genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  25  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7019342--7019398	30	1.9	29	92	3	96	35	12	1	50	1.50
7022835--7022875	21	1.9	22	85	5	57	29	21	0	48	1.50
7025614--7026156	50	10.9	49	70	7	340	32	23	20	23	1.97
7025614--7026185	100	5.7	100	87	0	748	33	23	20	23	1.98
7027418--7027448	16	1.9	16	93	0	53	19	6	0	74	1.03
7032615--7032645	16	1.9	16	93	0	53	0	9	3	87	0.66
7033275--7033321	18	2.7	17	78	12	51	36	6	2	55	1.37
7041931--7041972	18	2.3	18	91	0	66	47	7	16	28	1.73
7053713--7053788	30	2.4	33	82	8	86	52	3	0	43	1.19
7055038--7055080	19	2.3	19	80	11	52	23	16	0	60	1.35
7066305--7066381	33	2.3	33	84	4	93	35	18	22	24	1.96
7073047--7073448	27	15.0	27	83	2	427	19	16	20	44	1.87
7077381--7077447	32	2.1	32	94	0	116	34	16	4	44	1.68
7078817--7078975	42	3.7	43	75	10	155	26	16	25	32	1.96
7081446--7081609	52	3.2	52	97	1	303	32	0	1	65	1.03
7085901--7086059	42	3.7	43	75	13	157	27	16	23	32	1.96
7085901--7086059	43	3.7	43	77	10	173	27	16	23	32	1.96
7090260--7090308	24	2.0	26	84	8	66	61	10	8	20	1.53
7092648--7092687	13	2.9	14	82	17	57	67	5	7	20	1.34
7093405--7093460	24	2.4	24	87	3	78	58	1	5	33	1.31
7094895--7095012	44	2.7	44	81	5	123	27	19	20	32	1.97
7095390--7096023	169	3.8	169	88	2	880	29	26	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7096817--7096841	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
7100181--7100254	30	2.5	30	100	0	148	41	9	9	39	1.70
7101989--7102037	13	3.5	14	81	15	57	71	6	2	20	1.18
7103985--7104023	21	1.9	20	84	5	51	35	0	2	61	1.10
7116325--7116373	22	2.2	23	92	3	82	30	14	6	48	1.67
7121430--7121517	44	2.0	44	84	8	117	62	3	2	31	1.24
7121632--7121656	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
7121817--7121892	9	8.4	9	88	5	100	43	23	7	25	1.80
7121817--7121892	27	2.8	27	89	0	116	43	23	7	25	1.80
7121999--7122042	18	2.4	18	88	0	61	18	2	38	40	1.63
7125966--7126053	43	2.0	43	100	0	176	51	9	9	30	1.65
7142187--7142287	24	4.2	24	76	0	85	23	16	16	42	1.88
7142159--7142298	72	1.9	72	85	2	192	26	17	17	37	1.93
7142758--7142801	23	1.9	23	90	0	70	40	25	6	27	1.80
7149295--7149456	23	6.9	23	85	4	164	45	5	27	21	1.74
7154956--7154989	16	2.1	16	100	0	68	41	5	20	32	1.76
7154959--7155002	16	2.8	16	89	0	61	45	4	13	36	1.64
7155325--7155459	25	5.4	25	91	0	207	25	26	14	33	1.95
7155452--7155509	25	2.3	25	100	0	116	25	25	17	31	1.97
7155325--7155484	50	3.2	50	88	0	203	25	26	15	33	1.95
7155325--7155510	75	2.5	75	84	0	228	25	26	15	32	1.95
7160347--7160377	6	5.2	6	100	0	62	32	16	0	51	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7162917--7163006	37	2.5	37	85	7	116	35	25	10	28	1.88
7163215--7163383	41	4.1	41	92	0	293	22	27	20	28	1.99
7163604--7163649	17	2.7	17	83	6	58	43	15	2	39	1.59
7170299--7170377	37	2.1	37	85	0	104	36	22	7	32	1.83
7170588--7170756	41	4.1	41	92	0	284	23	27	20	28	1.98
7173366--7173405	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
7181516--7181556	20	2.1	20	90	4	66	63	0	2	34	1.08
7181516--7181646	10	13.6	9	66	17	50	58	1	3	35	1.25
7181574--7181618	19	2.3	19	88	11	65	57	0	8	33	1.30
7181605--7181651	19	2.3	20	82	10	60	61	4	4	29	1.34
7182229--7182309	39	2.1	40	84	13	109	35	1	3	59	1.23
7182260--7182358	47	2.1	47	81	10	114	31	2	4	62	1.25
7182212--7182328	10	12.2	10	72	20	56	33	0	5	59	1.27
7189585--7189632	24	2.0	24	95	0	87	50	10	4	35	1.56
7192146--7192322	94	1.9	94	87	4	259	24	11	19	43	1.85
7192039--7192460	221	1.9	218	81	7	514	27	9	20	42	1.83
7192349--7192667	95	3.1	101	80	11	325	26	9	20	43	1.82
7192172--7192799	329	1.9	323	83	6	798	26	9	21	42	1.83
7192504--7193017	217	2.4	216	81	10	532	27	9	22	41	1.85
7197962--7197997	7	5.1	7	100	0	72	13	41	13	30	1.84
7199115--7199192	40	2.0	40	89	5	122	26	28	0	44	1.54
7200813--7201406	222	2.7	218	87	9	717	42	18	2	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7200984--7201406	206	2.0	206	90	5	658	43	17	2	36	1.63
7201574--7201636	24	2.5	26	80	17	78	31	3	0	65	1.09
7201575--7201636	25	2.4	27	86	10	94	32	3	0	64	1.09
7201575--7201635	26	2.4	26	89	8	81	32	3	0	63	1.10
7207800--7207834	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
7209012--7209046	14	2.5	14	95	0	61	45	2	5	45	1.41
7208989--7209156	62	2.7	62	96	0	309	48	10	5	35	1.61
7215120--7215156	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
7216994--7217038	21	2.2	21	88	7	67	28	4	0	66	1.11
7217275--7217325	26	2.0	26	100	0	102	41	3	3	50	1.39
7218040--7218091	24	2.2	24	89	0	77	57	3	9	28	1.48
7227458--7227504	22	2.1	21	84	7	58	70	2	8	19	1.24
7231818--7231908	37	2.5	37	83	1	112	41	31	10	15	1.82
7239592--7239618	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7240674--7240700	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
7248355--7248396	15	2.9	15	79	10	52	42	4	4	47	1.45
7253671--7253730	24	2.5	24	83	5	77	28	8	0	63	1.23
7253687--7253734	3	16.0	3	86	0	69	29	4	0	66	1.10
7253937--7253965	13	2.3	13	94	5	51	17	0	13	68	1.20
7257877--7257958	26	3.2	26	82	0	92	40	3	21	34	1.71
7257877--7257958	13	6.3	13	73	0	74	40	3	21	34	1.71
7257983--7258039	27	2.2	25	84	6	69	43	5	17	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7257991--7258048	25	2.2	27	84	6	75	39	1	18	39	1.61
7261052--7261107	13	4.3	13	93	0	85	32	10	21	35	1.88
7261035--7261107	39	1.9	37	88	5	110	28	10	23	36	1.89
7261686--7261729	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
7261713--7261783	22	3.2	22	63	21	58	38	7	12	42	1.70
7261708--7261801	44	2.1	44	100	0	188	42	6	13	37	1.70
7270053--7270101	21	2.2	22	80	16	57	22	34	24	18	1.96
7276640--7276690	25	2.0	25	96	0	93	35	7	11	45	1.70
7276640--7276709	25	2.8	25	87	6	81	37	8	11	42	1.72
7277261--7277350	37	2.4	38	83	1	119	31	41	11	16	1.83
7281890--7281937	24	2.0	24	84	15	64	31	0	16	52	1.45
7288843--7288907	24	2.8	23	81	9	78	72	3	4	20	1.16
7288891--7288939	6	8.5	6	91	6	75	85	2	0	12	0.68
7290682--7290760	35	2.2	36	84	11	99	29	11	16	43	1.83
7291695--7291764	31	2.2	32	82	5	79	38	7	7	47	1.59
7291686--7291764	31	2.5	31	79	4	77	39	6	7	46	1.58
7291875--7291938	30	2.1	31	83	11	80	51	9	6	32	1.59
7297399--7297449	5	10.0	5	97	2	93	58	1	0	39	1.09
7298879--7298992	37	3.1	37	62	14	92	29	5	23	41	1.76
7298847--7298992	72	2.0	72	97	0	274	30	5	21	42	1.76
7301983--7302040	27	2.1	27	100	0	116	36	31	17	15	1.91
7312303--7312340	16	2.5	15	87	8	51	55	0	7	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7315794--7315832	20	2.0	20	89	0	60	30	10	10	48	1.70
7317336--7317378	21	2.0	21	90	0	68	44	27	13	13	1.83
7317605--7318011	162	2.4	170	76	10	397	36	23	5	34	1.79
7319786--7319818	12	2.5	13	90	9	50	39	0	9	51	1.34
7323303--7323453	33	4.7	33	76	9	134	19	22	12	45	1.84
7323657--7323763	51	2.1	51	89	3	162	29	26	10	33	1.89
7330575--7330640	27	2.5	27	76	13	75	33	1	7	57	1.36
7334671--7335168	117	4.3	117	97	0	935	41	1	3	52	1.29
7334750--7334833	44	1.9	44	82	4	107	41	1	2	54	1.21
7334881--7335031	17	9.0	17	66	21	70	41	1	2	54	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221