genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  36  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9886157--9886214	30	1.9	30	100	0	116	27	15	13	43	1.85
9889206--9889268	23	2.7	23	72	15	58	4	17	1	76	1.04
9889267--9889315	26	1.9	25	83	4	62	36	6	0	57	1.24
9892335--9892383	24	2.0	24	100	0	98	28	18	12	40	1.86
9892946--9893006	25	2.4	25	81	5	70	32	19	24	22	1.97
9892966--9893026	25	2.4	25	86	5	79	31	16	29	22	1.96
9893090--9893149	25	2.4	25	83	8	77	23	20	30	26	1.98
9893453--9893492	20	2.1	19	85	4	53	47	17	2	32	1.61
9894121--9894190	18	3.7	19	72	16	56	0	21	5	72	1.05
9898661--9898766	37	2.8	37	78	5	104	32	24	17	25	1.97
9899639--9899696	14	3.9	14	73	20	55	5	17	1	75	1.06
9904861--9904964	50	2.2	46	82	8	127	48	9	6	35	1.63
9905429--9905670	126	1.9	128	98	1	470	35	13	11	38	1.81
9905752--9905837	9	9.6	9	71	16	54	66	1	2	30	1.12
9906083--9906107	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
9906052--9906105	19	2.8	20	72	8	58	31	3	1	62	1.23
9906155--9906200	19	2.4	19	85	3	56	32	4	2	60	1.28
9909082--9909130	19	2.7	18	81	12	55	55	2	0	42	1.11
9909553--9909602	22	2.4	20	84	12	73	60	2	0	38	1.09
9909558--9909600	22	2.0	22	95	0	77	58	2	0	39	1.11
9913859--9913902	23	1.9	23	90	0	70	40	11	15	31	1.83
9913859--9913910	23	2.3	23	86	0	68	38	11	17	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9913933--9914075	23	6.1	23	77	9	146	41	12	18	27	1.86
9913890--9914012	47	2.6	48	80	3	124	40	16	16	26	1.89
9913933--9914075	70	2.0	70	91	0	232	41	12	18	27	1.86
9914921--9915045	43	2.9	43	81	15	150	28	28	20	22	1.98
9923671--9923725	3	18.7	3	92	3	94	69	0	30	0	0.89
9933939--9933989	24	2.2	23	92	3	84	43	7	17	31	1.78
9940646--9940673	14	2.0	14	100	0	56	64	7	14	14	1.48
9944029--9944054	12	2.2	12	100	0	52	15	7	19	57	1.62
9948616--9948649	18	1.9	18	88	5	52	76	8	0	14	1.01
9948802--9948858	30	1.9	30	89	7	89	57	3	3	35	1.33
9948892--9948935	23	1.9	23	85	0	61	52	0	6	40	1.28
9948892--9948936	19	2.4	19	82	13	58	53	0	6	40	1.27
9949018--9949061	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
9949185--9949220	3	12.0	3	87	0	54	63	2	2	30	1.22
9949522--9949579	22	2.6	22	84	7	73	43	17	5	34	1.71
9949535--9949605	21	3.4	19	84	11	70	40	14	9	35	1.79
9949731--9949760	14	2.1	14	93	0	51	13	0	16	70	1.18
9951553--9951607	12	5.3	10	77	18	51	21	1	3	72	1.09
9951553--9951607	5	10.6	5	76	21	51	21	1	3	72	1.09
9951557--9951613	30	1.9	30	86	13	82	22	1	3	71	1.10
9952221--9952282	31	2.0	31	100	0	124	16	6	35	41	1.74
9953641--9953697	29	1.9	29	85	3	78	29	31	24	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9961673--9961697	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
9962179--9962216	20	1.9	20	84	10	51	52	10	7	28	1.64
9966248--9966441	50	3.9	50	78	3	178	24	26	20	28	1.99
9975010--9975203	50	3.9	50	81	2	203	22	26	23	27	1.99
9985460--9985526	29	2.3	30	89	5	102	25	16	16	41	1.88
9985783--9985833	22	2.3	22	96	0	93	27	31	0	41	1.56
9986982--9987006	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
9988094--9988162	25	2.7	25	86	2	102	46	2	11	39	1.55
9988158--9988206	18	2.7	18	87	0	62	48	18	2	30	1.59
9988198--9988269	35	2.1	34	92	2	117	41	30	1	26	1.64
9988247--9988287	17	2.3	18	91	4	66	43	24	2	29	1.67
9988165--9989751	82	17.6	82	67	26	310	45	27	0	26	1.58
9988247--9988416	18	10.4	17	66	20	78	45	27	0	26	1.58
9988311--9989675	29	48.8	29	74	16	1017	45	27	0	26	1.57
9988265--9989647	111	12.5	108	75	17	1054	45	27	0	26	1.58
9988625--9988777	18	9.3	18	62	22	77	46	27	0	26	1.53
9988812--9988870	18	3.3	18	63	13	50	45	28	0	25	1.54
9988986--9989027	18	2.3	18	100	0	84	47	26	0	26	1.52
9989091--9989209	18	7.3	18	64	22	75	45	26	0	27	1.59
9989279--9989320	18	2.3	18	91	0	66	50	21	0	28	1.49
9988311--9989675	87	16.3	87	81	13	1289	45	27	0	26	1.57
9989530--9989588	18	3.3	18	63	13	50	44	32	0	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9989653--9989693	18	2.3	18	95	0	73	51	21	0	26	1.48
9989317--9989754	117	3.6	117	86	7	397	45	27	0	26	1.57
9989700--9989741	18	2.3	18	83	0	57	47	19	0	33	1.49
9989624--9989754	47	2.8	47	92	0	208	46	23	0	29	1.53
9989749--9989885	55	2.5	55	98	0	265	37	11	5	44	1.65
9989858--9989892	18	1.9	18	94	0	61	37	8	2	51	1.47
9989749--9989927	55	3.2	54	91	3	252	37	10	5	46	1.60
9993087--9993422	124	2.7	124	97	0	618	30	21	17	30	1.96
9997122--9997147	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
9997214--9997279	31	2.2	30	86	13	91	45	0	0	54	0.99
9998247--9998325	15	5.1	16	81	10	76	72	0	2	25	0.98
9998247--9998326	18	4.4	17	69	27	56	72	0	2	25	0.97
9998283--9998328	22	2.0	23	80	12	51	73	0	0	26	0.83
10002018--10002193	51	3.5	51	81	4	212	31	24	13	31	1.93
10009638--10009829	51	3.8	49	79	8	208	31	25	14	29	1.94
10017380--10017566	51	3.7	50	74	9	182	32	27	15	24	1.95
10017378--10017562	101	1.8	101	89	3	291	32	27	15	24	1.95
10023053--10023130	27	2.9	27	74	11	79	52	26	2	17	1.58
10023138--10023167	14	2.1	14	93	0	51	16	6	30	46	1.73
10023198--10023252	26	2.1	26	83	6	67	21	12	27	38	1.90
10023718--10023790	19	3.8	19	92	0	128	38	9	15	36	1.80
10023718--10023816	19	4.9	21	86	6	93	37	8	16	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10033567--10033600	17	1.9	18	88	5	52	20	17	26	35	1.95
10044043--10044212	27	6.4	25	72	9	124	15	16	33	34	1.91
10044043--10044212	80	2.1	80	89	2	261	15	16	33	34	1.91
10060993--10061457	44	10.7	43	72	14	282	28	23	20	27	1.99
10060988--10061497	217	2.4	217	91	1	835	28	23	20	27	1.99
10069667--10069712	24	1.9	24	86	0	65	10	26	17	45	1.81
10078214--10078316	44	2.3	45	83	8	129	45	24	18	11	1.82
10078214--10078338	23	5.6	22	80	10	121	44	25	19	11	1.84
10079194--10079241	24	2.0	24	100	0	96	54	4	12	29	1.56
10091682--10091738	29	2.0	29	82	6	71	42	8	17	31	1.80
10093127--10093232	46	2.3	46	78	0	131	32	23	14	30	1.94
10093572--10093602	15	2.1	15	100	0	62	41	12	6	38	1.69
10095350--10095386	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
10103970--10104039	30	2.3	31	80	9	81	41	17	14	27	1.87
10112161--10112235	26	2.9	26	70	7	62	29	45	14	10	1.79
10118221--10118258	20	1.9	19	89	5	58	23	21	0	55	1.44
10124047--10124095	17	2.9	16	74	14	53	42	0	12	44	1.41
10126247--10126840	104	5.7	104	85	2	744	30	17	14	36	1.91
10132981--10133024	19	2.5	18	85	10	56	43	4	0	52	1.22
10138438--10138477	21	1.9	21	89	0	62	30	32	12	25	1.92
10140581--10140833	46	5.6	46	91	1	388	34	15	20	28	1.94
10147756--10147965	46	4.6	46	90	1	318	34	15	20	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10150439--10150608	57	3.0	55	81	8	173	26	13	23	36	1.92
10150439--10150608	29	5.9	29	80	5	168	26	13	23	36	1.92
10159389--10159415	6	4.5	6	100	0	54	18	0	14	66	1.25
10163918--10163947	9	3.4	9	95	4	53	50	0	20	30	1.49
10168998--10169034	6	6.2	6	96	0	56	10	0	5	83	0.79
10169771--10169806	18	2.0	18	88	0	54	41	2	8	47	1.48
10172654--10172933	150	1.9	149	81	3	348	22	28	20	28	1.99
10172654--10172937	50	5.7	50	83	2	304	22	28	20	28	1.99
10177639--10177666	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
10179312--10179608	68	4.4	67	79	4	274	33	17	22	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221