genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  115  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32980398--32980460	33	2.0	32	84	6	83	11	22	7	58	1.58
32981907--32982072	29	5.6	28	73	19	133	36	3	10	50	1.52
32981858--32982019	66	2.5	66	96	1	299	32	3	14	50	1.58
32981989--32982036	25	2.0	25	91	4	80	37	0	12	50	1.41
32985997--32986164	43	3.9	43	81	4	187	28	16	23	32	1.96
32986009--32986193	43	4.3	41	77	8	149	28	17	23	30	1.97
32998988--32999130	45	3.2	45	80	4	128	49	13	18	18	1.79
32999037--32999160	45	2.7	45	86	1	158	48	10	19	21	1.79
32999079--32999176	46	2.2	46	86	1	135	45	11	19	23	1.82
33005736--33006053	45	7.0	46	82	3	328	41	13	22	22	1.88
33005736--33006055	91	3.5	92	82	5	318	41	14	22	22	1.89
33005801--33006055	46	5.7	43	80	9	135	40	14	22	21	1.90
33008697--33008752	25	2.3	24	81	3	67	23	5	1	69	1.18
33013279--33013409	65	2.0	64	83	8	165	42	3	6	47	1.46
33016817--33016888	21	3.2	21	64	21	56	20	18	12	48	1.80
33016815--33017031	45	4.8	45	91	1	319	22	20	12	44	1.85
33026000--33026027	10	2.8	10	100	0	56	0	10	0	89	0.49
33026715--33026802	44	2.0	45	84	6	117	20	27	22	29	1.99
33027040--33027707	44	15.2	44	65	13	196	27	22	19	30	1.98
33026994--33027268	132	2.1	131	88	2	408	28	22	20	29	1.98
33027066--33027416	175	2.0	176	84	3	458	29	22	18	29	1.97
33027242--33027553	132	2.4	132	89	2	468	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33026880--33028365	307	4.8	306	85	4	1551	26	22	19	30	1.98
33027388--33027851	88	5.3	87	66	11	244	25	23	20	30	1.98
33027391--33027927	175	3.1	174	88	3	756	25	23	20	30	1.98
33027696--33027795	43	2.3	43	89	1	146	25	23	23	29	1.99
33027101--33028212	483	2.3	476	86	4	1480	26	23	19	30	1.98
33027870--33028233	175	2.1	176	87	2	475	26	21	20	30	1.98
33027739--33028058	131	2.4	132	88	1	455	26	22	20	30	1.99
33027988--33028213	44	5.2	44	69	15	103	26	23	19	30	1.98
33028001--33028101	43	2.3	43	87	1	139	27	22	23	25	2.00
33028045--33028384	132	2.6	132	84	4	438	25	21	20	32	1.98
33028045--33028427	132	2.9	131	80	5	317	26	21	20	31	1.98
33029799--33029936	46	3.0	44	85	7	168	16	17	20	45	1.85
33029799--33029936	47	3.0	46	89	2	188	16	17	20	45	1.85
33030762--33030803	22	1.9	22	85	9	59	9	19	0	71	1.13
33030788--33030823	14	2.5	15	86	9	56	16	8	2	72	1.21
33030817--33030880	25	2.5	26	84	5	76	12	6	6	75	1.19
33032558--33032654	30	3.2	30	76	2	106	28	25	15	29	1.96
33038555--33038750	46	4.3	46	77	6	177	21	19	13	44	1.86
33038571--33038738	44	3.7	45	81	7	153	20	19	13	47	1.82
33045632--33045670	16	2.4	16	82	0	51	35	23	25	15	1.94
33051931--33051980	19	2.7	18	79	14	57	84	4	8	4	0.87
33051949--33051988	8	4.9	8	84	6	53	87	5	2	5	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33051932--33051987	22	2.4	23	82	5	69	85	3	7	3	0.81
33051948--33051988	17	2.4	17	87	0	64	87	4	2	4	0.72
33052488--33052532	14	3.1	14	79	17	56	68	0	15	15	1.21
33052481--33052534	16	3.6	16	80	19	71	68	0	16	14	1.21
33052491--33052532	6	6.0	7	79	20	52	71	0	14	14	1.15
33053797--33054124	88	3.7	88	88	1	478	28	21	25	25	1.99
33054146--33054982	267	3.1	266	89	1	1244	27	20	26	26	1.99
33054839--33055006	50	3.4	50	69	6	151	29	19	26	25	1.98
33054844--33055078	100	2.3	100	88	1	346	28	21	24	25	1.99
33054897--33055071	50	3.5	50	70	3	136	29	21	24	25	1.99
33056325--33056383	3	19.7	3	80	13	68	33	1	0	64	1.04
33056325--33056379	24	2.3	24	87	6	76	34	1	0	63	1.05
33070017--33070047	16	1.9	16	93	0	53	9	6	12	70	1.31
33082746--33082813	26	2.6	26	95	0	118	22	29	25	23	1.99
33082750--33082832	26	3.2	26	85	0	103	19	30	21	28	1.98
33095717--33095787	25	2.8	25	89	0	106	29	28	21	21	1.98
33095816--33095877	25	2.5	25	91	0	97	33	22	14	29	1.94
33095805--33095897	25	3.7	25	80	5	89	31	22	16	30	1.95
33096942--33096977	16	2.2	17	90	9	58	36	5	2	55	1.38
33096961--33097078	33	3.6	32	72	18	109	42	4	3	50	1.38
33096961--33097086	67	1.9	64	90	9	202	42	3	3	50	1.39
33097682--33097733	17	2.7	19	74	17	54	40	21	15	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33098133--33098170	15	2.5	15	84	12	51	71	5	2	21	1.19
33107101--33107142	20	2.1	20	95	0	75	42	4	11	40	1.63
33109732--33109915	40	4.6	41	81	11	197	25	22	27	25	2.00
33109732--33109915	79	2.3	80	83	6	214	25	22	27	25	2.00
33109785--33109948	79	2.1	78	82	5	197	26	20	26	25	1.99
33113235--33113406	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
33113237--33113459	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
33113235--33113459	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
33113391--33113468	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
33121173--33121342	40	4.3	40	88	3	218	25	28	20	25	1.99
33121173--33121397	80	2.8	79	80	7	213	25	28	20	25	1.99
33122929--33123121	105	1.8	108	89	4	311	27	19	18	33	1.96
33124603--33124744	49	2.9	48	84	5	185	30	22	22	24	1.99
33124609--33124740	25	5.3	25	73	13	112	30	21	23	24	1.99
33128425--33128521	31	3.2	31	70	14	83	19	7	30	42	1.78
33128423--33128538	61	1.9	61	85	0	160	20	9	26	43	1.82
33128436--33128556	61	2.0	61	80	6	138	23	10	23	42	1.85
33128609--33128665	30	1.9	30	88	0	87	17	8	31	42	1.80
33128614--33128682	30	2.3	30	84	0	84	20	14	26	39	1.91
33132352--33132498	61	2.5	61	87	3	210	20	13	25	40	1.89
33133377--33133436	25	2.3	26	80	5	68	15	8	10	66	1.43
33135075--33135112	19	2.0	19	100	0	76	36	0	5	57	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33146187--33146223	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
33165154--33165260	32	3.1	35	70	18	89	38	5	1	54	1.35
33165202--33165254	20	2.8	19	78	18	58	39	1	1	56	1.21
33169174--33169225	26	2.0	26	88	7	79	32	7	17	42	1.77
33176355--33176480	50	2.5	50	80	6	139	28	28	14	28	1.95
33179913--33180038	50	2.5	50	88	8	177	26	30	15	27	1.96
33184726--33184837	40	2.8	40	78	6	111	35	19	20	24	1.96
33184720--33184851	40	3.3	40	77	5	99	35	21	21	20	1.96
33184886--33185019	41	3.3	41	92	2	216	19	23	29	27	1.98
33184959--33185082	63	2.0	63	93	3	214	18	25	27	29	1.98
33185017--33185149	41	3.2	41	90	2	205	24	22	25	27	2.00
33184918--33185123	104	2.0	104	91	1	333	19	23	27	28	1.99
33185630--33185663	14	2.4	14	90	9	52	26	0	41	32	1.56
33185839--33185956	21	5.4	22	72	11	82	24	1	38	35	1.66
33188316--33188550	118	2.0	118	100	0	470	23	9	23	42	1.83
33190263--33190574	43	7.3	41	85	4	327	24	16	25	33	1.96
33190282--33190522	127	1.9	128	86	2	351	24	17	24	33	1.96
33203059--33203105	24	2.0	24	100	0	94	44	8	17	29	1.78
33205134--33205317	92	2.0	90	92	2	305	40	10	12	36	1.77
33208152--33208199	21	2.3	21	96	0	87	29	25	31	14	1.95
33208165--33208210	21	2.2	21	84	0	56	34	19	30	15	1.93
33208510--33208538	12	2.4	12	100	0	58	6	27	37	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33215839--33215891	15	3.8	13	78	16	54	50	15	3	30	1.61
33216057--33216136	36	2.2	38	95	4	146	63	11	0	25	1.27
33216510--33216555	19	2.4	18	78	7	56	71	4	6	17	1.24
33219811--33219860	21	2.5	21	87	9	70	72	0	0	28	0.86
33220823--33220866	16	2.9	16	86	6	56	22	6	6	63	1.43
33224797--33224841	23	2.0	23	100	0	90	46	13	0	40	1.43
33224799--33224877	13	6.5	13	77	16	98	48	13	0	37	1.43
33224799--33224877	36	2.2	36	100	0	158	48	13	0	37	1.43
33224835--33224886	23	2.3	23	96	0	95	50	13	0	36	1.42
33232712--33232745	13	2.5	13	90	4	50	76	0	20	2	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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