genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16423203--16423393	28	6.8	28	75	7	163	20	20	21	36	1.95
16423217--16423384	85	2.0	85	82	4	205	22	22	21	33	1.97
16423406--16423470	28	2.3	29	83	2	78	24	18	9	47	1.77
16423586--16423680	50	1.9	50	82	0	118	28	24	15	31	1.96
16436037--16436103	7	9.7	7	90	9	95	73	0	13	13	1.11
16437427--16437793	44	7.9	44	67	21	185	32	19	20	26	1.97
16437427--16437855	142	3.0	141	94	0	732	33	18	20	27	1.96
16437920--16438596	50	13.5	50	63	12	174	34	22	20	23	1.97
16437902--16438595	100	6.9	99	81	5	682	34	22	20	23	1.97
16445408--16445438	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
16446584--16446623	19	2.1	19	86	9	55	55	7	5	32	1.50
16447568--16447614	17	2.8	17	87	9	62	17	0	8	74	1.05
16454778--16454824	18	2.6	18	100	0	94	10	14	0	74	1.07
16455870--16455908	12	3.3	12	85	7	62	41	2	7	48	1.45
16458381--16458453	37	2.0	37	83	5	94	27	23	15	34	1.94
16463940--16463977	20	2.0	20	89	5	60	31	18	26	23	1.97
16472642--16472686	22	2.0	22	87	8	65	26	2	20	51	1.59
16475161--16475202	21	1.9	23	85	9	61	50	21	4	23	1.68
16477258--16477355	27	3.5	28	88	2	135	27	13	27	31	1.94
16477258--16477369	28	4.0	27	83	6	116	28	12	25	33	1.92
16491915--16492012	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
16491943--16492025	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16491915--16492026	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
16509050--16509094	22	2.0	22	95	0	81	48	13	13	24	1.78
16519582--16519659	37	2.1	37	85	4	104	17	14	30	37	1.90
16539220--16539257	20	1.9	20	100	0	76	31	15	15	36	1.90
16541514--16541630	62	1.9	62	84	5	159	50	4	4	41	1.41
16541609--16541657	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
16542550--16542580	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
16543415--16543461	24	1.9	24	86	4	67	34	0	38	27	1.57
16544559--16544661	28	3.7	28	93	0	170	25	23	23	28	2.00
16557509--16557540	11	2.6	13	90	9	50	65	0	3	31	1.08
16559725--16559796	20	3.6	20	74	7	65	51	16	25	6	1.69
16559703--16559753	25	2.0	25	84	0	66	54	13	23	7	1.65
16560776--16560937	42	3.9	42	73	3	146	16	35	25	23	1.95
16560966--16561048	42	2.0	42	83	4	105	21	38	19	20	1.93
16572615--16572682	22	3.1	22	86	0	91	42	25	20	11	1.86
16573192--16573238	19	2.4	20	82	13	62	25	17	0	57	1.40
16575728--16575969	50	4.7	50	84	3	277	21	28	22	27	1.99
16585917--16585976	30	2.0	30	90	3	95	30	6	10	53	1.60
16586036--16586069	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
16600520--16600573	21	2.6	20	80	16	65	72	7	5	14	1.26
16602161--16602240	28	2.9	28	78	10	85	68	3	10	17	1.32
16602207--16602251	12	4.0	12	85	8	51	73	2	6	17	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16605024--16605065	20	2.1	20	82	8	50	69	14	0	16	1.20
16605965--16606000	17	2.1	18	94	5	65	16	41	25	16	1.89
16620259--16620301	12	3.7	11	78	9	50	62	4	0	32	1.15
16622837--16622893	5	11.2	5	98	1	105	21	19	0	59	1.38
16624332--16624368	18	2.1	18	89	0	56	45	18	0	35	1.50
16625147--16625189	22	2.0	22	90	0	68	34	20	25	18	1.96
16627255--16627321	29	2.2	29	78	5	71	26	17	4	50	1.65
16627437--16627475	20	2.0	19	85	5	51	15	20	0	64	1.30
16628156--16628220	28	2.3	27	76	5	76	32	23	23	21	1.98
16628580--16628722	27	5.3	27	81	3	171	26	13	16	43	1.85
16628554--16628722	81	2.1	82	85	1	223	26	14	17	41	1.88
16628554--16628722	54	3.1	54	82	4	171	26	14	17	41	1.88
16636785--16636844	27	2.2	28	82	5	70	38	15	23	23	1.92
16636980--16637240	27	9.7	26	84	4	288	26	16	16	39	1.90
16636964--16637240	81	3.4	81	88	2	342	25	17	16	39	1.91
16642161--16642186	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
16650962--16651013	26	2.0	27	88	3	79	40	40	3	15	1.65
16652377--16652454	28	2.8	28	80	7	95	32	10	1	56	1.41
16654544--16654588	9	5.1	9	78	21	51	44	0	2	53	1.13
16663251--16663296	17	2.6	18	80	12	51	54	2	2	41	1.25
16663566--16663925	96	3.4	106	80	12	391	32	14	18	34	1.92
16664715--16664756	18	2.3	18	87	0	57	66	2	2	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16665494--16665537	21	2.1	21	91	4	72	38	4	0	56	1.20
16665494--16665534	19	2.1	19	90	9	64	36	4	0	58	1.20
16670296--16670432	42	3.5	42	75	17	157	21	18	27	32	1.97
16670258--16670434	75	2.4	75	95	0	309	20	19	27	32	1.97
16670336--16670533	102	1.9	102	89	2	308	20	21	27	29	1.98
16673992--16674040	23	2.2	22	85	10	64	48	2	10	38	1.48
16674253--16674294	21	2.0	21	95	0	75	40	16	9	33	1.81
16674539--16674571	17	2.0	17	88	5	50	57	18	9	15	1.63
16688165--16688272	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
16688612--16688669	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
16689379--16689473	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
16689491--16689544	3	20.0	3	75	21	57	61	0	0	38	0.96
16689483--16689547	5	13.2	5	80	19	75	60	0	0	40	0.97
16689494--16689547	8	6.5	8	76	23	58	61	0	0	38	0.96
16689483--16689547	29	2.2	28	89	8	94	60	0	0	40	0.97
16689497--16689556	13	4.4	13	76	12	57	61	1	0	36	1.06
16689489--16689547	24	2.5	23	88	5	82	61	0	0	38	0.96
16690155--16690384	89	2.6	89	82	2	262	24	13	27	34	1.93
16692043--16692080	17	2.2	17	100	0	76	23	36	0	39	1.55
16696415--16696453	15	2.5	15	84	15	53	0	12	2	84	0.72
16696416--16696448	15	2.3	14	94	5	57	0	15	0	84	0.61
16696407--16696459	16	3.3	15	78	19	54	1	11	5	81	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16697541--16697589	21	2.3	21	82	10	64	48	0	20	30	1.50
16706321--16706666	125	2.8	121	88	3	516	29	15	22	32	1.95
16706946--16706989	18	2.4	18	88	0	61	43	9	29	18	1.80
16707624--16707648	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
16708731--16708795	31	2.1	31	85	0	85	64	0	0	35	0.94
16708746--16708793	10	4.6	10	84	5	60	56	0	0	43	0.99
16708737--16708782	21	2.2	21	92	3	76	65	0	0	34	0.93
16708807--16708895	40	2.2	40	97	0	169	41	0	26	31	1.56
16709418--16709479	30	2.1	30	88	5	92	53	4	1	40	1.32
16720050--16720101	12	4.1	12	74	13	50	36	5	1	55	1.35
16720053--16720107	27	2.0	27	100	0	110	32	3	3	60	1.32
16720059--16720116	27	2.1	27	84	6	73	36	6	5	51	1.51
16721593--16721664	36	2.0	36	82	15	87	55	2	2	38	1.29
16725070--16725123	22	2.5	22	71	0	54	62	11	9	16	1.52
16728182--16728210	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
16736204--16736308	25	4.3	25	81	9	119	40	20	20	18	1.91
16737732--16737769	13	2.9	13	92	0	58	26	10	23	39	1.87
16742352--16742403	20	2.5	21	80	20	65	23	3	7	65	1.35
16743253--16743297	16	2.8	16	79	0	54	40	0	28	31	1.57
16743516--16743587	10	6.6	10	76	16	63	50	2	0	47	1.15
16743528--16743585	11	5.2	11	73	22	50	50	1	0	48	1.11
16743517--16743585	22	3.0	22	78	19	79	47	2	0	49	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16746035--16746094	18	3.4	18	67	15	54	38	5	0	56	1.21
16748347--16748417	28	2.5	29	86	2	99	32	23	12	30	1.92
16751412--16751473	29	2.1	29	81	3	70	30	22	4	41	1.74
16753841--16753916	27	2.9	27	86	9	95	27	22	22	27	1.99
16758780--16759026	127	2.0	125	86	4	345	33	12	15	38	1.86
16766030--16766055	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
16770074--16770115	13	2.9	14	80	13	50	45	2	0	52	1.13
16770097--16770132	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
16770151--16770183	9	3.9	9	88	11	52	42	0	0	57	0.98
16770125--16770202	38	2.0	39	80	11	90	50	1	2	46	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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