genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7850382--7850615	41	5.7	41	91	1	360	27	20	28	23	1.99
7853680--7853727	25	2.0	25	87	4	71	14	27	20	37	1.92
7853801--7853883	27	3.3	25	77	11	89	20	26	20	32	1.97
7853867--7853931	24	2.7	24	85	0	94	16	29	18	35	1.93
7853800--7853942	24	5.8	24	69	16	71	18	25	19	35	1.95
7853815--7853948	48	2.7	49	75	6	128	18	26	18	36	1.94
7856171--7856213	21	2.0	21	100	0	86	9	18	27	44	1.80
7860507--7860691	101	1.8	102	88	3	284	24	18	25	31	1.98
7860504--7860689	51	3.7	50	76	4	194	24	18	26	31	1.97
7860700--7860788	45	2.0	45	93	0	151	24	14	24	35	1.93
7864230--7864269	20	2.0	20	86	13	57	55	17	0	27	1.43
7867705--7867749	16	2.8	15	83	12	54	62	2	13	22	1.42
7867938--7868039	33	3.2	30	68	12	87	62	1	5	29	1.29
7867917--7868112	65	3.0	65	86	10	272	63	2	5	29	1.27
7868079--7868121	19	2.2	20	84	15	56	74	0	6	18	1.04
7875076--7875185	41	2.7	42	92	2	188	30	20	25	23	1.99
7875162--7875211	26	1.9	26	92	8	84	22	22	28	28	1.99
7875188--7875338	42	3.6	43	75	7	121	23	16	24	35	1.95
7875216--7875337	43	2.9	45	76	10	123	22	15	24	36	1.93
7877827--7877972	43	3.5	42	82	8	172	34	26	17	21	1.95
7877823--7877972	42	3.6	43	82	7	182	34	26	18	21	1.96
7877952--7878001	26	1.9	26	91	0	82	28	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7877975--7878166	41	4.7	41	94	0	330	23	23	19	33	1.97
7884123--7884162	14	2.9	14	80	0	53	45	7	17	30	1.76
7884732--7884767	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
7886386--7886411	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
7891302--7891335	18	1.9	18	88	5	52	55	5	8	29	1.54
7894162--7894194	17	2.0	17	94	5	59	21	6	12	60	1.53
7896380--7896465	42	2.0	42	84	4	109	44	12	5	37	1.67
7896906--7896986	30	2.7	29	76	16	85	45	4	7	41	1.53
7897315--7897348	16	2.1	16	88	0	50	47	2	2	47	1.32
7899965--7900014	5	9.4	5	84	4	55	18	4	0	78	0.91
7912566--7913674	347	3.2	347	87	4	1546	31	22	21	24	1.98
7912554--7913674	248	4.5	247	85	4	1287	31	22	20	24	1.98
7912554--7913674	50	22.6	50	76	5	1049	31	22	20	24	1.98
7915416--7915445	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
7920418--7921528	348	3.2	347	87	4	1555	31	22	21	24	1.98
7920406--7921528	248	4.5	247	86	3	1296	31	22	21	24	1.98
7920406--7921528	50	22.6	50	76	5	1058	31	22	21	24	1.98
7923276--7923305	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
7926255--7926308	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
7926244--7926315	38	2.0	36	86	10	103	38	8	16	36	1.79
7926255--7926334	19	3.9	20	83	8	83	35	7	18	38	1.79
7926999--7927025	12	2.2	12	100	0	54	18	0	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7938800--7938835	18	2.0	18	94	0	63	44	16	19	19	1.87
7948765--7948815	24	2.1	24	82	7	59	31	13	15	39	1.87
7952193--7952243	24	2.1	24	82	7	59	31	13	15	39	1.87
7955324--7955366	21	2.0	22	86	9	61	39	9	6	44	1.64
7955450--7955491	22	2.0	22	86	13	61	33	7	4	54	1.49
7956055--7956107	5	10.4	5	91	4	79	0	22	0	77	0.77
7957008--7957049	16	2.7	15	82	7	57	54	14	0	30	1.40
7957331--7957360	16	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
7966723--7966769	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
7971695--7971728	16	2.1	16	94	0	59	26	2	17	52	1.58
7974593--7975111	284	1.8	284	88	2	792	47	16	14	21	1.82
7979013--7979062	20	2.5	19	80	6	55	54	6	6	34	1.50
7980562--7980589	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
7984175--7984222	20	2.4	20	100	0	96	45	16	18	18	1.85
7986129--7986160	16	2.0	16	100	0	64	37	6	37	18	1.76
7986140--7986251	45	2.5	45	95	2	199	37	6	26	29	1.81
7986434--7986468	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7986409--7986689	117	2.4	119	88	7	403	49	4	2	44	1.34
7986549--7986585	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
7986449--7986636	60	3.2	60	71	19	169	48	5	2	43	1.39
7986653--7986689	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
7986755--7986838	18	4.8	18	66	15	59	50	2	1	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7986646--7986939	153	1.9	153	97	0	554	48	2	2	46	1.26
7986783--7987050	91	2.7	100	80	13	340	48	2	2	45	1.29
7986883--7987025	44	3.2	43	71	20	139	48	2	2	46	1.25
7986858--7987064	91	2.3	91	95	0	369	46	3	2	46	1.34
7986905--7987049	47	3.2	46	72	16	156	49	3	2	44	1.30
7994401--7994466	26	2.5	27	90	9	109	45	7	0	46	1.31
7994515--7994590	27	2.8	27	88	4	100	23	27	28	19	1.98
7994724--7994762	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
7995046--7995098	26	2.0	26	96	0	97	43	0	7	49	1.31
7995044--7995143	26	4.0	25	67	16	82	35	0	12	53	1.38
7995909--7995979	27	2.7	28	91	8	114	42	9	0	47	1.36
7996128--7996277	4	37.0	4	72	16	105	67	0	32	0	0.91
7996128--7996285	40	3.9	40	74	18	132	67	0	32	0	0.91
7996172--7996283	44	2.4	47	77	15	126	69	0	30	0	0.89
7996125--7996277	70	2.1	74	79	12	178	66	0	33	0	0.92
7996204--7996277	29	2.7	29	84	12	93	71	0	28	0	0.86
7996203--7996278	11	6.9	11	76	18	54	71	0	28	0	0.87
7996586--7996610	12	2.1	12	100	0	50	68	8	16	8	1.38
8000643--8002779	134	16.0	130	93	1	697	28	24	20	26	1.99
8000967--8002845	134	14.0	134	96	0	3429	29	24	20	25	1.99
8000704--8002845	268	8.0	268	95	1	3640	29	24	20	25	1.99
8000704--8002845	402	5.3	402	94	1	3550	29	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8001078--8002748	46	37.4	46	63	13	302	29	24	20	25	1.99
8002795--8003423	44	14.3	44	76	6	558	30	26	15	27	1.96
8002810--8003423	132	4.7	132	91	0	926	30	26	15	27	1.96
8004314--8004363	6	7.4	7	80	10	52	6	12	0	82	0.85
8004313--8004375	6	10.2	6	77	19	51	4	14	1	79	0.97
8004784--8004836	12	4.8	10	76	19	52	3	3	11	81	0.96
8006072--8006253	61	3.0	61	91	2	294	33	5	20	40	1.75
8010445--8012576	134	16.0	130	92	1	700	28	24	20	26	1.99
8010769--8012642	134	14.0	134	96	0	3384	29	24	20	25	1.99
8010880--8012545	46	37.4	46	62	13	266	29	24	20	25	1.99
8010506--8012642	268	8.0	268	95	1	3595	29	24	20	25	1.99
8010506--8012650	934	2.3	938	92	1	3521	29	24	20	25	1.99
8012592--8013220	44	14.3	44	76	6	558	30	26	15	27	1.96
8012607--8013220	132	4.7	132	91	0	926	30	26	15	27	1.96
8014109--8014172	6	10.2	6	76	21	53	4	14	1	79	0.96
8014580--8014632	12	4.8	10	76	19	52	3	3	11	81	0.96
8015865--8016048	62	3.0	62	94	0	314	33	5	20	40	1.75
8020140--8020289	4	37.0	4	74	16	105	0	32	0	67	0.91
8020140--8020284	29	5.2	28	72	18	92	0	32	0	67	0.91
8020134--8020245	44	2.7	42	78	17	128	0	30	0	69	0.89
8020149--8020292	70	2.0	73	81	10	172	0	33	0	66	0.92
8020428--8020499	26	2.7	26	93	2	117	47	0	8	44	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8024140--8024195	21	2.7	21	97	0	103	26	8	35	28	1.87
8030176--8030295	44	2.7	44	80	6	136	30	25	18	26	1.98
8030264--8030430	44	3.8	42	72	7	127	20	22	24	32	1.98
8030264--8030430	88	1.9	88	85	2	228	20	22	24	32	1.98
8030545--8031005	88	5.3	88	89	1	712	24	23	22	29	1.99
8030593--8030818	43	5.2	43	61	21	101	24	22	23	29	1.99
8030545--8031005	175	2.6	176	90	2	687	24	23	22	29	1.99
8032633--8032692	28	2.1	28	87	6	86	11	8	8	71	1.30
8037634--8037699	26	2.5	25	72	18	71	56	4	3	36	1.35
8039273--8039389	30	3.9	31	93	4	195	37	10	0	51	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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