genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18115708--18115736	15	1.9	15	100	0	58	20	17	20	41	1.90
18120656--18120776	42	2.9	41	75	7	100	38	16	25	19	1.93
18120757--18120805	20	2.4	21	79	3	55	44	16	20	18	1.86
18123600--18123645	17	2.6	18	73	13	51	41	2	4	52	1.33
18138167--18138206	20	2.0	20	85	9	55	62	0	5	32	1.17
18140542--18140603	20	3.1	20	77	9	63	33	9	11	45	1.73
18144829--18144871	22	2.0	21	81	4	50	39	16	0	44	1.48
18150446--18150627	92	2.0	93	81	7	219	46	13	12	26	1.79
18173500--18173544	23	2.0	23	91	8	74	31	8	20	40	1.83
18176366--18176606	60	4.0	60	86	5	299	39	16	29	14	1.88
18176366--18176607	122	2.0	122	86	4	337	39	16	29	14	1.88
18182229--18182422	60	3.2	59	75	12	182	38	20	26	14	1.91
18182291--18182328	20	1.9	20	88	0	58	39	18	28	13	1.88
18192014--18192040	8	3.4	8	100	0	54	74	0	0	25	0.83
18203638--18203910	40	6.8	40	89	2	377	24	29	21	24	1.99
18203637--18203910	122	2.3	120	87	1	404	24	29	21	24	1.99
18214437--18214496	30	2.0	30	100	0	120	23	26	26	23	2.00
18215802--18215861	10	5.9	10	77	11	50	38	11	23	26	1.89
18215813--18215862	20	2.5	20	84	15	59	34	14	26	26	1.94
18215803--18215861	30	1.9	31	86	3	84	37	11	23	27	1.90
18215866--18215941	30	2.5	30	95	0	134	34	11	38	15	1.84
18215885--18215941	11	5.5	11	82	14	77	35	10	36	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18216723--18216747	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
18220248--18220307	10	5.9	10	77	11	50	38	11	23	26	1.89
18220259--18220308	20	2.5	20	84	15	59	34	14	26	26	1.94
18220249--18220307	30	1.9	31	86	3	84	37	11	23	27	1.90
18220312--18220387	30	2.5	30	95	0	134	34	11	38	15	1.84
18220331--18220387	11	5.5	11	82	14	77	35	10	36	17	1.84
18221146--18221185	16	2.4	16	87	4	53	2	20	2	75	1.04
18223319--18223370	25	2.1	26	82	7	63	11	15	3	69	1.32
18224691--18224829	10	13.8	10	71	15	90	35	10	30	22	1.88
18224690--18224800	30	3.7	30	79	8	102	36	11	29	22	1.90
18224771--18224829	30	2.0	30	93	0	100	37	8	35	18	1.81
18229139--18229198	28	2.2	28	87	3	86	15	30	40	15	1.87
18231137--18231173	19	1.9	19	100	0	74	37	2	16	43	1.62
18231202--18231294	41	2.3	42	90	3	145	30	4	12	52	1.58
18237386--18237578	80	2.4	80	82	5	221	26	29	20	23	1.99
18237356--18237525	40	4.3	40	90	0	234	25	28	21	24	1.99
18237356--18237578	120	1.9	119	81	6	272	26	28	21	24	1.99
18237510--18237587	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
18242457--18242757	40	7.6	40	89	3	378	24	19	28	27	1.99
18242457--18242757	119	2.5	118	86	3	388	24	19	28	27	1.99
18256867--18256936	26	2.7	26	79	0	86	45	18	11	24	1.82
18278255--18278430	27	6.5	26	84	2	163	27	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18278253--18278430	54	3.3	54	79	7	191	27	15	27	29	1.96
18278254--18278409	82	1.9	81	87	6	226	27	15	27	29	1.96
18278250--18278430	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
18286307--18286482	27	6.5	26	82	2	154	27	14	27	30	1.95
18286306--18286461	82	1.9	81	85	6	217	27	14	27	30	1.95
18286302--18286482	82	2.2	81	80	4	213	27	14	27	30	1.95
18290858--18290916	29	2.0	29	83	0	73	35	22	18	23	1.96
18298304--18298346	21	2.0	22	90	4	70	13	4	11	69	1.33
18307540--18307607	30	2.2	31	84	2	84	48	7	17	26	1.73
18310908--18311158	101	2.5	101	85	3	321	30	16	25	27	1.97
18310934--18311113	33	5.4	33	70	8	114	31	16	24	28	1.96
18311639--18311673	17	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
18313450--18313565	43	2.7	43	87	0	169	32	13	26	26	1.94
18322432--18322466	17	2.0	18	88	5	54	51	25	14	8	1.70
18327710--18327750	21	2.0	21	85	4	57	36	12	9	41	1.76
18339487--18339556	26	2.7	26	79	0	86	45	18	11	24	1.82
18341285--18341462	27	6.6	27	82	3	142	29	29	15	25	1.96
18353044--18353221	27	6.6	27	83	3	187	29	27	15	27	1.96
18353065--18353220	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
18364394--18364427	16	2.1	16	88	5	50	61	5	5	26	1.42
18364676--18364731	3	18.7	3	84	0	76	64	0	5	30	1.16
18366125--18366379	44	5.8	44	82	2	307	26	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18366125--18366375	88	2.9	88	85	0	342	25	25	20	27	1.99
18378938--18378987	3	16.7	3	87	0	73	64	2	4	30	1.23
18387672--18387814	50	2.8	50	83	1	187	25	23	30	20	1.99
18399212--18399271	24	2.4	25	76	15	70	58	1	0	40	1.08
18399212--18399274	25	2.5	24	76	16	65	58	1	0	39	1.07
18420084--18420109	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
18421063--18421094	15	2.1	15	100	0	64	37	31	6	25	1.81
18426951--18427209	75	3.5	75	78	4	272	26	18	15	39	1.90
18427152--18427871	105	6.9	105	81	3	709	30	18	15	34	1.92
18430030--18430222	51	3.8	50	84	6	246	26	17	26	29	1.97
18430030--18430252	101	2.2	102	81	7	249	27	16	26	30	1.97
18448651--18448704	28	1.9	28	81	7	65	66	0	11	22	1.22
18454804--18454862	26	2.3	26	81	0	82	44	23	10	22	1.83
18466246--18466330	3	28.3	3	84	0	98	32	5	3	57	1.40
18473707--18473766	16	3.3	19	77	17	56	78	0	18	3	0.89
18473729--18473767	16	2.4	17	91	4	62	79	0	20	0	0.73
18473730--18473765	11	3.4	11	88	3	56	80	0	19	0	0.71
18473776--18473860	44	1.9	45	90	7	138	41	16	24	17	1.90
18475101--18475889	89	8.9	89	83	1	826	28	23	22	25	1.99
18475093--18475899	267	3.0	267	81	3	924	29	23	22	25	1.99
18476076--18476268	51	3.9	51	76	6	180	29	18	24	28	1.98
18476109--18476286	97	1.8	97	85	0	248	31	17	23	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18477906--18477939	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
18478038--18478085	20	2.4	19	86	6	60	37	2	0	60	1.09
18491599--18491695	44	2.2	45	83	1	115	21	21	24	31	1.98
18494385--18494436	24	2.2	24	82	6	61	42	7	5	44	1.57
18495803--18495847	24	1.9	23	95	4	81	71	0	24	4	1.05
18498231--18498326	45	2.2	45	83	3	115	47	5	1	45	1.32
18514909--18514933	13	1.9	13	100	0	50	28	32	24	16	1.96
18514921--18515033	40	2.8	39	77	13	113	24	28	22	24	1.99
18514965--18515042	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
18522062--18522095	14	2.4	14	95	0	59	55	14	0	29	1.40
18527601--18527634	18	1.9	18	88	5	52	11	23	8	55	1.63
18527641--18527678	14	2.7	14	84	12	51	0	18	0	81	0.69
18529177--18529245	36	1.9	36	93	0	120	10	28	18	42	1.83
18529810--18529845	9	3.9	9	92	3	54	8	5	0	86	0.72
18529812--18529846	17	2.0	17	88	5	52	8	5	0	85	0.73
18541236--18541307	3	24.0	3	76	16	69	63	2	4	29	1.27
18542379--18542447	35	2.0	35	97	2	131	43	2	30	23	1.68
18544478--18544546	34	2.0	34	100	0	138	23	31	11	33	1.90
18548169--18548386	107	2.0	107	96	0	400	29	20	19	31	1.97
18551221--18551291	1	71.0	1	77	0	70	88	9	1	0	0.57
18551221--18551284	25	2.6	24	90	7	101	89	10	0	0	0.50
18551221--18551291	11	6.5	11	82	9	83	88	9	1	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18551220--18551293	19	4.1	18	88	10	107	86	12	1	0	0.63
18551726--18551771	13	3.5	13	82	14	51	78	4	17	0	0.91
18554625--18554846	107	2.1	107	95	0	399	28	19	18	32	1.96
18560882--18560916	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18561149--18561187	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
18561162--18561218	16	3.6	16	90	0	78	33	35	0	31	1.58
18565387--18565436	13	4.2	13	78	19	63	70	4	0	26	1.05
18565385--18565454	22	3.2	22	95	4	124	68	2	1	27	1.12
18565920--18565951	8	4.0	8	100	0	64	75	0	0	25	0.81
18573664--18573861	43	4.7	43	79	10	212	23	16	25	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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