genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  90  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24805400--24805609	39	5.3	39	90	2	307	25	21	27	25	2.00
24813369--24813630	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
24823618--24823738	44	2.8	43	84	3	154	31	19	20	28	1.97
24825535--24825585	26	2.1	24	80	19	70	23	1	1	72	1.05
24828996--24829050	21	2.7	21	94	5	96	40	9	12	38	1.75
24829041--24829083	22	1.9	23	85	4	61	34	4	13	46	1.65
24829685--24829748	23	3.0	21	78	14	69	21	0	4	73	1.01
24835329--24835393	32	2.0	32	96	0	121	38	18	16	26	1.92
24836061--24836624	132	4.1	132	84	8	725	29	19	24	26	1.98
24836282--24836320	19	2.1	19	100	0	78	33	20	5	41	1.74
24836150--24836452	151	2.0	151	96	0	561	31	18	22	28	1.97
24836061--24836584	283	1.9	283	91	0	870	30	19	24	26	1.98
24836655--24837027	44	8.6	44	72	11	191	30	21	21	27	1.98
24837335--24837418	19	4.4	18	77	14	80	39	8	17	34	1.80
24837337--24837411	19	3.8	19	87	6	114	38	9	16	36	1.80
24837338--24837400	21	3.1	21	90	4	103	39	9	14	36	1.78
24837390--24837434	23	2.0	22	86	4	63	40	2	17	40	1.62
24837400--24837444	23	2.0	23	82	4	56	35	2	15	46	1.58
24837615--24837653	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
24838065--24838114	21	2.4	20	80	9	55	22	0	4	74	0.99
24842194--24842233	16	2.6	15	88	7	62	27	15	10	47	1.77
24844498--24844537	9	4.4	9	93	0	71	25	12	22	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24844589--24844624	9	4.0	9	85	0	54	47	13	8	30	1.73
24844663--24844702	21	1.9	21	85	10	55	25	30	0	45	1.54
24850300--24850509	40	5.3	40	89	0	287	24	20	29	24	1.99
24850312--24850544	80	2.9	80	83	2	220	26	20	29	24	1.99
24858241--24858448	79	2.6	80	84	2	278	25	21	29	24	1.99
24858241--24858448	40	5.3	40	89	1	278	25	21	29	24	1.99
24860355--24860497	49	2.9	50	83	3	182	21	30	21	26	1.99
24862833--24862863	15	2.0	16	93	6	55	45	3	0	51	1.17
24874586--24874714	39	3.7	34	74	20	92	27	19	29	24	1.98
24882518--24882727	40	5.3	40	90	0	296	24	21	29	24	1.99
24882530--24882762	80	2.9	80	84	2	229	26	20	29	23	1.99
24884639--24884782	50	2.9	50	83	1	191	21	29	22	26	1.99
24887257--24887287	15	2.0	16	93	6	55	45	3	0	51	1.17
24894920--24894967	18	2.6	18	80	6	51	47	2	4	45	1.33
24894982--24895029	22	2.3	21	85	7	62	29	2	8	60	1.37
24904962--24905039	24	3.2	24	66	20	72	39	5	38	16	1.71
24912276--24912408	43	3.1	43	78	2	151	48	16	15	19	1.82
24922624--24923369	371	2.0	371	98	0	1438	32	10	15	41	1.82
24937419--24937467	21	2.3	21	86	6	64	57	16	18	8	1.63
24940489--24940746	43	6.2	42	75	9	176	36	19	18	25	1.95
24940535--24940657	46	2.7	45	80	6	124	40	14	17	27	1.88
24940646--24940746	37	2.6	40	85	7	145	35	20	17	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24942965--24943134	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
24950840--24951009	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
24959101--24959176	26	2.9	26	86	3	91	36	22	23	17	1.94
24959309--24959555	27	9.1	27	83	6	295	17	21	20	41	1.90
24962167--24962204	18	2.1	18	100	0	76	50	39	0	10	1.37
24967280--24967362	9	9.2	9	81	5	96	28	9	20	40	1.84
24967280--24967355	27	2.8	27	89	0	116	28	10	19	40	1.85
24995720--24995754	15	2.3	15	100	0	70	22	14	11	51	1.74
25000557--25000639	27	3.0	27	79	8	96	43	20	12	24	1.85
25003315--25003351	20	1.9	18	89	10	56	54	8	2	35	1.44
25004189--25004236	22	2.2	22	81	3	62	58	4	2	35	1.29
25007108--25007166	24	2.4	26	78	13	72	59	1	1	37	1.18
25010627--25011292	328	2.0	327	95	0	1206	30	19	16	32	1.94
25014451--25014632	41	4.4	41	79	1	186	23	29	14	33	1.94
25014444--25014632	82	2.3	82	88	1	272	22	29	14	33	1.94
25015844--25015987	73	2.0	74	92	1	245	25	6	17	50	1.70
25016786--25016827	22	1.9	22	85	9	59	30	7	16	45	1.74
25018589--25018660	9	8.4	8	82	17	67	68	1	1	29	1.07
25018623--25018660	3	13.0	3	94	5	69	68	0	0	31	0.90
25019582--25019615	4	8.5	4	87	12	52	76	0	0	23	0.79
25020245--25020744	217	2.3	216	85	4	664	26	21	20	31	1.98
25020365--25020833	89	5.3	90	73	11	323	26	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25020365--25020841	44	10.9	44	78	8	332	26	21	20	31	1.98
25021724--25021777	26	2.1	26	92	0	90	57	16	12	12	1.65
25025705--25025730	12	2.2	12	100	0	52	76	0	15	7	0.99
25029415--25029443	14	2.1	14	93	6	51	48	10	6	34	1.64
25029571--25030054	241	2.0	241	97	0	923	22	24	13	39	1.90
25033390--25033449	9	7.0	8	79	20	52	68	1	1	28	1.09
25034378--25034415	9	4.3	9	81	18	53	76	0	0	23	0.79
25034380--25034426	22	2.1	22	84	7	60	74	4	2	19	1.09
25034772--25034817	24	2.0	23	86	4	65	10	2	15	71	1.23
25036000--25036043	16	2.8	15	80	10	52	27	0	25	47	1.52
25046392--25046569	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25046413--25046568	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25054448--25054625	27	6.6	27	81	3	169	30	28	14	26	1.95
25068204--25068241	19	2.0	20	89	5	60	60	15	15	7	1.57
25074290--25074346	24	2.4	24	93	0	96	33	28	15	22	1.95
25074239--25074409	87	2.0	87	90	0	270	32	26	18	22	1.97
25075441--25075477	11	3.4	11	85	14	58	16	2	54	27	1.56
25085221--25085249	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
25088837--25089138	27	11.2	27	86	0	361	42	22	16	18	1.89
25096032--25096720	342	2.0	342	95	0	1254	38	11	15	34	1.84
25104283--25104367	23	3.7	23	81	7	77	34	18	24	22	1.96
25109371--25109467	26	3.7	26	80	0	113	32	25	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25109287--25109499	107	2.0	108	83	2	268	30	24	15	28	1.96
25112948--25113011	23	2.6	25	87	9	96	1	40	17	40	1.59
25112903--25112985	30	2.7	30	76	10	87	2	39	15	42	1.60
25120397--25120460	30	2.1	30	85	2	83	43	15	6	34	1.72
25120412--25120471	30	2.0	30	90	0	93	43	18	6	31	1.76
25125746--25125789	18	2.4	18	88	0	61	4	59	0	36	1.18
25128451--25128645	98	2.0	98	95	0	354	37	22	10	29	1.87
25129008--25129099	45	2.1	44	87	2	130	35	5	27	31	1.79
25129257--25129291	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25129386--25129420	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
25129240--25129477	129	1.8	128	93	0	395	48	6	2	42	1.40
25129514--25129707	92	2.1	92	88	5	286	46	4	4	44	1.41
25133304--25133334	15	2.1	15	100	0	62	45	0	19	35	1.51
25138362--25138401	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
25138168--25138678	252	2.0	252	96	0	941	47	13	7	31	1.70
25140477--25140507	16	1.9	16	100	0	62	6	22	6	64	1.40
25143963--25144008	23	2.0	24	95	4	85	41	10	21	26	1.86
25159353--25159487	40	3.4	40	76	10	116	37	22	22	17	1.94
25159526--25159950	41	10.4	40	84	6	451	15	23	26	34	1.95
25159527--25159867	123	2.8	123	89	4	512	14	23	27	34	1.94
25161782--25161880	7	13.0	8	69	19	52	17	1	47	34	1.54
25164731--25164777	23	2.0	23	95	0	85	44	25	2	27	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25164726--25164778	16	3.3	16	82	15	65	43	24	1	30	1.65
25164764--25165095	31	10.4	33	67	18	152	45	11	1	41	1.51
25164764--25165273	65	8.0	64	72	18	309	43	12	1	41	1.53
25164886--25165089	22	9.8	22	65	25	88	47	11	1	39	1.51
25164911--25165091	9	19.8	9	68	20	58	48	11	2	38	1.51
25164917--25164976	17	3.3	17	67	24	50	50	8	0	41	1.33
25164901--25164978	38	2.1	38	100	0	156	50	7	0	42	1.31
25164949--25165394	9	51.3	9	66	20	114	44	15	2	38	1.58
25165128--25165290	34	4.6	35	69	15	118	41	14	1	42	1.54
25165078--25165304	84	2.8	81	82	13	288	41	15	1	40	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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