genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  87  of  213  ( 25468 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23916106--23916312	91	2.3	91	97	0	389	47	3	2	45	1.34
23916129--23916273	44	3.2	44	72	16	161	48	2	2	46	1.28
23920284--23920346	23	2.7	23	79	16	76	52	22	6	19	1.68
23920313--23920358	22	2.1	22	84	8	58	58	19	4	17	1.55
23920256--23920485	107	2.1	107	96	0	424	45	23	5	25	1.75
23920391--23920453	23	2.8	21	76	21	65	53	20	6	19	1.66
23920420--23920465	22	2.1	22	84	8	58	58	19	4	17	1.55
23923025--23923105	37	2.1	38	81	4	92	43	6	9	40	1.63
23931984--23932076	45	2.1	45	95	0	168	48	16	16	19	1.81
23939301--23939517	25	8.8	25	67	13	110	31	20	27	21	1.98
23942410--23942446	18	2.0	19	85	15	51	32	16	2	48	1.60
23954845--23954923	21	4.0	21	80	16	62	53	0	0	46	1.00
23954805--23954904	33	3.1	32	73	17	91	50	0	1	49	1.07
23954980--23955025	20	2.3	20	88	7	67	43	2	0	54	1.12
23957162--23957194	16	2.0	17	94	5	59	0	27	0	72	0.85
23959604--23959633	12	2.5	12	94	0	51	53	0	0	46	1.00
23967833--23967873	13	2.9	14	77	22	50	41	0	0	58	0.98
23967833--23967869	15	2.3	17	86	13	60	37	0	0	62	0.96
23968021--23968045	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
23968502--23968585	26	3.4	25	78	17	93	48	1	3	46	1.27
23968521--23968583	10	6.4	10	71	20	53	50	1	1	46	1.20
23970179--23970319	63	2.3	63	89	1	212	24	29	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23977348--23977383	12	3.0	12	100	0	72	41	0	8	50	1.33
23981473--23981505	14	2.3	15	94	5	59	72	9	0	18	1.10
23982282--23982432	45	3.4	44	82	5	180	42	11	19	26	1.86
23990494--23990742	50	4.8	50	84	4	275	20	28	23	26	1.99
23990493--23990742	100	2.4	104	87	6	357	20	28	23	26	1.99
23990837--23990868	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
23991080--23991137	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
23991699--23991773	13	5.9	13	68	27	54	53	4	0	42	1.19
23993117--23993303	50	3.6	51	78	5	162	26	19	28	24	1.99
23993223--23993345	50	2.5	49	82	6	151	29	21	27	21	1.99
23993223--23993345	49	2.5	49	82	6	151	29	21	27	21	1.99
23997018--23997050	10	3.0	11	87	12	50	63	3	0	33	1.10
23997817--23997914	28	3.3	28	72	18	90	27	22	25	24	2.00
23998256--23998396	26	5.4	26	86	4	167	28	17	19	34	1.94
24005845--24006048	26	7.8	26	87	2	257	29	16	18	35	1.93
24016760--24016811	26	2.0	26	96	0	95	46	21	11	21	1.82
24026514--24026569	26	2.2	26	83	3	69	28	16	10	44	1.80
24026527--24026585	26	2.3	26	84	0	73	33	15	11	38	1.84
24031674--24031741	34	1.9	35	82	5	84	57	5	4	32	1.43
24031779--24031835	29	2.0	29	86	3	80	42	0	3	54	1.17
24034058--24034099	14	2.9	14	85	3	57	57	7	0	35	1.26
24034633--24034699	18	3.6	19	75	13	59	44	0	2	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24034652--24034713	17	3.3	19	84	8	74	38	1	3	56	1.25
24035467--24035508	20	2.0	21	86	4	59	33	0	4	61	1.17
24039589--24039637	20	2.4	21	79	3	55	53	6	4	36	1.45
24042749--24042924	88	2.0	88	92	0	289	30	18	23	28	1.97
24045956--24045988	16	2.1	15	94	5	57	72	0	27	0	0.85
24045952--24045987	19	1.9	18	88	5	54	72	0	27	0	0.85
24047675--24047713	19	2.0	20	85	5	53	64	7	0	28	1.21
24047746--24047811	32	2.1	32	88	5	100	53	3	1	42	1.25
24054024--24054151	29	4.4	29	88	0	184	25	25	12	36	1.91
24056102--24056264	43	3.9	41	77	7	148	29	25	17	27	1.97
24059470--24059500	16	1.9	16	100	0	62	58	12	6	22	1.58
24059586--24059629	20	2.2	20	88	4	63	63	9	22	4	1.42
24059973--24060016	19	2.3	19	96	0	79	56	9	20	13	1.64
24061568--24061649	43	1.9	43	94	0	146	23	25	2	48	1.63
24071783--24072317	104	5.2	103	80	4	556	28	18	21	30	1.97
24071782--24072325	207	2.6	207	84	3	702	28	18	21	30	1.97
24081711--24081762	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
24086723--24086762	17	2.4	17	86	0	53	47	17	5	30	1.69
24089843--24089989	20	7.3	20	71	3	107	36	17	31	14	1.90
24095439--24096157	362	2.0	356	95	2	1307	34	19	5	40	1.74
24097138--24097173	18	1.9	18	88	5	54	16	25	0	58	1.38
24097137--24097174	13	3.1	12	85	14	51	15	23	0	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24107116--24107218	37	2.8	37	90	0	152	37	30	15	16	1.90
24111904--24111941	20	2.0	20	85	15	53	26	26	0	47	1.52
24115029--24115388	27	13.3	27	82	3	373	26	16	17	39	1.90
24115029--24115388	54	6.6	54	85	2	427	26	16	17	39	1.90
24118163--24118233	26	2.7	25	78	10	70	33	19	23	22	1.97
24118367--24118757	27	14.4	27	84	5	452	27	16	16	39	1.90
24119272--24119296	13	1.9	13	100	0	50	60	8	8	24	1.52
24119449--24119485	14	2.5	16	83	16	53	70	0	29	0	0.88
24119722--24119767	20	2.3	20	96	0	83	30	43	8	17	1.79
24121080--24121156	26	3.0	26	94	0	127	31	18	12	37	1.88
24146925--24146970	24	1.9	24	86	8	67	26	13	6	54	1.62
24150935--24150967	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
24153495--24153611	49	2.4	47	80	8	135	23	16	30	29	1.96
24154079--24154106	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24154565--24154604	20	2.0	20	95	0	71	52	5	12	30	1.60
24164838--24164898	23	2.5	25	78	5	72	42	4	0	52	1.23
24164832--24164952	52	2.3	54	78	10	131	42	9	0	47	1.37
24169459--24169523	31	2.1	31	94	0	112	32	10	12	44	1.76
24170071--24170120	22	2.1	25	85	10	70	70	4	0	26	1.05
24173806--24173851	23	2.0	23	95	0	83	23	8	50	17	1.74
24179854--24179893	20	2.0	20	85	9	55	57	7	22	12	1.60
24186818--24186887	27	2.6	27	88	6	97	31	12	27	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24187874--24188208	47	7.1	47	88	2	379	25	13	17	44	1.85
24191519--24191603	28	3.0	29	72	16	72	55	4	0	40	1.21
24193808--24193850	12	3.6	11	84	6	50	67	2	4	25	1.22
24196415--24196488	31	2.4	31	82	8	96	45	13	16	24	1.83
24196438--24196546	31	3.6	30	72	16	91	47	11	15	24	1.79
24197137--24197166	15	1.9	16	93	6	53	16	0	13	70	1.18
24200113--24200372	105	2.6	101	80	9	276	33	16	23	26	1.96
24200251--24200375	33	3.8	31	75	8	115	32	18	24	24	1.97
24200245--24200376	66	2.0	66	80	5	151	32	18	24	24	1.97
24211717--24211827	56	2.0	55	92	1	186	42	11	7	38	1.69
24212312--24212407	30	3.2	30	80	1	95	37	17	3	41	1.66
24212721--24212772	21	2.7	20	79	11	63	73	7	19	0	1.07
24212723--24212784	17	3.3	18	82	8	63	74	6	19	0	1.03
24212885--24212959	4	18.8	4	76	15	75	72	2	25	0	0.98
24212887--24212969	7	11.7	7	81	10	89	71	2	26	0	0.99
24213044--24213091	21	2.3	21	85	3	62	77	12	10	0	1.00
24213200--24213246	13	3.5	13	82	2	58	76	0	23	0	0.78
24213239--24213277	8	4.9	8	84	9	53	76	2	20	0	0.90
24213212--24213277	16	4.1	16	77	16	73	78	1	19	0	0.82
24213596--24213638	20	2.1	20	82	4	50	39	13	13	32	1.85
24213886--24213931	23	2.0	24	91	4	76	43	15	6	34	1.72
24213919--24214218	18	16.9	18	74	7	238	31	11	11	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24213918--24214218	35	8.5	35	77	5	232	31	11	11	45	1.76
24213973--24214175	107	1.9	107	84	4	275	28	11	12	46	1.77
24214143--24214221	17	4.7	17	76	13	56	36	10	10	43	1.72
24215245--24215444	106	1.9	106	94	0	355	31	20	10	39	1.85
24219221--24219256	17	2.1	18	89	5	56	63	13	2	19	1.41
24219628--24219691	30	2.1	30	91	2	101	50	1	10	37	1.47
24220100--24220133	3	11.3	3	87	0	50	61	5	0	32	1.20
24221429--24221497	22	3.1	22	89	0	102	34	24	0	40	1.56
24221450--24221549	52	1.9	52	87	0	146	34	30	0	36	1.58
24221504--24221552	22	2.2	21	80	16	55	36	32	0	30	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213