genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2581555--2581609	28	2.0	29	89	10	89	49	1	3	45	1.30
2581678--2581723	13	3.6	13	82	5	58	71	4	23	0	1.03
2581671--2581728	25	2.3	25	87	0	89	65	3	31	0	1.09
2581678--2581723	4	11.0	4	81	9	56	71	4	23	0	1.03
2581956--2582011	30	1.9	28	82	13	69	37	1	21	39	1.64
2582388--2582434	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2582599--2582733	40	3.4	41	77	9	154	25	17	24	32	1.96
2582876--2582914	20	2.0	20	100	0	78	41	10	20	28	1.85
2591366--2591407	22	1.9	22	90	9	68	59	4	7	28	1.44
2597308--2597355	23	2.1	23	100	0	96	58	0	4	37	1.18
2600993--2601038	6	7.3	6	83	9	56	58	0	32	8	1.28
2601315--2601345	14	2.2	14	100	0	62	19	6	22	51	1.69
2605453--2605508	24	2.3	24	84	0	76	19	32	23	25	1.98
2607792--2607832	18	2.3	18	87	8	57	36	4	14	43	1.67
2608267--2608313	7	7.0	7	92	2	71	2	0	25	72	0.96
2624299--2624338	16	2.4	17	87	8	55	45	2	7	45	1.45
2631298--2631322	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2637021--2637056	18	1.9	19	88	5	56	52	2	0	44	1.15
2643977--2644008	15	2.1	15	94	0	55	75	3	3	18	1.08
2644006--2644053	25	1.9	25	82	0	60	54	6	4	35	1.45
2644244--2644276	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
2644228--2644273	12	3.8	12	82	0	56	58	0	10	30	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2644210--2644276	18	3.7	18	78	4	64	59	0	8	31	1.28
2645573--2645605	15	2.2	15	89	10	50	6	6	45	42	1.53
2667427--2667460	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2672065--2672098	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2672546--2672597	5	10.4	5	100	0	104	59	0	0	40	0.97
2672936--2672971	11	3.3	11	88	0	54	30	5	0	63	1.17
2675188--2675271	44	1.9	44	90	9	136	29	3	2	64	1.23
2676036--2676074	15	2.6	15	87	0	51	23	15	33	28	1.95
2676251--2676294	19	2.4	19	84	3	63	43	0	2	54	1.12
2676243--2676296	27	2.0	28	85	3	74	42	1	1	53	1.22
2682424--2682463	22	1.9	22	85	10	57	27	35	15	22	1.94
2690583--2690648	31	2.1	31	85	0	87	27	6	10	56	1.57
2691799--2691841	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
2707251--2707288	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
2708385--2708412	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
2715449--2715495	22	2.2	21	82	17	62	55	2	0	42	1.12
2716297--2716412	58	2.0	57	88	5	171	42	8	6	42	1.62
2716308--2716436	59	2.2	59	82	6	149	40	8	7	43	1.64
2719723--2719747	6	4.2	6	100	0	50	16	32	16	36	1.90
2724393--2724439	21	2.2	22	88	11	71	21	17	38	23	1.93
2726216--2726241	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2727977--2728013	16	2.4	16	90	4	58	75	2	0	21	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736362--2736396	17	2.1	17	88	0	52	42	11	5	40	1.65
2737302--2737398	51	1.9	51	89	0	149	25	3	19	51	1.61
2738011--2738035	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
2738840--2738875	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
2738916--2738991	39	2.0	38	84	2	98	63	1	6	28	1.28
2739030--2739074	23	2.0	23	82	8	56	62	2	0	35	1.08
2739979--2740045	11	6.4	11	75	18	54	61	0	2	35	1.12
2739952--2740097	43	3.5	42	85	8	199	63	0	2	33	1.14
2740002--2740063	9	6.6	9	74	17	54	69	0	1	29	0.98
2740029--2740062	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
2740063--2740088	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
2752907--2753057	19	7.8	19	85	2	212	39	9	15	36	1.79
2752914--2753057	38	3.7	38	93	1	234	39	9	14	36	1.78
2754371--2754567	98	2.0	98	94	0	349	27	10	24	37	1.88
2754570--2754759	94	2.0	94	100	0	380	25	15	21	37	1.93
2758739--2758794	20	2.8	20	82	12	62	76	0	19	3	0.93
2758753--2758795	12	3.4	12	81	12	50	74	0	20	4	1.00
2760002--2760618	132	4.7	132	93	0	1022	31	20	23	24	1.98
2760633--2761011	84	4.4	83	75	12	309	31	19	21	27	1.97
2760714--2761436	89	8.3	88	70	16	361	30	19	22	27	1.98
2760628--2761011	173	2.2	173	91	0	608	31	19	21	27	1.97
2760801--2761436	217	2.9	217	94	0	1110	29	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2760628--2761087	173	2.6	173	84	4	498	31	19	21	27	1.98
2760611--2761436	390	2.1	388	83	5	1026	30	19	22	27	1.98
2761193--2761431	128	1.9	129	80	4	286	28	20	23	28	1.99
2760714--2761438	44	16.7	44	70	12	236	30	19	22	27	1.98
2761650--2761762	19	5.8	19	84	4	154	38	9	16	34	1.82
2761656--2761762	40	2.7	39	89	2	153	39	10	15	34	1.82
2763079--2763275	98	2.0	98	94	0	349	26	10	25	37	1.88
2773364--2773419	5	11.4	5	98	1	105	41	0	0	58	0.98
2773421--2773462	21	2.0	21	81	9	50	76	2	9	11	1.12
2774725--2774834	45	2.6	45	77	9	115	32	5	28	33	1.80
2774980--2775014	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2775128--2775158	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2774868--2775183	159	2.0	157	93	2	537	43	3	5	47	1.42
2775152--2775459	61	5.1	61	66	17	230	48	6	2	42	1.42
2775236--2775287	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2775356--2775407	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2775122--2775470	120	2.9	120	96	0	648	49	6	2	41	1.41
2775564--2775611	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
2775539--2775746	91	2.3	91	85	5	260	46	4	3	45	1.41
2782138--2782184	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2782162--2782211	15	3.2	15	75	24	50	36	0	16	48	1.46
2782347--2782448	41	2.5	41	87	1	134	27	14	25	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2801223--2801276	5	11.4	5	90	9	87	40	0	0	59	0.98
2801278--2801317	20	2.0	20	85	0	53	75	2	10	12	1.15
2802565--2802674	45	2.6	45	77	9	115	32	5	28	33	1.80
2802708--2803019	157	2.0	153	92	3	518	44	3	5	47	1.42
2803072--2803123	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2803192--2803243	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2802972--2803306	120	2.8	120	97	0	643	48	6	2	42	1.42
2803399--2803446	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
2803355--2803581	91	2.5	91	81	9	216	47	4	3	44	1.41
2809972--2810018	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2809996--2810045	15	3.2	15	75	24	50	36	0	16	48	1.46
2810181--2810282	41	2.5	41	87	1	134	27	14	25	32	1.95
2810717--2810771	28	2.0	27	89	3	83	45	1	1	50	1.22
2813491--2813626	60	2.3	60	79	2	148	46	13	3	36	1.62
2816510--2816553	10	4.1	10	83	13	52	47	0	0	52	1.00
2822188--2822226	20	2.0	20	90	5	62	38	0	0	61	0.96
2822194--2822244	12	4.2	12	73	9	50	29	0	0	70	0.87
2824616--2824727	56	2.0	56	96	0	206	25	35	3	35	1.73
2835384--2835438	22	2.5	22	77	11	67	61	12	10	14	1.56
2838575--2838653	27	2.9	27	79	5	79	21	31	12	34	1.91
2839086--2839150	9	7.2	9	87	0	94	41	24	7	26	1.82
2839086--2839150	27	2.4	27	94	0	112	41	24	7	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839245--2839288	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
2839796--2840008	9	22.2	9	69	17	92	61	1	5	30	1.29
2839796--2839917	29	4.3	30	78	11	123	63	0	4	31	1.18
2839815--2839906	20	4.8	20	74	15	86	64	0	4	31	1.13
2839854--2839945	30	3.1	27	77	10	76	61	0	6	31	1.21
2839808--2840002	10	20.2	10	64	21	69	62	1	6	30	1.26
2840025--2840074	20	2.7	17	87	12	64	26	4	0	70	1.05
2840025--2840074	10	5.3	9	81	13	57	26	4	0	70	1.05
2840219--2840266	8	5.8	8	85	9	69	22	2	0	75	0.91
2840189--2840283	26	3.5	26	81	5	100	31	2	0	66	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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