genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  1  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2703--2736	14	2.4	14	90	0	50	50	0	2	47	1.16
4797--4837	21	2.0	21	90	9	66	48	21	17	12	1.79
5507--5590	40	2.1	40	97	0	159	38	36	11	13	1.81
6878--6913	15	2.4	15	95	0	63	16	22	5	55	1.62
10011--10053	23	1.9	23	85	4	61	51	4	9	34	1.55
10503--10642	35	4.0	35	94	0	235	22	27	32	17	1.96
13413--13466	28	1.9	28	100	0	108	59	3	7	29	1.42
17244--17291	4	12.0	4	100	0	96	25	0	25	50	1.50
20265--20369	35	3.0	35	91	0	165	17	30	28	23	1.97
20283--20387	35	3.1	34	86	2	95	19	26	30	23	1.98
30481--30592	54	2.1	54	94	0	197	40	14	6	39	1.71
30972--31012	18	2.3	18	95	0	73	36	14	2	46	1.58
37098--37219	56	2.2	58	83	8	162	36	15	13	34	1.87
38754--38783	6	5.0	6	100	0	60	33	16	16	33	1.92
39796--39854	12	4.7	12	75	8	55	72	6	10	10	1.27
40732--40768	19	1.9	19	100	0	74	43	5	13	37	1.67
42762--42811	22	2.3	22	89	0	73	18	4	12	66	1.39
42762--42809	11	4.4	11	78	0	51	18	4	12	64	1.43
44449--44506	27	2.1	27	83	0	71	41	20	8	29	1.82
44449--44506	9	6.4	9	83	0	62	41	20	8	29	1.82
44554--44595	21	2.0	21	100	0	84	33	0	4	61	1.17
46344--46395	22	2.4	21	77	3	59	38	11	1	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47499--47554	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
47774--47812	20	2.0	20	84	0	51	56	2	0	41	1.13
47940--47982	15	2.7	16	82	7	52	62	0	2	34	1.08
49676--49725	22	2.2	22	85	3	64	46	4	10	40	1.56
57653--57687	17	2.1	17	88	0	52	17	5	28	48	1.69
64641--64691	26	1.9	27	84	4	68	33	13	15	37	1.87
68675--68703	5	5.8	5	100	0	58	0	17	0	82	0.66
79384--79433	21	2.4	21	86	0	73	42	2	6	50	1.38
89901--89941	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
92344--92390	19	2.5	19	86	6	60	59	0	0	40	0.97
92426--92473	25	1.9	25	95	0	87	41	18	0	39	1.51
99399--99435	19	1.9	19	100	0	74	32	0	5	62	1.18
128470--128553	33	2.4	34	94	5	143	52	9	9	28	1.65
133936--133992	28	2.0	28	86	0	78	42	10	7	40	1.66
133940--134000	28	2.2	28	81	0	68	47	9	3	39	1.53
143369--143407	18	2.1	19	90	4	62	23	10	5	61	1.48
146053--146181	63	2.1	62	84	7	163	41	19	9	29	1.82
155708--155745	18	2.1	19	85	5	51	55	0	5	39	1.23
155714--155773	24	2.3	26	78	16	63	46	0	5	48	1.24
155747--155785	17	2.3	17	86	0	51	43	2	2	51	1.29
155831--155889	8	6.9	8	76	14	55	57	0	0	42	0.98
155834--155896	9	7.1	9	81	3	74	58	0	1	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155832--155889	17	3.4	17	85	4	80	58	0	0	41	0.98
155707--156105	168	2.4	167	83	9	460	49	2	4	43	1.35
155854--155953	52	1.9	50	82	13	123	51	2	2	45	1.24
155906--155969	29	2.2	29	88	2	94	46	1	0	51	1.10
155988--156056	17	3.9	17	74	9	59	53	1	1	43	1.18
155993--156062	35	1.9	37	85	5	99	58	1	2	37	1.22
156079--156141	17	3.6	17	82	6	72	46	3	1	49	1.27
155998--156168	80	2.2	80	80	3	184	48	3	4	43	1.41
157951--158017	32	2.1	32	88	5	100	55	0	4	40	1.20
158558--158661	36	2.9	36	95	0	190	32	1	20	45	1.62
158583--158642	18	3.3	18	66	25	54	38	3	15	43	1.63
158859--158905	23	2.0	23	88	12	69	29	0	17	53	1.44
159060--159191	40	3.3	40	75	13	139	25	16	22	34	1.95
159061--159163	37	2.7	38	79	11	111	26	16	23	33	1.95
159982--160056	31	2.4	31	86	0	105	32	9	22	36	1.86
167418--167456	19	2.1	19	100	0	78	51	23	0	25	1.49
178463--178532	31	2.3	31	94	0	122	34	8	11	45	1.71
186881--186919	19	2.1	19	100	0	78	35	15	10	38	1.81
196066--196374	172	1.8	171	87	3	469	43	20	12	23	1.86
196247--196663	148	2.8	147	84	3	534	41	23	11	23	1.87
204442--204482	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
211485--211509	11	2.3	11	100	0	50	16	0	36	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213009--213043	16	2.2	16	90	5	54	77	5	11	5	1.12
217772--217804	4	8.2	4	100	0	66	24	0	27	48	1.51
218339--219139	259	3.0	268	87	5	1176	22	17	23	36	1.95
233309--233687	180	2.1	183	82	7	446	37	17	13	31	1.89
235102--235184	36	2.3	36	93	0	139	44	14	7	33	1.73
236139--236193	28	2.0	28	82	7	67	56	1	5	36	1.33
239955--240078	67	1.9	65	89	3	194	30	11	20	37	1.88
243964--244040	31	2.5	31	91	0	127	36	7	10	45	1.67
245646--245702	30	1.9	30	85	7	80	45	1	0	52	1.11
246929--246972	15	3.1	15	77	9	56	63	0	0	36	0.95
247692--247752	16	3.0	22	68	28	62	34	0	0	65	0.93
252746--252802	25	2.2	25	93	3	96	22	28	15	33	1.95
252754--252803	25	2.0	25	100	0	100	24	28	16	32	1.96
278415--278441	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
279290--279424	42	3.2	40	76	11	128	32	3	12	51	1.57
280077--280180	51	2.0	51	98	0	199	28	5	42	23	1.77
286008--286049	18	2.3	18	84	8	50	33	16	19	30	1.94
286337--286396	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
286475--286531	20	3.2	18	80	16	57	22	26	0	50	1.49
286475--286516	17	2.5	17	81	18	52	23	23	0	52	1.47
287651--288604	315	3.0	316	92	1	1601	30	10	7	51	1.64
288940--288979	19	2.1	19	85	0	53	0	37	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288967--289070	10	10.5	10	66	17	56	1	31	0	66	1.03
288972--289038	31	2.2	29	82	12	82	2	26	0	70	1.02
288931--289038	14	7.8	14	71	15	82	1	29	0	68	1.00
288959--289089	38	3.4	37	81	9	156	2	32	0	65	1.05
293596--293620	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
301066--301133	22	3.2	21	81	6	75	33	0	2	63	1.10
301219--301260	15	2.8	15	85	7	50	59	0	0	40	0.97
301219--301261	14	2.9	15	86	6	52	58	0	0	41	0.98
312173--312215	18	2.3	18	81	14	52	37	2	0	60	1.10
312164--312217	27	2.0	28	82	10	67	40	1	0	57	1.09
319621--319662	17	2.5	16	85	14	50	64	2	4	28	1.26
327201--327226	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
327375--327422	25	1.9	25	95	0	87	35	8	4	52	1.51
327743--327777	17	2.1	16	89	5	52	71	0	2	25	1.00
327961--328024	20	3.2	19	80	12	74	43	0	3	53	1.16
328048--328099	15	3.1	18	75	25	60	55	3	0	40	1.18
329407--329681	138	2.0	137	82	2	327	24	9	26	38	1.87
330784--330839	29	1.9	29	85	0	76	51	3	7	37	1.47
331422--331448	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
331427--331472	19	2.4	19	82	7	58	50	0	0	50	1.00
335005--335094	23	4.0	23	82	7	105	40	18	20	21	1.92
336211--336255	23	2.0	22	83	12	56	51	2	2	44	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342889--342986	28	3.4	28	81	7	106	55	0	9	35	1.32
342818--342986	29	5.7	30	76	5	146	49	0	10	39	1.41
343150--343185	17	2.1	17	89	0	54	22	5	2	69	1.22
352951--352997	20	2.3	21	78	10	53	61	4	0	34	1.15
361301--361413	58	1.9	58	84	7	149	40	15	21	22	1.91
365459--365483	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
383986--384021	18	2.0	18	94	0	63	44	16	13	25	1.85
391782--391825	22	2.0	23	95	4	81	50	6	6	36	1.56
395596--395727	39	3.4	39	91	2	203	30	19	25	25	1.98
395720--395963	39	6.3	39	91	0	382	21	22	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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