genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  54  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14562259--14562661	44	9.2	44	62	7	154	21	23	28	27	1.99
14563992--14564024	14	2.3	15	89	5	50	27	36	12	24	1.91
14564846--14564906	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
14568856--14568882	10	2.7	10	100	0	54	59	0	0	40	0.98
14569013--14569147	65	2.1	65	100	0	270	61	1	10	26	1.37
14569233--14569265	16	2.1	15	94	5	57	69	0	0	30	0.88
14569241--14569265	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
14569743--14569796	19	2.8	19	88	0	81	37	16	7	38	1.77
14569720--14569796	38	1.9	40	87	10	113	38	16	5	38	1.71
14570684--14571055	185	2.0	185	98	0	726	39	18	12	30	1.87
14574414--14574443	16	1.9	15	93	6	51	60	13	3	23	1.48
14575142--14575187	23	2.0	23	100	0	92	39	13	8	39	1.75
14585911--14585979	30	2.3	30	92	0	111	34	26	0	39	1.57
14590957--14591202	125	2.0	122	85	7	336	30	15	16	37	1.90
14591281--14591414	67	2.0	69	86	4	191	44	13	1	41	1.53
14591284--14591391	33	3.2	33	85	2	153	46	13	0	39	1.44
14591441--14591521	42	1.9	42	92	5	137	48	24	0	27	1.52
14593927--14593985	24	2.6	23	81	5	66	38	5	5	50	1.46
14594217--14594241	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
14594400--14594722	109	3.0	109	87	2	463	30	16	18	34	1.93
14598515--14598612	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
14598522--14598610	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14605135--14605232	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
14605142--14605230	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
14611756--14611853	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
14611763--14611851	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
14615115--14615180	13	4.9	13	77	18	57	80	0	18	1	0.79
14615116--14615181	17	3.7	17	83	6	69	80	0	18	1	0.79
14615115--14615177	23	2.6	25	85	14	87	79	0	19	1	0.82
14615136--14615182	18	2.7	18	84	12	62	80	0	14	4	0.85
14615113--14615174	7	8.6	7	74	11	54	80	0	17	1	0.79
14616553--14616765	44	4.8	44	70	15	143	30	20	23	25	1.98
14616421--14616782	132	2.8	132	91	1	557	30	20	22	26	1.99
14616771--14617381	50	12.3	50	69	1	337	30	22	21	25	1.99
14616771--14617383	100	6.2	100	87	2	813	30	22	21	25	1.99
14619544--14619970	109	3.9	109	90	0	644	30	16	18	33	1.93
14640432--14640464	16	2.1	16	100	0	66	15	24	30	30	1.95
14656027--14656150	64	1.9	64	80	3	142	33	20	20	25	1.97
14658449--14658480	12	2.7	12	100	0	64	6	37	0	56	1.25
14674919--14675048	64	2.0	64	80	0	143	33	20	20	26	1.97
14680921--14680961	17	2.4	18	84	15	52	39	0	0	60	0.96
14685205--14685237	17	2.0	17	88	5	50	54	30	0	15	1.41
14685917--14686032	35	3.2	36	79	9	137	35	22	20	21	1.96
14689115--14689155	19	2.2	19	86	0	55	36	2	4	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14692285--14692310	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
14692699--14692848	80	1.9	79	85	1	210	31	8	20	40	1.81
14693716--14693750	18	1.9	18	88	0	52	85	0	11	2	0.69
14695099--14695132	16	2.1	16	88	0	50	50	20	0	29	1.49
14702289--14702319	4	7.5	4	96	3	53	25	3	45	25	1.69
14709004--14709048	24	1.9	23	86	4	63	60	8	13	17	1.58
14709665--14709696	13	2.5	13	100	0	64	46	0	0	53	1.00
14712795--14712828	16	2.1	16	94	0	59	47	17	2	32	1.63
14721268--14721396	43	3.0	43	81	8	163	30	30	18	20	1.97
14724260--14725024	92	8.3	92	93	0	1244	33	7	15	43	1.75
14724325--14725020	31	22.7	31	72	7	222	33	7	16	42	1.75
14725167--14725283	43	2.8	41	84	2	144	28	18	29	23	1.98
14727623--14727659	15	2.5	15	100	0	74	5	13	13	67	1.39
14731617--14731715	23	4.3	23	85	0	135	28	25	21	25	1.99
14731617--14731714	46	2.1	46	90	0	151	28	25	21	24	1.99
14735583--14735629	24	2.0	24	83	8	60	17	34	0	48	1.47
14738311--14738344	11	2.8	13	91	8	54	44	11	8	35	1.72
14739547--14739890	102	3.4	101	85	3	424	28	15	25	30	1.96
14739547--14739884	51	6.7	50	79	6	322	28	15	25	30	1.96
14741709--14741744	18	2.0	18	88	0	54	30	0	19	50	1.48
14742120--14742153	16	2.1	16	88	0	50	52	14	2	29	1.56
14744136--14744258	41	2.9	42	79	7	122	25	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14748499--14748538	19	2.0	20	85	4	55	52	0	0	47	1.00
14749557--14749606	20	2.5	20	84	12	59	42	6	4	48	1.46
14749593--14749649	28	1.9	31	86	10	84	36	0	5	57	1.21
14753054--14753098	23	2.0	23	86	0	63	33	17	2	46	1.61
14756781--14756811	13	2.4	13	100	0	62	25	16	0	58	1.38
14761664--14761754	45	2.0	45	84	0	119	19	14	6	59	1.57
14761968--14762303	126	2.7	126	92	4	527	38	15	12	34	1.84
14763884--14763950	20	3.5	20	73	21	63	25	20	8	44	1.80
14765724--14765773	7	7.3	7	79	4	57	84	4	10	2	0.84
14765724--14765765	20	2.2	20	95	4	77	85	4	9	0	0.72
14766112--14766307	108	1.8	108	87	2	295	24	18	11	45	1.82
14766731--14767134	88	4.6	88	90	2	553	29	24	22	24	1.99
14766731--14767101	44	8.5	44	64	12	163	29	24	21	23	1.99
14766731--14767134	174	2.3	174	87	1	558	29	24	22	24	1.99
14766915--14767136	44	5.1	43	65	20	136	29	24	21	24	1.99
14767134--14768462	84	15.8	84	90	4	1788	34	23	20	22	1.97
14767134--14768462	338	3.9	336	88	5	1788	34	23	20	22	1.97
14768067--14768334	86	3.1	85	92	3	432	33	23	19	22	1.97
14768315--14768419	44	2.5	42	80	8	117	31	22	15	30	1.95
14768260--14768497	128	1.8	128	87	2	350	34	22	19	23	1.96
14768260--14768526	128	2.1	130	84	2	349	33	22	20	23	1.97
14770095--14770185	45	2.0	45	84	0	119	19	14	6	59	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14770398--14770733	126	2.7	126	91	4	527	38	15	12	34	1.84
14772103--14772157	23	2.3	23	87	9	76	45	1	3	49	1.30
14773502--14773548	23	2.0	23	88	8	69	65	6	0	27	1.16
14773608--14773673	27	2.4	27	100	0	132	21	27	39	12	1.88
14773927--14774290	149	2.5	139	79	13	423	51	7	11	29	1.66
14773817--14774290	152	3.2	148	86	7	641	50	8	11	29	1.67
14780981--14781010	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
14791577--14791612	15	2.4	15	100	0	72	44	0	19	36	1.51
14791775--14791822	21	2.3	21	75	7	53	58	0	10	31	1.32
14801473--14801630	83	1.9	83	86	0	226	34	20	20	24	1.97
14801591--14801811	27	8.3	27	79	3	205	42	22	15	20	1.89
14801613--14801811	54	3.7	53	81	1	227	42	21	16	20	1.89
14801591--14801797	107	1.9	107	85	3	283	42	23	14	19	1.88
14802018--14802098	26	3.1	26	83	3	101	20	23	23	32	1.98
14802173--14802287	28	4.0	27	76	15	122	22	23	26	26	2.00
14802190--14802310	33	3.8	33	76	10	135	23	23	27	26	2.00
14802176--14802321	61	2.4	61	97	0	274	22	23	28	25	2.00
14805837--14805885	25	2.0	25	84	8	64	28	20	22	28	1.98
14816235--14816283	20	2.2	24	80	20	63	69	6	2	22	1.21
14821055--14821102	11	4.4	11	75	0	51	64	10	4	20	1.41
14821018--14821080	31	2.0	32	84	12	85	60	11	3	25	1.45
14821055--14821115	22	2.8	22	75	9	70	60	11	6	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14821523--14821573	25	2.0	25	81	7	59	47	11	23	17	1.81
14821838--14821888	25	2.1	23	85	7	66	62	1	5	29	1.29
14825811--14826340	22	22.4	23	70	14	236	44	18	12	24	1.85
14825811--14825914	46	2.2	47	81	8	122	43	18	14	24	1.87
14825885--14825942	28	2.1	28	93	0	98	41	22	13	22	1.89
14825831--14826317	69	6.8	71	73	14	254	44	19	12	23	1.85
14825920--14826361	47	9.4	47	94	0	706	44	19	12	23	1.84
14827348--14827446	28	3.6	27	81	11	112	28	28	12	31	1.92
14835578--14835636	21	2.8	20	80	14	57	54	3	1	40	1.27
14835618--14835675	11	5.4	11	78	17	68	60	0	3	36	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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