genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  143  of  213  ( 25468 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42837894--42837929	18	2.1	18	94	5	65	55	0	0	44	0.99
42837870--42837946	29	2.6	29	87	8	102	57	0	1	41	1.07
42837885--42837939	10	5.5	10	75	20	53	54	0	1	43	1.10
42839484--42839531	19	2.4	20	77	16	55	14	10	2	72	1.19
42839569--42839639	16	4.4	16	87	0	97	38	7	25	29	1.82
42839621--42839714	44	2.1	46	88	7	140	31	6	27	34	1.82
42839817--42839985	63	2.8	61	86	8	202	53	2	1	42	1.26
42840690--42840747	25	2.4	25	85	2	91	24	25	13	36	1.92
42855839--42855865	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
42862297--42862324	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
42875188--42875226	16	2.4	16	91	0	60	35	2	25	35	1.70
42875496--42875544	24	2.2	23	79	20	59	57	6	0	36	1.24
42895898--42895936	16	2.4	16	91	0	60	35	2	25	35	1.70
42896208--42896256	24	2.2	23	79	20	59	57	6	0	36	1.24
42903307--42903811	47	10.6	47	92	2	803	33	8	29	28	1.86
42903307--42903811	96	5.3	94	94	1	803	33	8	29	28	1.86
42914142--42914176	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
42919675--42919768	46	2.0	46	100	0	188	29	10	11	47	1.74
42921084--42921110	14	1.9	14	100	0	54	22	0	14	62	1.31
42924662--42924713	24	2.2	24	85	0	68	51	5	3	38	1.44
42926944--42927464	260	2.0	259	91	1	848	40	19	11	28	1.86
42929786--42929832	17	2.8	17	83	9	60	34	4	2	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42930580--42930645	31	2.1	31	85	0	87	27	22	13	36	1.92
42937691--42937725	18	1.9	18	88	0	52	40	0	42	17	1.49
42941300--42941477	28	6.5	27	78	9	139	32	27	10	30	1.89
42941300--42941477	55	3.3	54	73	10	148	32	27	10	30	1.89
42941302--42941477	83	2.1	82	81	7	212	31	27	9	30	1.89
42946499--42946527	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
42947833--42947867	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
42947747--42948041	162	1.8	163	96	0	547	44	3	4	48	1.38
42947975--42948016	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
42947984--42948025	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
42948010--42948197	61	3.1	61	69	17	201	48	6	1	43	1.38
42948094--42948145	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
42947973--42948263	120	2.4	121	93	4	500	49	4	2	42	1.36
42948311--42948358	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
42948286--42948493	91	2.3	91	85	7	253	46	4	3	46	1.39
42958850--42958896	23	2.1	22	84	11	60	25	2	2	70	1.10
42960861--42961008	28	5.2	28	72	16	92	30	25	17	26	1.97
42960911--42961088	29	6.3	29	83	7	215	35	23	17	23	1.95
42960911--42961088	86	2.1	83	86	6	241	35	23	17	23	1.95
42963072--42963176	54	1.9	54	84	0	138	20	26	26	25	1.99
42970396--42970446	19	2.8	17	81	18	59	43	1	11	43	1.52
42971567--42971655	38	2.3	38	75	7	99	20	19	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42971570--42971653	19	4.4	19	77	5	80	20	20	25	34	1.96
42974788--42975000	89	2.4	90	82	7	254	32	25	15	25	1.96
42974782--42975000	45	4.9	45	84	5	259	32	25	16	25	1.96
42980171--42980322	29	5.3	29	80	8	150	26	15	21	35	1.94
42987543--42987570	12	2.3	12	100	0	56	42	7	7	42	1.59
42990199--42990421	40	5.6	39	80	7	207	25	21	27	25	1.99
42997670--42997841	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
42997617--42997839	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
42997697--42997874	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
43001452--43001490	19	2.0	19	85	5	51	48	5	2	43	1.38
43002198--43002238	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
43006659--43006704	16	2.8	17	78	15	51	71	8	0	19	1.11
43007977--43008019	22	1.9	23	90	4	70	65	4	11	18	1.42
43011233--43011286	3	18.0	3	96	0	99	33	1	0	64	1.04
43012059--43012192	70	1.9	70	90	0	214	27	17	21	33	1.96
43012896--43012929	17	2.0	17	100	0	68	11	17	23	47	1.81
43017855--43017907	24	2.2	24	93	0	88	35	11	24	28	1.90
43018042--43018219	62	2.9	62	93	1	304	30	22	12	34	1.91
43018346--43019617	44	28.8	44	72	10	599	31	19	21	27	1.97
43018347--43018676	177	1.9	176	79	8	375	31	19	21	27	1.97
43018394--43019624	222	5.6	222	74	6	652	31	19	21	27	1.97
43018918--43019620	178	4.0	177	87	2	910	32	19	21	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43019602--43019874	89	3.1	89	88	1	386	27	21	24	26	1.99
43019866--43020272	132	3.1	131	83	4	515	28	19	26	26	1.99
43019890--43020271	124	3.0	126	81	6	446	28	20	25	25	1.99
43021073--43021103	8	3.9	8	100	0	62	25	0	9	64	1.24
43027134--43027230	22	4.4	22	81	0	86	41	15	28	14	1.86
43027146--43027242	22	4.4	22	80	0	86	44	14	25	15	1.84
43038988--43039168	40	4.6	40	81	8	210	25	27	21	24	1.99
43038988--43039168	79	2.3	80	83	8	219	25	27	21	24	1.99
43046909--43047093	79	2.3	81	82	7	218	26	27	22	24	2.00
43046890--43047093	40	5.1	40	80	8	220	25	26	22	25	2.00
43049630--43049797	31	5.4	31	94	0	291	28	25	16	29	1.96
43050015--43050240	26	8.8	26	83	1	269	28	22	22	26	1.99
43050015--43050240	52	4.4	51	89	2	337	28	22	22	26	1.99
43050015--43050240	103	2.2	103	90	0	355	28	22	22	26	1.99
43050290--43050396	20	5.3	20	86	2	144	28	18	11	41	1.85
43050290--43050396	40	2.7	40	88	2	162	28	18	11	41	1.85
43051102--43051166	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
43051205--43051448	27	9.0	27	73	7	147	30	9	19	40	1.84
43051438--43051581	27	5.3	27	85	3	182	39	9	23	27	1.86
43051438--43051581	54	2.7	54	90	0	207	39	9	23	27	1.86
43053828--43053968	31	4.5	31	93	0	246	27	26	16	29	1.97
43053794--43053968	62	2.9	61	86	5	205	26	25	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43054186--43054411	26	8.8	26	85	1	305	28	22	22	26	1.99
43054186--43054411	77	2.9	78	85	2	314	28	22	22	26	1.99
43054186--43054411	103	2.2	103	90	0	355	28	22	22	26	1.99
43054461--43054508	20	2.4	20	89	0	78	27	16	14	41	1.87
43055857--43056034	27	6.6	27	83	6	207	29	28	14	27	1.95
43055878--43056033	82	1.9	81	88	3	233	29	28	14	27	1.95
43057853--43057900	20	2.4	20	92	0	78	27	16	12	43	1.84
43059450--43059569	46	2.6	45	86	2	159	21	20	29	29	1.98
43064638--43064808	45	3.8	45	78	9	195	21	19	30	29	1.97
43064634--43064801	90	1.9	90	92	0	282	21	19	30	28	1.98
43077346--43077431	33	2.5	34	81	12	97	24	20	32	22	1.98
43085069--43085250	39	4.7	39	77	11	160	24	19	28	27	1.99
43097445--43097537	44	2.1	46	84	8	120	36	25	4	33	1.76
43110775--43110918	40	3.6	40	81	6	166	26	23	26	23	2.00
43114434--43114458	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
43116143--43116506	49	7.6	49	90	3	546	32	8	30	28	1.87
43116143--43116506	47	7.6	48	90	3	529	32	8	30	28	1.87
43116143--43116506	96	3.8	96	91	2	579	32	8	30	28	1.87
43116625--43116703	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
43118567--43118669	43	2.4	43	98	0	197	22	16	34	26	1.95
43118651--43118724	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
43120960--43120984	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43122671--43123034	49	7.6	49	89	3	537	32	8	30	28	1.87
43122671--43123034	47	7.6	47	88	4	521	32	8	30	28	1.87
43122671--43123034	96	3.8	96	91	2	579	32	8	30	28	1.87
43123153--43123231	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
43128132--43128252	39	3.1	39	97	0	224	19	25	32	22	1.98
43135460--43135637	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
43135481--43135636	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
43143551--43143727	27	6.5	27	83	3	194	29	28	15	26	1.96
43143571--43143726	82	1.9	81	86	3	224	29	28	15	26	1.96
43147605--43147639	18	1.9	18	88	0	52	40	0	45	14	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213