genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  221  ( 26413 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26217767--26218257	47	10.4	47	93	0	811	29	29	8	32	1.87
26217767--26218253	237	2.1	237	93	0	834	29	29	8	32	1.87
26225344--26225409	30	2.2	30	76	7	73	39	7	15	37	1.75
26225824--26225872	19	2.6	19	75	12	55	57	0	4	38	1.18
26225859--26225901	22	1.9	23	85	4	61	65	0	2	32	1.06
26225859--26225908	22	2.3	22	82	6	57	62	0	2	36	1.07
26234092--26234124	16	2.1	16	94	0	57	69	3	0	27	1.03
26234073--26234130	30	2.0	30	86	6	84	65	3	0	31	1.09
26234071--26234149	30	3.0	25	76	16	63	64	3	0	31	1.11
26234687--26234753	9	7.4	9	80	12	84	41	22	8	26	1.83
26234686--26234753	27	2.5	27	88	4	102	42	22	8	26	1.82
26234761--26234821	17	3.4	17	70	12	59	50	14	3	31	1.59
26234752--26234826	37	2.0	37	100	0	150	45	16	5	33	1.69
26234752--26234843	37	2.5	37	91	7	134	46	15	5	32	1.68
26235002--26235031	8	3.8	8	100	0	60	20	0	40	40	1.52
26243144--26243194	25	2.0	26	92	3	86	39	17	5	37	1.74
26246263--26246342	37	2.2	37	86	4	108	27	30	17	25	1.97
26246473--26247387	47	19.6	47	94	0	1541	26	32	10	30	1.90
26250900--26251552	40	16.6	40	91	3	1003	24	28	22	24	1.99
26253359--26253438	37	2.2	37	86	4	108	27	30	17	25	1.97
26253569--26254485	47	19.6	47	94	0	1550	26	32	10	30	1.90
26258090--26258159	36	1.9	36	91	0	113	22	18	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26262215--26262243	13	2.2	13	100	0	58	72	0	6	20	1.07
26262207--26262261	19	2.9	18	82	12	67	69	1	3	25	1.15
26264295--26264537	118	2.1	118	97	0	459	27	15	19	37	1.92
26278864--26278955	26	3.6	26	85	4	107	22	13	23	40	1.89
26284536--26284587	26	2.0	26	96	0	95	38	9	23	28	1.86
26287530--26287583	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
26295084--26295527	47	9.4	47	92	1	717	33	8	29	29	1.87
26295088--26295527	237	1.9	237	92	0	745	33	8	28	29	1.87
26295646--26295724	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
26297589--26297691	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
26298027--26298169	40	3.6	40	85	1	189	23	22	28	25	1.99
26301713--26302156	47	9.4	47	92	1	710	31	8	29	29	1.87
26301717--26302101	190	2.0	190	96	0	707	32	8	28	30	1.87
26302275--26302353	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
26304215--26304317	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
26304690--26304835	40	3.7	40	84	5	179	26	21	26	25	2.00
26308380--26308832	47	9.4	47	89	6	656	32	9	29	28	1.88
26308601--26308765	56	3.1	56	80	18	233	32	7	29	30	1.86
26308552--26308765	103	2.1	104	93	3	369	32	7	28	30	1.86
26308951--26309028	37	2.1	37	88	4	113	25	17	30	25	1.97
26311660--26311869	53	4.0	53	81	0	240	34	15	23	27	1.94
26312034--26312245	61	3.5	59	79	8	196	35	13	23	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26312141--26312249	29	3.7	29	70	16	89	35	16	22	25	1.94
26324073--26324101	9	3.3	9	95	4	51	58	34	0	6	1.25
26328351--26328392	21	2.0	21	95	0	75	30	9	14	45	1.77
26331845--26331899	26	2.4	22	79	14	58	47	0	0	52	1.00
26332507--26332618	56	2.0	57	81	11	133	41	1	0	56	1.16
26332577--26332625	17	2.9	17	79	11	55	46	2	0	51	1.12
26351041--26351086	9	4.7	10	81	10	51	60	0	2	36	1.09
26355248--26355289	21	2.0	21	86	9	59	47	14	9	28	1.75
26358022--26358063	21	2.0	21	95	0	75	30	9	14	45	1.77
26361510--26361564	26	2.4	22	79	14	58	47	0	0	52	1.00
26362246--26362296	18	2.8	18	80	11	59	45	1	0	52	1.12
26381936--26381979	11	4.0	11	81	0	52	13	2	6	77	1.07
26381951--26382002	9	5.5	10	84	11	58	5	0	9	84	0.77
26400453--26400482	15	1.9	16	93	6	53	36	0	10	53	1.35
26404437--26404531	42	2.2	44	80	15	119	32	15	14	36	1.89
26411201--26411263	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
26411580--26411615	12	3.0	12	100	0	72	75	0	8	16	1.04
26416053--26416115	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
26432990--26433019	11	2.7	11	100	0	60	63	10	0	26	1.26
26434959--26435052	41	2.3	41	83	9	120	23	30	14	30	1.95
26441526--26441817	49	5.8	50	83	4	247	24	25	21	28	1.99
26449101--26449385	50	5.6	50	81	4	279	21	28	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26452264--26452326	20	3.2	20	67	0	54	28	17	34	19	1.94
26452221--26452481	40	6.5	40	82	0	288	33	15	29	22	1.94
26452254--26452481	120	1.9	120	86	0	321	33	14	29	21	1.94
26456254--26456575	40	8.1	40	82	3	371	34	14	29	21	1.93
26456257--26456575	80	4.0	80	83	3	410	34	14	29	21	1.93
26456254--26456575	120	2.7	120	85	1	441	34	14	29	21	1.93
26456456--26456515	20	3.0	20	66	9	59	38	15	26	20	1.91
26458539--26458638	50	2.0	50	94	0	173	32	9	20	39	1.83
26458612--26458742	62	2.1	62	95	1	235	35	6	19	38	1.77
26469000--26469050	27	1.9	27	88	4	77	52	1	35	9	1.46
26469780--26469932	73	2.1	73	97	0	288	33	20	5	39	1.77
26472613--26472671	26	2.2	26	82	14	68	44	16	15	23	1.86
26473066--26473179	30	3.9	30	80	8	121	24	26	22	26	2.00
26473980--26474070	42	2.2	42	93	0	155	47	9	9	32	1.70
26485983--26486035	25	2.2	24	86	3	70	52	16	7	22	1.69
26490703--26491176	44	10.9	43	72	13	312	29	21	19	29	1.98
26490631--26491008	173	2.2	173	91	1	625	30	21	19	28	1.98
26490804--26491216	220	1.9	220	89	1	648	29	22	19	28	1.98
26491202--26491231	15	2.0	15	100	0	60	33	20	26	20	1.97
26507626--26507753	63	2.0	63	100	0	256	38	21	10	29	1.87
26510495--26510536	17	2.4	17	81	14	50	21	0	33	45	1.52
26511554--26511588	13	2.7	13	81	0	52	14	11	45	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26512332--26512411	20	4.0	20	73	12	74	41	17	28	12	1.86
26514497--26514957	230	2.0	230	95	0	823	28	20	12	38	1.88
26515111--26515156	24	1.9	24	95	0	83	15	32	10	41	1.82
26525255--26525791	46	12.6	46	81	15	672	34	15	21	28	1.94
26525255--26525746	82	5.9	82	93	3	804	35	15	21	28	1.93
26528338--26528390	27	2.0	27	92	0	88	32	20	28	18	1.97
26532269--26532354	42	2.1	41	87	10	122	33	0	3	62	1.12
26532274--26532371	42	2.3	43	82	5	119	34	1	3	61	1.18
26535065--26535118	25	2.2	25	86	0	72	33	7	1	57	1.37
26543687--26543741	27	2.0	27	100	0	110	29	12	29	29	1.93
26544977--26545004	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
26547091--26547137	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
26549201--26549228	14	2.0	14	100	0	56	50	7	21	21	1.72
26554815--26554974	25	6.4	25	76	7	137	25	15	23	36	1.93
26554812--26554953	50	2.8	50	83	6	164	24	15	23	36	1.93
26566688--26566990	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
26587672--26587974	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
26597105--26597306	99	2.0	99	98	0	386	25	21	18	34	1.96
26602413--26602469	4	14.2	4	96	0	105	49	24	1	24	1.60
26609394--26609427	15	2.4	14	90	5	50	41	0	5	52	1.25
26610414--26610542	39	3.3	39	84	2	150	32	12	18	36	1.88
26612930--26612987	13	4.5	13	82	0	71	31	24	5	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26617498--26617559	29	2.1	29	96	0	115	32	32	3	32	1.74
26622923--26623000	41	1.9	41	94	0	138	43	6	15	34	1.72
26628208--26628308	51	2.0	51	88	3	150	26	23	20	28	1.99
26628219--26628327	51	2.1	51	84	0	137	27	24	21	26	1.99
26632946--26632993	12	4.0	12	86	0	69	41	18	16	22	1.90
26632945--26632991	24	2.0	24	95	0	85	44	19	17	19	1.87
26636172--26636214	21	2.0	23	81	9	54	27	6	9	55	1.57
26639595--26639682	40	2.2	40	89	4	133	44	20	25	10	1.83
26639605--26639682	20	3.9	20	81	9	97	43	21	24	10	1.83
26641126--26641194	26	2.7	26	88	0	102	24	30	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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