genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  70  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18949544--18949570	8	3.4	8	100	0	54	85	0	0	14	0.61
18951004--18951040	11	3.5	11	85	14	51	24	0	0	75	0.80
18951000--18951040	20	2.0	21	90	4	66	24	0	0	75	0.80
18951321--18951618	44	6.8	43	70	11	176	27	24	18	28	1.98
18951321--18951617	88	3.4	87	74	9	269	27	24	18	28	1.98
18951667--18952150	129	3.7	129	87	1	635	25	24	20	30	1.98
18951667--18952150	259	1.9	259	85	1	639	25	24	20	30	1.98
18952076--18953270	131	9.2	131	90	1	1860	23	23	22	30	1.99
18952086--18953270	652	1.8	652	91	1	1962	23	24	21	31	1.99
18954928--18954983	26	2.1	27	80	12	62	5	10	8	75	1.19
18954912--18954989	32	2.6	29	85	8	93	8	8	11	70	1.34
18954967--18955003	6	5.7	7	90	9	53	10	0	13	75	1.04
18958971--18959032	20	3.4	18	83	12	74	58	1	8	32	1.37
18959225--18959256	8	4.0	8	100	0	64	87	0	0	12	0.54
18961009--18961110	49	2.1	49	96	0	186	44	24	1	29	1.65
18961149--18961197	22	2.2	22	85	0	62	48	2	2	46	1.25
18969239--18969325	28	3.0	28	69	12	77	54	5	13	26	1.62
18976907--18976974	34	2.0	34	85	5	93	30	20	23	25	1.98
18977683--18977744	26	2.4	26	88	0	88	40	12	12	33	1.82
18985314--18985401	45	1.9	46	84	6	117	31	18	6	43	1.76
18985339--18985461	57	2.1	58	84	3	167	27	17	6	48	1.71
18990898--18990933	17	2.1	17	94	0	63	13	25	25	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18990905--18990957	17	3.1	17	88	2	70	18	20	26	33	1.96
18990907--18990975	18	3.9	17	81	7	75	17	21	28	31	1.96
18996383--18996412	15	2.0	15	100	0	60	40	6	6	46	1.56
18996495--18996542	25	2.0	24	83	4	60	47	0	16	35	1.47
18996730--18996762	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
18996976--18997017	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
18996985--18997026	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
18997133--18997300	47	3.7	46	69	20	136	46	4	2	46	1.37
18997092--18997374	91	3.0	98	85	7	272	47	3	2	45	1.35
18997192--18997252	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
18997167--18997374	91	2.3	91	93	0	344	46	4	3	46	1.39
18997192--18997334	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
18997217--18997355	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
19001109--19001133	13	1.9	13	100	0	50	16	16	8	60	1.58
19001608--19001687	29	2.8	29	85	11	110	41	21	10	27	1.85
19002773--19002801	15	1.9	15	100	0	58	62	24	6	6	1.45
19004207--19004242	16	2.3	15	90	4	54	41	2	5	50	1.40
19005178--19005205	13	2.2	13	100	0	56	25	0	0	75	0.81
19005170--19005257	42	2.0	44	85	10	119	34	1	0	64	1.01
19005212--19005272	31	2.0	31	83	6	79	29	0	1	68	0.99
19008898--19008947	22	2.3	22	86	6	66	20	26	18	36	1.95
19009351--19009377	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19010212--19010313	25	4.1	25	90	0	159	23	30	13	32	1.93
19012248--19012286	20	2.0	20	85	10	53	20	2	17	58	1.50
19018417--19018467	15	3.4	15	80	20	54	52	7	1	37	1.42
19019731--19019766	18	2.0	18	100	0	72	44	16	11	27	1.82
19024848--19024882	2	17.5	2	87	0	52	48	2	0	48	1.16
19032162--19032219	31	1.9	30	86	10	82	43	1	8	46	1.44
19032900--19032965	35	1.9	34	93	6	116	33	7	12	46	1.69
19033052--19033090	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
19035466--19035491	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
19035824--19035867	18	2.4	19	92	3	72	40	2	56	0	1.11
19035824--19035867	6	7.2	6	79	5	52	40	2	56	0	1.11
19043021--19043090	36	1.9	36	88	0	104	30	5	11	52	1.60
19044687--19044716	15	2.0	15	93	0	51	63	13	0	23	1.29
19044724--19044762	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
19046791--19047341	44	12.7	42	71	14	282	28	24	19	28	1.99
19046655--19047426	217	3.5	217	92	1	1179	28	23	19	28	1.98
19064004--19064566	42	13.7	41	71	18	313	27	23	20	28	1.99
19072589--19072635	24	2.0	24	86	0	67	12	25	17	44	1.84
19076004--19076042	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
19076477--19076515	21	1.9	20	84	5	51	56	5	5	33	1.43
19087765--19087808	5	8.6	5	85	5	61	40	18	0	40	1.50
19094987--19095096	25	4.6	25	76	11	88	31	20	27	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19095519--19095655	68	2.0	68	95	0	247	33	14	12	39	1.84
19104026--19104051	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
19104155--19104202	16	3.2	16	70	24	50	33	6	10	50	1.62
19108428--19108465	20	1.9	19	94	5	67	7	26	21	44	1.79
19111046--19111106	30	2.0	30	96	0	113	27	13	14	44	1.83
19121055--19121159	53	2.0	53	96	0	192	34	10	12	42	1.77
19128072--19128117	17	2.8	16	81	12	56	58	0	4	36	1.18
19128099--19128137	20	2.0	20	94	0	69	53	0	0	46	1.00
19128106--19128197	37	2.4	36	79	12	96	54	2	1	42	1.19
19128037--19128194	56	2.8	54	75	17	153	56	1	3	39	1.23
19138423--19138471	24	2.1	23	81	11	55	51	16	10	22	1.74
19141090--19141163	36	2.1	36	89	5	114	44	16	14	24	1.85
19142971--19143192	39	5.7	40	88	6	298	25	22	27	24	2.00
19149154--19149192	17	2.3	17	95	0	69	46	7	5	41	1.55
19157387--19157849	89	5.2	89	87	1	597	25	23	19	31	1.98
19157230--19157849	44	13.9	44	72	6	440	26	22	19	31	1.98
19157230--19157849	178	3.5	178	82	5	653	26	22	19	31	1.98
19172079--19172132	23	2.5	20	78	18	63	31	3	20	44	1.69
19177216--19177274	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
19185047--19185077	12	2.6	12	94	0	53	35	35	19	9	1.85
19186217--19186259	15	3.1	14	83	9	52	62	4	0	32	1.15
19196821--19197015	50	3.9	50	86	0	237	27	21	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19196768--19196967	100	1.9	102	84	6	260	27	22	29	21	1.99
19203125--19203178	22	2.4	23	84	9	76	40	18	27	12	1.87
19204979--19205051	19	3.7	19	89	7	110	39	15	8	36	1.77
19205337--19205588	128	2.0	129	80	3	294	28	21	19	30	1.97
19205895--19206101	44	4.7	44	79	5	222	28	28	17	25	1.98
19205895--19206101	88	2.4	88	80	6	249	28	28	17	25	1.98
19206221--19206859	44	14.6	44	76	5	580	29	25	16	28	1.96
19206238--19206780	132	4.1	132	90	1	795	29	25	15	29	1.96
19206313--19206843	220	2.4	219	87	2	728	30	25	16	27	1.96
19208063--19208096	6	5.8	6	93	6	61	0	14	0	85	0.60
19212738--19212801	25	2.5	26	82	5	67	73	4	3	18	1.14
19213097--19213171	19	3.8	19	87	6	105	37	16	9	37	1.80
19213108--19213170	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
19213100--19213181	19	4.3	18	86	8	67	39	14	10	35	1.82
19213242--19213276	16	2.1	17	89	5	54	40	22	0	37	1.55
19214075--19214103	5	6.0	5	92	8	51	58	0	0	41	0.98
19216118--19216175	26	2.2	26	81	12	64	36	0	0	63	0.94
19216678--19216934	86	3.0	86	92	1	399	35	7	18	37	1.80
19218058--19218112	20	2.8	20	74	0	56	43	12	10	32	1.78
19218058--19218141	40	2.1	40	82	4	98	44	13	10	32	1.78
19221039--19221112	39	1.9	38	86	8	105	36	4	0	59	1.16
19221931--19221967	17	2.2	17	90	0	56	32	8	13	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19225808--19225846	18	2.2	18	85	0	51	23	15	12	48	1.79
19235614--19235643	11	2.7	11	89	0	51	43	16	13	26	1.85
19236356--19236385	15	2.1	15	93	6	53	46	26	13	13	1.80
19236356--19236385	7	4.1	7	91	8	51	46	26	13	13	1.80
19239685--19239817	40	3.3	40	89	2	205	28	28	18	24	1.98
19239685--19239868	80	2.3	80	84	5	230	27	28	19	24	1.99
19247745--19247877	40	3.3	39	92	4	212	27	27	20	24	1.99
19247745--19247928	80	2.3	80	83	6	221	27	27	20	24	1.99
19250455--19250603	71	2.1	71	94	0	262	28	18	19	33	1.95
19250779--19250807	14	2.0	15	93	6	51	55	10	0	34	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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