genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  59  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15991510--15991573	23	2.8	23	80	0	74	46	21	1	29	1.61
15991570--15991794	116	1.9	116	88	3	337	38	9	9	42	1.71
15994817--15995182	126	2.9	125	87	1	536	31	22	15	30	1.95
15994817--15995195	125	3.0	123	86	3	508	31	22	15	30	1.95
16006861--16006996	41	3.5	40	72	10	127	31	25	18	25	1.97
16008281--16008407	59	2.1	59	78	4	139	20	17	13	48	1.80
16008293--16008406	59	1.9	60	83	7	151	21	18	14	45	1.84
16008886--16008971	28	2.9	29	75	5	84	41	10	17	30	1.83
16010334--16010394	26	2.3	26	91	0	95	60	3	4	31	1.34
16010413--16010452	21	1.9	21	84	0	53	57	2	7	32	1.40
16010503--16010545	16	2.6	16	79	13	52	53	2	6	37	1.41
16011772--16011811	20	2.0	20	85	14	55	12	10	42	35	1.76
16015479--16015535	31	1.9	31	85	7	82	43	8	5	42	1.58
16015454--16015615	77	2.1	77	98	0	315	41	7	9	41	1.65
16015908--16016203	61	4.9	60	66	22	174	43	3	6	47	1.43
16016081--16016132	15	3.6	15	80	12	56	46	0	1	51	1.12
16015908--16016246	120	2.8	120	91	3	542	43	2	5	48	1.40
16015970--16016155	59	3.1	59	66	17	139	41	3	5	48	1.44
16016003--16016184	59	3.1	58	68	17	156	41	3	7	48	1.47
16016184--16016249	15	4.2	16	75	21	52	43	0	3	53	1.16
16016463--16016527	16	4.1	16	85	0	76	24	35	3	36	1.71
16020432--16020499	29	2.3	30	82	12	79	48	7	11	32	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16022109--16022157	23	2.1	23	88	7	73	71	6	0	22	1.08
16022437--16022509	26	3.0	24	71	26	71	30	5	0	64	1.16
16022440--16022546	50	2.1	52	86	6	148	30	4	2	61	1.30
16034626--16034656	13	2.5	13	94	5	55	35	0	19	45	1.51
16040443--16041253	44	18.6	44	69	13	311	27	22	19	30	1.98
16040443--16041341	217	4.1	217	93	0	1447	28	21	20	30	1.98
16040438--16041036	89	6.9	88	67	15	325	27	23	19	29	1.98
16042141--16042189	27	1.9	27	88	12	77	59	10	14	16	1.61
16058371--16058742	46	8.6	46	83	12	466	28	22	14	34	1.93
16058506--16058660	36	4.0	36	79	15	175	28	20	14	36	1.92
16058460--16058706	82	3.0	82	94	0	422	28	21	14	36	1.92
16058371--16058742	128	2.9	123	82	12	409	28	22	14	34	1.93
16061394--16061475	27	3.1	27	78	3	87	29	18	15	36	1.92
16062449--16062684	36	6.6	36	72	3	134	24	22	18	34	1.96
16062449--16062684	72	3.3	72	81	0	292	24	22	18	34	1.96
16068941--16069061	47	2.7	46	82	7	133	19	19	16	44	1.87
16071441--16071488	25	1.9	25	86	0	69	54	14	25	6	1.63
16072522--16072681	42	3.8	41	80	3	167	16	35	26	21	1.94
16073566--16073626	16	3.4	17	73	15	52	50	0	26	22	1.49
16074813--16074860	19	2.4	19	80	19	62	35	6	0	58	1.23
16074821--16074880	30	2.0	29	83	3	75	38	5	0	56	1.21
16074846--16074929	39	2.2	37	89	4	123	39	4	3	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16074846--16074905	17	3.2	17	70	20	57	41	6	1	50	1.39
16074849--16074912	19	3.3	19	70	12	67	40	6	1	51	1.36
16087766--16087796	15	2.1	15	93	0	53	77	6	3	12	1.08
16087770--16087866	23	4.2	23	78	11	92	80	4	7	8	1.01
16087799--16087893	29	3.2	28	76	8	73	76	5	10	7	1.13
16090067--16090168	44	2.3	44	81	3	125	31	18	23	26	1.98
16090307--16090625	88	3.6	88	83	4	394	26	25	25	23	2.00
16090307--16090625	175	1.8	176	86	3	464	26	25	25	23	2.00
16090791--16090878	44	2.0	45	82	10	110	25	21	30	22	1.99
16090900--16091270	99	3.7	100	85	1	505	33	22	20	23	1.97
16090900--16091266	50	7.4	50	73	1	281	32	22	20	23	1.98
16090900--16091266	199	1.8	198	92	0	617	32	22	20	23	1.98
16093411--16093761	126	2.8	125	87	3	494	29	15	20	34	1.93
16096792--16097029	116	2.1	116	94	0	413	42	9	9	37	1.71
16097026--16097140	23	4.8	23	74	17	108	27	0	24	46	1.58
16097081--16097126	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
16097057--16097263	51	3.8	52	81	14	204	26	0	28	44	1.55
16097105--16097263	29	5.4	29	88	4	239	26	0	29	44	1.55
16097036--16097257	29	8.3	26	76	17	117	27	0	27	45	1.54
16097278--16097390	25	4.7	25	68	18	96	42	13	0	43	1.49
16097278--16097434	70	2.3	69	93	1	260	43	13	0	42	1.48
16097287--16097397	35	3.2	35	64	19	95	45	13	0	40	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16098549--16098573	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
16099497--16099531	10	3.2	11	88	12	54	45	0	37	17	1.48
16104245--16104463	111	2.0	112	84	2	289	36	6	17	40	1.75
16107780--16107820	17	2.4	16	84	11	55	26	0	2	70	0.99
16109936--16109977	12	3.5	12	76	23	52	54	0	0	45	0.99
16109934--16109979	24	1.9	24	100	0	92	56	0	0	43	0.99
16109934--16109988	24	2.2	24	87	6	74	52	1	1	43	1.22
16112413--16112616	42	4.8	42	83	5	243	28	31	18	22	1.97
16112413--16112621	86	2.5	84	85	8	273	29	30	17	22	1.97
16112889--16112979	43	2.1	43	87	2	130	43	9	10	35	1.73
16116973--16116997	13	1.9	13	100	0	50	32	8	4	56	1.47
16117483--16117541	7	8.4	7	86	0	73	32	45	0	22	1.52
16117473--16117541	14	4.9	14	85	0	66	31	44	0	23	1.53
16118207--16118450	41	6.0	41	88	0	346	30	27	22	19	1.98
16118502--16118612	40	2.8	39	79	6	127	19	20	22	36	1.95
16119558--16119595	4	9.5	4	100	0	76	50	23	0	26	1.50
16119798--16119845	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
16136580--16136618	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
16136753--16136804	22	2.4	22	96	0	95	25	1	21	51	1.57
16137150--16137215	23	2.8	24	77	13	73	21	24	19	34	1.96
16137241--16137345	25	4.3	24	66	7	59	20	26	17	36	1.94
16148290--16148350	24	2.7	22	83	14	72	55	1	6	36	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16148233--16148350	59	2.0	59	82	9	143	53	4	7	34	1.49
16148361--16148425	24	2.8	23	76	4	76	61	3	4	30	1.31
16148308--16148422	23	4.9	24	72	10	94	57	3	7	31	1.44
16149247--16149294	22	2.2	21	78	10	51	33	16	6	43	1.73
16149919--16150039	51	2.4	51	90	2	181	30	28	18	22	1.97
16162018--16162266	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
16162017--16162266	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
16162361--16162392	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
16162604--16162661	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
16169611--16169859	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
16169610--16169859	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
16169954--16169985	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
16170197--16170254	30	1.9	30	85	0	80	32	24	1	41	1.65
16178398--16178442	22	2.1	22	84	8	58	62	8	0	28	1.25
16185330--16185436	23	5.0	21	78	10	101	37	20	20	21	1.95
16185369--16185436	23	2.9	24	91	6	113	38	17	19	25	1.93
16186486--16186521	16	2.2	16	90	0	54	0	36	0	63	0.94
16186743--16186791	24	2.0	25	84	11	66	53	2	0	44	1.12
16198588--16198636	18	2.7	18	96	0	89	34	0	0	65	0.93
16204992--16205036	19	2.3	19	84	3	63	42	4	4	48	1.43
16207072--16207363	50	5.7	50	85	3	336	27	22	27	22	1.99
16210892--16210916	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16216249--16216298	20	2.7	19	80	20	61	42	2	2	54	1.23
16216340--16216386	12	4.1	12	74	20	55	46	2	0	51	1.13
16216343--16216386	17	2.6	18	78	10	56	47	2	0	50	1.13
16219498--16219545	17	2.6	19	83	6	64	60	2	2	35	1.20
16219498--16219546	13	3.9	12	75	19	55	59	2	2	36	1.21
16219580--16219608	12	2.3	13	94	5	51	55	0	13	31	1.39
16227753--16227780	13	2.2	13	100	0	56	32	0	39	28	1.57
16234472--16234581	30	3.7	30	86	7	152	31	22	3	41	1.71
16234461--16234581	60	2.0	60	87	3	172	30	23	3	42	1.70
16235252--16235296	13	3.3	13	80	20	56	82	0	15	2	0.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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