genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5708454--5708487	9	3.7	9	88	7	50	32	8	2	55	1.45
5708584--5708768	95	1.9	95	81	4	221	41	28	1	28	1.66
5708898--5708936	7	5.6	7	90	0	51	38	46	0	15	1.46
5708973--5709006	15	2.3	15	90	5	52	35	29	0	35	1.58
5709316--5709574	114	2.3	113	79	10	262	28	23	15	32	1.95
5709489--5709626	74	1.9	75	86	3	199	29	22	17	30	1.97
5709359--5709700	187	1.8	187	91	0	567	30	21	16	31	1.95
5709754--5710133	188	2.0	188	89	2	575	28	20	17	32	1.96
5709337--5710307	396	2.4	397	89	4	1457	28	20	16	33	1.95
5709943--5710291	113	3.1	113	76	9	386	28	20	17	34	1.95
5713413--5713486	6	12.7	6	83	9	57	70	8	6	14	1.32
5713456--5713495	13	2.9	14	81	7	55	80	10	0	10	0.92
5713458--5713495	20	1.9	20	88	0	58	78	10	0	10	0.95
5713457--5713495	7	5.7	7	84	6	53	79	10	0	10	0.94
5714469--5714510	7	6.3	7	83	10	61	71	0	16	11	1.14
5714470--5714510	13	3.2	13	89	0	64	70	0	17	12	1.16
5714469--5714510	20	2.1	20	86	8	59	71	0	16	11	1.14
5715787--5716068	87	3.3	85	72	9	300	30	18	22	28	1.97
5715721--5716109	87	4.5	86	70	10	290	30	18	21	28	1.97
5715721--5716726	174	5.8	174	75	10	725	30	18	22	28	1.97
5715825--5716109	41	6.6	43	68	9	132	29	18	21	29	1.97
5716042--5716645	44	13.9	44	69	12	221	29	18	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5716086--5716322	87	2.8	84	75	6	217	29	21	20	28	1.98
5715740--5716544	129	6.2	127	75	9	610	29	18	22	29	1.98
5715960--5716723	44	17.6	44	67	9	170	30	18	22	29	1.97
5716730--5716961	40	5.7	40	74	11	227	32	21	19	26	1.97
5716727--5717446	44	16.8	44	75	6	508	31	20	22	25	1.98
5716893--5717402	219	2.3	219	85	2	690	30	19	23	26	1.98
5717067--5717445	131	2.9	131	88	0	533	29	19	24	25	1.99
5722672--5722711	20	2.0	20	95	0	71	45	12	10	32	1.75
5723198--5723283	43	2.0	43	84	8	113	25	6	53	13	1.65
5729505--5729539	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
5730410--5730435	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
5736982--5737015	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
5754019--5754043	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
5754223--5754276	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
5754223--5754299	38	1.9	40	87	10	113	37	7	15	38	1.77
5754762--5754796	17	2.1	17	88	0	52	37	8	0	54	1.31
5754958--5755015	31	1.9	31	89	3	91	34	3	5	56	1.38
5756378--5756403	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
5759326--5759365	9	4.6	9	93	3	64	22	7	0	70	1.12
5763873--5763900	7	4.0	7	100	0	56	14	42	0	42	1.45
5776748--5776794	23	2.1	23	84	11	62	25	12	0	61	1.31
5782003--5782043	22	1.9	21	85	5	55	60	12	7	19	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5784170--5784246	34	2.3	34	97	0	145	77	9	2	10	1.07
5788306--5788369	19	3.3	20	85	6	62	26	21	0	51	1.48
5790598--5790624	13	2.1	13	100	0	54	48	0	14	37	1.45
5791745--5791787	20	2.2	20	86	0	59	25	16	9	48	1.75
5794809--5794959	72	2.1	73	94	1	268	35	15	19	28	1.93
5796800--5796856	24	2.4	25	82	14	75	47	8	36	7	1.62
5800328--5800376	20	2.4	20	80	10	55	53	2	14	30	1.52
5800652--5800706	12	4.6	12	82	8	58	60	0	3	36	1.15
5800650--5800706	25	2.2	27	81	6	64	59	0	3	36	1.14
5800785--5800813	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
5804394--5804489	48	2.0	48	95	0	174	43	16	4	35	1.67
5805400--5805450	5	10.2	5	89	6	77	58	1	0	39	1.09
5809133--5809172	20	2.0	20	100	0	80	10	45	5	40	1.60
5810826--5810858	17	1.9	17	93	0	57	36	3	9	51	1.49
5810867--5810905	16	2.5	16	83	4	53	46	0	7	46	1.31
5810837--5810986	61	2.5	61	80	4	178	41	4	8	46	1.52
5811205--5811250	7	6.6	7	78	16	51	60	10	0	28	1.30
5811205--5811250	15	3.3	15	82	11	62	60	10	0	28	1.30
5811246--5811303	21	2.8	20	80	15	73	43	13	3	39	1.61
5811130--5811392	95	2.8	94	88	4	363	46	14	3	34	1.62
5811308--5811344	15	2.7	14	84	15	51	56	13	0	29	1.37
5811308--5811345	7	5.6	7	82	17	53	57	13	0	28	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5811288--5811358	27	2.7	27	70	10	65	49	12	1	36	1.50
5811341--5811392	22	2.4	21	87	3	68	40	19	1	38	1.63
5811463--5811652	9	22.2	9	67	16	100	44	19	1	34	1.60
5811603--5811659	16	3.4	16	83	13	71	45	19	1	33	1.61
5819095--5819140	24	1.9	24	86	8	67	41	10	10	36	1.75
5840172--5840214	8	5.2	8	83	10	52	76	2	0	20	0.89
5840154--5840214	17	3.6	17	77	14	56	73	3	0	22	0.97
5844193--5844250	29	2.0	29	93	0	98	39	5	12	43	1.64
5844405--5844463	29	2.0	29	83	0	73	38	11	1	47	1.50
5845128--5845537	195	2.1	192	84	4	511	43	8	15	32	1.77
5855015--5855054	16	2.5	16	100	0	80	27	0	27	45	1.54
5855594--5855762	92	1.9	89	87	7	250	33	4	3	59	1.34
5863100--5863222	40	3.0	40	86	2	174	28	24	24	22	2.00
5864016--5864267	92	2.7	92	90	2	371	39	19	1	40	1.59
5875429--5875484	26	2.3	24	82	11	69	37	0	10	51	1.37
5876711--5876744	17	2.0	17	88	11	52	32	2	0	64	1.08
5880426--5880879	226	2.0	225	92	0	746	29	24	20	26	1.99
5881915--5882063	50	2.8	54	86	7	207	24	21	29	24	1.99
5884479--5884554	5	15.0	5	81	13	93	40	0	2	56	1.13
5885613--5885717	25	4.3	25	75	3	99	17	20	20	40	1.91
5891473--5891497	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
5896879--5896924	23	2.0	23	91	0	74	41	6	19	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5896879--5896946	20	3.2	20	83	6	73	39	5	19	35	1.76
5901250--5901282	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
5901803--5901841	19	2.1	19	90	0	60	56	15	5	23	1.59
5909849--5909905	21	2.8	20	82	12	71	56	12	5	26	1.57
5909856--5909896	21	1.9	21	95	5	73	56	9	4	29	1.53
5910092--5910119	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
5914532--5914590	13	4.4	13	70	21	50	55	1	0	42	1.09
5919812--5919844	5	6.6	5	96	0	57	21	0	42	36	1.53
5921645--5921796	50	3.1	50	81	1	191	29	22	12	35	1.91
5925915--5925958	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
5926003--5926096	45	2.1	45	93	0	161	32	24	17	25	1.96
5927687--5927738	23	2.3	23	89	0	77	34	25	19	21	1.96
5927965--5928003	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
5930562--5930638	30	2.6	30	97	0	145	44	15	0	40	1.47
5930562--5930656	30	3.1	30	89	3	100	51	12	0	35	1.40
5931207--5931243	19	1.9	19	94	0	65	51	0	8	40	1.32
5968608--5968754	37	4.0	37	92	1	235	25	22	15	36	1.93
5968717--5968937	46	4.6	46	81	12	264	28	22	14	34	1.93
5968717--5968931	52	4.2	52	83	9	275	27	22	14	35	1.93
5968716--5968937	98	2.3	96	92	1	372	27	22	14	34	1.93
5984704--5984735	16	2.0	16	93	0	55	53	0	18	28	1.45
5986360--5986384	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5993098--5993162	20	3.1	20	79	16	69	47	0	3	49	1.17
5993093--5993162	21	3.3	21	77	18	65	47	0	4	48	1.21
5993065--5993145	33	2.6	31	76	16	80	50	0	1	48	1.08
5996817--5996890	38	1.9	38	91	0	121	17	13	24	44	1.85
5997891--5997933	22	2.0	22	86	9	61	60	11	9	18	1.57
5997896--5997943	22	2.2	22	81	7	53	64	12	8	14	1.49
6005476--6005505	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
6016765--6016789	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
6017037--6017294	126	2.0	128	87	8	375	40	19	8	30	1.82
6021403--6021467	24	2.6	24	78	11	69	64	3	0	32	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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