genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28191363--28191587	40	5.7	40	86	5	262	26	21	26	25	2.00
28191363--28191587	119	1.9	120	81	9	282	26	21	26	25	2.00
28191437--28191620	79	2.3	79	80	9	198	28	21	26	24	1.99
28199215--28199380	48	3.5	48	85	0	161	21	28	22	27	1.99
28200891--28200957	28	2.4	28	84	0	80	25	20	22	31	1.98
28201484--28201513	14	2.2	14	94	5	53	40	6	0	53	1.27
28201973--28202012	19	2.1	19	85	0	53	15	47	0	37	1.45
28201961--28202006	15	3.0	16	79	17	53	17	45	0	36	1.49
28205610--28205910	27	11.1	27	74	12	217	31	14	24	29	1.95
28205610--28205870	81	3.2	81	81	4	278	29	14	25	29	1.95
28207632--28207664	16	2.0	17	88	5	50	42	6	18	33	1.75
28217081--28217206	26	4.8	26	76	9	103	23	19	24	33	1.97
28217043--28217181	29	5.1	28	72	15	103	23	16	24	35	1.94
28217055--28217207	80	1.9	80	86	0	216	22	18	24	33	1.96
28229842--28229952	51	2.2	50	87	4	152	36	17	18	27	1.93
28230064--28230135	35	2.0	36	83	2	92	41	13	18	26	1.87
28231727--28231985	40	6.5	40	84	5	260	26	25	20	27	1.99
28231727--28231985	80	3.2	80	82	8	296	26	25	20	27	1.99
28231760--28231985	120	1.9	120	82	7	289	26	26	21	26	1.99
28253504--28253598	49	1.9	49	87	4	138	40	17	18	23	1.92
28254049--28254172	26	4.8	26	89	0	176	33	27	12	25	1.93
28260235--28260267	14	2.4	14	90	10	50	87	9	3	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28261622--28261668	25	1.9	24	83	12	60	55	6	2	36	1.37
28264265--28264323	23	2.8	21	82	12	59	28	3	3	64	1.26
28266674--28266743	26	2.7	26	86	0	104	28	28	21	21	1.99
28269032--28269061	13	2.3	13	94	0	51	30	6	3	60	1.39
28284286--28284337	25	2.1	25	100	0	104	26	11	7	53	1.63
28284284--28284346	25	2.6	25	89	2	83	23	15	6	53	1.65
28286593--28286805	42	5.1	42	78	10	229	37	25	15	21	1.93
28286593--28286804	84	2.5	84	92	1	345	37	25	15	21	1.93
28286810--28286948	51	2.7	50	79	7	165	32	26	17	23	1.97
28299156--28299276	50	2.4	50	77	0	125	19	28	22	29	1.98
28305278--28305323	23	2.0	23	100	0	92	39	17	13	30	1.87
28308517--28308591	25	3.0	24	75	14	71	29	18	26	25	1.98
28308555--28308631	24	3.2	24	71	15	77	35	22	20	22	1.96
28308523--28308632	48	2.2	51	85	6	147	30	21	22	24	1.99
28313449--28313495	6	7.8	6	90	0	58	17	59	17	6	1.57
28316777--28316810	16	2.1	16	94	0	59	38	17	8	35	1.81
28322564--28322623	26	2.4	25	91	8	95	41	13	5	40	1.66
28322573--28322626	26	2.1	26	100	0	108	37	12	7	42	1.72
28324163--28324326	28	6.0	26	85	3	148	42	11	21	24	1.86
28324140--28324326	55	3.4	54	81	7	216	42	11	21	25	1.86
28324140--28324326	27	6.8	27	82	3	196	42	11	21	25	1.86
28325805--28325980	50	3.5	50	83	5	189	22	27	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28325846--28326037	50	3.7	51	82	8	210	23	29	21	25	1.99
28330340--28330364	12	2.1	12	100	0	50	20	32	24	24	1.98
28342478--28342521	19	2.4	18	82	10	54	36	22	13	27	1.92
28359732--28359915	42	4.4	42	80	7	194	35	24	17	22	1.95
28362480--28362661	44	4.1	44	85	4	215	30	23	18	26	1.98
28362480--28362641	44	3.7	44	87	2	218	30	24	18	25	1.98
28362483--28362659	89	2.0	89	82	6	216	31	23	17	27	1.97
28364927--28365097	79	2.2	80	83	8	208	24	26	21	28	1.99
28364927--28365150	40	5.7	40	81	8	212	25	25	21	27	1.99
28372858--28373082	79	2.8	78	80	12	260	25	26	21	26	2.00
28372858--28373082	119	1.9	120	82	9	291	25	26	21	26	2.00
28372858--28373082	40	5.7	39	84	9	237	25	26	21	26	2.00
28374974--28375068	47	2.0	47	91	4	156	42	7	24	26	1.80
28375247--28375290	17	2.6	17	85	0	61	50	4	2	43	1.35
28378170--28378219	25	2.0	25	88	0	73	36	16	22	26	1.94
28402568--28402745	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28402569--28402724	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28402565--28402745	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28410625--28410802	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28410626--28410781	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28410622--28410802	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28416189--28416243	13	4.3	13	71	13	51	25	1	16	56	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28418482--28418618	40	3.4	40	90	0	211	19	29	18	31	1.96
28418519--28418583	20	3.2	20	67	16	62	18	33	16	30	1.94
28422462--28422501	12	3.3	12	96	0	71	70	2	7	20	1.24
28424015--28424048	16	2.0	18	88	11	54	14	5	35	44	1.70
28442274--28442317	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
28442631--28442668	13	2.9	13	92	0	67	73	0	7	18	1.06
28442631--28442669	12	3.1	12	89	10	60	71	0	10	17	1.12
28444927--28444969	20	2.2	20	86	0	59	53	2	30	13	1.53
28447790--28447828	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
28451999--28452042	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
28460781--28460850	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
28460781--28460878	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
28461325--28461350	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
28462420--28462466	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
28465073--28465177	47	2.2	48	83	11	128	58	1	24	15	1.48
28466847--28466893	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
28469454--28469482	10	2.9	10	100	0	58	37	10	20	31	1.86
28472501--28472555	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
28474630--28474671	12	3.7	11	84	6	50	14	2	2	80	0.90
28474625--28474662	13	2.9	13	80	11	51	21	7	2	68	1.28
28478915--28478950	13	2.8	13	86	0	54	72	5	2	19	1.17
28478898--28478950	12	4.1	13	81	16	65	66	11	5	16	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28478990--28479043	15	3.5	16	90	7	85	66	5	11	16	1.40
28490623--28490676	28	1.9	28	85	7	74	70	5	12	11	1.32
28491127--28491162	17	2.0	18	89	10	56	22	0	2	75	0.94
28498317--28498359	18	2.3	19	84	8	61	44	2	0	53	1.13
28499792--28499852	18	3.2	18	73	13	59	37	4	37	19	1.74
28499806--28499855	18	2.8	18	90	0	82	38	4	36	22	1.73
28500310--28500342	17	1.9	17	93	0	57	21	18	9	51	1.73
28500896--28500941	21	2.2	21	92	0	74	47	6	10	34	1.64
28503559--28503597	17	2.3	17	81	0	51	53	12	10	23	1.69
28510657--28510717	30	2.0	30	100	0	122	37	9	16	36	1.82
28519362--28519423	26	2.4	26	91	0	97	38	11	16	33	1.84
28519362--28519437	26	2.9	26	84	3	82	40	9	18	31	1.82
28525538--28525631	27	3.5	27	86	5	145	46	17	20	15	1.84
28525516--28525631	54	2.1	54	90	0	178	45	17	19	17	1.85
28525807--28525883	26	3.0	26	88	0	118	14	20	25	38	1.91
28525991--28526048	30	1.9	30	92	0	98	25	22	24	27	2.00
28526331--28526398	32	2.1	32	97	0	127	39	7	22	30	1.81
28535734--28535780	24	2.0	22	84	15	60	55	17	0	27	1.42
28553593--28553644	17	3.1	17	77	2	61	19	15	13	51	1.75
28554651--28554695	22	2.0	22	87	8	65	53	20	0	26	1.46
28559546--28559637	47	2.0	47	100	0	184	63	6	4	26	1.38
28560593--28560630	13	3.0	13	96	3	69	31	31	7	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28562003--28562041	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
28562430--28562455	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
28563564--28563611	9	5.1	9	85	5	60	79	0	4	16	0.89
28563567--28563612	10	4.7	10	89	5	67	82	0	4	13	0.81
28563566--28563612	19	2.5	19	85	0	58	80	0	4	14	0.85
28564596--28564651	21	2.7	20	81	8	67	71	0	16	12	1.15
28564588--28564639	27	1.9	27	84	0	68	75	1	15	7	1.12
28564566--28564640	6	12.0	6	72	13	53	73	1	18	6	1.12
28564658--28564697	18	2.3	18	82	4	55	65	5	20	10	1.42
28564658--28564707	17	2.9	17	77	8	57	62	4	24	10	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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