genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14376654--14376733	29	2.7	29	82	5	88	48	12	7	31	1.68
14377101--14377162	20	3.0	20	81	13	65	69	1	1	27	1.07
14377116--14377162	21	2.3	20	85	10	60	70	2	0	27	0.99
14377424--14377480	26	2.1	28	81	18	68	49	3	1	45	1.29
14390469--14390493	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
14392149--14392310	41	4.0	41	92	1	245	29	20	27	22	1.99
14392146--14392345	41	4.9	41	88	1	240	30	20	26	22	1.98
14395322--14395383	31	2.0	31	93	0	106	30	22	6	40	1.79
14403703--14403740	20	1.9	20	89	10	60	28	5	15	50	1.66
14403703--14403743	22	1.9	22	85	14	59	29	4	14	51	1.63
14404569--14404614	23	2.0	23	86	0	65	50	10	21	17	1.77
14407919--14407943	9	2.8	9	100	0	50	24	8	0	68	1.16
14414761--14414795	18	1.9	18	88	0	52	31	8	17	42	1.79
14423565--14423866	35	8.5	35	74	10	229	45	10	13	30	1.78
14423565--14423866	18	16.9	18	74	12	214	45	10	13	30	1.78
14424169--14424194	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
14424159--14424225	15	4.3	15	73	5	53	64	0	1	34	1.03
14424198--14424224	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
14424393--14424474	1	82.0	1	70	0	56	0	14	0	85	0.60
14424380--14424479	11	9.2	11	82	15	104	0	18	0	82	0.68
14424382--14424477	9	10.2	10	78	20	93	0	16	0	83	0.65
14424383--14424474	19	4.9	19	81	10	102	0	16	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14424394--14424461	7	9.9	7	80	16	72	0	14	0	85	0.60
14424394--14424477	42	2.0	42	86	8	120	0	15	0	84	0.62
14424708--14424802	19	4.8	19	70	6	66	1	26	0	72	0.91
14424707--14424796	7	12.7	7	73	13	51	1	24	0	74	0.89
14424708--14424748	13	3.2	13	80	13	50	2	14	0	82	0.76
14424888--14424937	17	3.0	17	72	13	50	0	20	2	78	0.86
14424890--14424939	11	4.3	12	80	11	52	0	18	2	80	0.82
14424925--14424967	23	1.9	22	81	13	52	2	13	11	72	1.22
14425078--14425140	33	1.9	33	83	6	83	0	14	9	76	1.02
14425339--14425437	30	3.4	29	86	5	128	41	5	21	32	1.75
14425631--14426358	77	9.2	77	78	13	649	36	18	16	28	1.93
14425827--14426268	245	1.8	246	89	4	705	35	19	16	28	1.94
14427211--14427258	15	3.2	15	82	8	62	0	4	12	83	0.79
14427211--14427253	15	2.6	17	89	10	63	0	4	13	81	0.84
14432916--14432940	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
14434633--14434925	18	16.5	18	65	12	72	44	10	14	30	1.79
14434778--14434864	32	2.6	32	83	8	95	45	11	12	29	1.77
14434632--14434877	36	6.9	35	75	14	193	43	11	14	30	1.81
14434808--14434890	35	2.3	36	81	10	98	49	9	14	26	1.74
14435148--14435194	16	2.9	16	81	12	60	61	0	2	36	1.08
14435133--14435198	21	3.1	21	80	6	71	62	0	1	36	1.05
14435346--14435457	12	9.2	12	72	19	63	0	18	2	78	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14435355--14435457	11	9.5	11	79	16	76	0	17	2	79	0.85
14435347--14435457	24	4.5	24	78	14	102	0	18	2	79	0.85
14435356--14435441	28	2.8	30	75	16	88	0	15	3	81	0.82
14435361--14435439	15	5.0	16	75	19	60	0	13	3	82	0.81
14435838--14435889	6	8.8	6	75	12	54	0	21	0	78	0.74
14435838--14435889	11	4.4	12	80	17	56	0	21	0	78	0.74
14436281--14436386	30	3.6	29	81	11	108	49	6	13	31	1.67
14445219--14445244	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
14447541--14447597	29	2.0	29	82	6	71	43	8	3	43	1.52
14447866--14447903	18	2.1	18	95	0	67	55	10	23	10	1.65
14454073--14454137	31	2.3	27	80	15	76	47	6	3	43	1.43
14458955--14459037	41	2.0	41	95	0	148	31	12	39	16	1.85
14475286--14475341	17	3.2	17	80	9	67	37	7	16	39	1.76
14482679--14482813	3	45.0	3	67	11	71	62	5	4	27	1.35
14493725--14493789	30	2.2	30	83	10	80	35	10	23	30	1.89
14509135--14509181	23	2.0	23	91	0	76	29	19	10	40	1.85
14515909--14515959	23	2.2	24	85	3	68	35	31	23	9	1.87
14518153--14518206	13	4.2	13	73	21	60	35	0	0	64	0.94
14518267--14518333	27	2.5	27	90	0	107	31	20	32	14	1.93
14518403--14518446	21	2.1	21	95	0	79	29	0	11	59	1.32
14518535--14518578	16	2.8	16	82	0	61	56	2	2	38	1.24
14518611--14518692	38	2.2	38	93	0	137	40	1	2	56	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14518725--14518845	60	2.0	59	85	4	163	55	13	0	30	1.44
14518833--14518999	27	7.2	21	76	16	104	53	14	0	31	1.46
14518860--14518990	8	15.4	8	66	20	61	50	14	0	34	1.49
14518886--14519073	19	9.7	19	68	22	108	53	12	0	33	1.39
14518886--14518990	27	4.1	27	90	7	159	52	12	0	35	1.39
14518913--14519061	67	2.3	60	80	11	138	55	12	0	32	1.37
14519069--14519131	27	2.3	27	94	0	108	12	30	23	33	1.92
14521074--14521353	138	2.0	138	90	2	438	41	6	5	47	1.50
14526880--14526971	33	2.9	31	93	6	166	34	25	9	30	1.88
14526809--14526969	39	4.6	34	88	9	186	33	24	9	32	1.87
14526841--14526971	64	2.0	66	88	8	194	33	25	9	32	1.87
14527187--14527283	41	2.4	41	86	6	126	28	24	18	27	1.98
14527216--14527293	41	1.9	41	91	0	129	29	24	17	28	1.98
14534640--14534800	36	4.8	33	86	11	204	34	22	8	33	1.85
14534671--14534797	67	2.0	63	87	9	184	34	24	8	32	1.86
14535011--14535117	41	2.6	41	88	5	137	30	22	19	27	1.98
14536887--14536911	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
14540369--14540445	39	2.0	39	94	0	136	49	14	7	28	1.71
14540383--14540447	22	3.2	22	66	20	68	47	13	7	30	1.71
14542422--14542536	35	3.3	35	88	0	176	15	14	28	40	1.87
14545776--14545853	36	2.2	36	81	4	95	58	17	7	15	1.59
14547730--14547764	16	2.2	16	89	0	52	28	2	2	65	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14549408--14549804	41	9.5	41	79	4	389	21	17	24	35	1.95
14549444--14549765	84	3.8	84	95	0	572	21	17	24	36	1.95
14563933--14564031	23	4.3	23	93	0	171	30	25	21	23	1.99
14568782--14568908	65	2.0	65	95	0	227	34	14	12	38	1.84
14569206--14569338	68	1.9	68	90	1	212	49	6	3	40	1.45
14579646--14579673	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
14579873--14579903	16	1.9	16	93	0	53	74	0	25	0	0.82
14580879--14580960	44	1.9	41	87	7	119	17	18	24	40	1.91
14580882--14580960	21	3.7	22	86	8	110	16	18	25	39	1.91
14586096--14586144	10	5.0	10	77	2	55	40	0	0	59	0.98
14586113--14586152	20	2.1	19	90	4	62	32	0	0	67	0.91
14589049--14589132	22	3.8	22	80	6	89	28	20	13	38	1.90
14589150--14589213	23	2.8	23	83	4	76	29	20	14	35	1.92
14597371--14597397	13	2.1	13	100	0	54	48	0	14	37	1.45
14597859--14597913	23	2.2	24	84	15	76	56	7	10	25	1.59
14613295--14613352	14	4.2	14	72	16	50	37	0	12	50	1.40
14614686--14614718	17	1.9	17	93	0	57	21	3	9	66	1.33
14616546--14616571	11	2.4	11	100	0	52	7	0	11	80	0.89
14616991--14617031	21	2.0	21	95	0	73	24	29	21	24	1.99
14620884--14620931	23	2.0	25	84	8	64	25	10	0	64	1.25
14623243--14623463	40	5.6	40	80	1	201	20	25	18	34	1.96
14623299--14623403	20	5.2	20	65	4	68	17	27	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14624534--14624657	30	4.1	30	91	1	194	26	23	6	43	1.78
14624544--14624651	15	7.2	15	69	12	78	26	21	7	44	1.78
14629226--14629349	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
14629236--14629343	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
14632167--14632398	43	5.4	43	98	0	455	23	14	34	27	1.94
14632380--14632453	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
14632763--14633023	40	6.5	40	82	3	287	24	22	27	24	2.00
14640616--14640649	6	5.3	6	86	13	50	29	2	2	64	1.22
14644034--14644105	20	3.7	20	88	1	92	52	0	25	22	1.47
14644065--14644097	15	2.1	16	88	5	50	51	0	27	21	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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