genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21513401--21513503	43	2.4	43	90	0	161	24	17	22	35	1.95
21513401--21513565	86	1.9	86	82	2	206	23	17	25	33	1.96
21513401--21513562	43	3.8	42	77	9	159	22	17	25	33	1.96
21525385--21525424	20	2.0	20	95	0	71	37	0	5	57	1.21
21526367--21526404	19	2.1	19	85	5	51	50	13	0	36	1.42
21527992--21528032	3	13.3	3	94	5	73	65	0	0	34	0.93
21529636--21529670	14	2.4	14	90	4	52	8	0	37	54	1.31
21529800--21529847	23	2.1	23	84	0	60	70	4	4	20	1.21
21530847--21530914	31	2.3	29	85	7	84	47	14	14	23	1.82
21530924--21531001	38	2.1	38	95	0	138	48	16	2	32	1.60
21532682--21532742	26	2.5	26	80	15	76	21	24	22	31	1.98
21534335--21534371	16	2.2	17	90	4	58	51	2	0	45	1.15
21535965--21536008	20	2.2	20	83	0	52	34	9	6	50	1.61
21536402--21536471	30	2.4	29	83	9	81	37	1	1	60	1.15
21536430--21536473	22	2.0	23	86	4	63	31	0	2	65	1.05
21536600--21537217	83	7.5	84	78	8	410	31	14	11	42	1.81
21536660--21536814	74	2.1	74	93	0	265	31	15	10	41	1.82
21536600--21536901	160	1.9	161	85	0	417	32	13	10	42	1.80
21537075--21537234	77	2.1	78	79	3	171	31	14	12	41	1.83
21540128--21540291	29	5.6	30	83	2	165	31	18	6	43	1.76
21540152--21540291	59	2.4	59	81	4	158	30	17	6	45	1.74
21540152--21540291	30	4.8	28	81	8	104	30	17	6	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21540544--21540584	16	2.8	15	86	13	59	60	0	39	0	0.96
21540650--21540714	3	21.3	3	80	9	51	76	0	23	0	0.78
21540651--21540676	13	2.0	13	100	0	52	61	0	38	0	0.96
21540650--21540718	9	7.7	9	82	10	61	78	0	21	0	0.76
21540674--21540715	13	3.2	13	93	3	66	85	0	14	0	0.59
21540678--21540718	21	2.0	21	90	9	66	87	0	12	0	0.53
21540671--21540718	13	3.8	12	84	13	60	85	0	14	0	0.60
21540813--21540865	18	3.0	17	77	5	61	75	7	13	3	1.15
21541021--21541051	9	3.4	9	95	0	53	87	0	12	0	0.55
21551354--21555312	78	51.3	77	75	12	3222	27	15	20	36	1.93
21551357--21555317	151	25.7	151	79	11	3332	27	15	20	35	1.93
21551357--21555280	229	16.9	229	81	9	3454	27	15	20	35	1.93
21554994--21555274	86	3.5	86	76	13	260	29	14	20	34	1.93
21555087--21555312	79	3.0	76	81	7	228	27	16	20	34	1.95
21555443--21555609	29	5.7	29	82	4	165	31	16	4	47	1.68
21555444--21555608	59	2.8	58	79	4	179	30	16	4	47	1.68
21555864--21555903	16	2.7	15	85	14	57	57	0	42	0	0.98
21555969--21556033	3	21.3	3	80	9	60	75	0	24	0	0.81
21555969--21556037	9	7.7	9	85	10	70	76	0	23	0	0.78
21556000--21556037	8	4.8	8	83	9	51	86	0	13	0	0.56
21555996--21556030	17	2.0	18	94	5	63	85	0	14	0	0.59
21556133--21556182	16	3.0	16	91	5	73	74	10	16	0	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21556132--21556182	17	3.0	18	86	13	81	74	9	15	0	1.06
21556285--21556349	21	3.2	20	75	12	69	81	0	18	0	0.69
21556304--21556349	11	4.2	11	94	0	74	86	0	13	0	0.56
21556305--21556342	18	2.1	17	90	9	58	89	0	10	0	0.49
21556510--21556534	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
21558254--21558299	14	3.4	14	78	3	58	34	0	0	65	0.93
21558958--21558993	18	2.1	18	89	5	56	38	5	0	55	1.23
21561325--21561395	34	2.1	34	81	0	79	56	8	15	19	1.65
21566988--21567028	19	2.2	19	86	0	55	36	4	12	46	1.63
21567974--21568039	32	2.1	32	97	2	125	46	12	10	30	1.75
21569812--21570034	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
21569812--21570034	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
21577796--21578018	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
21577796--21578018	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
21584741--21584773	13	2.7	12	95	4	57	0	6	15	78	0.93
21584742--21584781	11	3.5	11	89	6	53	0	5	17	77	0.94
21584769--21584811	15	2.9	14	79	6	50	0	6	11	81	0.87
21584765--21584812	21	2.4	19	76	13	51	0	6	12	81	0.87
21585339--21585403	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
21587761--21587844	28	3.0	28	77	6	89	34	21	16	27	1.95
21587887--21587949	22	2.8	22	78	7	65	30	26	20	22	1.98
21590621--21590664	7	6.0	7	84	10	61	84	2	0	13	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21592449--21592691	50	4.9	50	79	7	237	28	18	27	24	1.98
21592898--21592928	16	1.9	16	93	0	53	51	6	22	19	1.69
21592899--21592944	20	2.3	20	88	0	65	54	2	26	17	1.54
21609528--21609566	19	2.1	19	85	0	51	38	0	10	51	1.36
21609670--21609707	18	2.1	18	85	9	51	28	5	10	55	1.56
21610431--21610485	29	1.9	29	85	3	76	60	12	5	21	1.53
21612581--21612650	6	10.8	6	76	13	59	75	1	21	1	0.96
21612602--21612638	10	3.6	10	96	3	65	78	0	21	0	0.75
21612600--21612653	24	2.2	24	83	3	72	79	0	20	0	0.73
21612593--21612650	15	3.7	15	81	6	71	75	0	24	0	0.80
21621510--21621706	43	4.6	43	83	3	263	23	17	21	38	1.93
21621510--21621707	85	2.3	86	88	2	283	23	17	21	37	1.93
21628880--21628904	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21629421--21629463	21	2.2	20	87	8	61	34	2	4	58	1.32
21629517--21629635	52	2.3	52	80	11	122	32	16	14	36	1.89
21634299--21634523	40	5.7	40	87	5	280	24	27	22	25	2.00
21634299--21634523	79	2.8	79	83	7	285	24	27	22	25	2.00
21634299--21634523	119	1.9	120	83	8	298	24	27	22	25	2.00
21654852--21655136	50	5.6	50	91	2	435	21	31	21	25	1.98
21661511--21661685	44	4.0	44	87	1	255	48	3	23	25	1.67
21683181--21683338	48	3.3	48	89	1	228	35	5	20	38	1.76
21683795--21683821	14	1.9	14	100	0	54	51	7	18	22	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21694005--21694045	15	2.5	17	85	14	52	43	2	0	53	1.13
21694046--21694357	61	5.1	65	64	22	176	41	1	6	50	1.40
21694004--21694413	120	3.4	120	94	2	702	42	1	5	50	1.36
21694129--21694180	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
21694362--21694410	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
21694362--21694416	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
21694561--21694651	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
21694632--21694700	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
21694632--21694700	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
21699618--21699666	19	2.6	20	81	18	61	36	2	0	61	1.08
21705477--21705546	27	2.6	27	83	2	95	35	12	10	41	1.77
21712649--21712686	14	2.6	15	84	15	53	55	0	0	44	0.99
21713188--21713224	12	3.2	12	96	3	67	13	16	0	70	1.17
21730394--21730600	106	2.0	104	85	7	285	42	15	5	36	1.70
21735772--21735909	41	3.4	41	79	4	134	20	19	27	32	1.97
21739880--21739992	41	2.8	41	83	5	140	19	23	23	33	1.97
21748007--21748040	18	1.9	17	88	5	50	64	17	0	17	1.29
21748745--21748777	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
21750514--21750881	174	2.1	174	94	0	646	30	26	18	25	1.98
21750547--21750917	44	8.5	44	68	10	132	30	26	16	26	1.97
21750728--21751003	133	2.1	133	95	0	489	29	26	17	27	1.97
21750554--21751177	307	2.0	307	94	0	1088	29	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21750861--21751543	174	3.9	174	75	11	696	28	26	18	26	1.98
21751115--21751637	44	11.9	44	74	9	311	26	27	20	26	1.99
21750558--21751278	307	2.3	307	89	0	1014	29	26	18	26	1.98
21751114--21751634	133	3.9	133	71	9	314	26	27	20	25	1.99
21751115--21751637	89	5.9	89	75	7	456	26	27	20	26	1.99
21751123--21751631	262	1.9	264	81	5	611	26	27	20	25	1.99
21751005--21751637	350	1.8	352	90	2	1040	27	26	19	26	1.99
21752848--21752898	8	6.4	8	79	20	54	13	13	0	72	1.12
21752839--21752883	13	3.2	15	84	12	60	15	15	0	68	1.21
21752839--21752883	7	6.4	7	82	14	58	15	15	0	68	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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