genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  98  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27546806--27546834	14	2.1	14	100	0	58	27	6	37	27	1.82
27567792--27567880	44	2.0	44	84	4	117	44	1	8	44	1.42
27567969--27568008	19	2.2	19	86	4	55	50	5	0	45	1.23
27582772--27582917	41	3.6	41	91	0	229	23	27	19	29	1.98
27583596--27583658	25	2.5	25	94	0	117	42	11	7	38	1.70
27584671--27584695	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
27586183--27586214	15	2.1	15	94	0	55	15	6	6	71	1.26
27587812--27587907	48	1.9	51	85	6	135	39	2	4	54	1.32
27587812--27587887	11	6.8	11	70	24	52	40	1	2	55	1.22
27598348--27598636	50	5.7	50	83	3	321	21	28	22	27	1.99
27600198--27600406	47	4.3	47	79	6	188	25	16	27	30	1.97
27603265--27603303	15	2.6	16	84	12	55	56	2	10	30	1.46
27606727--27606764	3	12.7	3	88	0	58	26	0	5	68	1.11
27606727--27606764	12	3.2	12	96	0	67	26	0	5	68	1.11
27608215--27608257	18	2.4	18	88	0	59	16	20	18	44	1.87
27610063--27610303	35	7.2	33	81	8	272	19	22	16	41	1.90
27610063--27610300	67	3.6	67	92	0	377	19	22	16	41	1.90
27613099--27613143	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
27617416--27617473	14	4.0	14	91	8	98	29	13	13	43	1.83
27620416--27620494	25	3.0	26	78	14	83	30	18	22	27	1.98
27620507--27620579	24	3.1	23	75	11	76	38	21	23	16	1.93
27620628--27620693	26	2.6	26	79	11	73	33	22	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27621140--27621178	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
27625146--27625184	21	1.9	21	89	5	62	41	0	7	51	1.31
27626247--27626284	16	2.4	16	95	0	67	36	2	34	26	1.71
27626456--27626499	21	2.1	21	83	8	54	56	0	2	40	1.11
27626467--27626532	28	2.4	28	80	7	73	57	0	0	42	0.98
27626512--27626712	61	3.3	60	68	14	178	48	5	3	42	1.43
27626481--27626746	120	2.2	120	95	0	478	50	4	2	42	1.36
27626515--27626698	59	3.1	59	66	20	146	47	5	3	42	1.44
27628920--27629024	51	2.1	50	92	1	174	42	20	10	26	1.84
27629280--27629731	227	2.0	227	97	0	850	32	19	24	23	1.98
27637252--27637302	26	2.0	26	84	7	68	47	3	25	23	1.69
27638389--27638436	25	1.9	25	83	8	62	45	2	6	45	1.40
27638802--27638886	3	28.7	3	75	11	77	63	1	3	31	1.19
27638806--27638840	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
27638803--27638885	20	4.0	21	80	6	91	62	1	3	32	1.20
27639769--27639808	18	2.2	18	95	0	71	5	17	52	25	1.64
27640316--27640646	128	2.6	127	85	1	466	29	20	17	32	1.95
27640343--27640544	44	4.7	43	73	6	158	28	21	18	32	1.97
27640638--27641003	100	3.7	98	84	5	468	26	23	20	29	1.99
27640638--27641003	199	1.8	200	83	5	463	26	23	20	29	1.99
27642212--27642332	42	2.9	41	87	4	161	25	26	12	35	1.91
27642268--27642332	21	3.1	21	68	24	64	27	24	10	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27642406--27642436	11	2.7	12	90	10	55	0	22	0	77	0.77
27642464--27642530	13	4.9	14	81	15	70	13	2	5	77	1.07
27642433--27642528	49	2.0	49	81	8	115	15	6	4	73	1.18
27642448--27642540	43	2.2	43	80	7	109	16	5	5	73	1.21
27642446--27642523	7	11.0	7	73	19	56	15	3	5	75	1.12
27642494--27642547	26	2.1	26	83	13	67	14	3	7	74	1.18
27646926--27646955	13	2.2	14	94	5	53	50	0	10	40	1.36
27661931--27662000	34	2.1	34	89	5	106	22	0	25	51	1.48
27662550--27662591	20	2.1	20	86	8	59	21	33	30	14	1.93
27662675--27662814	41	3.4	41	89	3	219	14	25	22	37	1.92
27662676--27662831	82	1.9	82	90	0	249	15	25	23	35	1.94
27662675--27662831	41	3.8	41	82	6	183	15	25	23	35	1.94
27663616--27663660	21	2.1	21	87	0	63	33	20	44	2	1.63
27663645--27663672	12	2.3	12	100	0	56	39	17	42	0	1.50
27664096--27664186	43	2.1	43	83	4	112	29	18	23	28	1.98
27664107--27664378	43	6.3	43	79	6	257	26	22	20	30	1.98
27664160--27664359	85	2.4	85	83	1	267	25	22	18	34	1.96
27673077--27673124	16	2.9	17	75	6	62	37	4	29	29	1.76
27678083--27678141	18	3.1	18	75	13	64	10	13	38	37	1.79
27678083--27678152	21	3.5	20	77	12	74	10	11	41	37	1.75
27678820--27678874	28	2.0	28	88	0	83	45	18	7	29	1.76
27678972--27679049	26	3.0	25	84	7	84	47	15	7	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27678914--27679179	96	2.8	96	95	0	489	48	19	6	25	1.73
27679075--27679143	25	2.7	26	76	13	70	50	13	7	28	1.67
27679082--27679149	26	2.6	26	83	4	75	51	14	7	26	1.68
27680269--27680313	6	7.5	6	97	0	81	64	15	2	17	1.39
27683199--27683275	26	3.2	24	87	8	120	24	19	0	55	1.43
27683199--27683272	24	3.0	24	90	7	121	25	20	0	54	1.45
27683595--27683684	45	2.0	45	100	0	180	28	22	13	35	1.92
27684100--27684240	28	5.1	28	83	4	162	17	13	8	60	1.57
27684100--27684261	55	2.9	54	81	8	166	19	14	8	57	1.63
27684100--27684261	27	5.9	27	82	7	132	19	14	8	57	1.63
27684799--27685012	90	2.4	90	88	1	297	22	20	19	37	1.94
27684880--27685017	45	3.1	45	81	8	181	21	19	21	36	1.95
27686457--27686561	51	2.0	53	85	3	142	15	18	36	30	1.91
27691384--27691424	17	2.4	17	91	0	64	26	19	31	21	1.97
27692176--27692205	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
27695448--27695500	21	2.5	21	93	0	88	60	13	5	20	1.53
27698110--27698300	51	3.8	51	75	13	205	30	28	17	24	1.97
27698108--27698292	101	1.8	102	88	3	284	30	27	17	23	1.97
27701277--27701407	41	3.2	41	81	4	140	51	6	22	19	1.70
27704200--27704238	19	2.1	19	90	0	60	28	15	30	25	1.96
27705939--27706067	41	3.2	41	81	4	154	52	4	21	20	1.64
27708296--27708329	7	4.9	7	88	0	50	32	35	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27721669--27721714	23	2.0	23	95	0	83	45	4	23	26	1.71
27721948--27721973	13	2.0	13	100	0	52	69	30	0	0	0.89
27725125--27725173	6	8.2	6	100	0	98	16	18	0	65	1.28
27736884--27736909	3	8.7	3	100	0	52	30	0	69	0	0.89
27738524--27738573	26	1.9	26	87	0	73	30	6	28	36	1.81
27739731--27739827	48	2.0	48	91	0	158	18	14	20	46	1.84
27751579--27751629	14	3.6	14	73	7	50	62	1	0	35	1.06
27751579--27751632	13	4.0	13	78	4	54	62	1	0	35	1.06
27751688--27751733	22	2.1	22	83	0	56	41	0	30	28	1.56
27757429--27757463	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
27757611--27757659	18	2.8	18	90	3	73	46	0	0	53	1.00
27757619--27757659	17	2.3	18	87	4	57	48	0	0	51	1.00
27757604--27757667	28	2.3	30	78	13	73	50	0	0	50	1.00
27757843--27757897	16	3.4	16	84	0	74	27	23	3	45	1.69
27757938--27757979	21	2.0	21	100	0	84	57	4	9	28	1.51
27759511--27759545	18	1.9	19	88	11	56	37	2	0	60	1.12
27759737--27759836	53	1.9	52	83	6	130	38	5	6	51	1.49
27760218--27760253	17	2.1	17	89	0	54	50	0	2	47	1.15
27760546--27760604	25	2.3	26	80	19	70	57	1	1	38	1.19
27763126--27763168	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
27763589--27763709	49	2.5	49	94	0	206	43	3	8	44	1.50
27764006--27764281	125	2.2	125	92	0	462	29	19	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27765220--27765262	19	2.5	16	88	11	59	48	0	0	51	1.00
27767216--27767523	92	3.4	91	81	8	306	30	17	17	34	1.94
27767445--27767570	44	2.8	44	84	1	153	27	22	21	28	1.99
27775632--27775678	19	2.5	20	86	6	62	44	10	19	25	1.82
27779382--27779416	12	2.8	12	91	4	52	60	0	8	31	1.27
27782957--27782992	18	2.1	18	89	5	56	61	0	2	36	1.11
27784982--27785105	63	2.0	64	91	4	207	29	17	5	47	1.70
27785894--27785967	22	3.4	22	67	12	55	5	20	1	72	1.11
27789995--27790179	40	4.7	40	79	7	191	25	22	27	24	2.00
27789995--27790179	79	2.3	81	81	7	209	25	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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