genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  78  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22977807--22977885	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22979099--22979330	40	5.8	40	91	0	365	26	21	26	25	1.99
22983057--22983787	47	15.3	47	97	2	1304	32	8	29	29	1.88
22983057--22983787	96	7.7	94	96	2	1277	32	8	29	29	1.88
22983820--22983950	47	2.8	47	88	0	190	32	8	32	27	1.86
22984069--22984147	37	2.1	37	85	0	104	24	20	29	26	1.99
22986870--22986935	27	2.4	27	89	0	96	42	15	19	22	1.88
22996902--22997031	45	2.9	45	89	2	183	23	20	28	26	1.99
22997836--22997897	27	2.3	26	86	5	88	41	16	19	22	1.89
23000245--23000416	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
23000245--23000459	80	2.7	79	79	5	227	26	27	20	25	1.99
23003772--23003823	21	2.3	23	93	6	90	32	5	26	34	1.80
23007972--23008023	25	2.1	25	100	0	104	38	0	15	46	1.46
23012019--23012205	49	3.8	49	78	12	220	27	19	24	28	1.98
23012014--23012200	99	1.9	100	93	3	324	26	20	24	28	1.99
23020917--23020961	21	2.0	20	84	16	54	31	6	17	44	1.75
23021159--23021192	17	2.1	17	88	5	52	35	2	11	50	1.54
23023330--23023477	51	2.9	51	91	2	244	29	25	13	31	1.94
23030978--23031155	27	6.6	27	81	3	178	26	15	29	28	1.96
23030979--23031128	82	1.8	81	85	4	212	26	16	30	28	1.96
23030975--23031155	82	2.2	81	80	4	204	26	15	29	28	1.96
23051055--23051109	26	2.1	26	100	0	110	36	10	10	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23062334--23062367	17	2.1	17	94	5	61	35	5	11	47	1.65
23068204--23068279	38	2.0	38	100	0	152	44	2	28	23	1.67
23071883--23071916	17	2.0	17	88	0	50	17	23	29	29	1.97
23074840--23074974	29	4.6	29	77	3	119	21	28	12	37	1.90
23074927--23074986	29	2.1	29	90	0	93	28	26	11	33	1.91
23081134--23081168	18	1.9	18	100	0	70	20	28	5	45	1.73
23095318--23095356	17	2.1	20	86	13	57	30	12	5	51	1.62
23108928--23108977	20	2.5	20	87	6	75	38	8	30	24	1.84
23113271--23113298	12	2.3	12	100	0	56	32	7	7	53	1.55
23116038--23116106	17	4.2	17	75	18	58	36	1	2	59	1.21
23116051--23116184	68	1.9	72	84	6	186	36	2	6	53	1.43
23119093--23119147	28	2.0	29	82	10	71	61	0	3	34	1.13
23129122--23129299	66	2.6	66	80	8	205	25	26	19	28	1.99
23143078--23143105	6	4.7	6	100	0	56	50	17	14	17	1.79
23146981--23147259	45	6.5	45	75	10	244	29	18	16	35	1.93
23146982--23147264	43	6.6	43	76	8	254	29	18	16	34	1.94
23160736--23160771	18	2.0	18	94	0	63	36	5	13	44	1.68
23163049--23163286	28	8.5	28	92	0	379	34	26	11	27	1.91
23180892--23181083	50	3.8	50	85	4	253	21	30	21	26	1.98
23180892--23181071	99	1.8	100	85	1	254	21	30	21	26	1.98
23194028--23194493	40	11.7	40	97	0	837	22	28	19	28	1.98
23202802--23203268	40	11.7	40	97	0	846	22	28	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23205389--23205427	19	2.1	19	85	9	53	48	23	0	28	1.51
23212817--23212863	17	2.8	17	100	0	94	46	19	12	21	1.82
23231637--23231691	15	3.5	15	80	7	56	3	12	1	81	0.89
23231634--23231679	20	2.3	21	82	14	62	2	15	2	80	0.91
23238509--23238589	41	2.0	41	87	0	117	30	25	23	19	1.98
23238525--23238618	41	2.3	41	84	0	116	32	25	20	21	1.97
23243159--23243381	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	24	2.00
23243140--23243381	40	6.1	40	83	6	278	25	26	22	24	2.00
23265560--23265603	14	3.3	14	84	6	56	59	11	6	22	1.55
23265582--23265662	41	2.0	41	100	0	162	54	9	8	27	1.62
23269869--23269914	15	2.7	17	77	19	51	26	6	6	60	1.46
23269884--23269912	15	1.9	15	100	0	58	27	3	6	62	1.37
23270044--23270167	60	2.1	60	84	4	162	28	16	22	32	1.96
23272150--23272189	12	3.3	12	92	0	71	50	0	22	27	1.50
23286806--23286847	14	3.3	13	81	12	52	61	2	0	35	1.09
23286805--23286854	12	4.1	12	80	12	57	56	2	2	40	1.22
23291106--23291141	18	2.0	18	100	0	72	33	5	16	44	1.71
23297142--23297175	11	3.0	12	83	16	54	32	35	0	32	1.58
23298346--23298371	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
23298367--23298391	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
23298346--23298391	14	3.3	14	85	14	60	28	0	15	56	1.39
23299032--23299074	18	2.4	18	92	0	68	20	27	6	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23299938--23300220	125	2.3	125	93	0	476	26	21	19	32	1.97
23300399--23300664	41	6.5	41	80	3	268	18	18	25	37	1.93
23300634--23300715	40	2.0	40	81	4	94	24	23	18	34	1.96
23302186--23302210	6	4.2	6	100	0	50	36	0	16	48	1.46
23304774--23304813	21	1.9	21	94	0	71	37	17	42	2	1.63
23304723--23304899	87	2.0	87	90	2	275	41	18	28	12	1.86
23305225--23305453	43	5.5	43	88	4	326	30	16	26	27	1.97
23306952--23307012	27	2.4	25	81	8	68	70	4	0	24	1.07
23306975--23307022	8	5.6	8	78	11	51	79	0	0	20	0.74
23306962--23307022	27	2.2	28	91	5	99	73	0	0	26	0.83
23306962--23307030	27	2.5	27	81	11	86	71	0	0	28	0.87
23307551--23307577	13	2.1	13	100	0	54	29	7	18	44	1.77
23309769--23309837	19	3.5	20	79	15	81	27	2	8	60	1.40
23309727--23309853	38	3.3	37	78	8	112	30	7	9	52	1.60
23310164--23310214	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
23310189--23310276	40	2.2	40	93	0	149	31	22	1	44	1.61
23311433--23311457	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
23313510--23313681	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
23313457--23313679	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
23313537--23313714	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
23315248--23315290	18	2.4	17	85	11	59	18	30	9	41	1.82
23315675--23315773	44	2.2	44	87	3	137	40	1	11	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23315834--23316379	23	22.6	23	77	15	498	45	23	1	29	1.61
23315873--23315985	21	4.9	20	72	23	73	46	26	0	26	1.53
23315882--23315985	50	2.1	51	90	3	167	46	28	0	25	1.53
23316047--23316111	34	1.9	34	96	0	121	47	23	0	29	1.52
23316078--23316388	171	1.8	165	87	7	464	45	23	1	29	1.64
23316385--23316602	116	1.9	116	94	0	382	38	8	9	43	1.69
23316578--23316619	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
23319632--23320009	126	3.0	126	85	3	532	32	22	16	29	1.95
23320285--23320324	12	3.7	12	75	25	52	32	7	10	50	1.64
23320919--23320996	38	2.1	38	95	0	138	38	2	10	48	1.51
23320930--23320990	19	3.2	19	67	17	54	34	1	9	54	1.44
23330249--23330277	15	1.9	15	100	0	58	44	13	20	20	1.85
23330695--23330758	31	2.1	31	85	5	85	62	1	10	25	1.37
23330711--23330764	17	3.4	17	76	21	62	57	0	9	33	1.31
23336448--23337005	47	11.7	47	94	1	911	32	8	29	29	1.88
23337124--23337200	37	2.1	37	90	0	118	23	18	32	25	1.97
23339700--23339807	56	1.9	55	88	1	162	35	7	15	41	1.75
23342287--23342353	33	2.0	33	83	11	84	55	13	8	22	1.66
23347006--23347173	45	3.8	45	77	3	151	40	17	18	23	1.91
23348076--23348129	20	2.7	20	97	0	99	53	3	22	20	1.61
23356034--23356074	21	2.0	21	85	9	57	17	26	24	31	1.97
23365911--23366254	102	3.4	102	88	2	471	29	15	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23365911--23366248	51	6.7	50	81	4	378	29	15	26	28	1.96
23372115--23372144	16	1.9	15	93	6	51	46	6	3	43	1.46
23373202--23373276	37	2.0	37	100	0	150	32	2	21	44	1.66
23373750--23373852	35	2.9	35	91	2	154	14	16	31	37	1.89
23375963--23376003	21	2.0	21	90	0	64	26	2	7	63	1.33
23377598--23377745	55	2.6	56	86	7	192	35	3	4	56	1.35
23377598--23377746	59	2.7	55	81	10	151	35	3	4	57	1.34
23379173--23379239	29	2.2	29	84	5	80	52	14	10	22	1.72
23379285--23379358	18	4.3	18	76	10	64	44	10	0	44	1.39
23383398--23383478	33	2.5	33	86	8	103	48	7	6	38	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221