genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9336742--9336782	16	2.5	17	76	11	50	31	2	0	65	1.05
9338216--9338245	4	7.8	4	92	7	53	80	0	20	0	0.72
9338214--9338245	11	2.8	11	95	4	55	81	0	18	0	0.70
9338935--9338984	15	3.2	15	76	20	57	36	0	14	50	1.43
9340824--9340931	42	2.6	42	89	2	155	27	20	19	32	1.97
9352712--9353104	51	7.7	51	81	7	401	29	15	25	29	1.96
9352712--9353103	102	3.9	101	88	3	486	29	15	25	29	1.96
9352716--9353101	153	2.5	151	83	5	465	29	15	25	29	1.96
9360382--9360424	20	2.2	20	91	0	68	20	27	41	9	1.83
9360394--9360435	20	2.1	20	86	0	57	21	21	45	11	1.84
9371909--9371948	21	1.9	21	84	0	53	20	17	32	30	1.95
9375205--9375260	29	2.0	28	86	10	78	42	0	21	35	1.53
9375774--9375866	30	3.0	31	68	22	79	32	5	18	44	1.72
9375687--9375857	92	1.9	91	88	1	261	32	7	18	42	1.77
9375889--9376020	61	2.1	63	79	8	146	28	9	17	43	1.81
9387077--9387113	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
9391807--9391856	14	3.5	14	81	5	64	48	10	0	42	1.37
9395139--9395190	28	1.9	27	92	7	88	23	15	15	46	1.83
9395354--9395380	9	3.0	9	100	0	54	33	11	0	55	1.35
9395434--9395480	26	2.0	24	84	16	62	38	19	6	36	1.77
9418852--9418908	30	1.9	30	85	0	78	19	26	26	28	1.99
9420719--9420784	6	10.5	6	80	9	60	77	6	4	12	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9426146--9426182	6	6.0	6	96	3	65	81	0	0	18	0.70
9435392--9435444	26	2.0	26	96	0	97	18	16	11	52	1.73
9435399--9435444	14	3.4	14	73	11	51	19	15	10	54	1.70
9446939--9446996	26	2.2	25	85	11	73	53	8	20	17	1.70
9447692--9447718	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
9450337--9450370	12	2.7	13	86	9	52	32	0	0	67	0.91
9452998--9453050	24	2.1	24	86	10	70	66	0	5	28	1.15
9452997--9453059	22	2.8	22	81	15	67	65	0	6	28	1.17
9453036--9453108	8	9.4	8	76	16	55	76	0	15	8	1.00
9453052--9453113	4	16.0	4	79	15	60	79	0	17	3	0.87
9453057--9453113	23	2.5	22	88	5	78	80	0	17	1	0.79
9453057--9453113	14	4.2	14	84	4	73	80	0	17	1	0.79
9453057--9453116	19	3.2	19	88	4	95	80	0	18	1	0.80
9453789--9453835	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
9453991--9454123	37	3.4	38	72	12	110	25	16	24	33	1.96
9453974--9454094	37	3.1	37	73	12	102	24	17	23	34	1.96
9456939--9456993	18	3.1	18	94	0	101	30	16	5	47	1.69
9459167--9459199	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
9461408--9461481	19	3.8	20	71	7	64	56	1	9	32	1.40
9461402--9461481	29	2.8	28	75	5	79	57	1	8	32	1.37
9461578--9461609	13	2.5	13	94	0	55	50	0	3	46	1.17
9461973--9462003	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9463522--9463573	23	2.3	23	89	0	86	40	0	9	50	1.35
9466581--9466629	20	2.6	18	80	9	53	44	0	4	51	1.20
9466858--9466892	17	2.0	18	94	5	63	51	0	2	45	1.16
9467274--9467307	14	2.4	14	90	0	50	14	17	0	67	1.23
9476787--9476821	17	2.1	17	100	0	70	40	5	17	37	1.73
9478966--9478990	12	2.1	12	100	0	50	52	32	8	8	1.60
9480613--9480653	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
9480614--9480663	22	2.3	22	86	6	66	62	6	14	18	1.51
9491186--9491224	20	2.0	20	94	0	69	20	23	35	20	1.96
9494598--9494786	51	3.8	48	77	4	153	26	17	25	30	1.97
9494604--9494788	101	1.8	102	83	3	248	26	17	24	30	1.97
9494792--9494886	45	2.1	45	92	0	163	26	18	24	30	1.98
9498738--9498788	21	2.4	21	80	3	57	25	17	35	21	1.95
9500434--9500494	3	20.7	3	79	3	61	65	3	1	29	1.18
9508084--9508108	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
9508321--9508351	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
9511184--9511250	27	2.5	28	74	16	68	49	4	0	46	1.22
9514809--9514850	20	2.2	20	87	12	61	9	16	26	47	1.77
9521878--9522195	51	6.3	51	90	1	487	31	16	24	27	1.96
9521878--9522195	102	3.1	102	94	0	548	31	16	24	27	1.96
9522990--9523021	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
9523780--9523847	34	2.0	34	100	0	136	35	26	8	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9525365--9525481	62	1.9	59	86	8	164	49	5	5	40	1.47
9525460--9525509	20	2.7	19	80	20	61	54	2	2	42	1.23
9525492--9525545	27	2.1	26	86	6	74	51	3	1	42	1.30
9527966--9528082	45	2.6	44	90	1	171	33	21	23	22	1.97
9531016--9531193	27	6.6	27	81	5	171	30	27	14	27	1.95
9538385--9538562	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
9538406--9538561	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
9545889--9545951	26	2.4	27	78	10	76	63	3	1	31	1.19
9546513--9546610	33	2.9	35	73	19	91	46	3	0	50	1.17
9546561--9546617	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
9551890--9551935	24	1.9	24	82	8	58	32	23	28	15	1.95
9567352--9567389	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
9573920--9573979	30	2.0	31	86	3	86	40	1	38	20	1.62
9577718--9577822	34	3.1	34	84	4	140	40	0	15	43	1.46
9577883--9578401	126	4.1	126	89	1	711	37	18	16	27	1.92
9580600--9580632	16	2.1	16	88	11	50	69	3	0	27	1.03
9580595--9580647	27	1.9	27	84	3	70	64	1	0	33	1.05
9580651--9580700	23	2.1	24	82	10	59	62	2	6	30	1.31
9580687--9580752	20	3.5	20	66	19	61	60	3	4	31	1.32
9580663--9580767	35	3.3	31	80	18	110	60	2	5	31	1.35
9580689--9580763	35	2.1	35	100	0	150	61	2	5	30	1.32
9580801--9580861	12	5.5	11	76	18	63	57	1	4	36	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9580809--9580862	3	18.0	3	83	7	65	59	1	3	35	1.26
9582201--9583118	143	6.4	143	86	0	1198	28	24	18	28	1.98
9582282--9582692	44	8.8	45	66	15	172	26	24	20	28	1.99
9584377--9584420	14	3.1	14	90	3	61	18	4	0	77	0.94
9584377--9584420	15	2.9	16	87	9	58	18	4	0	77	0.94
9584409--9584525	50	2.3	51	86	5	155	13	20	17	47	1.81
9585467--9585498	14	2.3	14	94	0	55	15	0	6	78	0.95
9585467--9585506	20	2.0	20	85	9	55	15	0	7	77	0.98
9587762--9587804	16	2.7	16	77	0	50	34	23	20	20	1.96
9589821--9589871	23	2.3	21	81	15	59	54	3	5	35	1.43
9589917--9589949	16	2.1	16	88	11	50	69	3	0	27	1.03
9589970--9590016	23	2.0	25	83	8	62	61	4	2	31	1.27
9589971--9590049	30	2.5	30	82	17	83	59	5	3	31	1.37
9590054--9590116	3	21.0	3	82	6	74	58	1	4	34	1.29
9589993--9590114	18	6.5	18	67	24	74	58	2	5	33	1.35
9593354--9593410	26	2.3	23	78	18	62	52	3	0	43	1.18
9593479--9593548	21	3.3	21	93	0	122	5	12	44	37	1.67
9594625--9594657	13	2.5	13	100	0	66	27	24	6	42	1.78
9595851--9595886	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
9598258--9598320	22	2.8	22	79	11	65	9	14	0	76	1.02
9604596--9604625	12	2.6	12	94	5	53	6	20	16	56	1.62
9605315--9605354	20	2.1	19	85	4	53	45	5	7	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9607935--9607992	22	2.6	22	78	5	55	39	1	6	51	1.39
9613416--9613458	18	2.5	17	79	20	54	58	0	0	41	0.98
9617966--9617995	16	1.9	15	93	6	51	46	3	6	43	1.46
9617966--9618006	16	2.6	16	85	11	50	43	2	9	43	1.50
9618334--9618378	22	2.0	22	91	0	72	15	24	22	37	1.93
9619644--9619815	35	4.9	35	78	12	158	44	12	15	28	1.82
9619661--9619815	17	8.9	16	76	17	114	45	12	14	27	1.81
9619829--9619884	29	1.9	29	96	0	103	57	14	14	14	1.66
9619876--9619914	20	2.0	20	94	0	69	38	10	7	43	1.67
9620032--9620089	27	2.1	28	90	3	91	37	6	6	48	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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