genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668476--668529	21	2.5	22	75	9	56	48	3	11	37	1.57
668488--668528	21	1.9	22	90	5	66	53	4	7	34	1.50
668767--668808	20	2.1	20	95	0	75	33	7	26	33	1.83
669162--669207	20	2.5	18	82	10	58	26	13	13	47	1.78
677440--677473	13	2.7	12	90	9	50	67	11	11	8	1.42
682651--682695	22	2.0	22	86	0	63	28	2	0	68	1.01
682811--682871	27	2.2	28	82	2	70	27	4	3	63	1.30
687473--687503	16	1.9	16	93	0	53	48	12	6	32	1.67
687641--687674	9	3.7	9	88	7	50	47	0	0	52	1.00
689938--690138	41	4.9	41	88	1	251	23	26	19	30	1.98
691663--691687	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
691927--691984	29	2.0	29	82	0	71	58	0	8	32	1.28
691974--692021	14	3.4	14	73	0	51	66	2	2	29	1.14
691963--692000	16	2.3	17	81	4	51	73	0	0	26	0.83
692162--692246	16	5.1	16	71	28	54	34	2	1	62	1.16
692190--692275	44	2.0	43	84	6	111	38	2	1	58	1.19
692912--692978	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
697292--697340	18	2.6	19	83	9	64	28	0	2	69	1.00
697295--697347	27	2.0	27	85	7	72	28	0	1	69	0.99
697770--697799	16	1.9	16	93	6	53	13	10	0	76	1.01
701944--702433	132	3.7	131	86	4	655	23	21	15	39	1.91
708971--709598	318	2.0	317	89	1	954	35	19	14	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715169--715467	164	1.9	164	88	8	474	40	17	15	26	1.89
729014--729085	35	2.0	35	94	2	126	40	5	11	43	1.64
733559--733614	25	2.4	25	82	8	73	50	0	0	50	1.00
740034--740359	46	7.6	45	81	14	386	28	22	13	34	1.93
740123--740323	36	5.0	36	72	21	159	28	21	12	36	1.91
740077--740323	82	3.0	82	93	0	422	28	21	13	35	1.92
740123--740359	128	1.9	123	86	8	340	28	22	12	36	1.90
742002--742043	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
746600--746697	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
746602--746690	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
753226--753264	18	2.1	19	86	13	55	35	0	17	46	1.49
753490--753587	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
753492--753580	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
755206--755394	45	4.3	45	88	7	264	19	20	20	39	1.93
758002--758098	48	2.0	48	84	4	124	32	22	16	27	1.96
760277--760387	57	1.9	57	94	0	195	17	27	22	33	1.96
761850--761964	46	2.5	46	93	5	191	29	23	13	33	1.92
761946--761982	18	2.1	18	94	0	65	27	24	5	43	1.76
765944--766148	102	2.0	102	98	0	392	46	6	10	35	1.65
767053--767161	57	1.9	57	92	1	184	17	25	22	33	1.96
768107--768145	5	8.2	5	86	8	55	38	2	0	58	1.12
768461--768869	109	3.8	109	91	2	648	34	19	16	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768461--768869	219	1.9	214	89	3	640	34	19	16	30	1.93
769352--769416	3	21.7	3	75	6	60	58	1	6	33	1.32
770662--770694	5	6.6	5	100	0	66	42	0	0	57	0.98
771661--771718	22	2.6	22	80	0	62	18	20	20	39	1.92
777011--777125	55	2.1	54	93	1	194	33	26	14	24	1.94
783865--784166	120	2.5	121	89	0	462	26	17	21	34	1.95
810687--810751	9	7.2	9	98	0	103	41	26	10	21	1.86
813386--813432	16	2.8	18	81	15	64	59	0	4	36	1.17
813926--813953	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
817501--817543	19	2.2	19	84	12	52	72	4	2	20	1.14
819291--820135	376	2.2	375	82	6	1016	31	14	14	39	1.86
820649--820683	18	2.0	17	88	5	52	45	5	0	48	1.26
823416--823457	23	1.9	21	90	9	66	69	14	11	4	1.34
823901--823946	23	2.0	23	91	4	74	52	2	0	45	1.13
842147--842194	20	2.4	21	75	10	55	58	4	4	33	1.36
842169--842238	35	2.0	36	83	8	90	67	2	1	28	1.14
843876--843947	29	2.4	29	81	4	81	26	12	13	47	1.79
844507--844574	29	2.3	29	84	5	82	47	16	14	22	1.82
848844--848889	22	2.0	23	83	4	58	36	8	23	30	1.85
856395--856547	82	1.9	76	84	7	198	35	15	14	34	1.88
857640--857705	33	2.0	33	84	0	87	21	28	30	19	1.98
857842--858076	78	3.0	78	92	0	380	29	24	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861083--861179	41	2.4	41	87	0	149	32	11	14	41	1.81
866971--867019	24	2.0	24	84	0	62	32	2	4	61	1.26
867098--867140	20	2.2	20	83	8	52	62	2	2	32	1.20
868733--868846	60	1.9	60	88	0	174	28	13	24	33	1.93
872613--872650	6	6.3	6	96	0	58	34	5	50	10	1.59
878327--878388	31	2.0	31	87	0	88	48	12	9	29	1.73
885680--885746	29	2.3	29	82	5	91	44	22	10	22	1.83
892241--892283	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
896827--896871	6	7.2	6	85	9	63	28	0	17	53	1.44
897172--897208	3	12.3	3	88	0	56	0	5	27	67	1.12
897167--897208	9	4.8	9	88	2	59	0	7	23	69	1.13
903675--903996	90	3.6	90	80	9	316	38	18	17	25	1.92
907665--907690	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
910520--910558	11	3.5	11	85	0	60	23	2	7	66	1.30
918831--918856	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
921637--921735	28	3.6	27	77	9	101	28	26	12	33	1.92
923493--923556	31	2.1	31	85	11	87	40	10	10	37	1.76
925651--925718	30	2.3	29	82	7	82	23	16	14	45	1.84
925895--926186	124	2.3	125	92	1	489	28	17	22	31	1.97
928298--928439	23	5.7	23	76	16	140	29	0	26	44	1.55
928326--928444	29	4.3	29	81	12	160	26	0	29	43	1.55
928301--928439	58	2.7	50	79	19	160	28	0	26	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
928325--928444	52	2.2	54	89	8	181	27	0	29	43	1.55
930769--930834	10	6.5	10	73	3	60	65	0	1	33	1.02
930769--930834	31	2.2	30	94	2	114	65	0	1	33	1.02
930775--930816	21	2.0	21	85	0	57	64	0	0	35	0.94
930868--930918	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
930871--930969	52	1.9	52	93	0	171	39	0	31	29	1.57
930923--930969	22	2.1	22	92	0	76	42	0	31	25	1.55
936610--936704	31	3.1	30	76	13	95	43	11	11	33	1.77
936769--936825	30	1.9	30	92	0	96	35	3	24	36	1.73
938331--938514	40	4.5	40	86	9	239	59	0	2	38	1.09
938458--938518	23	2.8	20	70	15	50	65	0	3	31	1.09
938425--938518	42	2.2	44	90	5	147	63	0	3	32	1.10
944258--944332	29	2.5	29	78	4	78	29	4	12	54	1.55
944826--944863	10	3.8	10	89	0	58	7	21	2	68	1.28
955020--955065	18	2.6	17	87	12	67	67	0	2	30	1.03
955023--955058	19	1.9	18	94	5	63	66	0	2	30	1.06
960518--960606	18	4.9	18	92	0	151	33	14	22	29	1.94
960518--960606	36	2.5	36	98	0	169	33	14	22	29	1.94
966549--966573	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
975244--975339	31	3.1	31	90	0	147	37	15	21	25	1.93
978305--978341	18	2.1	19	85	10	51	45	0	16	37	1.47
1009686--1009832	75	2.0	75	86	2	206	26	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1012052--1012213	78	2.1	78	88	2	236	27	20	25	26	1.99
1014280--1014436	78	2.0	78	88	4	237	25	19	24	29	1.98
1016593--1016745	78	2.0	78	90	2	245	28	20	23	27	1.99
1018970--1019126	78	2.0	78	91	2	253	26	19	25	28	1.99
1021351--1021510	78	2.1	78	88	4	234	26	20	26	26	1.99
1023665--1023818	78	2.0	78	96	2	283	27	20	24	27	1.99
1028646--1028692	23	2.1	22	96	4	85	21	12	17	48	1.79
1030928--1030955	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
1032551--1032584	16	2.1	16	94	0	59	38	8	32	20	1.84
1036385--1036513	37	3.5	37	97	0	240	25	19	17	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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