genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  94  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26185272--26185325	28	2.0	28	85	3	74	40	11	1	46	1.50
26197809--26197927	28	4.3	28	88	1	168	30	21	23	24	1.99
26198032--26198086	26	2.1	26	89	0	83	32	23	21	21	1.98
26198279--26198678	27	14.9	27	82	0	426	18	17	21	42	1.89
26201728--26201824	40	2.4	41	86	6	135	35	9	17	38	1.82
26201727--26201798	19	3.7	19	90	7	117	34	11	16	37	1.84
26204018--26205059	88	11.9	88	87	1	1219	27	25	24	22	1.99
26205423--26205518	40	2.3	41	87	7	142	33	9	17	39	1.82
26205422--26205492	19	3.6	19	90	7	115	33	11	15	39	1.83
26206286--26206323	19	2.0	19	85	10	51	44	7	0	47	1.32
26215772--26215796	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
26216874--26217057	40	4.7	40	84	11	213	25	22	27	25	2.00
26224810--26225071	39	6.7	40	85	7	310	26	22	26	24	2.00
26241582--26241606	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
26242020--26242064	21	2.1	22	84	12	58	28	11	11	48	1.73
26248515--26248574	29	2.0	30	80	6	68	51	11	5	31	1.60
26255523--26255560	19	2.0	19	85	10	51	52	0	42	5	1.24
26257273--26257338	27	2.4	27	85	5	89	42	19	22	15	1.88
26268512--26268541	10	3.0	10	95	0	51	66	0	0	33	0.92
26268512--26268543	14	2.3	14	94	0	55	68	0	0	31	0.90
26268959--26269108	41	3.7	41	87	0	210	19	20	26	33	1.97
26268959--26269132	82	2.1	83	80	3	208	20	19	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26269933--26270030	23	4.3	23	70	14	76	24	11	21	42	1.85
26269965--26270064	22	4.4	22	69	16	78	22	13	20	45	1.85
26269921--26270182	70	3.8	69	89	1	371	26	10	19	43	1.83
26270117--26270190	23	3.0	25	76	11	82	28	9	17	44	1.80
26270122--26270199	23	3.3	23	76	7	77	32	8	17	41	1.81
26273036--26273233	109	1.8	110	96	1	371	32	12	11	44	1.77
26278744--26278816	24	3.0	25	70	20	73	69	0	23	6	1.12
26293947--26294233	140	2.1	140	91	0	459	28	22	13	35	1.92
26298600--26298685	26	3.5	24	80	15	86	31	18	25	24	1.98
26300925--26300961	19	1.9	19	88	0	56	24	27	16	32	1.96
26302395--26302456	19	3.3	19	95	0	115	37	8	16	38	1.78
26302444--26302468	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
26302458--26302502	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
26302688--26302732	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
26302956--26302987	16	2.0	16	100	0	64	31	0	0	68	0.90
26302956--26302980	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
26304899--26305132	50	4.6	50	80	3	218	23	27	20	27	1.99
26312330--26312378	20	2.5	20	75	15	57	12	22	6	59	1.55
26312631--26312773	49	2.9	50	81	4	155	21	28	21	27	1.99
26312668--26312773	49	2.1	50	87	1	160	19	30	22	27	1.98
26337372--26337481	26	4.2	26	89	0	166	30	23	14	31	1.94
26337362--26337481	52	2.3	52	91	1	186	29	21	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26338829--26338922	46	2.0	46	95	0	170	21	26	21	30	1.98
26344190--26344298	38	2.9	38	86	6	134	29	17	14	38	1.89
26344298--26344408	39	2.8	39	84	4	134	32	16	22	28	1.95
26344301--26344553	40	6.3	40	80	3	260	32	16	21	30	1.95
26352708--26353026	27	12.0	27	78	7	312	18	16	20	43	1.88
26352799--26352998	105	1.9	105	84	4	269	19	17	20	43	1.88
26358653--26358819	68	2.5	68	83	2	183	35	16	21	26	1.95
26358698--26358850	68	2.3	67	80	4	173	37	15	21	26	1.92
26362077--26362109	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
26362071--26362109	14	2.8	13	92	7	51	28	0	15	56	1.40
26362064--26362118	21	2.6	21	73	21	69	32	3	12	50	1.58
26376880--26377010	39	3.4	38	86	4	174	30	2	19	48	1.61
26376880--26377036	39	4.0	38	85	5	172	30	3	19	47	1.65
26382575--26382605	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
26386854--26386884	15	2.1	15	93	0	53	41	6	29	22	1.78
26396638--26396677	19	2.2	18	90	4	62	42	12	2	42	1.56
26401225--26401313	41	2.1	44	89	6	139	49	10	5	34	1.60
26401335--26401382	19	2.6	19	96	3	89	50	12	0	37	1.41
26409429--26409465	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
26410533--26410579	25	1.9	24	82	4	58	55	2	0	42	1.12
26414316--26414350	15	2.3	16	85	14	56	51	11	11	25	1.71
26417749--26417789	20	2.0	20	100	0	82	21	14	14	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26422340--26422377	12	3.2	12	78	14	51	39	0	10	50	1.37
26424087--26424186	37	2.6	38	78	10	98	26	20	14	40	1.90
26424139--26424276	37	3.7	37	73	1	107	31	14	14	39	1.86
26431189--26431256	25	2.7	25	90	0	109	33	17	27	20	1.95
26432745--26432983	49	4.8	50	79	3	234	28	21	28	22	1.99
26432745--26432888	50	2.9	49	91	2	225	26	22	31	19	1.98
26432745--26432934	99	1.9	99	82	0	236	27	21	28	22	1.99
26433914--26434006	31	3.0	31	100	0	186	41	16	9	32	1.80
26444059--26444138	40	2.0	40	87	0	115	42	13	15	28	1.85
26446183--26446228	22	2.0	23	87	4	67	23	2	26	47	1.63
26447028--26447126	36	2.7	36	77	16	114	24	4	26	45	1.71
26447040--26447093	22	2.5	22	77	17	58	29	1	25	42	1.66
26449980--26450050	19	3.4	19	67	32	56	43	8	4	43	1.54
26449952--26450051	44	2.2	44	96	1	182	41	10	4	45	1.56
26449961--26450031	25	3.1	25	64	35	68	39	12	4	43	1.62
26450679--26450790	57	2.0	57	89	0	170	41	25	12	21	1.88
26460017--26460092	26	2.9	25	83	11	82	28	17	11	42	1.84
26462238--26462273	18	2.0	18	88	0	54	50	5	8	36	1.56
26467613--26467642	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
26495942--26495997	24	2.3	24	96	0	103	35	12	23	28	1.91
26496326--26496381	24	2.3	24	93	0	94	32	12	26	28	1.93
26496651--26496854	45	4.6	45	75	6	202	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26495865--26496657	384	2.1	383	94	1	1301	35	16	19	29	1.93
26496693--26496886	41	4.6	41	74	13	176	29	22	20	28	1.98
26496637--26496890	130	2.0	130	97	0	481	30	21	21	26	1.98
26496781--26496946	85	1.9	86	86	3	237	29	20	21	28	1.98
26502894--26502955	17	3.6	17	77	0	70	16	17	35	30	1.92
26505122--26505172	27	1.9	26	96	4	93	17	13	19	49	1.80
26506318--26506353	10	3.5	10	92	7	63	30	8	0	61	1.26
26506316--26506351	11	3.4	11	92	7	65	25	11	0	63	1.27
26511841--26511898	21	2.7	22	81	5	66	43	31	12	13	1.81
26514922--26514960	15	2.6	15	87	0	60	43	12	25	17	1.85
26515347--26515379	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
26518571--26518755	79	2.3	82	82	7	220	24	27	22	25	2.00
26518552--26518755	40	5.1	40	80	8	220	24	26	22	25	2.00
26526509--26526693	79	2.3	82	82	7	220	24	27	22	25	2.00
26526509--26526693	40	4.7	40	82	6	216	24	27	22	25	2.00
26540242--26540280	10	3.9	10	93	0	60	38	25	0	35	1.56
26551261--26551298	3	12.7	3	100	0	76	34	65	0	0	0.93
26551311--26551339	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
26558384--26558466	40	2.1	40	86	4	114	50	22	12	14	1.76
26561059--26561100	18	2.3	19	80	12	52	78	0	11	9	0.96
26563557--26563612	25	2.2	27	81	12	73	53	5	0	41	1.24
26563510--26563641	68	1.9	69	90	1	212	50	5	3	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26565590--26565670	28	2.9	28	94	0	135	23	17	30	28	1.97
26570208--26570397	76	2.6	73	89	5	285	38	10	5	46	1.60
26583912--26583949	19	2.1	19	85	5	51	55	5	0	39	1.23
26584755--26584831	40	1.9	40	82	10	95	18	22	33	25	1.96
26586851--26586893	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
26587303--26587521	49	4.5	49	97	0	375	43	2	8	45	1.48
26587345--26587428	29	3.2	29	62	28	78	42	2	9	45	1.49
26589615--26589670	29	1.9	29	100	0	112	25	16	21	37	1.93
26589900--26590060	43	3.7	43	80	3	189	21	19	27	30	1.98
26589905--26590062	86	1.8	86	87	0	235	21	20	27	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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