genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1564968--1565023	23	2.3	24	88	11	80	57	0	1	41	1.09
1570642--1570735	47	2.0	47	95	4	172	40	12	8	38	1.74
1571861--1571891	16	1.9	16	100	0	62	25	25	9	38	1.86
1573519--1573551	18	1.9	17	88	11	50	60	27	6	6	1.44
1576653--1576713	29	2.1	29	81	6	70	39	19	13	27	1.89
1577134--1577173	22	1.9	22	85	10	57	42	7	7	42	1.61
1581594--1581660	30	2.2	31	84	7	84	38	10	10	40	1.74
1584112--1584158	9	5.2	9	94	0	85	44	12	10	31	1.77
1584194--1584236	21	2.0	21	82	8	52	20	41	0	37	1.53
1586281--1586316	12	2.9	12	91	4	54	27	2	0	69	1.02
1586342--1586389	25	2.0	24	84	12	62	56	10	2	31	1.45
1594307--1594454	44	3.2	44	79	14	174	29	22	16	31	1.96
1594241--1594454	95	2.3	94	90	4	340	27	24	16	31	1.96
1594239--1594444	51	4.2	50	82	12	266	27	23	16	32	1.96
1598290--1598391	31	3.3	30	76	5	105	34	18	21	25	1.96
1601517--1601573	29	2.0	29	82	6	71	36	19	12	31	1.89
1612656--1612697	21	2.0	21	100	0	84	52	23	4	19	1.65
1613884--1613963	26	3.2	24	77	10	79	62	2	1	33	1.16
1613902--1613970	27	2.6	27	80	15	81	62	1	0	36	1.04
1615088--1615131	22	1.9	23	86	9	63	50	6	2	40	1.42
1616770--1616797	8	3.5	8	100	0	56	39	0	0	60	0.97
1617890--1618021	25	5.5	24	83	6	153	17	21	21	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1618832--1618865	17	2.0	17	88	0	50	35	11	17	35	1.87
1621085--1621154	25	2.9	24	72	21	65	44	4	0	51	1.21
1622589--1622666	31	2.5	32	83	8	106	67	1	1	29	1.06
1622912--1622989	24	3.3	25	67	22	69	62	3	0	33	1.13
1635416--1635473	30	1.9	30	89	6	91	36	1	0	62	1.06
1635449--1635484	19	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
1641442--1641466	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1643596--1643648	26	2.0	27	85	3	72	37	16	5	39	1.73
1650149--1650198	23	2.1	23	85	3	64	42	6	0	52	1.26
1650946--1650995	20	2.5	20	76	0	55	20	8	10	62	1.52
1657748--1657789	19	2.3	19	84	12	52	66	0	4	28	1.12
1657853--1657892	20	2.0	21	85	5	55	65	2	2	30	1.19
1658256--1658297	19	2.3	18	87	4	57	35	0	2	61	1.09
1660024--1660054	15	2.0	16	93	6	55	3	51	38	6	1.44
1660074--1660195	19	6.6	18	75	10	113	36	2	0	59	1.16
1665957--1666008	25	2.1	25	82	3	61	55	0	1	42	1.10
1670402--1670459	25	2.4	25	97	2	109	20	24	22	32	1.98
1673659--1673702	2	22.5	2	95	4	81	0	50	0	50	1.00
1681142--1681184	22	2.0	21	86	4	59	51	4	0	44	1.22
1688959--1688985	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
1694360--1694435	37	2.1	37	92	0	125	35	18	10	35	1.85
1696304--1696333	12	2.4	13	94	5	53	36	0	36	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1701452--1701498	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
1707136--1707176	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1713210--1713263	27	2.0	27	88	0	81	31	14	12	40	1.84
1714092--1714125	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1718732--1718765	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1723236--1723288	24	2.2	24	86	0	70	54	7	3	33	1.46
1724286--1724355	23	3.2	21	84	9	86	38	41	7	12	1.71
1738566--1738635	23	3.2	21	80	9	77	38	40	7	14	1.73
1751905--1752564	44	15.2	44	73	8	473	28	16	25	29	1.97
1751905--1752564	132	5.1	131	94	3	1068	28	16	25	29	1.97
1753134--1753203	23	3.2	21	84	9	86	38	41	7	12	1.71
1769735--1769796	29	2.3	27	81	15	67	48	0	1	50	1.10
1770031--1770104	38	1.9	39	83	8	98	67	4	1	27	1.16
1770061--1770106	22	2.1	22	88	8	67	69	4	2	23	1.17
1770051--1770088	17	2.2	17	90	0	58	71	5	2	21	1.19
1775826--1776417	304	1.9	306	95	1	1064	28	15	28	27	1.96
1776930--1776955	12	2.2	12	100	0	52	26	34	23	15	1.94
1777049--1777083	17	2.2	16	90	10	54	22	5	5	65	1.36
1777763--1777793	15	2.1	15	100	0	62	58	12	0	29	1.35
1783341--1783433	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
1783341--1783433	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
1784726--1784803	39	2.0	39	87	2	113	28	17	12	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1792886--1792937	22	2.3	24	83	12	74	38	0	1	59	1.08
1793039--1793073	10	3.6	10	84	7	54	34	0	2	62	1.10
1793090--1793144	21	2.6	20	77	11	56	56	0	1	41	1.10
1796057--1796109	10	4.9	10	84	15	70	67	0	0	32	0.91
1796056--1796106	11	4.5	11	83	13	68	70	0	0	29	0.87
1797636--1797687	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1799609--1799660	24	2.2	24	85	0	68	53	11	1	32	1.48
1801434--1801483	16	3.2	15	75	8	55	68	6	6	20	1.33
1801434--1801519	32	2.6	32	83	8	111	61	5	8	24	1.46
1801465--1801896	148	2.9	152	83	11	577	54	9	7	28	1.61
1803220--1803270	10	4.9	10	79	15	59	68	0	0	31	0.90
1803219--1803267	11	4.5	11	75	14	57	71	0	0	28	0.86
1803237--1803261	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
1804700--1804745	19	2.6	18	79	6	58	78	0	21	0	0.76
1806892--1806978	28	3.2	27	73	12	88	49	6	10	33	1.64
1806883--1806967	26	3.2	26	73	6	89	50	5	10	32	1.61
1808060--1808088	14	2.1	14	100	0	58	65	6	0	27	1.18
1808050--1808074	10	2.5	10	100	0	50	64	8	0	28	1.22
1812432--1812478	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
1831609--1831665	30	1.9	30	92	0	96	59	7	0	33	1.24
1870691--1870748	30	1.9	30	89	0	89	13	31	34	20	1.92
1873903--1874250	40	8.7	40	94	0	597	31	20	27	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1880401--1880477	19	3.8	19	81	11	91	37	6	15	40	1.73
1880433--1880491	23	2.7	23	82	7	70	37	3	16	42	1.66
1880906--1880945	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
1880901--1880945	15	3.0	15	83	9	56	28	0	2	68	1.01
1880892--1880943	12	4.1	12	80	14	52	26	0	3	69	1.06
1887130--1887892	88	8.7	88	88	0	1085	27	27	24	20	1.99
1887892--1888266	44	8.7	44	83	5	444	28	18	25	27	1.98
1887932--1888266	126	2.6	126	88	4	467	28	18	25	27	1.98
1888572--1889030	44	10.6	43	70	12	194	29	18	22	29	1.97
1888557--1889030	217	2.2	219	81	4	550	30	18	21	29	1.97
1888572--1888946	44	8.7	43	71	11	223	29	18	22	29	1.97
1889341--1889384	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
1889340--1889395	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
1889353--1889418	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
1889374--1889432	23	2.7	23	82	7	70	37	3	16	42	1.66
1889591--1889629	19	1.9	19	85	10	51	15	12	5	66	1.41
1889841--1889880	3	13.3	3	89	10	64	35	0	0	65	0.93
1890138--1890253	51	2.3	52	80	7	132	31	6	6	56	1.48
1891721--1891859	69	2.0	69	100	0	278	41	14	14	29	1.85
1892686--1892737	21	2.7	19	81	16	63	69	0	0	30	0.89
1894726--1894813	41	2.2	40	97	2	167	60	11	12	15	1.59
1908270--1908331	31	2.0	31	90	6	99	45	17	8	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1908583--1908620	17	2.3	17	86	4	51	63	0	5	31	1.17
1909996--1910038	19	2.3	19	84	8	52	34	4	0	60	1.17
1922792--1922832	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
1934509--1934555	24	2.0	24	87	4	69	31	14	14	38	1.87
1949384--1949451	26	2.6	26	75	13	77	32	23	27	16	1.96
1951372--1951408	17	2.1	18	90	5	58	51	5	2	40	1.39
1954230--1954263	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1957055--1957095	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1959001--1959034	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1960154--1960178	10	2.5	10	100	0	50	48	8	0	44	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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