	0	78	0.92
19099162--19099212	24	2.2	23	89	10	77	15	5	0	78	0.93
19099160--19099224	29	2.2	30	81	5	80	13	9	1	75	1.11
19109252--19109281	13	2.3	13	100	0	60	23	0	23	53	1.46
19117048--19117088	17	2.4	17	95	0	73	21	4	12	60	1.50
19117711--19117766	26	2.2	25	84	12	71	42	8	3	44	1.53
19117967--19118008	20	2.1	20	95	0	75	54	21	0	23	1.44
19118150--19118201	15	3.2	15	75	19	59	40	0	1	57	1.10
19118150--19118200	17	3.0	17	73	21	61	41	0	1	56	1.10
19118248--19118278	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
19118286--19118349	29	2.1	31	85	5	87	51	1	1	45	1.20
19120364--19120546	28	6.6	27	67	18	74	61	1	2	34	1.18
19120407--19120574	9	18.0	9	64	20	60	60	1	2	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19120365--19120479	19	6.3	18	71	21	64	61	1	1	34	1.16
19120488--19120529	20	2.1	20	86	8	59	66	0	2	30	1.04
19120488--19120585	48	2.0	49	80	7	112	64	2	3	30	1.20
19120991--19121239	9	26.8	9	66	15	89	34	1	2	61	1.18
19120991--19121148	19	8.3	19	71	16	87	34	1	3	61	1.20
19120995--19121063	29	2.5	28	79	9	79	31	1	4	62	1.24
19120999--19121197	19	10.5	19	69	19	80	35	1	2	60	1.19
19121001--19121085	37	2.2	37	81	8	100	32	2	3	61	1.26
19121100--19121202	28	3.9	26	79	15	106	31	0	1	66	1.09
19121134--19121212	26	2.9	27	71	19	67	31	1	2	64	1.15
19121207--19121249	20	2.2	20	87	8	61	37	2	0	60	1.10
19128919--19128956	17	2.2	17	86	9	51	34	7	0	57	1.28
19132718--19132781	21	3.0	22	68	9	60	37	21	20	20	1.94
19135264--19135384	57	2.1	59	86	9	167	32	19	23	24	1.97
19135472--19135603	67	2.0	67	90	0	210	21	18	31	28	1.96
19137283--19137313	7	4.4	7	95	0	53	0	16	0	83	0.64
19139628--19139790	82	2.0	82	85	2	220	34	14	24	26	1.94
19141247--19141300	12	4.6	12	88	8	76	79	5	1	12	0.98
19141347--19141407	26	2.3	26	86	8	79	73	3	9	13	1.20
19141346--19141410	27	2.4	27	82	12	80	73	3	10	12	1.20
19142318--19142365	21	2.2	22	85	7	62	72	0	20	6	1.05
19142387--19142424	18	2.1	19	90	5	60	68	0	23	7	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19142404--19142477	12	6.2	12	73	17	55	62	1	24	12	1.38
19144007--19144169	82	2.0	82	87	2	238	33	15	24	26	1.95
19148107--19148307	56	3.6	56	80	8	160	34	10	17	36	1.85
19148166--19148326	56	2.9	56	89	2	227	34	11	16	37	1.85
19148414--19148817	69	5.9	69	74	5	280	20	21	25	33	1.97
19148547--19148695	68	2.2	70	82	8	173	20	17	26	34	1.95
19148456--19148799	137	2.5	138	77	5	336	20	20	24	34	1.97
19156991--19157025	17	2.1	17	89	5	54	2	11	22	62	1.41
19160809--19160847	19	2.0	20	85	14	55	51	7	12	28	1.67
19161985--19162026	17	2.4	18	88	11	70	33	4	21	40	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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