genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14936554--14936608	27	2.0	27	92	0	92	29	0	54	16	1.42
14938492--14938536	24	1.9	23	90	4	72	40	2	2	55	1.24
14938985--14939032	22	2.2	22	85	3	62	35	2	0	62	1.07
14939849--14939925	40	1.9	40	83	0	100	24	28	24	22	1.99
14940652--14940691	15	2.7	15	80	0	53	57	32	0	10	1.32
14960672--14960724	25	2.1	25	85	0	70	13	13	15	58	1.64
14961383--14961434	21	2.4	21	87	9	70	73	3	1	21	1.10
14961529--14961567	20	2.0	19	85	14	53	20	2	0	76	0.90
14962718--14962754	12	3.1	12	92	0	56	51	0	0	48	1.00
14963856--14963880	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
14964999--14965046	25	1.9	25	91	0	78	43	0	14	41	1.45
14965085--14966175	23	49.1	22	75	13	651	47	26	0	26	1.55
14965089--14966183	67	16.4	67	82	9	1001	47	25	0	26	1.55
14965089--14966184	135	8.2	134	80	11	952	47	25	0	26	1.55
14965294--14965371	39	2.0	38	82	7	95	50	25	0	24	1.50
14965370--14965412	18	2.4	18	92	0	68	55	18	0	25	1.42
14966133--14966184	23	2.2	23	89	3	77	50	19	0	30	1.48
14966178--14966421	116	2.1	116	93	3	420	39	8	6	45	1.60
14969430--14969806	124	3.0	125	89	1	562	32	22	15	29	1.94
14972859--14972957	49	2.0	49	82	0	117	24	16	27	32	1.96
14974323--14974421	49	2.0	49	84	0	126	25	16	26	32	1.96
14977243--14977341	49	2.0	49	82	0	117	24	16	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14978702--14978800	49	2.0	49	84	0	126	23	16	28	32	1.96
14984569--14984667	49	2.0	49	84	0	126	23	16	28	32	1.96
14986666--14986699	17	2.0	17	88	0	50	47	0	2	50	1.16
14986813--14986857	5	9.2	5	95	4	83	40	0	0	60	0.97
14986875--14986950	35	2.2	34	83	2	89	46	14	5	34	1.67
14988299--14988353	21	2.8	20	78	8	67	43	23	23	9	1.82
14994259--14994436	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14994260--14994415	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14994256--14994436	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
15002441--15002618	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
15002442--15002597	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
15002438--15002618	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
15004080--15004128	16	3.1	16	93	0	80	34	2	36	26	1.68
15004360--15004394	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
15004505--15004534	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
15004340--15004625	119	2.4	120	90	3	477	49	4	1	43	1.34
15012388--15012442	23	2.3	23	93	3	92	40	21	20	18	1.92
15013560--15013777	105	2.1	101	80	8	226	34	15	23	26	1.94
15013752--15013797	22	2.1	22	87	0	65	39	19	19	21	1.93
15014338--15014497	78	2.1	78	95	0	284	24	4	28	43	1.73
15015695--15015983	144	2.0	144	95	0	524	37	17	17	28	1.92
15018952--15019077	50	2.5	50	85	2	173	23	16	20	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15019153--15019707	142	3.9	142	95	0	966	27	21	18	32	1.96
15019346--15019707	44	7.8	44	68	18	187	27	22	18	31	1.97
15020936--15020976	13	3.0	13	85	7	55	12	19	0	68	1.21
15021807--15021882	30	2.6	29	80	10	75	11	10	10	67	1.43
15021799--15021890	28	3.1	28	79	14	89	10	9	9	69	1.37
15026272--15026320	23	2.1	23	100	0	98	57	12	4	26	1.53
15035678--15035832	42	3.7	42	78	3	141	43	18	20	18	1.88
15035764--15035837	21	3.5	21	77	0	76	45	17	18	17	1.85
15046352--15046420	21	3.3	21	75	0	66	42	21	23	13	1.88
15046367--15046478	42	2.7	42	86	4	138	40	19	24	16	1.91
15048722--15048761	20	2.1	18	90	9	62	57	0	27	15	1.38
15050725--15050882	85	1.9	85	84	5	212	29	17	15	37	1.91
15052438--15052697	75	3.6	73	76	13	227	42	5	9	42	1.60
15052574--15052700	65	1.9	67	88	4	195	40	3	8	46	1.53
15052907--15052963	6	9.5	6	82	0	60	17	29	1	50	1.56
15058430--15058497	7	9.4	7	88	3	91	16	0	36	47	1.47
15067624--15067659	16	2.2	16	90	0	54	55	13	5	25	1.60
15067743--15067803	11	6.1	10	72	12	54	22	1	3	72	1.09
15074571--15074609	18	2.2	18	85	0	51	20	30	33	15	1.94
15084445--15084482	19	2.0	19	85	10	51	52	7	21	18	1.70
15088582--15088636	27	2.0	27	92	0	92	29	12	12	45	1.79
15090419--15090461	15	2.9	15	85	0	59	41	9	16	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15090420--15090469	15	3.4	14	81	8	55	44	10	18	28	1.81
15092633--15092846	23	9.3	23	81	2	214	23	21	25	30	1.99
15092633--15092839	46	4.5	46	84	0	279	23	21	25	30	1.99
15101159--15101196	19	2.0	19	94	0	67	23	15	0	60	1.35
15104899--15104939	14	3.0	14	86	10	50	58	7	0	34	1.26
15105218--15105261	21	2.2	20	84	11	56	56	2	0	40	1.11
15105219--15105262	20	2.4	17	82	14	52	56	2	0	40	1.11
15113495--15113533	17	2.3	17	86	8	53	69	5	2	23	1.21
15114746--15114782	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
15119091--15119213	22	6.1	22	61	24	65	35	30	19	14	1.92
15119100--15119207	38	2.8	38	95	0	189	35	31	21	12	1.90
15128798--15128934	38	3.4	38	73	14	123	37	32	16	13	1.87
15128847--15128923	22	3.5	22	83	0	100	41	33	12	11	1.80
15129779--15129832	22	2.4	22	81	9	65	38	18	1	40	1.61
15130445--15130473	12	2.3	13	94	5	51	37	6	27	27	1.82
15134086--15134162	40	1.9	40	84	5	102	40	14	10	35	1.80
15144408--15144493	39	2.2	40	87	6	122	39	2	3	54	1.30
15146111--15146165	24	2.3	24	84	3	67	61	1	5	30	1.29
15146140--15146183	17	2.5	17	82	13	54	59	2	2	36	1.23
15151695--15151725	6	5.2	6	92	0	53	3	16	64	16	1.42
15151792--15151868	7	12.5	6	82	15	56	31	1	3	63	1.20
15154512--15154549	12	2.8	13	88	11	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15154528--15154561	15	2.3	15	89	0	50	70	2	0	26	1.01
15154771--15154809	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
15154984--15155028	22	2.0	22	86	4	63	42	15	2	40	1.59
15155018--15155080	21	3.1	21	86	9	103	36	14	11	38	1.81
15155007--15155081	19	3.8	19	86	6	105	37	14	10	37	1.81
15155463--15155616	44	3.6	44	74	7	120	27	20	22	29	1.98
15155923--15156298	44	8.7	44	78	11	384	28	25	18	28	1.98
15155969--15156298	170	1.9	170	85	2	457	28	24	18	28	1.98
15155929--15156258	126	2.6	126	88	3	464	27	24	18	28	1.98
15156288--15156699	88	4.7	88	88	0	563	19	23	29	26	1.98
15156463--15156602	44	3.2	44	66	8	113	17	22	34	26	1.95
15156312--15156703	176	2.2	176	91	0	622	19	23	28	27	1.99
15158893--15158945	25	2.2	25	86	10	74	62	5	11	20	1.49
15158893--15158960	25	2.7	23	82	11	55	60	5	11	22	1.52
15162848--15162963	51	2.3	51	80	7	121	56	6	6	31	1.48
15163221--15163260	3	13.3	3	84	10	55	67	0	0	32	0.91
15163223--15163274	12	4.1	12	81	16	52	69	1	0	28	0.99
15163482--15163520	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
15164951--15164996	19	2.3	20	81	7	58	67	0	6	26	1.15
15166435--15166486	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
15168405--15168456	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
15188790--15189048	7	36.6	7	70	7	69	20	2	32	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15188973--15189045	22	3.3	22	81	11	87	21	5	38	34	1.77
15189229--15189593	116	3.2	116	84	1	473	24	12	21	41	1.87
15189697--15189818	23	5.3	23	76	11	124	18	38	1	40	1.61
15189697--15189820	46	2.7	46	91	0	194	20	37	1	40	1.62
15189956--15189989	12	2.8	12	90	4	50	5	8	20	64	1.43
15190888--15190975	46	1.9	45	84	6	115	36	13	1	48	1.50
15191152--15191204	20	2.5	21	87	6	72	39	9	0	50	1.35
15191221--15191311	34	2.6	34	85	5	119	39	2	1	57	1.18
15191418--15191450	9	3.7	9	84	15	50	54	24	0	21	1.45
15191473--15191678	9	22.2	9	73	15	118	44	20	1	33	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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