genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  79  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21683289--21683347	31	1.9	30	83	16	77	44	0	3	52	1.17
21685574--21685617	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
21685578--21685620	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
21688126--21688183	29	2.0	29	100	0	116	51	17	3	27	1.61
21689830--21690000	50	3.4	50	85	0	225	18	29	23	28	1.98
21692861--21692958	37	2.6	37	85	3	135	25	16	15	42	1.87
21693517--21693575	25	2.3	25	94	2	100	16	8	30	44	1.78
21693517--21693575	19	3.1	19	80	4	66	16	8	30	44	1.78
21695545--21695735	74	2.6	74	83	6	208	38	18	19	23	1.93
21695600--21695781	75	2.4	74	81	6	215	38	18	19	23	1.93
21697122--21697198	38	2.0	38	94	0	136	24	19	14	41	1.89
21701960--21702346	192	2.0	192	100	0	774	39	18	14	27	1.89
21702373--21702409	18	2.1	18	94	0	65	51	13	5	29	1.63
21702688--21702823	40	3.5	39	72	9	118	36	19	22	22	1.95
21702639--21702858	75	2.9	75	85	0	278	36	17	21	24	1.94
21704458--21704527	16	4.4	16	90	0	86	32	0	32	34	1.58
21704458--21704527	32	2.2	32	86	0	95	32	0	32	34	1.58
21704506--21704615	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
21704761--21704795	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21704648--21704964	157	2.0	157	97	0	598	44	3	5	47	1.41
21704898--21704939	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
21704907--21704948	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21704933--21705120	61	3.1	61	70	17	201	48	6	1	42	1.39
21704901--21705189	120	2.4	120	92	1	483	50	5	2	41	1.38
21705028--21705068	15	2.9	15	82	10	50	51	0	0	48	1.00
21704936--21705119	59	3.1	59	66	20	164	48	7	1	42	1.40
21707907--21708019	19	5.8	19	85	4	154	39	10	15	33	1.82
21707908--21708014	40	2.7	40	91	2	164	40	11	14	33	1.82
21708354--21708399	21	2.2	21	84	7	58	28	10	0	60	1.30
21709325--21709521	98	2.0	98	90	0	313	27	9	24	38	1.87
21713602--21713650	12	3.8	12	82	12	53	79	0	20	0	0.73
21713614--21713658	6	7.2	6	82	9	54	75	0	22	2	0.91
21713601--21713657	20	2.8	20	84	5	71	78	0	19	1	0.83
21713607--21713657	7	7.6	7	80	14	54	76	0	21	1	0.88
21714877--21715235	44	8.2	44	69	11	168	30	20	24	25	1.99
21715015--21715525	132	3.9	131	86	6	525	30	19	24	25	1.98
21714919--21715270	176	2.0	176	96	0	650	30	19	24	25	1.98
21715540--21716175	44	14.7	44	70	15	316	29	20	22	27	1.98
21715663--21715997	172	1.9	174	80	9	391	29	20	22	27	1.98
21715518--21716180	217	3.1	217	91	0	1042	30	19	22	26	1.98
21716383--21716455	19	3.8	19	88	0	119	38	9	16	35	1.81
21716965--21717043	12	6.5	12	70	8	52	22	2	5	69	1.20
21717755--21717951	98	2.0	98	92	0	331	28	9	24	37	1.87
21721071--21721108	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21726404--21726562	63	2.5	62	79	4	185	25	18	27	28	1.98
21730805--21730854	6	8.8	6	76	10	52	18	18	16	48	1.82
21732311--21732486	50	3.4	50	79	5	165	25	19	28	26	1.99
21740717--21740746	13	2.3	13	94	0	51	26	10	6	56	1.57
21742788--21742842	28	2.0	28	100	0	110	41	18	21	18	1.90
21756215--21756266	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
21756090--21756387	120	2.5	120	92	3	492	42	2	5	50	1.37
21756128--21756326	66	3.2	62	68	22	166	40	3	6	49	1.44
21756344--21756385	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21756335--21756376	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21756319--21756635	157	2.0	157	97	0	598	47	5	3	44	1.41
21756488--21756522	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21756320--21756558	75	3.1	75	64	18	191	46	3	3	46	1.35
21756670--21756774	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
21756668--21756777	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
21756756--21756825	16	4.4	16	90	0	86	34	32	0	32	1.58
21756756--21756825	32	2.2	32	86	0	95	34	32	0	32	1.58
21759181--21759276	45	2.1	46	86	1	131	28	19	19	32	1.97
21760141--21760174	17	1.9	18	94	5	61	23	8	0	67	1.18
21760905--21760946	17	2.3	19	88	8	61	69	0	4	26	1.08
21761783--21761838	13	4.5	13	78	13	73	50	14	0	35	1.43
21762762--21762794	12	2.8	12	90	9	50	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21769122--21769575	27	16.8	27	78	6	318	45	20	16	17	1.85
21769123--21769573	54	8.4	54	77	4	356	45	20	16	17	1.85
21769123--21769584	81	5.7	80	78	6	403	45	20	16	17	1.86
21769741--21769795	26	2.1	26	93	0	92	18	20	23	38	1.93
21769892--21769958	28	2.4	28	82	2	82	25	22	22	29	1.99
21774075--21774233	50	3.1	50	80	9	158	20	30	21	27	1.98
21776019--21776080	26	2.4	26	88	0	88	35	12	14	37	1.85
21784432--21784805	189	2.0	187	93	1	640	46	11	18	23	1.81
21790869--21790927	29	2.0	30	87	9	86	50	11	5	32	1.61
21798622--21798649	13	2.2	13	100	0	56	42	0	7	50	1.30
21803340--21803399	25	2.4	25	81	10	77	25	20	20	35	1.96
21805704--21805842	43	3.3	42	83	9	183	33	16	20	28	1.95
21813276--21813422	43	3.4	43	77	10	167	31	15	23	28	1.95
21819184--21819258	29	2.6	28	87	4	105	33	5	10	50	1.60
21819200--21819246	14	3.3	14	76	5	58	34	4	10	51	1.56
21819225--21819261	18	2.0	19	89	5	58	37	0	8	54	1.30
21821225--21821326	53	1.9	53	86	4	143	25	7	41	25	1.82
21821229--21821341	53	2.1	53	81	3	129	26	8	40	23	1.84
21831909--21832004	25	3.8	25	77	0	102	28	25	19	27	1.99
21852282--21852371	30	3.0	30	91	4	139	26	23	26	23	2.00
21852687--21852844	27	5.9	26	80	8	158	22	18	18	41	1.91
21852687--21852844	53	3.0	54	85	6	198	22	18	18	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21852808--21852881	37	2.0	37	91	0	121	21	22	10	44	1.83
21852845--21852905	27	2.3	27	97	0	113	19	18	14	47	1.82
21852781--21852905	64	2.0	64	88	0	187	20	20	13	44	1.85
21859172--21859211	21	2.0	21	85	5	55	40	12	7	40	1.71
21863314--21863359	21	2.2	21	80	3	58	26	13	15	45	1.82
21871721--21871750	13	2.4	12	89	10	51	80	0	20	0	0.72
21883052--21883106	28	2.0	28	96	0	101	47	9	25	18	1.78
21887818--21887877	25	2.4	25	77	2	68	23	23	11	41	1.87
21901552--21901729	27	6.6	27	81	3	160	28	29	16	25	1.97
21901573--21901728	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
21905487--21905618	41	3.2	41	84	2	131	32	16	30	20	1.95
21905528--21905594	21	3.2	21	71	12	66	29	13	32	23	1.93
21905548--21905614	20	3.3	20	70	4	62	34	16	31	17	1.93
21905543--21905607	21	3.1	21	71	4	69	35	16	26	21	1.95
21907582--21907654	27	2.7	27	83	8	103	30	21	15	32	1.94
21914229--21914264	18	1.9	19	88	5	56	36	0	5	58	1.22
21914113--21914339	98	2.3	98	84	4	287	33	3	13	49	1.58
21914510--21914548	17	2.3	17	86	8	53	30	5	10	53	1.56
21921039--21921102	9	7.1	9	90	0	101	45	12	10	31	1.77
21921039--21921102	27	2.4	27	97	0	119	45	12	10	31	1.77
21921314--21921373	30	2.0	31	86	3	86	20	38	1	40	1.62
21922418--21922501	20	4.3	19	69	6	60	47	11	10	29	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21922418--21922501	39	2.1	40	84	2	107	47	11	10	29	1.74
21930591--21930643	20	2.7	20	80	11	63	43	20	7	28	1.79
21932683--21932736	20	2.7	20	79	0	63	44	14	5	35	1.69
21932677--21932761	40	2.1	40	82	8	102	45	16	7	30	1.74
21944385--21944437	20	2.7	20	80	11	63	43	20	7	28	1.79
21946476--21946529	20	2.7	20	79	0	63	44	14	5	35	1.69
21946470--21946554	40	2.1	40	82	8	102	45	16	7	30	1.74
21960166--21960219	20	2.7	20	73	0	54	42	14	7	35	1.74
21960160--21960244	40	2.1	40	80	8	93	44	16	8	30	1.77
21971819--21971871	20	2.7	20	80	11	63	43	20	7	28	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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