genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2377547--2377596	20	2.5	19	78	12	55	10	16	4	70	1.30
2379674--2379712	16	2.5	15	84	8	51	15	0	35	48	1.45
2380085--2380115	14	2.2	14	94	0	53	29	19	12	38	1.89
2383046--2383111	24	2.8	25	81	6	75	22	4	6	66	1.32
2388800--2388855	29	1.9	29	85	7	78	80	0	17	1	0.80
2392725--2392764	20	1.9	20	85	10	53	32	2	0	65	1.06
2395864--2395902	21	1.9	20	89	5	60	43	10	20	25	1.83
2395932--2395984	19	2.8	19	88	0	79	64	5	0	30	1.17
2396165--2396218	26	2.1	26	82	6	65	44	0	3	51	1.19
2399933--2399966	16	2.1	17	88	5	52	47	2	5	44	1.42
2400148--2400195	20	2.5	19	83	6	69	12	14	6	66	1.42
2407091--2407195	52	2.0	52	92	0	174	28	24	19	27	1.98
2407292--2407353	31	2.0	31	100	0	124	22	22	9	45	1.81
2408985--2409014	15	2.0	15	93	0	51	20	6	3	70	1.25
2409606--2409655	20	2.5	20	84	12	68	34	0	8	58	1.28
2409572--2409626	26	2.1	27	86	6	78	40	0	5	54	1.23
2409615--2409656	19	2.3	18	91	4	66	38	0	4	57	1.20
2411371--2411445	19	3.9	19	74	20	59	46	0	0	53	1.00
2412032--2412067	14	2.6	14	90	0	54	25	22	11	41	1.86
2413592--2413632	21	2.0	21	90	9	66	34	0	0	65	0.93
2413643--2413692	19	2.6	19	81	18	59	32	0	8	60	1.26
2414196--2414232	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414291--2414353	30	2.1	30	82	11	76	20	50	0	28	1.48
2417284--2417313	5	5.8	5	92	7	51	76	0	3	20	0.92
2417402--2417443	3	14.0	3	83	14	52	64	2	2	30	1.19
2418512--2418566	20	2.8	19	82	15	60	1	18	12	67	1.32
2419448--2419656	44	4.5	45	66	15	111	28	21	21	29	1.98
2419699--2419843	45	3.2	45	68	5	123	26	20	22	29	1.99
2419165--2419783	143	4.3	143	89	0	864	27	21	20	30	1.98
2419530--2420016	232	2.1	232	85	0	661	27	21	20	30	1.98
2419701--2419868	89	1.9	89	86	0	237	25	22	23	29	1.99
2419399--2420142	375	2.0	375	88	0	1110	27	21	20	30	1.98
2419774--2420185	143	2.9	143	87	0	581	28	22	19	28	1.98
2421052--2421083	17	1.9	16	93	6	55	0	12	0	87	0.54
2422590--2422652	13	4.8	13	76	0	63	34	6	20	38	1.78
2426001--2426097	23	4.2	23	91	0	167	18	17	22	41	1.90
2426086--2426121	16	2.2	16	90	0	54	16	25	19	38	1.92
2426111--2426150	20	2.0	20	85	5	53	17	22	27	32	1.96
2426889--2426985	47	2.1	47	82	3	115	25	16	27	29	1.97
2427285--2427392	29	3.7	30	83	3	130	32	22	5	39	1.77
2427977--2428014	16	2.4	16	90	0	58	31	0	0	68	0.90
2428190--2428237	18	2.5	20	80	16	64	33	10	8	47	1.68
2428417--2428475	17	3.2	18	85	9	75	35	6	8	49	1.60
2436596--2436625	5	5.8	5	92	7	51	76	0	3	20	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436714--2436747	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2437868--2437900	5	6.6	5	100	0	66	0	0	18	81	0.68
2438251--2438303	13	4.1	13	80	9	72	30	7	26	35	1.84
2438477--2438519	21	2.0	21	86	8	61	48	0	2	48	1.14
2441620--2441661	16	2.6	17	85	10	54	47	4	4	42	1.45
2444066--2444155	34	2.7	33	83	8	101	45	2	11	41	1.52
2448337--2448393	21	2.7	21	91	0	96	43	8	10	36	1.70
2452829--2452886	31	2.0	30	90	10	93	29	13	18	37	1.90
2458130--2458238	34	3.2	33	77	3	103	41	0	13	44	1.50
2459396--2459433	16	2.4	16	90	0	58	55	10	5	28	1.56
2461414--2461447	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2466193--2466226	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2469552--2469576	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
2482848--2482898	23	2.3	22	83	6	59	62	3	0	33	1.13
2484582--2484606	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
2485011--2485081	5	14.6	5	74	21	62	38	0	4	57	1.18
2485039--2485081	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
2485091--2485123	16	2.1	16	94	0	57	78	0	18	3	0.87
2486084--2486198	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
2486084--2486217	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
2488596--2488623	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
2488920--2488991	24	3.0	24	91	2	119	12	13	20	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488927--2488989	12	5.3	12	73	1	56	12	14	22	50	1.76
2490587--2490625	14	2.7	14	84	15	53	41	0	0	58	0.98
2490556--2490622	24	2.8	24	75	9	73	40	0	4	55	1.20
2490637--2490669	16	2.1	16	94	0	57	78	0	18	3	0.87
2490729--2490762	4	9.0	4	93	6	54	79	0	20	0	0.73
2491633--2491747	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
2491633--2491766	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
2501004--2501815	44	18.5	45	75	5	707	28	17	25	28	1.97
2501004--2501815	132	6.2	132	95	0	1407	28	17	25	28	1.97
2501004--2501815	263	3.1	264	94	0	1443	28	17	25	28	1.97
2501944--2502108	42	4.0	42	77	11	187	35	24	18	21	1.95
2503815--2503839	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
2507417--2507450	17	2.0	17	88	0	50	44	0	14	41	1.45
2508150--2508192	16	2.8	16	79	10	54	62	0	2	34	1.08
2508156--2508217	24	2.6	22	75	20	63	67	0	1	30	1.00
2514686--2514723	18	2.1	18	85	9	51	26	2	5	65	1.27
2519370--2519431	23	2.5	25	79	10	65	16	1	9	72	1.18
2521250--2521307	30	1.9	30	85	0	80	58	5	6	29	1.46
2524266--2524307	18	2.3	18	91	0	66	26	0	2	71	0.98
2526860--2526909	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2531499--2531548	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2538477--2538575	51	1.9	52	89	4	155	44	3	12	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2542831--2543040	92	2.3	91	85	4	271	45	3	4	46	1.41
2542968--2543015	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
2543182--2543233	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
2543311--2543352	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
2543302--2543343	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
2543055--2543354	121	2.5	121	92	4	491	43	2	4	49	1.37
2543286--2543598	153	2.0	156	92	2	524	46	5	4	43	1.45
2543721--2543772	16	3.2	16	97	0	95	40	34	0	25	1.56
2544953--2545008	28	2.0	28	89	6	87	53	10	0	35	1.36
2545031--2545116	27	3.2	27	91	0	127	31	23	30	15	1.95
2545040--2545118	27	2.9	27	94	0	131	31	20	32	15	1.93
2545670--2545733	18	3.5	18	80	4	83	45	0	12	42	1.42
2545657--2545752	37	2.6	37	94	0	165	48	0	12	38	1.41
2545657--2545752	19	5.2	19	74	5	97	48	0	12	38	1.41
2545657--2545772	37	3.1	37	85	7	121	48	3	10	37	1.54
2545865--2545926	27	2.3	27	91	0	97	51	0	4	43	1.23
2549960--2549993	17	2.1	17	88	5	52	14	0	17	67	1.23
2550171--2550240	22	3.3	22	69	15	74	38	5	25	30	1.79
2550159--2550242	42	2.0	42	100	0	168	38	4	26	30	1.77
2550167--2550232	20	3.2	20	68	16	62	39	4	25	30	1.76
2551041--2551097	30	2.0	29	86	6	80	26	28	29	15	1.96
2552421--2552507	45	1.9	45	95	4	158	25	18	9	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2553042--2553104	8	8.2	8	81	15	64	50	0	0	49	1.00
2553042--2553143	43	2.3	43	81	9	109	50	1	1	46	1.24
2553195--2553240	4	11.8	4	86	9	60	76	0	23	0	0.79
2555067--2555100	17	1.9	18	88	5	52	38	8	0	52	1.33
2555319--2555373	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
2557568--2557753	51	3.7	51	80	7	200	22	16	30	31	1.96
2557572--2557756	101	1.8	101	87	5	275	22	16	29	31	1.96
2572675--2573044	103	3.6	103	90	2	521	30	28	21	18	1.97
2572888--2573040	33	4.5	33	69	23	111	33	28	20	17	1.96
2580939--2581025	45	1.9	45	95	4	158	25	18	9	47	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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