genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  93  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25858573--25858725	81	1.9	81	83	5	202	41	21	7	29	1.80
25858710--25858993	27	10.6	27	86	2	365	34	19	21	25	1.96
25858710--25858986	81	3.4	81	89	1	405	33	18	21	25	1.96
25859413--25859500	6	14.3	6	73	17	74	19	18	14	47	1.82
25859413--25859491	31	2.5	31	91	0	122	18	18	13	48	1.81
25861938--25862110	49	3.6	48	76	5	152	28	20	27	23	1.99
25867584--25867716	49	2.7	49	85	4	178	27	24	20	27	1.99
25870431--25870531	29	3.5	29	82	1	123	26	16	28	27	1.97
25870431--25870540	57	1.9	57	84	1	148	27	16	29	27	1.97
25873777--25873837	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
25874572--25874755	67	2.8	64	76	8	185	28	17	30	23	1.97
25878338--25878446	29	3.9	28	84	3	121	27	14	30	27	1.95
25878341--25878455	57	2.0	56	83	5	142	26	14	31	26	1.95
25883946--25884030	42	2.0	42	84	8	111	29	27	16	27	1.97
25883991--25884266	48	5.8	47	86	1	363	29	26	17	26	1.97
25883991--25884266	143	1.9	144	89	2	430	29	26	17	26	1.97
25884246--25884328	37	2.2	37	82	0	103	26	25	19	28	1.98
25885245--25885288	20	2.2	20	91	0	70	15	29	29	25	1.96
25885251--25885297	20	2.4	19	82	10	58	12	25	31	29	1.93
25886823--25887018	43	4.6	43	77	5	191	30	27	16	26	1.97
25894801--25894866	33	2.0	33	96	0	123	40	15	7	36	1.75
25915633--25915671	20	1.9	21	89	5	62	79	2	7	10	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25916901--25916977	18	4.3	18	77	6	66	40	11	14	33	1.82
25919226--25919439	38	5.2	38	75	17	194	31	25	14	28	1.94
25919271--25919477	47	4.6	47	81	11	261	31	24	14	29	1.94
25919233--25919439	85	2.4	85	95	0	369	31	25	14	28	1.94
25919356--25919477	48	2.6	47	89	1	172	32	23	13	29	1.94
25922239--25922457	46	4.7	46	79	10	216	24	29	18	27	1.98
25930824--25930935	27	4.2	26	84	7	134	38	23	23	15	1.92
25935400--25935589	47	4.0	47	88	0	263	35	12	27	25	1.91
25935593--25935740	48	3.1	48	99	0	287	36	6	25	31	1.81
25935890--25935998	37	2.9	37	94	0	182	22	19	32	26	1.97
25942475--25942699	47	4.8	47	93	0	369	28	31	8	32	1.86
25945332--25945373	20	2.1	20	100	0	84	19	26	30	23	1.98
25946759--25947088	40	8.2	40	90	2	475	26	26	20	26	1.99
25948487--25948615	47	2.7	47	89	0	186	27	31	8	31	1.87
25952616--25952726	27	4.1	27	79	8	120	38	20	24	16	1.92
25952616--25952726	53	2.1	53	84	5	143	38	20	24	16	1.92
25957002--25957169	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
25957002--25957221	80	2.8	78	80	8	239	27	27	20	24	1.99
25957039--25957169	40	3.3	40	89	2	201	28	27	20	23	1.99
25964751--25964918	40	4.2	40	80	9	121	27	27	20	24	1.99
25964788--25964971	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
25964786--25964971	80	2.3	79	83	9	218	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25968803--25968965	46	3.5	46	80	5	177	32	22	17	27	1.96
25971986--25972055	25	2.8	25	77	0	77	27	21	21	30	1.98
25972144--25972290	40	3.7	38	81	4	159	44	4	16	34	1.69
25972143--25972290	80	1.9	80	87	5	219	44	4	16	34	1.68
25972931--25972964	14	2.4	14	90	0	50	20	2	32	44	1.67
25979103--25979133	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
25979435--25979480	21	2.2	21	96	0	83	17	30	13	39	1.87
25990375--25990442	8	8.5	8	75	12	59	16	0	29	54	1.42
25990356--25990430	31	2.4	31	84	6	107	18	0	25	56	1.42
25990381--25990459	39	2.0	41	82	5	99	17	0	27	54	1.43
25992376--25992420	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
25994655--25994708	17	3.2	17	69	27	51	24	5	11	59	1.53
25995612--25995702	33	2.8	32	77	12	103	45	8	8	37	1.67
26002548--26002587	15	2.6	17	77	22	52	52	0	2	45	1.14
26002845--26002885	15	2.9	14	85	14	57	51	7	0	41	1.30
26002845--26002882	14	2.6	14	88	12	51	52	5	0	42	1.24
26005804--26005850	18	2.6	18	83	12	53	27	21	19	31	1.97
26010091--26010145	20	2.7	19	81	13	56	45	1	7	45	1.41
26026472--26026496	10	2.5	10	100	0	50	16	12	16	56	1.68
26026761--26026802	22	1.9	22	85	0	57	23	33	14	28	1.94
26030774--26030834	12	4.9	12	78	13	52	62	0	4	32	1.17
26030776--26030826	26	2.0	26	84	0	66	62	0	5	31	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26030856--26030896	14	2.9	14	88	3	64	58	0	0	41	0.98
26055703--26055887	43	4.3	43	83	0	174	28	23	17	30	1.97
26055703--26055886	86	2.2	85	84	3	235	28	23	17	30	1.97
26060241--26060283	19	2.3	19	84	8	52	46	16	16	20	1.84
26060601--26060627	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
26060662--26060718	16	3.7	16	69	6	55	36	1	5	56	1.32
26060652--26060727	31	2.4	31	91	2	116	40	1	3	53	1.27
26060679--26060727	16	3.1	16	73	26	59	38	2	2	57	1.22
26069150--26069206	3	19.0	3	85	0	69	28	36	1	33	1.68
26070607--26070690	39	2.2	39	97	2	161	52	2	20	25	1.58
26075842--26075867	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
26075612--26076059	193	2.3	193	85	7	592	42	15	17	24	1.88
26078730--26078782	24	2.2	24	89	0	79	37	5	1	54	1.35
26091244--26091275	14	2.3	14	100	0	64	37	6	12	43	1.68
26092004--26092188	51	3.7	50	75	6	185	30	28	17	23	1.97
26092002--26092186	101	1.8	101	87	3	273	31	27	17	23	1.97
26094901--26095014	42	2.6	42	80	9	113	29	26	14	29	1.95
26097719--26097903	51	3.7	50	76	6	185	29	27	19	24	1.98
26100415--26100689	131	2.1	132	87	2	401	29	21	23	25	1.99
26102406--26102498	24	3.9	24	80	8	100	33	6	3	56	1.41
26102639--26102674	18	1.9	19	88	5	56	41	8	2	47	1.48
26104550--26104580	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26119336--26119380	14	3.2	14	87	0	63	64	2	28	4	1.25
26124360--26124656	50	5.8	50	78	7	251	22	27	20	28	1.99
26129257--26129430	50	3.5	50	84	0	240	21	29	21	28	1.98
26136924--26136982	30	2.0	30	83	6	75	28	25	5	40	1.77
26143167--26143401	50	4.6	50	80	8	235	23	28	21	26	1.99
26147505--26147713	42	5.0	42	88	3	269	34	21	19	24	1.96
26147518--26147756	85	2.8	85	84	4	288	32	23	19	25	1.97
26148161--26148229	21	3.3	21	91	0	111	4	39	18	37	1.71
26152689--26153034	9	39.8	9	70	16	248	33	1	20	45	1.59
26152678--26153030	34	10.2	35	71	16	213	33	1	20	45	1.58
26152716--26153023	88	3.5	88	83	8	362	33	1	20	45	1.60
26152678--26153034	25	13.7	25	73	12	242	33	1	20	45	1.58
26154800--26154831	6	5.3	6	96	0	55	21	15	46	15	1.83
26156172--26156213	7	6.0	7	85	0	57	45	42	0	11	1.41
26156175--26156219	14	3.2	14	80	0	54	51	40	0	8	1.33
26156174--26156213	21	1.9	21	94	0	71	47	40	0	12	1.41
26156365--26156476	49	2.3	47	77	13	118	51	26	1	19	1.57
26156483--26156517	17	2.1	17	89	5	54	60	8	0	31	1.27
26156537--26157327	114	6.9	114	86	0	904	25	23	17	32	1.97
26158387--26158415	10	3.0	10	95	5	51	10	0	6	82	0.83
26159004--26159034	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
26163355--26163385	15	2.1	15	93	0	53	22	35	6	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26164240--26164283	14	3.1	14	83	0	52	11	2	6	79	1.01
26164240--26164303	31	2.2	28	83	8	74	12	3	7	76	1.11
26167674--26167719	22	2.1	22	84	8	58	47	6	17	28	1.72
26167400--26167954	277	2.0	279	95	1	1006	35	19	9	36	1.84
26172081--26172342	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
26177695--26177884	50	3.8	50	86	0	272	22	30	22	25	1.99
26177696--26177877	100	1.8	101	91	1	303	21	30	21	26	1.98
26180852--26180883	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
26181111--26181301	51	3.8	51	78	10	221	30	28	16	24	1.96
26181104--26181293	102	1.9	102	87	5	278	31	27	16	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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