genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   

This is table  80  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21973895--21973948	20	2.7	20	73	0	54	42	14	7	35	1.74
21973889--21973973	40	2.1	40	80	8	93	44	16	8	30	1.77
21983864--21983953	33	2.7	33	84	3	110	30	18	17	33	1.95
21991821--21991857	15	2.5	15	90	0	56	29	13	24	32	1.93
21993971--21994006	15	2.4	15	90	0	54	30	16	19	33	1.94
21996484--21996574	27	3.4	27	84	0	110	20	16	21	40	1.91
21996483--21996628	54	2.7	54	80	4	134	21	18	21	39	1.93
21996512--21996633	27	4.6	25	73	10	66	22	20	19	37	1.94
22012171--22012224	26	2.1	26	82	0	63	25	24	25	24	2.00
22012371--22012439	27	2.6	27	84	6	88	40	20	17	21	1.91
22012644--22012729	26	3.3	26	83	6	120	27	9	20	41	1.83
22019202--22019263	28	2.3	27	86	5	81	48	19	8	24	1.75
22019858--22019909	27	1.9	27	84	0	68	19	19	23	38	1.93
22019886--22020082	26	7.5	26	88	0	277	22	16	21	39	1.92
22025906--22026024	25	4.9	24	83	11	161	52	4	26	17	1.63
22025906--22026024	49	2.4	49	95	0	211	52	4	26	17	1.63
22027642--22027834	51	3.8	49	84	4	215	30	26	16	26	1.96
22029272--22029455	51	3.6	51	81	3	176	26	15	26	31	1.96
22036301--22036351	23	2.2	23	92	0	84	31	9	17	41	1.82
22040541--22040681	50	2.8	51	83	3	178	29	25	17	28	1.97
22040508--22040677	51	3.4	51	78	6	184	30	25	14	29	1.95
22046208--22046254	12	4.0	11	86	10	58	51	0	10	38	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22047028--22047145	45	2.6	44	80	6	121	50	9	19	21	1.75
22049706--22049744	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
22049695--22049745	12	4.2	12	78	9	50	17	21	3	56	1.57
22057478--22057594	62	1.9	62	85	3	164	20	29	28	22	1.98
22057479--22057617	62	2.2	62	83	2	163	17	30	27	23	1.97
22060992--22061054	19	3.2	20	75	22	62	39	4	1	53	1.31
22061304--22061344	21	2.0	21	85	9	57	43	24	0	31	1.54
22061312--22061353	21	2.0	20	86	13	59	40	26	0	33	1.56
22065059--22065285	111	2.0	113	96	2	422	37	10	9	43	1.71
22066967--22067011	23	2.0	22	83	12	56	57	26	2	13	1.48
22067885--22067957	33	2.2	33	90	7	112	39	1	1	57	1.16
22068667--22068710	16	2.8	16	82	6	54	40	0	4	54	1.21
22073185--22073217	17	1.9	17	93	0	57	60	12	3	24	1.46
22073427--22073472	23	2.0	23	83	8	58	63	6	4	26	1.38
22074966--22075089	44	2.8	44	88	0	167	26	21	23	28	1.99
22075315--22075660	44	7.4	44	65	15	140	28	22	19	29	1.98
22075393--22076095	44	15.0	45	66	13	234	28	23	18	30	1.98
22074982--22076310	571	2.3	571	92	1	2182	27	21	19	31	1.97
22076107--22076235	44	2.9	45	76	4	127	26	20	21	31	1.98
22075010--22076331	143	9.3	143	88	0	1869	27	21	19	31	1.97
22078615--22078655	22	1.9	22	85	5	57	2	21	0	75	0.92
22078615--22078655	11	3.8	11	84	12	50	2	21	0	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22083679--22083712	16	2.1	17	88	5	52	52	0	2	44	1.16
22083850--22083895	23	2.0	23	83	8	58	63	6	4	26	1.38
22083874--22083912	18	2.1	18	85	4	51	64	5	5	25	1.35
22088228--22088255	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
22091101--22091125	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
22107957--22108023	30	2.2	30	97	0	125	32	11	14	40	1.83
22113363--22113405	18	2.4	18	88	0	59	79	2	2	16	0.95
22117977--22118021	22	2.0	24	86	8	67	33	22	8	35	1.85
22121905--22121929	13	1.9	13	100	0	50	24	24	16	36	1.94
22123864--22124269	109	3.7	108	81	7	473	23	17	16	42	1.88
22123852--22124242	82	4.8	80	83	4	471	23	16	15	43	1.87
22123852--22124309	27	16.9	27	79	8	423	23	16	16	43	1.88
22124123--22124349	27	8.4	26	83	5	139	20	18	18	41	1.90
22131201--22131266	28	2.4	27	76	5	69	25	25	27	21	1.99
22131607--22131725	26	4.4	27	74	11	84	22	17	20	39	1.92
22131607--22131764	27	5.8	26	72	12	97	23	15	20	40	1.91
22131636--22131754	55	2.2	54	87	3	168	23	15	18	42	1.89
22131636--22131868	27	8.7	26	76	8	166	22	16	20	40	1.91
22131636--22131865	54	4.3	53	76	10	184	22	16	20	40	1.91
22131802--22131885	26	3.2	25	81	8	96	19	25	19	36	1.94
22140098--22140124	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
22143296--22143327	16	1.9	17	93	6	57	12	25	18	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22147851--22147898	21	2.2	23	88	7	73	31	6	10	52	1.60
22147861--22147904	21	2.1	21	87	8	63	31	6	9	52	1.59
22151158--22151344	29	6.3	30	75	10	170	37	12	28	21	1.90
22151279--22151343	31	2.1	31	85	2	85	46	12	21	20	1.83
22151190--22151361	91	1.9	88	82	3	209	36	13	27	22	1.92
22151190--22151397	91	2.3	88	79	6	204	36	14	26	22	1.93
22167680--22167790	27	4.1	27	89	0	177	35	24	18	21	1.96
22167676--22167786	54	2.1	54	96	0	204	37	21	18	22	1.94
22167973--22168030	26	2.2	26	84	6	82	22	18	24	34	1.96
22168035--22168211	32	5.5	32	76	6	162	17	21	24	36	1.95
22168035--22168211	64	2.8	63	80	5	194	17	21	24	36	1.95
22168026--22168211	96	1.9	96	85	2	257	17	21	24	36	1.95
22171176--22171316	20	7.1	20	67	7	81	12	31	19	36	1.89
22171176--22171315	40	3.5	40	87	4	187	12	31	18	37	1.89
22174239--22174417	91	2.0	91	98	0	349	37	26	3	31	1.75
22175365--22175534	90	1.9	88	84	2	223	34	23	14	27	1.94
22175368--22175543	45	3.9	45	84	0	201	33	24	14	27	1.94
22192399--22192450	24	2.2	24	82	6	61	50	1	40	7	1.42
22197598--22197663	33	2.0	33	91	5	107	34	24	4	36	1.76
22203843--22203880	18	2.1	18	95	0	67	15	50	15	18	1.79
22208466--22208519	1	54.0	1	100	0	108	100	0	0	0	0.00
22210327--22210588	39	6.7	40	86	8	310	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22210327--22210588	118	2.2	120	84	8	333	25	22	27	25	2.00
22210328--22210621	79	3.7	78	81	9	291	26	21	27	24	1.99
22226634--22226674	21	1.9	22	90	5	66	41	14	0	43	1.45
22226759--22226823	32	2.0	33	91	8	107	33	24	4	36	1.76
22232888--22232925	18	2.1	18	95	0	67	15	50	15	18	1.79
22239477--22239730	40	6.7	39	82	13	257	25	22	27	24	2.00
22239477--22239763	80	3.8	77	77	15	260	26	21	27	24	1.99
22247258--22247521	40	6.7	40	86	7	310	25	22	27	25	2.00
22247259--22247554	80	3.7	78	81	7	291	26	22	27	24	2.00
22247258--22247554	119	2.5	118	79	10	304	25	22	27	24	2.00
22249583--22249620	18	2.1	18	100	0	76	15	52	15	15	1.75
22259375--22259406	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
22259634--22259825	51	3.8	50	77	6	217	31	27	15	25	1.96
22259628--22259851	101	2.2	102	79	7	251	30	28	14	26	1.95
22259808--22259876	26	2.7	26	91	6	106	27	31	11	28	1.92
22268164--22268196	14	2.3	15	89	5	50	36	6	15	42	1.71
22269455--22269486	16	2.0	16	100	0	64	56	6	0	37	1.25
22269955--22270216	115	2.3	116	85	2	348	33	8	10	46	1.69
22270541--22270603	24	2.6	25	85	5	76	39	4	6	49	1.49
22288612--22288698	25	3.5	24	79	6	75	27	22	19	29	1.98
22290751--22290852	49	2.2	48	84	7	138	31	15	6	46	1.72
22300993--22301178	27	6.9	27	82	6	216	39	21	17	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22302928--22302952	13	1.9	13	100	0	50	20	40	8	32	1.81
22304940--22305021	32	2.6	32	96	0	146	41	13	6	39	1.69
22305138--22305415	64	4.4	64	93	2	440	50	8	10	30	1.67
22305154--22305415	126	2.1	125	92	4	429	50	8	10	30	1.67
22307115--22307223	44	2.6	42	76	15	109	44	0	3	51	1.25
22307148--22307211	28	2.4	28	86	5	87	43	0	0	56	0.99
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22307061--22307264	109	1.9	105	87	11	290	43	1	3	50	1.29
22307267--22307300	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
22307267--22307314	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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