genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6621900--6622693	394	2.0	394	99	0	1579	37	15	14	32	1.88
6631471--6631533	28	2.2	29	88	5	92	69	0	1	28	0.97
6636775--6636814	21	1.9	21	84	0	53	37	2	7	52	1.43
6638899--6638933	18	1.9	18	88	0	52	71	2	2	22	1.13
6639013--6639089	10	7.7	10	75	16	70	66	0	33	0	0.92
6639007--6639096	20	4.5	20	90	0	144	64	0	35	0	0.94
6639525--6639794	130	2.1	131	92	2	445	52	7	10	29	1.63
6639657--6640104	155	2.9	154	87	4	661	52	6	9	31	1.60
6645381--6645427	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
6645758--6645794	3	12.3	3	94	0	65	0	37	0	62	0.96
6647665--6647745	42	1.9	42	82	0	99	22	34	19	23	1.96
6651339--6651363	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6659060--6659109	25	2.0	25	100	0	100	36	16	16	32	1.90
6659514--6659576	31	2.1	31	90	3	101	25	3	12	58	1.49
6660192--6660250	27	2.2	27	87	6	84	37	28	6	27	1.82
6660167--6660289	34	3.6	33	76	13	108	39	26	4	29	1.77
6661357--6661391	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
6661520--6661549	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
6663617--6663644	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
6666107--6666147	18	2.3	18	82	0	55	46	2	2	48	1.28
6666441--6666490	21	2.4	21	86	0	64	52	10	32	6	1.59
6666412--6666485	33	2.2	33	80	4	78	45	12	31	10	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6666438--6666481	15	2.9	15	86	0	61	52	9	34	4	1.54
6668858--6668912	28	2.0	28	96	0	101	25	10	30	32	1.90
6681062--6681094	12	2.7	13	86	13	52	72	0	18	9	1.10
6684933--6684964	12	2.7	12	100	0	64	68	0	6	25	1.12
6706325--6706372	25	1.9	25	83	8	62	47	2	27	22	1.62
6709058--6709114	25	2.3	24	82	11	62	36	1	1	59	1.18
6712318--6713123	402	2.0	400	92	0	1344	30	19	23	27	1.98
6714962--6714994	17	1.9	17	88	11	50	36	18	3	42	1.66
6720215--6720250	18	1.9	19	88	5	56	0	16	5	77	0.94
6738170--6738252	31	2.7	31	86	0	103	39	9	14	36	1.79
6739004--6739160	37	4.0	37	81	14	190	25	21	15	36	1.93
6739077--6739293	46	4.6	46	85	6	263	29	21	13	35	1.92
6748269--6748395	63	2.0	64	92	1	211	33	25	14	26	1.95
6750422--6750467	13	3.5	13	80	16	51	21	0	2	76	0.90
6750416--6750467	18	2.8	19	80	13	65	23	1	1	73	1.04
6752973--6753003	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
6756775--6756826	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
6762548--6762576	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
6763168--6763470	106	2.8	105	87	3	408	28	16	20	35	1.94
6775142--6775737	46	13.6	45	74	10	452	27	22	23	27	1.99
6775138--6775513	130	2.9	130	97	0	698	26	22	23	27	1.99
6775184--6775737	174	3.2	173	82	4	618	28	22	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6777262--6777290	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
6777891--6778193	106	2.8	106	88	1	426	27	16	20	35	1.94
6778992--6779067	23	3.3	23	94	0	134	25	21	25	28	1.99
6783321--6783359	19	2.1	18	85	9	51	5	25	2	66	1.25
6786066--6786113	22	2.2	22	88	0	69	31	31	10	27	1.90
6786407--6786458	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
6793982--6794019	17	2.2	18	86	13	53	65	2	2	28	1.19
6809847--6809883	14	2.4	16	91	8	60	70	0	2	27	1.01
6809867--6809903	19	1.9	20	88	5	58	67	0	2	29	1.04
6809852--6809893	14	2.9	15	77	22	54	69	0	4	26	1.08
6811818--6811842	8	3.1	8	100	0	50	12	52	12	24	1.72
6822594--6822633	21	1.9	21	94	0	71	17	0	2	80	0.83
6822621--6822683	3	21.3	3	74	9	58	31	1	3	63	1.19
6822713--6822760	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
6823019--6823072	27	2.0	28	85	3	74	37	11	5	46	1.63
6835348--6836257	44	20.8	44	73	9	520	30	20	22	26	1.98
6835391--6836080	177	3.9	176	88	2	874	30	20	22	26	1.98
6835872--6836308	219	2.0	219	94	0	775	30	18	22	28	1.98
6836320--6836428	46	2.4	46	81	3	130	22	21	23	32	1.98
6836502--6836614	41	2.8	40	93	2	190	29	23	21	26	1.99
6836990--6837014	8	3.1	8	100	0	50	12	52	12	24	1.72
6837505--6837542	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6838008--6838078	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
6838020--6838081	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
6838015--6838089	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45
6838108--6838155	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
6840764--6840811	25	1.9	25	82	0	60	68	4	8	18	1.31
6841344--6841380	19	1.9	19	88	0	56	35	2	0	62	1.10
6843943--6843975	17	1.9	17	100	0	66	60	0	27	12	1.32
6856003--6856078	6	12.7	6	77	13	50	18	1	6	73	1.11
6859407--6859432	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
6859863--6859924	30	2.1	30	100	0	124	51	25	3	19	1.62
6860309--6860354	22	2.1	22	91	0	74	50	8	4	36	1.53
6866620--6866667	24	2.0	24	88	8	71	27	0	2	70	0.98
6884124--6884200	41	1.9	40	83	2	100	49	25	0	24	1.51
6885072--6885151	29	2.8	28	87	12	101	61	1	1	36	1.12
6885387--6885439	26	2.0	28	85	7	74	39	0	1	58	1.09
6885478--6885657	88	2.0	88	89	2	272	34	7	19	38	1.81
6885488--6885705	88	2.5	87	81	5	253	30	8	18	42	1.80
6885800--6885838	19	2.0	20	85	14	55	53	2	5	38	1.37
6887279--6887359	36	2.2	36	91	0	126	33	6	7	53	1.54
6893986--6894020	4	8.8	4	93	0	61	48	22	0	28	1.51
6907994--6908018	13	1.9	13	100	0	50	60	8	8	24	1.52
6908188--6908253	33	2.0	33	84	0	87	46	24	18	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6908525--6908574	24	2.1	24	100	0	100	34	38	8	20	1.82
6909984--6910013	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
6910646--6910682	19	1.9	19	88	0	56	62	0	8	29	1.24
6911026--6911090	27	2.4	28	92	2	105	40	10	0	49	1.38
6911130--6911197	27	2.5	27	87	0	91	30	22	30	16	1.95
6911139--6911200	27	2.3	27	91	0	97	29	19	35	16	1.93
6912379--6912505	28	4.5	28	89	0	182	30	11	26	30	1.92
6912687--6912725	17	2.3	17	95	0	69	33	10	7	48	1.66
6913275--6913631	23	15.2	22	71	17	206	27	12	17	42	1.85
6913260--6913641	93	4.1	93	92	2	604	27	12	17	42	1.85
6914101--6914188	18	4.7	19	80	4	99	37	11	0	51	1.38
6914093--6914188	37	2.6	37	96	0	183	38	10	0	51	1.37
6914280--6914380	18	5.5	18	81	4	130	39	11	0	47	1.47
6914264--6914394	37	3.5	37	95	0	226	36	10	1	51	1.46
6914448--6914511	18	3.5	18	81	12	85	48	0	10	40	1.38
6914434--6914527	37	2.5	37	98	0	179	51	0	11	37	1.39
6914434--6914527	19	5.1	19	79	10	122	51	0	11	37	1.39
6915078--6915136	27	2.2	27	87	0	82	15	28	25	30	1.96
6915186--6915245	25	2.3	27	91	8	97	50	0	8	41	1.33
6917133--6917269	43	3.2	43	84	2	168	20	31	28	19	1.97
6922588--6922648	31	2.0	31	90	0	95	27	14	21	36	1.93
6944239--6944278	21	1.9	21	90	10	64	22	60	0	17	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6947513--6947585	24	3.0	24	85	0	110	13	46	4	35	1.63
6948386--6948410	8	3.1	8	100	0	50	0	16	24	60	1.36
6950559--6950625	34	1.9	35	84	3	91	43	13	10	32	1.78
6955821--6955850	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
6958050--6958101	22	2.3	23	80	12	63	53	1	0	44	1.11
6962439--6962492	16	3.4	16	86	0	63	31	0	31	37	1.58
6962471--6962565	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
6962727--6962761	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6962685--6962757	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
6962874--6962908	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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