genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19162574--19162662	27	3.4	25	74	11	81	71	1	23	3	1.07
19162720--19162760	20	2.0	21	85	4	57	31	4	0	63	1.15
19169607--19169636	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
19179319--19179375	20	2.8	22	75	21	61	47	26	0	26	1.52
19179381--19179425	21	2.1	21	84	8	56	46	22	4	26	1.70
19181766--19181851	25	3.3	27	64	9	79	17	17	11	53	1.72
19183048--19183108	28	2.2	28	85	11	81	14	21	19	44	1.86
19188226--19188257	6	5.3	6	100	0	64	81	0	0	18	0.70
19188216--19188296	18	4.4	17	70	17	63	64	0	0	35	0.94
19188252--19188288	11	3.5	11	96	3	67	51	0	0	48	1.00
19189152--19189271	3	42.7	3	70	15	53	60	0	37	0	1.08
19189152--19189190	13	2.9	13	92	3	60	64	0	35	0	0.94
19189206--19189238	14	2.3	15	89	5	50	78	0	21	0	0.75
19189489--19189521	12	2.8	12	95	0	57	24	0	6	69	1.10
19189697--19190552	159	5.4	159	95	1	1454	53	8	8	28	1.62
19190484--19190513	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
19190531--19190569	17	2.3	17	90	0	60	64	7	10	17	1.48
19191178--19191407	114	2.0	114	96	0	424	29	19	23	27	1.98
19193866--19194007	76	1.9	76	86	5	207	50	12	6	30	1.65
19193846--19194056	40	5.3	40	72	17	127	49	10	5	34	1.59
19195555--19195640	39	2.2	39	95	2	154	45	5	9	39	1.60
19202342--19202374	16	2.1	16	100	0	66	45	6	6	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19202558--19202603	16	2.9	16	81	12	51	60	2	0	36	1.09
19202558--19202590	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
19202752--19202816	34	1.9	34	96	0	121	47	1	9	41	1.45
19203419--19203481	18	3.5	17	75	23	58	34	4	1	58	1.29
19204233--19204273	8	5.1	8	84	0	55	68	0	4	26	1.10
19206191--19207205	94	10.8	94	83	1	1061	25	20	19	35	1.96
19206297--19207012	50	15.2	49	63	22	158	25	20	19	34	1.96
19206905--19207059	44	3.4	44	66	16	116	22	22	19	35	1.96
19214063--19214106	19	2.5	18	85	10	56	68	0	4	27	1.09
19216879--19216930	20	2.5	21	81	6	61	57	1	1	38	1.21
19217278--19217316	7	5.3	7	90	9	60	41	0	12	46	1.42
19218450--19218496	18	2.6	18	77	9	51	76	2	0	21	0.89
19220974--19221383	141	3.0	135	82	6	511	41	23	16	18	1.89
19220971--19221386	135	3.0	135	82	6	523	41	23	16	18	1.89
19236930--19236957	12	2.3	12	100	0	56	60	0	10	28	1.30
19238364--19238421	21	2.8	21	91	0	98	29	15	27	27	1.96
19241610--19241682	24	3.2	23	64	25	55	38	19	20	21	1.94
19241577--19241687	45	2.4	45	86	4	143	36	18	19	24	1.94
19241618--19241689	24	3.1	24	63	25	64	40	20	19	19	1.92
19241925--19241999	39	1.9	39	83	0	96	37	17	17	28	1.92
19242711--19242758	12	4.1	11	79	10	51	75	0	18	6	1.01
19242711--19242759	18	2.7	18	84	9	64	73	0	20	6	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19242714--19242752	6	6.3	6	88	5	51	76	0	17	5	0.96
19242884--19242917	18	1.9	17	88	5	50	67	0	26	5	1.13
19253942--19254005	30	2.2	30	91	2	103	23	1	15	59	1.45
19260447--19260509	26	2.4	26	72	0	63	26	20	19	33	1.96
19273050--19273094	22	2.0	23	83	12	58	40	8	2	48	1.47
19280995--19281057	26	2.5	24	78	19	65	69	0	11	19	1.17
19284924--19284954	3	10.7	3	93	6	55	35	0	29	35	1.58
19293549--19293587	17	2.2	17	86	13	53	58	2	0	38	1.12
19293547--19293613	19	3.6	18	76	13	64	65	1	0	32	1.02
19293574--19293611	11	3.5	11	85	7	51	68	0	0	31	0.90
19293574--19293621	19	2.5	20	80	13	55	66	0	2	31	1.03
19293592--19293649	25	2.5	24	78	10	57	63	1	3	31	1.21
19293830--19293876	26	1.9	23	87	12	67	34	17	6	42	1.74
19313986--19314029	19	2.2	20	88	4	63	52	0	25	22	1.48
19322500--19322580	39	2.1	39	81	4	92	33	22	22	22	1.97
19323161--19323194	15	2.4	14	90	5	50	23	0	32	44	1.54
19323204--19323242	14	2.7	15	92	7	64	15	0	46	38	1.46
19323234--19323272	14	2.8	14	80	0	51	23	0	20	56	1.42
19323256--19323314	22	2.7	22	76	5	66	27	0	32	40	1.56
19323319--19323379	21	2.9	22	82	7	72	19	0	40	39	1.52
19323341--19323377	7	5.3	7	90	0	56	16	0	48	35	1.46
19323224--19323521	142	2.1	142	85	3	395	22	0	35	41	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19323220--19323608	135	2.8	138	82	6	425	22	1	35	41	1.62
19323303--19323648	135	2.6	129	75	14	303	20	1	36	41	1.63
19323217--19323647	142	3.1	138	75	12	380	22	1	35	41	1.62
19326275--19326309	9	3.9	9	96	0	61	11	77	8	2	1.10
19326486--19326550	28	2.3	27	80	12	78	32	4	13	49	1.63
19326464--19326611	66	2.2	66	90	0	224	33	2	12	51	1.53
19326969--19327093	18	6.9	18	73	12	121	47	16	0	36	1.46
19327010--19327093	9	9.2	9	82	7	107	44	17	0	38	1.50
19327150--19327228	9	9.0	9	79	8	65	45	21	1	31	1.60
19332945--19333027	43	2.0	43	83	7	107	30	14	25	30	1.95
19332963--19333296	43	7.7	43	89	2	454	24	15	27	32	1.95
19332992--19333318	173	1.9	173	87	2	478	24	15	27	33	1.95
19337739--19337841	54	1.9	54	95	0	188	38	24	20	16	1.92
19352251--19352276	8	3.2	8	100	0	52	11	11	0	76	1.01
19352644--19352745	27	3.8	27	92	0	159	31	25	12	30	1.93
19368709--19368869	45	3.6	45	85	3	182	32	26	15	24	1.95
19368710--19368873	90	1.8	90	84	5	224	33	26	14	25	1.94
19368709--19368888	45	4.0	45	83	2	175	33	26	14	25	1.94
19372990--19373078	41	2.2	41	85	2	117	22	28	14	34	1.93
19373021--19373087	21	3.2	21	70	4	64	26	29	13	29	1.94
19374010--19374068	29	2.0	29	87	6	84	15	20	27	37	1.92
19375307--19375337	15	2.1	15	100	0	62	19	25	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19379504--19379547	19	2.3	20	84	7	56	59	0	11	29	1.32
19380293--19380419	40	3.2	39	78	5	128	19	28	14	37	1.92
19380364--19380413	20	2.4	21	76	3	57	18	30	16	36	1.92
19386469--19386509	21	2.0	21	100	0	82	53	9	14	21	1.70
19387958--19388177	51	4.3	52	73	12	188	24	15	27	33	1.95
19387954--19388146	50	3.8	50	78	7	185	23	16	26	33	1.96
19395751--19395928	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
19395752--19395907	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
19395748--19395928	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
19398999--19399223	51	4.4	50	77	7	197	24	16	27	31	1.97
19399003--19399193	101	1.9	101	82	5	242	23	16	27	32	1.96
19400522--19400563	16	2.5	17	81	18	52	42	0	33	23	1.55
19405278--19405539	79	3.3	79	87	4	343	25	28	21	24	1.99
19405276--19405539	119	2.2	120	81	6	324	25	28	21	24	1.99
19405257--19405539	40	7.1	40	79	7	301	25	28	21	25	1.99
19411564--19411604	18	2.3	18	95	0	73	29	34	4	31	1.79
19417825--19417886	33	1.9	32	86	3	88	53	4	0	41	1.22
19418099--19418151	21	2.5	21	82	11	72	32	32	7	28	1.85
19421750--19421776	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
19429437--19429500	22	2.8	22	77	13	67	15	3	34	46	1.62
19429564--19429651	34	2.7	32	80	13	108	40	1	14	43	1.53
19429539--19429601	27	2.4	27	81	7	76	41	3	14	41	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19429572--19429637	34	1.9	34	93	3	114	42	1	10	45	1.48
19429746--19430130	126	3.1	126	88	2	551	38	15	17	28	1.90
19439566--19439622	29	2.0	29	82	0	69	42	15	14	28	1.86
19442525--19442566	14	3.0	14	92	0	75	28	26	2	42	1.67
19457174--19457253	35	2.3	35	97	0	151	30	25	23	21	1.99
19457225--19457416	76	2.5	76	84	1	215	31	21	21	25	1.98
19457289--19457430	76	1.9	76	92	0	239	30	23	21	23	1.99
19457452--19457489	15	2.4	16	82	4	51	39	15	0	44	1.47
19462081--19462200	57	2.1	58	84	1	152	27	19	5	47	1.72
19463294--19463365	36	2.0	36	100	0	144	41	33	13	11	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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