genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29575124--29575284	79	2.0	79	95	0	286	28	11	24	36	1.90
29584316--29584619	40	7.7	40	90	4	431	25	27	21	25	1.99
29586878--29587138	40	6.7	40	91	5	419	21	26	20	31	1.98
29586878--29587138	115	2.2	117	91	4	422	21	26	20	31	1.98
29595194--29595540	119	2.9	120	90	1	554	21	27	20	31	1.98
29595194--29595540	159	2.2	159	91	1	552	21	27	20	31	1.98
29595194--29595539	40	8.7	40	90	1	543	21	27	20	30	1.98
29611312--29611560	40	6.2	40	94	1	403	26	27	20	25	1.99
29612689--29612713	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
29624353--29624538	40	4.7	40	84	5	200	25	22	26	24	2.00
29624406--29624571	80	2.1	79	81	7	185	28	21	25	24	1.99
29632407--29632629	40	5.6	40	87	4	274	25	20	26	26	1.99
29632411--29632662	80	3.2	80	81	8	273	26	20	25	26	1.99
29637050--29637082	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
29647091--29647131	13	2.7	15	85	14	50	9	31	0	58	1.31
29647614--29647646	16	2.1	16	100	0	66	39	0	18	42	1.50
29652783--29653289	69	7.4	69	78	4	396	18	21	23	37	1.94
29654609--29654729	39	3.1	39	94	4	217	32	30	7	29	1.85
29656795--29656834	19	2.1	19	100	0	80	40	5	12	42	1.64
29657843--29657980	69	2.0	69	100	0	276	31	26	10	31	1.89
29659493--29659761	137	2.0	138	82	3	328	31	28	20	20	1.97
29661839--29661870	12	2.7	12	95	0	55	50	6	0	43	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29662317--29662414	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
29662345--29662427	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
29670856--29670908	20	2.6	20	82	11	63	32	15	18	33	1.92
29676605--29677235	314	2.0	314	97	0	1199	32	16	19	32	1.94
29682950--29682978	14	2.1	14	100	0	58	24	27	13	34	1.93
29686520--29688486	555	3.6	555	91	2	3052	28	19	15	36	1.92
29690458--29690488	16	1.9	16	93	0	53	19	16	12	51	1.76
29697911--29697954	20	2.2	20	88	8	63	25	9	9	56	1.59
29708657--29708838	40	4.6	40	82	6	185	27	20	25	26	1.99
29708708--29708871	80	2.1	79	81	7	190	28	19	25	26	1.99
29709063--29709371	47	6.6	47	94	0	528	32	8	30	28	1.87
29710822--29711081	40	6.5	40	96	0	475	23	21	29	25	1.99
29715155--29715308	40	3.8	40	85	5	172	29	20	24	25	1.99
29715120--29715301	80	2.3	80	79	11	203	28	20	25	25	1.99
29715169--29715324	80	2.0	79	81	11	185	29	19	24	26	1.99
29715526--29716316	47	16.6	47	94	2	1357	32	8	29	29	1.87
29731636--29731971	51	6.6	50	80	5	363	30	25	15	28	1.96
29731632--29731974	102	3.4	101	88	2	447	29	25	15	28	1.96
29732445--29732503	30	1.9	31	89	3	93	28	20	6	44	1.77
29735717--29735758	16	2.7	15	85	7	57	45	2	0	52	1.13
29742839--29742980	47	3.1	47	63	25	122	36	30	2	30	1.72
29742838--29743017	90	2.0	90	100	0	360	36	28	2	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29748346--29748379	8	4.2	8	96	0	50	29	0	17	52	1.45
29748882--29748978	25	3.9	24	79	12	90	26	22	19	30	1.98
29748882--29748994	50	2.3	50	87	3	156	26	23	20	30	1.98
29748916--29748998	25	3.3	25	83	9	98	28	22	18	30	1.97
29751698--29751965	137	1.9	138	82	3	335	32	28	19	19	1.96
29752111--29752142	16	2.1	16	94	5	57	53	9	0	37	1.34
29761737--29761776	20	2.0	20	85	5	53	47	7	7	37	1.60
29762422--29762472	21	2.4	22	76	6	68	37	23	13	25	1.92
29775267--29775448	40	4.6	40	86	2	179	25	20	29	25	1.99
29775228--29775448	80	2.8	79	81	3	219	24	20	28	25	1.99
29775306--29775485	79	2.3	80	79	5	188	25	20	29	25	1.99
29778131--29778164	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
29783308--29783372	9	7.5	8	79	20	53	81	7	3	7	0.96
29783306--29783412	34	3.2	31	77	16	90	76	10	3	9	1.13
29783308--29783405	43	2.3	42	83	3	115	79	9	3	8	1.03
29783369--29783441	29	2.6	28	86	2	92	69	12	6	10	1.35
29784341--29784395	7	8.0	7	95	4	103	70	0	14	14	1.16
29784341--29784395	20	2.7	20	97	2	101	70	0	14	14	1.16
29785621--29786017	88	4.5	87	84	0	470	29	24	22	23	1.99
29785619--29786019	175	2.3	176	82	4	479	29	23	23	23	1.99
29786303--29786551	50	5.0	50	72	4	169	33	24	19	22	1.97
29786282--29786522	100	2.4	99	88	2	338	32	24	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29786289--29786560	100	2.7	100	84	1	240	33	25	18	22	1.97
29788023--29788080	6	9.2	6	80	10	53	13	5	3	77	1.07
29798031--29798081	21	2.4	22	83	6	61	7	21	1	68	1.25
29806250--29806297	21	2.3	21	85	0	60	39	0	29	31	1.57
29806259--29806300	21	2.0	21	95	0	75	40	0	30	28	1.57
29810343--29810369	14	1.9	14	100	0	54	51	7	18	22	1.70
29817459--29817511	23	2.3	23	93	0	88	32	15	11	41	1.82
29817808--29817851	20	2.1	21	83	4	54	65	6	0	27	1.17
29817889--29817975	9	9.7	9	91	0	120	24	8	25	42	1.81
29817890--29817975	18	4.8	18	92	0	136	24	8	25	41	1.82
29821920--29821962	3	14.3	3	95	0	77	34	2	0	62	1.08
29824856--29825041	50	3.6	50	82	4	201	27	22	27	21	1.99
29837911--29838000	44	2.0	44	100	0	180	37	13	15	33	1.86
29841629--29841659	15	2.1	15	93	0	53	22	19	19	38	1.93
29848340--29848382	22	2.0	22	86	4	61	74	11	0	13	1.07
29848595--29848699	55	1.9	55	84	0	138	21	19	31	27	1.97
29849754--29849836	19	4.3	19	75	4	67	44	19	25	10	1.83
29852903--29853001	23	4.3	23	92	0	162	21	20	25	33	1.97
29853131--29853203	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
29863644--29863821	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
29863645--29863800	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
29863641--29863821	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29868493--29868755	40	6.6	40	83	4	255	24	20	27	26	1.99
29872009--29872159	37	4.1	37	93	3	252	25	33	19	21	1.97
29872009--29872159	72	2.1	74	94	2	270	25	33	19	21	1.97
29872278--29872739	47	9.7	47	92	4	725	29	29	8	32	1.87
29872289--29872760	239	2.0	233	86	7	636	30	29	8	31	1.87
29872793--29872831	18	2.2	18	86	9	53	38	23	2	35	1.68
29872278--29872739	192	2.4	187	90	6	594	29	29	8	32	1.87
29876080--29876275	40	4.9	40	83	2	189	25	28	22	23	2.00
29876094--29876275	80	2.3	80	80	5	208	24	28	23	23	2.00
29876591--29876662	29	2.5	29	86	4	92	27	31	13	26	1.94
29876644--29876746	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
29878009--29878159	36	4.1	37	91	2	234	26	31	18	23	1.97
29878009--29878159	73	2.1	73	89	2	232	26	31	18	23	1.97
29878273--29878542	47	5.7	47	91	0	398	28	29	9	32	1.88
29897813--29897860	20	2.4	20	85	0	60	25	18	16	39	1.91
29897817--29897880	30	2.1	30	88	5	94	21	20	18	39	1.93
29901926--29902083	48	3.3	48	88	0	226	37	19	6	36	1.77
29912943--29913000	28	2.1	28	100	0	116	25	10	8	55	1.62
29914106--29914156	18	2.6	21	70	23	56	47	1	3	47	1.32
29914718--29914966	90	2.7	86	82	11	270	36	19	10	34	1.86
29915085--29915143	21	2.9	21	87	2	75	59	1	0	38	1.08
29915139--29915170	17	1.9	17	93	6	57	78	6	0	15	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29915360--29915444	11	8.6	9	73	16	53	25	5	0	68	1.12
29915360--29915444	20	4.2	20	75	10	75	25	5	0	68	1.12
29915377--29915471	40	2.3	41	83	5	113	24	5	1	69	1.15
29915360--29915443	10	8.3	10	72	7	62	25	5	0	69	1.11
29915408--29915481	21	3.7	20	78	5	87	22	4	1	71	1.10
29915448--29915515	31	2.2	30	82	12	77	30	1	1	66	1.10
29922410--29922610	33	5.5	33	68	23	127	32	23	19	23	1.97
29922330--29922616	75	3.8	75	90	0	439	31	25	19	23	1.98
29929252--29929284	12	2.6	13	90	4	50	36	9	9	45	1.68
29930762--29930787	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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