genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11093183--11093367	79	2.3	82	81	7	220	25	27	22	24	2.00
11093165--11093367	40	5.1	40	80	8	218	25	27	22	25	2.00
11097284--11097333	24	2.1	24	84	0	64	50	6	6	38	1.52
11098508--11098585	37	2.1	37	100	0	156	29	5	16	48	1.68
11110681--11110712	16	1.9	17	93	6	57	56	3	40	0	1.15
11122629--11122663	6	5.8	6	86	0	52	14	5	0	80	0.89
11126026--11126064	16	2.4	17	82	8	53	35	12	33	17	1.88
11133943--11133980	18	2.1	19	90	5	60	23	23	13	39	1.90
11137205--11137239	18	2.0	18	88	5	54	14	45	28	11	1.79
11139157--11139204	23	2.0	24	92	4	80	37	10	18	33	1.85
11140154--11140415	39	6.6	39	90	3	368	25	22	27	24	2.00
11147469--11147691	39	5.7	40	88	6	298	25	22	27	24	2.00
11149078--11149103	9	2.9	9	100	0	52	53	0	11	34	1.37
11149826--11149868	24	1.9	22	86	13	61	41	6	9	41	1.64
11150205--11150438	85	2.8	84	88	1	328	30	18	17	34	1.94
11150411--11150519	48	2.3	48	100	0	218	33	16	14	34	1.89
11151069--11151177	28	3.9	28	76	2	119	52	4	19	23	1.64
11151058--11151190	56	2.4	56	81	6	151	50	4	18	26	1.66
11151066--11151188	28	4.4	27	70	16	97	51	4	18	25	1.66
11155466--11155539	38	1.9	38	88	0	112	32	20	14	32	1.93
11159695--11159809	59	1.9	59	91	0	185	29	13	22	33	1.93
11160131--11160170	17	2.4	17	86	0	53	30	25	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11162503--11162530	14	2.0	14	100	0	56	57	7	14	21	1.61
11172075--11172250	50	3.4	50	81	4	190	23	28	21	26	1.99
11172564--11172622	30	2.0	30	86	0	82	33	23	3	38	1.72
11177943--11177987	20	2.1	22	84	12	58	13	13	8	64	1.49
11178019--11178061	21	2.0	23	81	9	54	32	13	9	44	1.76
11180030--11180074	20	2.1	22	84	12	58	13	13	8	64	1.49
11180106--11180148	21	2.0	23	81	9	54	32	13	9	44	1.76
11182572--11182614	21	2.0	23	81	9	54	44	9	13	32	1.76
11188800--11188854	27	2.0	27	96	0	101	29	20	16	34	1.94
11204744--11204778	17	2.1	17	94	0	61	37	20	11	31	1.88
11207543--11207825	49	5.7	49	79	4	271	26	15	27	30	1.96
11214770--11214799	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
11216579--11216742	86	1.9	86	84	2	222	32	17	14	35	1.90
11217311--11217351	20	2.0	21	85	4	57	34	0	24	41	1.55
11227014--11227518	139	3.6	137	85	4	663	45	4	7	41	1.53
11227499--11227644	76	1.9	75	94	2	258	30	15	8	45	1.77
11228882--11228916	15	2.2	15	90	10	52	71	2	5	20	1.19
11229097--11229305	104	2.0	105	98	0	402	40	15	13	30	1.86
11242232--11242411	50	3.5	50	82	4	189	27	22	27	22	1.99
11242238--11242424	100	1.8	103	80	6	227	27	20	28	22	1.99
11242673--11242711	4	9.8	4	82	0	51	51	2	23	23	1.61
11242674--11242712	20	2.0	20	94	0	69	53	2	23	20	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11244270--11244461	50	3.7	50	77	6	163	28	22	24	24	1.99
11244661--11244699	4	9.8	4	82	0	51	51	2	23	23	1.61
11244662--11244700	20	2.0	20	94	0	69	53	2	23	20	1.57
11245929--11245967	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
11247199--11247237	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
11247795--11247833	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
11247118--11248871	596	2.9	596	96	0	3238	34	10	20	34	1.88
11252090--11252192	51	2.0	51	88	0	152	46	11	20	21	1.82
11254210--11254472	40	6.6	40	87	3	316	25	20	27	26	1.99
11254249--11254507	80	3.3	80	84	3	238	26	20	27	25	1.99
11274594--11274856	40	6.6	40	87	3	316	25	20	27	26	1.99
11274633--11274891	80	3.3	80	84	3	238	26	20	27	25	1.99
11293856--11293902	21	2.2	21	85	7	60	10	21	31	36	1.88
11294833--11294858	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
11295027--11295064	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
11295968--11296001	17	2.1	16	88	5	50	67	0	0	32	0.91
11295997--11296097	51	2.0	52	84	5	134	45	0	26	26	1.60
11296056--11296099	11	3.9	11	83	16	63	43	0	29	27	1.55
11296056--11296098	12	3.8	12	87	9	63	41	0	30	27	1.56
11297344--11297499	9	16.4	9	69	18	68	64	0	4	30	1.18
11297365--11297432	21	3.1	22	83	10	70	61	0	2	35	1.11
11297464--11297488	8	3.1	8	100	0	50	64	0	12	24	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11297772--11297893	9	12.8	9	66	20	52	29	2	2	65	1.18
11297726--11297806	19	4.3	19	75	9	76	25	6	3	64	1.34
11301507--11301574	21	3.3	20	69	22	61	33	7	19	39	1.79
11301471--11301574	40	2.6	40	84	4	131	33	6	20	39	1.79
11301774--11301859	38	2.2	39	81	2	93	24	19	13	41	1.88
11301818--11302031	45	4.9	44	79	9	215	21	18	19	41	1.90
11301774--11302038	45	6.4	39	74	14	172	21	17	18	42	1.89
11301774--11302040	83	3.2	84	76	13	239	21	17	18	42	1.89
11304394--11304438	19	2.4	18	78	10	54	24	0	4	71	1.05
11306672--11306701	13	2.3	13	94	0	51	40	23	0	36	1.55
11313655--11313723	35	1.9	36	97	2	131	26	2	18	52	1.60
11314986--11315071	33	2.6	33	80	8	104	48	17	8	25	1.74
11315047--11315123	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
11315063--11315102	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
11315051--11315117	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
11315086--11315125	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
11315450--11315483	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
11316641--11316680	11	3.6	11	86	0	53	67	10	5	17	1.37
11316641--11316698	22	2.7	22	81	2	55	67	12	3	17	1.36
11318094--11318126	17	1.9	17	88	11	50	57	0	3	39	1.14
11318606--11318633	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
11322433--11322510	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11322463--11322964	174	2.9	174	98	0	950	29	14	24	30	1.95
11324880--11324930	24	2.2	24	86	10	70	31	3	7	56	1.46
11324961--11325129	69	2.4	67	79	11	171	34	7	3	54	1.46
11325014--11325080	13	5.7	12	73	21	61	37	8	1	52	1.42
11324958--11325116	45	3.5	46	81	6	171	35	7	3	54	1.45
11325011--11325184	70	2.5	68	80	6	183	36	6	2	53	1.43
11324958--11325184	24	9.8	23	73	14	164	35	7	3	53	1.45
11325453--11325484	12	2.7	12	95	0	55	28	0	6	65	1.16
11326043--11326068	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
11328407--11328450	16	2.7	16	78	3	52	25	20	20	34	1.97
11328490--11328567	17	4.6	17	77	0	57	32	21	20	25	1.98
11328530--11328579	17	2.9	17	81	0	64	30	16	20	34	1.94
11328681--11328723	17	2.4	18	80	7	52	27	18	11	41	1.85
11329930--11329966	18	2.1	18	100	0	74	10	10	35	43	1.75
11340117--11340161	23	2.0	23	100	0	90	17	22	26	33	1.96
11341773--11341908	40	3.5	39	77	7	150	34	24	16	25	1.95
11342694--11342759	10	6.2	10	74	17	53	6	19	3	71	1.21
11342758--11342823	26	2.6	26	83	9	75	37	3	1	57	1.23
11344563--11344687	53	2.4	52	84	2	151	36	14	22	26	1.92
11348657--11348720	30	2.1	30	97	0	119	31	12	26	29	1.93
11350195--11350272	27	2.8	29	79	11	76	25	15	28	30	1.96
11352189--11352227	19	2.1	19	85	4	53	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11368266--11368307	18	2.3	18	88	8	59	23	52	4	19	1.65
11372838--11372888	18	2.8	18	85	5	68	33	0	3	62	1.13
11380277--11380341	3	22.0	3	80	3	60	60	1	6	32	1.31
11382126--11382910	132	5.9	131	90	1	1097	26	25	18	30	1.98
11382445--11382641	44	4.5	43	70	13	132	24	28	18	27	1.98
11393045--11393078	16	2.1	16	94	0	59	47	20	11	20	1.81
11394253--11394277	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
11394534--11394571	4	9.8	4	94	5	69	78	0	0	21	0.74
11403134--11403166	12	2.8	12	90	4	50	21	18	18	42	1.89
11403644--11403711	30	2.3	29	82	10	75	48	2	1	47	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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