genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59645323--59645527	98	2.1	97	89	3	313	34	7	3	53	1.48
59645323--59645473	46	3.2	46	68	23	121	35	7	3	53	1.45
59645482--59645519	20	1.9	20	88	0	58	31	13	0	55	1.38
59652477--59652790	44	7.1	44	65	16	121	28	17	23	29	1.97
59652368--59652906	132	4.1	131	90	3	798	28	17	23	30	1.97
59653138--59653269	19	6.8	19	87	5	194	38	11	14	35	1.82
59653139--59653269	59	2.3	59	93	2	221	38	11	13	35	1.81
59653879--59653921	16	2.5	17	81	7	52	34	6	4	53	1.49
59653912--59654046	18	7.3	18	67	22	57	34	8	1	54	1.41
59653915--59653959	20	2.2	20	80	0	54	37	6	0	55	1.26
59653902--59654049	46	3.2	46	70	22	137	34	8	3	53	1.49
59654007--59654044	20	1.9	20	88	0	58	31	13	0	55	1.38
59653911--59654052	44	3.1	44	76	15	162	34	8	2	54	1.45
59653852--59654051	92	2.1	96	87	5	282	34	7	3	54	1.46
59654081--59654121	20	2.0	20	100	0	82	34	0	0	65	0.93
59659147--59659213	28	2.3	29	84	7	91	37	8	16	37	1.80
59665619--59665679	32	1.9	31	83	3	77	31	18	6	44	1.75
59669784--59669831	25	1.9	25	95	0	87	37	31	14	16	1.89
59672639--59672663	11	2.3	11	100	0	50	60	0	16	24	1.36
59673757--59673812	22	2.6	22	77	2	60	41	0	0	58	0.98
59673757--59673828	32	2.4	30	76	6	74	37	0	0	62	0.95
59675417--59675503	30	2.8	30	81	10	97	25	13	11	49	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59679515--59679580	34	1.9	35	81	6	82	37	1	4	56	1.29
59682526--59682602	40	1.9	40	86	5	111	31	15	14	38	1.87
59689132--59689188	24	2.4	24	82	5	62	45	10	5	38	1.61
59689144--59689197	24	2.2	24	80	0	63	48	7	3	40	1.49
59693566--59693617	24	2.2	24	85	0	68	48	9	5	36	1.60
59702945--59703182	118	2.0	118	96	0	440	36	17	15	31	1.91
59703084--59703164	41	2.0	41	85	0	108	35	11	16	37	1.84
59704550--59704582	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
59707326--59707358	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
59725370--59725405	11	3.3	11	88	0	54	63	0	5	30	1.17
59725487--59725536	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
59730126--59730175	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
59744092--59744237	43	3.4	43	73	3	132	29	15	21	32	1.95
59747283--59747350	23	3.0	23	86	0	91	23	26	4	45	1.71
59748467--59748504	19	2.0	19	100	0	76	10	26	31	31	1.90
59751781--59751845	23	2.8	23	88	0	94	24	27	4	43	1.74
59753977--59754033	24	2.4	24	90	0	87	15	35	19	29	1.93
59753998--59754067	25	2.8	25	82	6	72	18	28	21	31	1.97
59754178--59754222	21	2.1	22	91	4	74	37	4	20	37	1.73
59770859--59771021	79	2.1	79	97	0	308	36	15	10	36	1.82
59774739--59774793	18	3.2	18	76	19	55	30	0	1	67	1.01
59785882--59785913	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59791008--59791039	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
59801552--59801602	26	2.1	25	85	10	70	54	3	1	39	1.30
59805436--59805504	31	2.2	32	84	5	86	56	1	1	40	1.17
59818686--59818779	48	2.0	48	93	4	163	25	27	20	26	1.99
59819548--59819595	24	2.0	24	84	8	62	45	27	4	22	1.70
59823371--59823418	25	1.9	25	87	8	71	27	33	14	25	1.94
59825451--59825475	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
59827258--59827400	41	3.5	41	92	0	205	30	21	26	21	1.99
59827271--59827416	41	3.6	41	90	1	159	31	20	27	20	1.97
59827258--59827416	82	1.9	82	83	2	203	30	20	27	22	1.98
59836007--59836056	25	2.0	25	84	0	64	24	28	20	28	1.99
59837882--59837934	22	2.4	22	93	0	88	9	22	22	45	1.81
59839941--59839985	11	3.9	11	77	11	54	33	4	2	60	1.29
59841559--59841746	26	7.5	26	72	14	135	20	19	19	40	1.92
59849849--59849877	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
59853387--59853425	5	7.8	5	100	0	78	0	20	0	79	0.73
59867598--59867861	132	2.0	132	97	0	501	34	13	15	35	1.87
59872741--59872811	31	2.3	31	100	0	142	70	0	8	21	1.13
59872741--59872811	6	11.5	6	76	5	52	70	0	8	21	1.13
59874847--59874887	18	2.2	18	87	12	57	65	9	2	21	1.34
59879639--59879667	15	1.9	15	100	0	58	48	0	17	34	1.47
59882008--59882045	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59883039--59883093	11	4.9	11	75	20	60	41	0	30	27	1.56
59883039--59883093	22	2.5	22	83	16	69	41	0	30	27	1.56
59884486--59884538	28	1.9	27	88	3	79	58	16	9	15	1.62
59884548--59884645	47	2.1	47	94	0	169	26	23	18	31	1.97
59885195--59885278	27	3.3	23	86	11	96	65	1	0	33	1.00
59885246--59885272	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
59885223--59885264	16	2.5	17	88	11	68	66	0	0	33	0.92
59886110--59886169	26	2.3	26	85	5	77	35	0	1	63	1.05
59886367--59886421	29	1.9	28	85	10	76	36	1	1	60	1.18
59886392--59886436	22	2.0	23	86	4	65	48	0	2	48	1.13
59900704--59900806	42	2.5	41	81	13	106	20	14	19	45	1.85
59905220--59905345	42	3.0	42	78	6	139	38	19	23	18	1.93
59924611--59924677	28	2.4	28	76	18	68	46	0	4	49	1.22
59932537--59932575	19	2.0	20	85	14	55	25	0	2	71	0.98
59946894--59946945	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
59950706--59950757	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
59953305--59953377	36	2.0	36	94	0	128	28	20	13	36	1.91
59959508--59959597	19	5.0	17	73	17	83	42	12	14	31	1.82
59959510--59959597	36	2.4	36	88	5	124	40	12	14	31	1.84
59959510--59959597	18	4.8	18	79	6	106	40	12	14	31	1.84
59959628--59959686	17	3.4	17	72	13	57	38	11	11	37	1.79
59959778--59959826	17	2.8	17	82	11	64	44	10	16	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59960330--59960412	43	2.0	42	83	7	105	9	27	36	26	1.88
59960416--59960482	23	2.8	24	85	12	86	1	23	5	68	1.20
59960416--59960482	22	3.0	22	81	14	66	1	23	5	68	1.20
59960568--59960643	20	3.8	21	75	17	72	1	19	2	76	0.98
59960569--59960645	18	4.1	19	78	18	72	1	20	2	75	1.00
59960730--59960794	20	3.2	20	83	16	80	1	12	10	75	1.12
59960736--59960795	22	2.7	23	80	19	74	1	11	11	75	1.13
59960767--59960808	20	2.2	19	83	12	50	4	11	9	73	1.22
59960888--59960913	11	2.4	11	100	0	52	7	7	15	69	1.35
59961184--59961256	30	2.5	29	77	6	76	36	0	28	34	1.58
59961230--59961327	30	3.3	30	88	5	128	45	4	20	29	1.69
59961495--59962352	75	11.3	75	92	4	1273	38	19	15	26	1.91
59961481--59962352	152	5.7	152	92	3	1402	39	19	15	26	1.91
59961481--59962352	227	3.8	227	92	3	1371	39	19	15	26	1.91
59963414--59963439	9	2.9	9	100	0	52	11	34	19	34	1.88
59965871--59965907	16	2.3	16	95	0	65	32	10	8	48	1.67
59965871--59965916	16	3.1	15	82	14	51	30	8	8	52	1.62
59968166--59968537	78	4.8	76	90	6	595	36	20	15	27	1.93
59968166--59968537	159	2.4	153	90	8	599	36	20	15	27	1.93
59969407--59969474	17	4.3	16	76	10	52	4	8	4	82	0.94
59969406--59969474	28	2.4	29	85	7	88	4	8	4	82	0.93
59969432--59969476	20	2.3	19	88	3	63	4	4	4	86	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59975013--59975147	18	7.4	18	76	12	125	46	12	12	28	1.78
59975008--59975145	54	2.5	51	84	10	152	44	12	11	31	1.78
59975192--59975282	17	5.2	17	72	13	78	42	12	10	34	1.77
59975191--59975278	35	2.5	36	87	7	119	39	12	12	35	1.81
59975335--59975383	17	2.8	17	76	14	55	46	10	14	28	1.77
59975755--59975788	14	2.6	13	90	9	52	64	2	11	20	1.39
59975967--59976033	23	2.8	24	80	12	77	1	25	5	67	1.22
59975975--59976033	22	2.7	21	75	19	57	1	23	5	69	1.18
59976147--59976189	11	3.9	11	93	0	68	0	16	4	79	0.90
59976138--59976194	18	2.9	19	78	14	62	0	19	3	77	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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