genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  99  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27790048--27790212	79	2.1	79	82	6	192	27	21	27	24	1.99
27793241--27793273	16	2.1	16	94	5	59	51	3	24	21	1.62
27794475--27794729	69	3.7	69	87	2	370	43	14	10	30	1.79
27794760--27794940	90	2.0	90	97	0	344	33	23	12	30	1.91
27798421--27798500	25	3.2	24	75	3	70	30	15	21	33	1.94
27802804--27802893	35	2.6	35	98	0	171	23	4	36	35	1.75
27803668--27803717	15	3.5	15	76	18	61	30	10	0	60	1.30
27815838--27816323	44	11.0	45	78	4	499	27	16	26	29	1.97
27815833--27816323	132	3.7	132	96	0	883	27	17	26	29	1.97
27817241--27817326	34	2.6	34	98	1	165	24	4	33	37	1.76
27818103--27818153	15	3.5	15	81	13	70	29	9	0	60	1.28
27818455--27818804	129	2.7	130	75	7	343	25	19	19	35	1.95
27820264--27820314	3	17.0	3	100	0	102	66	0	33	0	0.92
27825526--27825560	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27825670--27825704	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27825866--27825960	45	2.1	44	86	5	129	33	27	4	34	1.76
27825939--27825971	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
27825952--27825994	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
27832118--27832173	22	2.5	22	83	8	69	44	16	3	35	1.65
27832131--27832228	19	4.8	19	82	9	97	38	15	8	37	1.77
27832165--27832227	21	3.1	21	88	9	103	38	12	9	39	1.76
27860475--27860503	11	2.6	11	100	0	58	6	24	10	58	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27867705--27867939	51	4.7	50	85	4	312	28	25	17	28	1.97
27867705--27867939	99	2.3	99	86	3	310	28	25	17	28	1.97
27868408--27868466	30	1.9	30	83	10	75	28	20	6	44	1.77
27869141--27869173	11	2.8	12	90	9	50	36	15	12	36	1.84
27872857--27872917	26	2.2	29	83	13	76	34	1	4	59	1.29
27872857--27872932	29	2.8	27	82	13	77	34	2	3	59	1.30
27873404--27873447	18	2.5	17	82	17	54	25	0	4	70	1.06
27873457--27873485	15	1.9	15	100	0	58	20	3	13	62	1.46
27880781--27880964	40	4.7	40	82	7	216	25	27	22	25	2.00
27880781--27880964	79	2.3	80	83	6	214	25	27	22	25	2.00
27888995--27889179	40	4.7	40	83	6	225	24	27	22	24	2.00
27888995--27889179	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
27896056--27896104	26	1.9	26	88	12	75	16	14	8	61	1.56
27897050--27897713	44	15.1	43	73	9	420	30	15	23	30	1.95
27897008--27897439	126	3.4	127	90	6	674	28	16	25	30	1.96
27897246--27897632	89	4.4	88	88	3	490	29	15	24	30	1.95
27897008--27897713	133	5.4	134	83	5	700	29	15	24	30	1.95
27897206--27897660	177	2.6	177	83	3	556	30	15	24	30	1.95
27897202--27897713	89	5.8	89	84	3	480	31	14	24	29	1.95
27897722--27897876	44	3.5	44	74	7	136	27	20	23	28	1.99
27903097--27903422	43	7.6	43	81	3	309	32	30	15	21	1.95
27903550--27903653	52	2.0	52	100	0	208	51	3	5	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27909811--27910093	41	6.9	41	90	0	377	30	26	19	22	1.98
27910184--27910269	40	2.2	40	91	0	136	24	16	18	40	1.90
27912818--27912876	30	2.0	30	83	12	77	33	20	3	42	1.69
27924971--27925030	25	2.4	25	78	15	70	30	23	23	23	1.99
27932417--27932444	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
27935850--27936641	95	8.4	95	84	4	929	30	19	12	37	1.89
27935850--27936641	285	2.8	285	85	3	1024	30	19	12	37	1.89
27938510--27938540	6	5.2	6	92	0	53	64	0	19	16	1.29
27938687--27938758	26	2.8	26	85	2	83	45	8	15	30	1.75
27940217--27940357	75	1.9	75	82	5	178	34	4	16	43	1.69
27940439--27940518	41	2.0	41	89	0	124	26	17	22	33	1.96
27940702--27940806	31	3.4	31	67	17	90	32	11	14	41	1.81
27940662--27940881	63	3.2	67	80	9	250	31	10	16	40	1.83
27943402--27943453	27	1.9	27	88	0	77	23	23	13	40	1.89
27946774--27946860	45	1.9	45	95	0	156	33	16	8	42	1.77
27955790--27955841	18	3.0	17	75	11	52	59	3	5	30	1.39
27959969--27960044	37	2.1	37	100	0	152	21	21	15	42	1.89
27965351--27965393	21	2.0	21	100	0	86	39	4	18	37	1.72
27968607--27968660	25	2.2	25	93	0	90	27	20	24	27	1.99
27968607--27968670	25	2.6	25	87	5	76	26	23	21	28	1.99
27970264--27970318	23	2.3	24	84	9	69	70	1	1	25	1.06
27972237--27972305	29	2.4	28	79	9	77	59	7	10	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27973674--27973713	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
27973662--27973728	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
27974375--27974399	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
27976713--27976751	13	3.0	13	76	0	51	33	2	2	61	1.23
27979433--27979475	19	2.2	20	87	4	61	55	0	2	41	1.12
27983545--27983601	22	2.5	23	78	10	64	29	3	1	64	1.20
27984280--27984315	19	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
27984275--27984316	19	2.4	17	81	14	50	69	0	2	28	1.01
27991517--27992018	44	10.7	44	69	18	284	27	20	18	33	1.96
27991566--27991986	98	4.4	95	68	21	272	28	20	18	33	1.96
27991452--27992018	142	4.0	142	95	0	990	27	20	17	33	1.96
28002150--28002181	14	2.3	14	94	0	55	12	46	15	25	1.81
28011180--28011246	12	5.4	12	77	7	53	77	7	5	8	1.12
28011187--28011264	36	2.1	36	83	9	95	78	5	7	8	1.09
28011180--28011270	44	2.1	44	85	4	121	78	5	7	8	1.10
28011637--28011687	7	7.0	7	79	20	52	70	0	15	13	1.17
28011631--28011669	20	1.9	20	84	5	51	76	0	12	10	1.01
28011642--28011668	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
28011645--28011687	22	1.9	23	90	4	70	72	0	13	13	1.13
28011635--28011678	16	2.9	16	77	22	58	75	0	13	11	1.06
28013090--28013553	50	9.3	50	71	5	301	33	24	19	22	1.97
28013061--28013569	100	5.1	100	89	0	642	32	24	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28017414--28017440	14	1.9	14	100	0	54	48	7	14	29	1.71
28021241--28021295	29	1.9	28	85	10	76	60	1	0	38	1.08
28024137--28024167	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
28039013--28039069	21	2.7	21	80	0	60	14	21	19	45	1.85
28041503--28041556	25	2.2	25	96	0	99	35	18	22	24	1.96
28046774--28046881	25	4.3	25	96	0	189	41	14	0	43	1.46
28046849--28046942	44	2.1	44	86	0	125	54	11	0	34	1.37
28047356--28047393	18	2.1	18	90	0	58	39	5	28	26	1.78
28049101--28049143	11	3.9	11	84	9	61	62	0	0	37	0.95
28051888--28051922	11	3.2	11	87	0	52	51	8	8	31	1.63
28058912--28059023	35	3.2	35	89	2	181	15	12	29	42	1.83
28058912--28059073	35	4.6	35	85	2	137	14	11	30	43	1.81
28067825--28067981	43	3.7	43	69	10	124	22	17	28	31	1.96
28075494--28075651	43	3.7	43	69	10	135	23	18	27	30	1.98
28077587--28077633	24	2.0	24	83	8	60	36	25	4	34	1.76
28078580--28078609	16	1.9	15	93	6	51	26	0	3	70	1.03
28088146--28088178	15	2.1	17	88	11	52	57	3	0	39	1.14
28098572--28098620	19	2.5	20	80	6	57	55	0	2	42	1.11
28098979--28099004	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
28103974--28104011	17	2.2	17	86	9	51	65	0	2	31	1.06
28104150--28104186	18	2.1	18	90	10	58	62	5	0	32	1.18
28105683--28106211	44	12.2	44	71	9	246	28	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28105670--28106211	217	2.5	217	90	0	843	28	23	18	30	1.97
28107710--28107760	13	3.6	14	82	7	68	13	13	0	72	1.12
28107710--28107760	7	7.3	7	85	12	70	13	13	0	72	1.12
28108681--28108729	6	7.8	6	79	6	53	14	0	8	77	0.98
28108681--28108730	13	3.9	13	86	5	75	14	0	8	78	0.97
28108679--28108729	7	7.9	7	81	16	56	15	0	7	76	1.00
28113727--28113763	18	2.1	18	90	10	58	62	5	0	32	1.18
28115325--28115448	27	4.7	27	80	4	144	35	17	16	29	1.93
28116383--28116431	25	2.0	25	87	0	71	55	16	22	6	1.63
28116397--28116446	25	2.0	25	84	0	64	58	18	18	6	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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