genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17324121--17324166	17	2.5	18	82	13	58	17	6	4	71	1.24
17337140--17337193	19	2.8	19	88	0	81	37	12	9	40	1.76
17340659--17340704	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
17341073--17341097	6	4.2	6	100	0	50	52	0	32	16	1.44
17343862--17343891	16	1.9	15	93	6	51	20	6	0	73	1.05
17343848--17343898	24	2.1	24	82	13	61	25	5	0	68	1.12
17345943--17345975	15	2.3	15	89	5	50	9	15	0	75	1.03
17350709--17350742	9	3.8	9	88	0	50	38	35	26	0	1.57
17354834--17354964	40	3.2	39	76	9	118	35	19	18	26	1.94
17356904--17356940	18	2.0	19	89	5	58	24	0	29	45	1.53
17357131--17357181	22	2.3	22	86	0	75	21	13	25	39	1.90
17365739--17365852	40	2.9	40	81	6	126	16	18	24	40	1.91
17366333--17366364	15	2.0	17	88	11	50	46	0	31	21	1.52
17374140--17374278	37	3.8	37	92	0	215	25	30	17	25	1.97
17374397--17374669	47	5.6	47	87	6	350	28	28	8	34	1.86
17374452--17374654	102	2.0	101	93	3	347	31	27	7	34	1.84
17374397--17374672	102	2.8	100	79	11	329	28	28	7	34	1.86
17376856--17377033	84	2.1	85	96	1	331	26	27	8	37	1.85
17378699--17379004	40	7.7	40	90	0	468	26	28	21	23	1.99
17380273--17380411	37	3.8	37	95	0	224	25	29	19	25	1.98
17380530--17381233	47	14.6	47	91	2	1048	29	28	7	33	1.86
17380530--17381233	96	7.3	96	92	2	1073	29	28	7	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17384003--17384709	95	7.6	94	82	14	796	27	0	25	45	1.56
17384003--17384709	30	22.7	30	84	11	851	27	0	25	45	1.56
17386413--17386486	38	1.9	38	97	0	139	22	14	22	39	1.91
17386918--17386951	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
17386896--17386942	25	1.9	25	83	12	62	61	6	0	31	1.21
17387042--17387105	29	2.2	28	88	2	92	67	0	0	32	0.91
17387050--17387091	20	2.2	18	84	16	50	69	0	0	30	0.89
17387138--17387197	30	2.0	30	90	6	95	35	0	33	31	1.58
17387169--17387218	22	2.3	22	100	0	100	36	0	36	28	1.58
17391716--17391741	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
17392171--17392224	19	2.8	19	80	2	63	66	3	1	27	1.19
17392996--17393040	19	2.3	20	88	3	65	28	0	0	71	0.87
17393080--17393104	13	1.9	13	100	0	50	24	0	8	68	1.16
17393067--17393124	12	4.8	13	79	10	61	31	0	3	65	1.09
17393013--17393133	23	5.1	24	72	15	83	28	0	4	66	1.16
17398841--17398901	19	3.3	19	71	17	65	52	1	37	8	1.41
17398844--17398917	36	2.1	36	92	0	121	51	2	37	8	1.46
17400634--17400818	50	3.7	50	76	5	178	29	21	27	21	1.98
17405101--17405129	10	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
17415425--17415498	38	1.9	38	97	0	139	27	17	22	32	1.97
17417635--17417821	49	3.6	50	80	5	160	27	20	27	24	1.99
17417746--17417865	50	2.4	49	82	6	145	30	19	25	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17418075--17418113	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
17418076--17418118	20	2.2	20	91	0	68	53	6	23	16	1.67
17424149--17424548	50	7.8	50	86	3	514	22	30	21	26	1.99
17430181--17430228	9	5.4	9	90	7	55	79	0	4	16	0.89
17430181--17430220	19	2.1	19	85	0	53	80	0	2	17	0.83
17430224--17430251	11	2.5	11	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17431720--17431762	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
17434453--17434483	15	2.1	15	100	0	62	25	12	25	35	1.92
17437270--17437439	49	3.5	50	81	10	158	28	21	27	22	1.99
17443069--17443121	26	2.0	26	100	0	106	37	3	22	35	1.72
17444611--17444857	50	4.8	50	78	9	216	27	20	26	25	1.99
17444623--17444808	100	1.8	104	83	9	256	26	19	28	24	1.99
17451489--17451517	13	2.2	13	100	0	58	48	20	0	31	1.50
17454570--17454665	46	2.2	44	80	12	119	57	6	3	33	1.39
17463052--17463113	6	10.0	6	94	5	106	82	0	0	17	0.67
17467474--17467540	29	2.3	29	97	0	125	28	0	17	53	1.44
17474930--17474960	12	2.6	12	94	0	53	22	19	16	41	1.89
17482154--17482199	24	1.9	24	81	0	56	19	21	30	28	1.98
17488204--17488567	27	13.5	27	80	6	332	45	19	18	16	1.85
17488204--17488568	81	4.5	79	80	6	369	45	19	18	16	1.85
17495850--17496268	27	15.5	27	79	8	388	44	17	19	18	1.87
17496590--17496681	28	3.3	28	80	7	107	25	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17508179--17508250	16	4.5	16	84	6	92	27	23	6	41	1.80
17508177--17508249	32	2.3	32	90	0	110	27	24	6	41	1.80
17508313--17508381	16	4.2	16	88	3	111	26	1	36	36	1.66
17508313--17508381	33	2.1	32	91	2	111	26	1	36	36	1.66
17508362--17508452	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
17508600--17509705	121	9.2	120	97	1	1943	46	5	3	43	1.44
17508600--17509705	240	4.6	241	96	1	1947	46	5	3	43	1.44
17512722--17512831	33	3.3	33	80	11	127	31	9	17	41	1.80
17512778--17513034	51	5.0	51	96	1	462	28	8	17	44	1.79
17512778--17513034	103	2.5	102	94	2	462	28	8	17	44	1.79
17519608--17519648	23	1.9	20	85	14	55	36	0	7	56	1.27
17521655--17521688	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
17524752--17524781	16	1.9	15	93	6	51	83	0	16	0	0.65
17535681--17535762	9	9.1	9	70	10	51	25	3	3	67	1.24
17535678--17535727	3	17.3	3	76	15	52	28	2	2	68	1.12
17535678--17535725	17	2.8	17	87	3	69	27	2	2	68	1.11
17535681--17535735	26	2.2	26	90	3	85	25	1	3	69	1.15
17535761--17535834	27	2.7	28	78	14	91	20	5	12	62	1.49
17537458--17537500	23	1.9	22	90	4	68	16	11	2	69	1.28
17538170--17538239	35	2.0	35	94	0	122	30	27	7	35	1.83
17544445--17544530	18	4.6	18	70	12	75	22	22	1	54	1.51
17544437--17544554	56	2.1	55	93	1	200	21	22	0	55	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17557674--17557706	14	2.5	14	90	9	52	24	9	27	39	1.85
17557620--17557806	51	3.7	49	83	6	207	24	16	26	32	1.96
17557726--17557806	26	3.2	26	66	22	71	23	14	28	33	1.94
17557811--17557900	46	2.0	44	85	8	119	24	17	25	32	1.97
17570290--17570348	29	2.0	29	100	0	118	27	20	13	38	1.90
17580095--17580171	36	2.1	36	92	0	127	27	15	28	28	1.96
17582061--17582113	23	2.3	23	96	0	97	30	3	13	52	1.57
17589251--17589284	4	8.5	4	86	0	50	23	32	0	44	1.54
17596980--17597023	16	2.7	17	82	10	56	79	13	6	0	0.92
17597429--17597604	42	4.2	42	90	0	262	21	17	25	35	1.95
17597429--17597636	84	2.5	84	82	3	231	23	16	25	35	1.95
17598052--17598076	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
17598546--17598846	142	2.1	142	82	6	367	42	4	9	43	1.58
17603188--17603362	27	6.6	27	79	7	151	28	29	16	26	1.96
17603188--17603361	53	3.3	52	83	4	204	28	29	16	25	1.96
17603799--17603870	1	72.0	1	100	0	144	100	0	0	0	0.00
17604065--17604118	1	54.0	1	96	0	99	98	0	0	1	0.13
17604167--17604218	1	52.0	1	100	0	104	100	0	0	0	0.00
17610555--17610732	27	6.6	27	81	5	180	28	28	16	26	1.97
17610576--17610731	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
17624780--17624955	42	4.2	42	90	0	262	21	17	25	35	1.95
17624780--17624987	84	2.5	84	82	3	231	23	16	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17625404--17625428	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
17625955--17626215	145	1.8	145	84	5	366	42	4	9	42	1.58
17630608--17630785	27	6.6	27	80	7	155	28	29	15	26	1.96
17630633--17630784	54	2.8	53	84	6	189	26	30	16	26	1.97
17637869--17638046	27	6.6	27	80	7	155	28	29	15	26	1.96
17637894--17638045	54	2.8	53	84	6	189	26	30	16	26	1.97
17642089--17642176	30	2.9	30	86	0	122	25	37	23	13	1.92
17645941--17646007	33	2.0	34	85	8	93	20	26	23	28	1.99
17649512--17649584	6	13.6	5	75	17	51	19	2	2	75	1.05
17649540--17649578	20	1.9	21	85	15	55	17	2	0	79	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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