genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  184  of  221  ( 26413 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54637812--54637856	22	2.1	21	83	4	54	31	2	13	53	1.52
54637945--54637976	3	11.0	3	93	6	57	34	0	0	65	0.93
54649921--54650704	132	5.9	132	97	0	1469	26	16	26	29	1.97
54650742--54650930	97	2.0	95	93	2	324	28	19	22	29	1.98
54656527--54656561	18	1.9	18	88	0	52	71	5	8	14	1.29
54656626--54656667	16	2.7	16	82	14	52	40	2	0	57	1.12
54657735--54657769	18	1.9	18	88	0	52	74	0	25	0	0.82
54661241--54661305	32	2.0	32	100	0	130	29	21	21	27	1.99
54668534--54668569	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
54674518--54674855	50	6.8	50	79	4	326	33	27	13	26	1.93
54674535--54674816	100	2.8	99	86	3	406	32	26	13	26	1.94
54674518--54674851	150	2.2	148	83	4	404	33	27	13	25	1.93
54680457--54680613	43	3.7	42	80	13	187	21	19	29	29	1.98
54680456--54680613	84	1.9	84	85	7	223	21	19	29	29	1.98
54680774--54680805	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
54691002--54691026	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
54691669--54691708	18	2.2	18	90	0	62	25	30	5	40	1.77
54691964--54692012	21	2.3	21	86	13	66	36	36	24	2	1.67
54692134--54692256	25	5.1	25	76	15	141	42	0	14	43	1.45
54692138--54692283	71	2.1	67	93	5	247	39	0	13	46	1.44
54692292--54692938	23	26.2	24	85	9	673	50	19	4	25	1.66
54695982--54696347	124	2.9	125	91	1	590	33	22	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54706589--54706700	59	1.9	59	90	1	181	50	17	12	18	1.77
54719310--54719445	60	2.3	60	81	7	152	49	14	12	23	1.78
54721039--54721817	114	6.9	114	88	2	1108	25	21	27	25	1.99
54722075--54722119	21	2.1	22	87	4	65	17	0	44	37	1.49
54722610--54722765	43	3.6	43	92	0	276	17	17	31	33	1.94
54722847--54722889	22	1.9	23	90	4	70	44	25	20	9	1.81
54727310--54727334	11	2.3	11	100	0	50	88	12	0	0	0.53
54729509--54729561	25	2.1	25	82	0	61	43	0	9	47	1.36
54734543--54734567	7	3.6	7	100	0	50	64	0	0	36	0.94
54735016--54735148	72	1.9	71	92	4	223	29	3	3	64	1.23
54735099--54735131	10	3.4	10	83	8	50	33	0	3	63	1.10
54735419--54735444	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
54736078--54736122	22	2.0	22	82	0	54	55	0	6	37	1.26
54743276--54743356	42	1.9	42	82	9	103	11	38	25	24	1.89
54743202--54743449	104	2.4	104	79	6	252	18	32	24	25	1.97
54744069--54744096	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
54744167--54744242	38	2.0	38	97	0	143	34	25	18	22	1.96
54745128--54745167	16	2.4	17	83	8	55	7	15	0	77	0.98
54745130--54745167	17	2.2	17	86	9	51	5	15	0	78	0.91
54745281--54745324	6	7.3	6	92	0	70	13	47	18	20	1.82
54747257--54747290	17	1.9	18	88	5	52	5	11	2	79	1.02
54747946--54748031	15	6.3	14	71	23	67	27	4	2	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54747947--54748050	26	4.2	24	78	12	88	26	4	1	66	1.22
54748000--54748039	15	2.7	15	96	3	73	25	5	0	70	1.08
54747968--54748069	37	2.9	36	76	16	90	28	2	2	65	1.21
54750360--54750389	15	2.0	15	93	0	51	13	23	40	23	1.90
54754931--54754955	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
54759688--54759874	50	3.6	50	82	4	203	27	21	27	22	1.99
54766546--54766595	25	2.0	25	96	0	91	30	24	20	26	1.98
54768972--54769029	28	2.0	31	86	10	86	36	1	0	62	1.06
54769721--54769791	24	2.7	24	81	18	79	60	0	0	39	0.97
54769737--54769791	24	2.4	24	88	8	80	61	0	0	38	0.96
54769842--54769878	17	2.1	18	95	5	67	35	0	0	64	0.94
54773969--54774016	25	1.9	25	95	0	87	29	12	27	31	1.93
54775423--54775473	3	17.3	3	75	4	50	60	3	1	33	1.26
54777188--54778366	132	8.9	132	98	0	2243	29	27	17	26	1.97
54790488--54790538	3	17.3	3	75	4	50	60	3	1	33	1.26
54793183--54793217	15	2.3	15	100	0	70	40	17	11	31	1.85
54794334--54794391	29	2.0	29	82	3	71	39	0	39	20	1.53
54795005--54795037	3	11.3	3	93	6	59	0	33	0	66	0.92
54797748--54797833	32	2.7	31	80	3	100	40	11	8	39	1.71
54798275--54798314	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
54798303--54798448	75	2.1	68	86	11	197	41	4	8	45	1.55
54798384--54798423	16	2.5	16	91	0	62	37	0	7	55	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54798589--54798634	19	2.4	19	88	0	65	65	6	6	21	1.39
54798691--54798731	20	2.0	20	90	0	64	65	4	7	21	1.37
54798753--54798826	27	2.6	28	70	21	73	66	8	0	25	1.19
54798800--54798832	16	2.1	16	100	0	66	69	12	0	18	1.18
54800941--54801011	32	2.2	32	85	7	92	36	0	0	63	0.95
54803808--54803882	3	24.7	3	86	2	105	61	1	4	33	1.23
54805412--54805713	44	6.9	44	83	1	261	28	21	16	32	1.95
54807483--54807597	41	2.8	41	91	0	176	31	22	19	26	1.98
54814387--54814424	17	2.2	17	100	0	76	55	15	13	15	1.70
54815789--54815836	4	12.0	4	86	0	60	68	0	6	25	1.12
54817737--54817776	21	2.0	21	85	9	57	27	12	20	40	1.88
54817845--54817873	14	2.1	14	100	0	58	31	20	13	34	1.92
54819910--54819941	3	10.7	3	93	0	55	28	0	3	68	1.04
54819910--54819980	21	3.5	19	76	14	63	23	2	4	69	1.20
54820037--54820074	3	12.3	3	88	5	58	36	2	0	60	1.11
54820233--54820270	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
54820491--54820526	19	1.9	18	88	5	54	27	8	5	58	1.50
54834644--54834786	72	2.0	72	95	0	259	35	18	18	27	1.94
54835523--54835596	23	3.7	20	76	13	71	62	4	4	29	1.32
54835524--54835566	19	2.2	21	88	12	65	60	4	2	32	1.30
54835553--54835585	17	1.9	17	100	0	66	66	0	9	24	1.20
54837165--54837304	44	3.2	44	82	6	137	30	19	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54837401--54837941	220	2.5	220	86	1	699	26	24	18	30	1.98
54842653--54842694	19	2.2	19	83	8	50	26	23	11	38	1.90
54844878--54844953	19	3.9	19	77	19	61	78	1	19	0	0.81
54844878--54844957	40	2.0	39	83	11	101	78	1	20	0	0.81
54845853--54845911	24	2.4	25	75	8	68	33	11	22	32	1.90
54846190--54847530	100	13.4	99	85	2	1642	33	22	19	24	1.97
54847574--54847685	45	2.5	45	82	4	120	28	16	25	29	1.96
54849700--54849725	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
54849689--54849746	20	2.8	20	78	5	62	39	6	0	53	1.28
54851766--54851804	5	7.4	5	83	11	51	0	17	2	79	0.84
54851764--54851806	17	2.5	17	92	3	68	0	18	2	79	0.85
54852239--54852300	20	2.9	21	81	18	74	8	1	6	83	0.86
54852238--54852303	28	2.4	27	82	12	73	7	1	7	83	0.87
54855211--54855253	19	2.2	21	88	12	65	60	4	2	32	1.30
54855240--54855272	17	1.9	17	100	0	66	66	0	9	24	1.20
54857100--54857133	12	2.8	12	95	0	59	20	50	20	8	1.75
54862792--54862821	14	2.1	14	100	0	60	20	13	6	60	1.55
54865374--54865398	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
54865689--54865870	97	1.9	97	98	0	355	28	8	23	39	1.84
54871264--54871722	44	10.4	45	67	15	156	29	18	23	28	1.98
54871177--54871785	132	4.6	132	95	2	1039	28	19	22	29	1.98
54871780--54872349	44	13.3	44	72	12	273	27	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54871780--54872057	127	2.2	127	94	0	475	26	21	24	27	1.99
54871900--54872349	213	2.1	213	87	3	654	28	20	23	28	1.99
54872240--54872365	45	2.8	45	80	14	129	31	19	23	26	1.98
54871784--54872388	173	3.5	173	74	11	390	28	20	23	28	1.99
54874075--54874099	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
54874376--54874572	98	2.0	98	96	0	367	29	9	22	38	1.85
54880932--54880978	24	1.9	24	86	4	67	78	4	12	4	1.04
54884506--54884538	6	5.8	6	96	3	52	18	0	0	81	0.68
54890526--54890689	43	3.9	42	77	12	181	30	25	15	28	1.96
54894440--54894471	17	1.9	16	93	6	55	25	18	0	56	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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