genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6021403--6021467	25	2.6	25	78	11	71	64	3	0	32	1.09
6021720--6021761	20	2.2	19	86	4	57	54	2	2	40	1.26
6021787--6021857	30	2.4	30	83	4	92	57	2	5	33	1.37
6026663--6026695	17	1.9	17	93	0	57	9	12	15	63	1.51
6036482--6036544	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
6036850--6036936	29	2.8	31	79	11	81	47	1	11	40	1.47
6041622--6041662	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
6049446--6049681	97	2.4	97	97	0	436	41	13	7	38	1.72
6049719--6049763	23	2.0	23	82	8	56	44	6	2	46	1.42
6053086--6053127	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
6053077--6053118	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
6053062--6053368	156	2.0	156	95	1	553	47	5	2	44	1.40
6053229--6053263	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
6053499--6053534	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
6061874--6061906	6	5.5	6	92	0	57	36	0	15	48	1.45
6061949--6061984	16	2.2	16	95	0	63	38	2	8	50	1.47
6062109--6062151	10	4.2	11	82	14	56	39	0	2	58	1.11
6062107--6062152	21	2.2	21	88	7	67	39	0	2	58	1.10
6082222--6082392	87	2.0	86	79	6	184	28	15	21	35	1.94
6091699--6091907	52	4.1	51	85	9	275	35	13	22	27	1.93
6091685--6091907	98	2.3	97	80	9	231	34	13	22	28	1.93
6091803--6091981	37	4.3	44	86	11	192	37	14	20	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6091871--6091979	37	3.0	36	94	5	193	38	16	20	24	1.92
6113392--6113422	14	2.2	14	100	0	62	22	48	12	16	1.80
6118651--6118704	26	2.1	26	100	0	108	61	0	22	16	1.35
6130988--6131034	10	4.6	10	80	15	51	8	6	4	80	1.00
6136036--6136084	26	1.9	25	83	4	62	34	16	22	26	1.95
6136280--6136358	22	3.5	22	75	15	72	75	3	8	11	1.15
6136254--6136333	24	3.6	21	75	11	79	73	7	5	13	1.21
6136280--6136401	50	2.5	47	78	18	124	72	4	11	11	1.24
6137327--6137351	13	1.9	13	100	0	50	68	0	16	16	1.22
6138787--6138941	70	2.2	70	91	0	256	26	22	19	31	1.98
6142189--6142235	13	3.2	16	77	20	57	72	0	14	12	1.13
6142206--6142241	6	5.7	6	90	9	54	72	0	13	13	1.13
6142205--6142244	7	6.0	7	88	11	66	70	0	15	15	1.18
6142206--6142244	13	3.0	13	100	0	78	69	0	15	15	1.20
6143404--6143442	11	3.5	11	86	6	53	82	0	0	17	0.68
6143677--6143830	69	2.2	70	88	2	229	26	22	18	32	1.97
6157828--6157878	17	2.8	17	82	11	57	25	3	1	68	1.17
6158024--6158103	10	8.2	9	84	12	79	27	1	0	71	0.94
6158040--6158106	3	21.0	3	88	11	98	31	0	0	68	0.90
6158031--6158106	13	6.2	13	81	18	92	28	1	0	69	0.96
6158027--6158103	36	2.1	36	90	9	122	28	1	0	70	0.96
6167718--6167750	17	1.9	17	93	0	57	63	15	12	9	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6172597--6172655	31	1.9	31	89	0	91	38	6	1	52	1.38
6172659--6172725	9	6.7	10	76	8	57	32	2	1	62	1.19
6172669--6172728	21	3.0	20	85	4	77	35	1	1	61	1.16
6177333--6177601	134	2.0	132	93	1	457	30	9	20	40	1.83
6177873--6177897	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
6181911--6182065	75	2.1	75	80	7	172	27	21	21	28	1.99
6183353--6183445	48	2.0	46	83	8	116	31	19	19	30	1.96
6189033--6189218	100	1.9	100	83	8	245	29	16	25	29	1.96
6189208--6189240	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
6208771--6208815	12	3.6	13	77	19	51	75	2	2	20	1.01
6220140--6220410	43	6.3	43	79	8	257	30	29	16	22	1.96
6220146--6220382	129	1.8	129	86	5	345	29	29	16	23	1.96
6225618--6225705	7	12.3	7	80	9	52	37	42	0	20	1.52
6225673--6225705	14	2.3	15	94	5	59	27	57	0	15	1.38
6225823--6225891	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
6225823--6225891	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
6225872--6225962	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
6226127--6226163	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
6226205--6226390	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
6226107--6226396	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
6229617--6229661	14	3.2	14	90	6	65	33	42	0	24	1.55
6229700--6229747	7	7.0	7	81	13	55	37	47	0	14	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6229703--6229744	13	3.2	13	80	16	50	38	47	0	14	1.44
6229618--6229801	81	2.2	84	85	4	257	41	30	0	27	1.56
6229843--6229874	7	4.6	7	92	0	55	34	50	0	15	1.45
6230254--6230363	41	2.7	42	85	4	143	32	25	19	22	1.97
6230419--6230524	40	2.7	39	86	4	151	18	21	22	36	1.95
6239339--6239407	16	4.2	16	92	3	120	24	1	36	37	1.65
6239339--6239407	33	2.1	32	94	2	120	24	1	36	37	1.65
6239388--6239478	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
6239643--6239677	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6239530--6239843	157	2.0	156	94	1	551	44	3	4	47	1.40
6239789--6239990	107	1.9	108	96	1	379	49	5	1	43	1.37
6239880--6239925	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
6239880--6239934	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
6239814--6239983	37	4.7	35	67	20	100	48	6	1	43	1.39
6240368--6240402	18	1.9	18	100	0	70	57	2	0	40	1.14
6240412--6240454	10	4.6	10	83	16	65	48	6	0	44	1.29
6240408--6240452	17	2.6	17	89	3	72	51	6	0	42	1.28
6240214--6240567	192	1.9	187	88	4	530	51	4	1	41	1.31
6240468--6240781	61	5.2	60	70	15	245	48	5	2	43	1.39
6240577--6240613	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
6240401--6240827	120	3.5	120	87	4	599	49	4	2	43	1.36
6240763--6240806	21	2.1	21	83	8	54	56	6	0	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6248114--6248139	12	2.2	12	100	0	52	15	30	0	53	1.42
6257143--6257173	14	2.2	14	100	0	62	22	48	12	16	1.80
6268868--6268896	12	2.3	13	94	5	51	58	0	37	3	1.15
6273570--6273618	26	1.9	25	83	4	62	34	16	22	26	1.95
6273814--6273892	22	3.5	22	75	15	72	75	3	8	11	1.15
6273788--6273867	24	3.6	21	75	11	79	73	7	5	13	1.21
6273814--6273935	50	2.5	47	78	18	124	72	4	11	11	1.24
6274860--6274884	13	1.9	13	100	0	50	68	0	16	16	1.22
6276322--6276476	70	2.2	70	91	0	256	26	22	19	31	1.98
6279730--6279776	13	3.2	16	77	20	57	72	0	14	12	1.13
6279747--6279782	6	5.7	6	90	9	54	72	0	13	13	1.13
6279746--6279785	7	6.0	7	88	11	66	70	0	15	15	1.18
6279747--6279785	13	3.0	13	100	0	78	69	0	15	15	1.20
6280947--6280988	12	3.7	12	78	12	52	78	0	0	21	0.75
6281229--6281383	70	2.2	70	89	0	238	27	21	18	32	1.97
6285889--6286042	70	2.2	70	92	0	254	31	19	22	26	1.97
6286297--6286323	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
6287156--6288229	175	6.2	174	81	7	1030	30	19	21	28	1.97
6287203--6288437	85	14.3	88	68	14	493	31	18	21	28	1.97
6287404--6287818	210	2.0	210	94	0	731	30	20	21	27	1.98
6287376--6288060	129	5.3	129	73	10	506	30	19	21	28	1.98
6287616--6288358	304	2.4	304	94	0	1288	30	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6288065--6288487	129	3.3	129	93	0	711	30	17	22	29	1.97
6289468--6289501	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
6298041--6298101	26	2.3	26	80	0	68	45	13	16	24	1.83
6299192--6299515	51	6.4	51	72	10	227	24	16	28	31	1.96
6299226--6299511	101	2.8	101	92	1	466	23	17	27	31	1.97
6299433--6299513	26	3.2	26	66	22	71	22	14	28	34	1.94
6299521--6299647	43	3.0	42	79	14	161	23	18	24	33	1.96
6311160--6311219	30	2.0	30	83	6	77	13	23	1	61	1.41
6315303--6315347	22	2.0	24	86	8	67	42	24	8	24	1.83
6317785--6317826	17	2.5	16	88	7	57	50	2	0	47	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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