genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25301946--25302019	25	3.0	25	78	7	87	27	21	20	31	1.98
25305133--25305308	27	6.5	26	83	2	145	27	15	26	29	1.96
25305132--25305287	82	1.9	81	84	6	208	28	16	26	28	1.97
25305160--25305308	55	2.7	54	83	4	165	27	15	28	28	1.96
25305128--25305308	82	2.2	81	80	4	204	28	16	26	29	1.96
25323513--25323563	13	3.8	14	87	7	79	68	0	9	21	1.18
25323517--25323561	12	3.6	12	84	6	54	68	0	8	22	1.16
25323516--25323562	14	3.6	13	88	5	69	70	0	8	21	1.14
25323510--25323563	26	2.0	26	92	7	90	64	0	11	24	1.25
25324958--25325023	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
25330790--25330824	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
25331778--25331835	12	4.6	12	80	16	64	15	3	5	75	1.11
25333570--25333639	30	2.3	29	81	11	79	22	18	17	41	1.90
25333576--25333633	20	2.9	20	73	19	57	24	17	15	43	1.87
25335890--25335959	12	5.5	13	75	17	58	71	4	7	17	1.25
25337037--25337144	6	17.7	6	69	10	67	72	3	17	6	1.21
25337105--25337142	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
25337049--25337156	24	4.9	21	67	21	51	71	3	18	6	1.23
25337159--25337221	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
25349763--25349816	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
25352112--25352137	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
25360969--25361026	11	5.2	11	95	4	107	70	8	0	20	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25360972--25361024	23	2.3	23	100	0	106	77	7	0	15	0.98
25361066--25361106	18	2.4	17	92	8	66	65	4	9	19	1.40
25363402--25363433	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
25364787--25364839	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
25365442--25365495	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
25365442--25365515	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
25365442--25365506	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
25367115--25367148	13	2.6	13	85	0	50	79	5	2	11	1.02
25367115--25367149	14	2.7	13	91	8	54	77	5	2	14	1.07
25368230--25368263	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
25369529--25369582	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
25369529--25369602	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
25369529--25369593	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
25383130--25383175	23	2.0	23	91	0	74	69	8	2	19	1.25
25383130--25383175	12	4.0	11	91	8	74	69	8	2	19	1.25
25383220--25383258	18	2.3	17	91	8	62	64	5	10	20	1.44
25385315--25385346	16	2.0	16	100	0	64	31	0	56	12	1.37
25388493--25388522	11	2.7	11	89	0	51	76	6	6	10	1.15
25389440--25389501	25	2.4	25	84	7	72	59	4	24	11	1.51
25394114--25394186	13	5.5	13	75	12	60	73	4	6	15	1.19
25394124--25394186	29	2.2	29	82	5	74	73	3	7	15	1.20
25395112--25395146	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25399705--25399765	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
25399706--25399766	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
25401823--25401895	29	2.6	27	76	14	76	15	20	0	64	1.29
25401837--25401870	18	1.9	18	88	5	52	23	20	0	55	1.43
25402765--25402817	14	3.6	16	74	25	62	5	16	7	69	1.31
25402743--25402815	30	2.6	28	83	10	94	9	16	5	68	1.36
25402781--25402867	13	6.6	13	72	24	60	12	9	5	72	1.27
25402835--25402867	12	2.8	12	90	4	50	15	3	6	75	1.11
25404201--25404261	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
25404202--25404262	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
25407300--25407346	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
25409194--25409259	22	3.0	22	97	0	123	25	36	4	33	1.77
25410951--25410992	11	3.5	12	90	9	52	90	4	0	4	0.55
25410962--25410992	1	31.0	1	93	0	53	96	0	0	3	0.21
25413128--25413175	17	2.8	17	80	0	60	77	4	10	8	1.12
25417338--25417398	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
25417339--25417399	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
25419425--25419494	29	2.5	27	78	13	79	12	20	0	67	1.23
25420609--25420650	10	3.9	11	82	14	52	9	2	7	80	0.97
25420618--25420654	12	3.2	12	88	11	60	13	0	8	78	0.96
25422001--25422061	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
25422002--25422062	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25445582--25445655	35	2.1	35	94	0	130	32	9	16	41	1.80
25445636--25445674	19	2.1	19	95	0	69	28	10	10	51	1.68
25445777--25445812	19	1.9	18	94	5	63	19	0	22	58	1.40
25445777--25445812	9	3.9	9	92	7	63	19	0	22	58	1.40
25445781--25445919	74	1.9	73	92	1	233	23	5	21	49	1.69
25446271--25446317	24	1.9	25	82	4	60	42	4	25	27	1.73
25453261--25453438	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25453262--25453417	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25453258--25453438	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25453343--25453449	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
25455183--25455214	14	2.3	14	100	0	64	84	0	0	15	0.63
25456775--25456943	40	4.3	40	84	1	198	24	29	21	23	1.99
25456775--25456921	79	1.9	80	86	1	215	25	29	21	23	1.99
25456773--25456943	79	2.2	79	82	2	209	25	29	21	23	1.99
25464680--25464849	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
25467055--25467087	15	2.1	16	94	5	59	63	6	12	18	1.48
25473714--25473757	24	2.0	21	82	13	52	54	2	2	40	1.25
25473681--25473877	97	2.0	97	80	4	218	49	3	4	43	1.39
25488083--25488116	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
25489522--25489565	21	2.1	21	91	0	70	43	29	13	13	1.83
25495446--25495496	18	2.7	19	73	14	61	35	9	17	37	1.83
25496620--25496653	15	2.3	15	89	0	50	47	14	17	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25499101--25499155	3	18.0	3	81	3	56	58	0	9	32	1.30
25501870--25501916	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
25507251--25507308	15	3.6	16	83	6	73	20	10	5	63	1.44
25507251--25507306	16	3.4	16	90	5	85	19	8	5	66	1.39
25507348--25507386	15	2.4	17	91	8	64	10	0	5	84	0.76
25507345--25507390	14	3.2	14	81	6	65	21	0	6	71	1.08
25508379--25508425	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
25519730--25519838	47	2.3	47	85	0	155	32	8	31	28	1.86
25519954--25520032	37	2.1	37	84	13	101	26	17	31	24	1.97
25521877--25521979	43	2.4	43	98	0	197	22	16	34	26	1.95
25521961--25522034	29	2.6	29	84	4	96	25	14	32	27	1.95
25522355--25522482	40	3.3	39	85	6	170	23	21	28	27	1.99
25526131--25526545	47	8.7	47	93	1	661	31	8	30	29	1.88
25526664--25526742	37	2.1	37	86	9	108	26	17	30	25	1.97
25534725--25534750	11	2.4	11	100	0	52	0	11	0	88	0.52
25542331--25542428	51	1.9	51	87	0	142	38	8	25	27	1.84
25543550--25543806	29	8.8	29	73	2	165	36	20	14	28	1.92
25543550--25543752	58	3.5	58	79	0	208	35	20	16	27	1.94
25543550--25543751	87	2.3	88	81	2	219	35	20	16	27	1.94
25544248--25544282	17	2.1	17	94	5	63	25	0	14	60	1.35
25547427--25547502	26	2.9	26	86	0	98	26	22	19	31	1.98
25547460--25547582	58	2.2	56	85	7	160	23	17	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25547487--25547582	29	3.3	29	94	0	165	25	16	22	35	1.95
25547572--25547637	29	2.3	29	89	0	96	25	15	22	36	1.93
25547487--25547609	58	2.1	58	83	3	158	25	15	21	37	1.93
25547498--25547637	58	2.4	58	81	2	147	27	15	22	35	1.94
25547590--25547655	29	2.3	30	82	12	84	30	18	19	31	1.96
25548107--25548137	16	1.9	16	93	0	53	25	25	25	22	2.00
25548369--25548424	26	2.2	26	86	0	76	23	28	33	14	1.94
25549228--25549289	21	3.0	21	90	0	88	46	16	20	16	1.83
25557675--25557711	18	2.1	18	90	5	58	37	40	0	21	1.54
25563547--25563583	18	2.1	18	94	0	65	10	35	35	18	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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